More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_4396 on replicon NC_007960
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007960  Nham_4396  LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 
228 aa  466  9.999999999999999e-131  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4435  LuxR family transcriptional regulator  94.3 
 
 
231 aa  444  1.0000000000000001e-124  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3321  LuxR family transcriptional regulator  35.09 
 
 
240 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.214587 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0627  LuxR family transcriptional regulator  36.21 
 
 
241 aa  136  3.0000000000000003e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.253164  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2957  transcriptional regulator protein  30.84 
 
 
243 aa  127  1.0000000000000001e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.923766  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5762  LuxR family transcriptional regulator  32.89 
 
 
242 aa  121  9.999999999999999e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.225342  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5029  transcriptional regulator, LuxR family  32.37 
 
 
243 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.771298  normal  0.575652 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4514  autoinducer-binding domain-containing protein  31.88 
 
 
243 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.447162  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4977  transcriptional regulator, LuxR family  31.88 
 
 
243 aa  119  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.637652  normal  0.142556 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1766  transcriptional regulator, LuxR family  30.57 
 
 
244 aa  118  7e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.182775  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2330  transcriptional regulator, LuxR family  33.65 
 
 
240 aa  115  3.9999999999999997e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.20021  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2174  regulatory protein, LuxR  33.65 
 
 
240 aa  115  5e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.795683 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5462  LuxR family transcriptional regulator  30.13 
 
 
245 aa  115  6e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.191354 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1003  transcriptional regulator, LuxR family  32.72 
 
 
245 aa  107  2e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.383688  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0702  LuxR family transcriptional regulator  28.77 
 
 
245 aa  105  4e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0402  regulatory protein, LuxR  33.66 
 
 
242 aa  103  2e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_6408  LuxR family transcriptional regulator  31.31 
 
 
248 aa  102  6e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6378  LuxR family transcriptional regulator  31.31 
 
 
248 aa  102  6e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2311  LuxR family transcriptional regulator  31.44 
 
 
265 aa  101  9e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3840  transcriptional regulator, LuxR family  31.14 
 
 
251 aa  100  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5725  DNA-binding HTH domain-containing protein  28.45 
 
 
307 aa  99.4  4e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.000726612  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1443  ATP-dependent transcription regulator LuxR  34.57 
 
 
238 aa  98.2  1e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0965  transcriptional activator protein LuxR  26.41 
 
 
248 aa  97.8  1e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.266935  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2417  LuxR family transcriptional regulator  30.51 
 
 
244 aa  97.8  1e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0542  ATP-dependent transcription regulator LuxR  34.57 
 
 
238 aa  98.2  1e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0418  LuxR family transcriptional regulator  32.68 
 
 
242 aa  97.8  1e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0854  ATP-dependent transcription regulator LuxR  34.57 
 
 
238 aa  98.2  1e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.777865  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0444  ATP-dependent transcription regulator LuxR  34.57 
 
 
238 aa  98.2  1e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.853961  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2171  ATP-dependent transcription regulator LuxR  34.57 
 
 
238 aa  98.2  1e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0944598  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0323  transcriptional regulator, LuxR family  32.71 
 
 
243 aa  97.8  1e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1863  ATP-dependent transcription regulator LuxR  34.57 
 
 
394 aa  97.4  2e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00465528  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0958  transcriptional activator protein LuxR  28.57 
 
 
247 aa  96.7  3e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0359  LuxR family transcriptional regulator  29.23 
 
 
248 aa  96.3  4e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.870907  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0282  transcriptional regulator, LuxR family  28.63 
 
 
246 aa  95.5  7e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.419752  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3500  LuxR family transcriptional regulator  32.14 
 
 
247 aa  94.7  9e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.547243 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2087  ATP-dependent transcription regulator LuxR  33.51 
 
 
425 aa  94.4  1e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.417065  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4374  transcriptional regulator LuxR family  29.7 
 
 
246 aa  93.2  3e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.307061  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3098  transcriptional regulator, LuxR family  28.84 
 
 
254 aa  92.4  5e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.521704  normal  0.269359 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4168  transcriptional regulator, LuxR family  30.57 
 
 
251 aa  91.7  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3395  LuxR family transcriptional regulator  28.81 
 
 
260 aa  89.7  3e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7112  LuxR family transcriptional regulator  29.82 
 
 
242 aa  89.4  4e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0985225  normal  0.773577 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3140  regulatory protein LuxR  28.81 
 
 
246 aa  84.7  0.000000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0460  transcriptional regulator, LuxR family  30.57 
 
 
253 aa  84.7  0.000000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.343765 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1407  LuxR family transcriptional regulator  28.4 
 
 
241 aa  82.8  0.000000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.959158  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3112  regulatory protein, LuxR  31.38 
 
 
250 aa  80.9  0.00000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4279  LuxR family transcriptional regulator  28.19 
 
 
321 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.189781  normal  0.0123236 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0440  regulatory protein LuxR  28.95 
 
 
246 aa  79.3  0.00000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0539143 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3810  LuxR family transcriptional regulator  29.41 
 
 
242 aa  79.3  0.00000000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0805  LuxR family transcriptional regulator  30.81 
 
 
230 aa  78.6  0.00000000000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.565309  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0127  transcriptional regulator, LuxR family  28.57 
 
 
236 aa  78.6  0.00000000000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2128  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  30.27 
 
 
230 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.423434  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1576  LuxR family transcriptional regulator  30.27 
 
 
230 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.893939  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0617  LuxR family transcriptional regulator  30.27 
 
 
230 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0241474  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2215  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  30.27 
 
 
230 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.311283  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0702  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  30.27 
 
 
230 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.669136  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2024  ATP-dependent transcription regulator LuxR  30.27 
 
 
230 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.896026  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9665  two-component transcriptional regulator LuxR family  23.81 
 
 
240 aa  77.4  0.0000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.024682  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5809  transcriptional regulator, LuxR family  31.75 
 
 
235 aa  77.4  0.0000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.962539  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45960  transcriptional regulator LasR  27.85 
 
 
239 aa  76.6  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0416  LuxR family transcriptional regulator  29.88 
 
 
262 aa  76.3  0.0000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1664  transcriptional regulator, LuxR family  29.79 
 
 
237 aa  75.9  0.0000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.888844 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1997  autoinducer-binding transcriptional regulator, LuxR family  29.79 
 
 
237 aa  75.9  0.0000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.448669  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0920  LuxR family transcriptional regulator  29.38 
 
 
268 aa  75.5  0.0000000000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.81926  normal  0.148698 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4277  transcriptional regulator, LuxR family  28.44 
 
 
234 aa  75.1  0.0000000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.343912 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3898  transcriptional regulator LasR  27 
 
 
239 aa  74.3  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.219668  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4114  putative transcriptional activator  28.02 
 
 
213 aa  74.7  0.000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.605496  normal  0.314154 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1833  LuxR family transcriptional regulator  28.31 
 
 
238 aa  74.3  0.000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.873673  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0198  autoinducer-binding domain-containing protein  32.61 
 
 
235 aa  74.7  0.000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00000129067  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1513  LuxR family transcriptional regulator  30.53 
 
 
246 aa  73.9  0.000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000493267  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5040  LuxR family transcriptional regulator  26.2 
 
 
229 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.350334  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0127  transcriptional regulator, LuxR family  29.55 
 
 
206 aa  73.6  0.000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2667  transcriptional regulator, LuxR family  25.96 
 
 
241 aa  73.2  0.000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.530563  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0610  LuxR family transcriptional regulator  28 
 
 
234 aa  73.2  0.000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.317613 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0100  transcriptional regulator, LuxR family  27.14 
 
 
250 aa  72.8  0.000000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5387  autoinducer-binding domain-containing protein  31.87 
 
 
320 aa  72.8  0.000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.841269  normal  0.0379322 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4889  autoinducer-binding domain-containing protein  26.72 
 
 
233 aa  72  0.000000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.70592  normal  0.843155 
 
 
-
 
NC_004310  BR0190  LuxR family transcriptional regulator  28.21 
 
 
235 aa  71.6  0.000000000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.195449  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2928  transcriptional regulator, LuxR family  25.53 
 
 
241 aa  72  0.000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.258432  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS01929  transcriptional activator of quorum sensing autoinducer synthesis transcription regulator protein  30.88 
 
 
248 aa  71.2  0.00000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.746701 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0183  LuxR family transcriptional regulator  28.21 
 
 
235 aa  71.2  0.00000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0816251  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39980  putative transcriptional regulator  28.51 
 
 
237 aa  71.2  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1655  LuxR family transcriptional regulator  25.57 
 
 
245 aa  70.5  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0918  transcriptional regulator LuxR family  26.54 
 
 
230 aa  70.9  0.00000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1715  LuxR family transcriptional regulator  25.57 
 
 
245 aa  70.5  0.00000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00270807  hitchhiker  0.000116776 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0260  LuxR family transcriptional regulator  28.65 
 
 
243 aa  70.5  0.00000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2588  LuxR family transcriptional regulator  29.17 
 
 
250 aa  70.9  0.00000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1547  LuxR family transcriptional regulator  25.57 
 
 
245 aa  70.5  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3386  putative transcriptional regulator  28.51 
 
 
237 aa  70.1  0.00000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.247592  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4147  transcriptional regulator, LuxR family  23.36 
 
 
242 aa  70.1  0.00000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8140  transcriptional regulator TraR  25 
 
 
227 aa  70.1  0.00000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.692827  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4980  LuxR family transcriptional regulator  31.53 
 
 
237 aa  69.7  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3180  LuxR family transcriptional regulator  31.53 
 
 
237 aa  69.7  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.100011 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4299  LuxR family transcriptional regulator  31.53 
 
 
237 aa  69.7  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.190696 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0505  transcriptional regulator, LuxR family  25.13 
 
 
244 aa  69.7  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1570  ATP-dependent transcription regulator LuxR  27.14 
 
 
236 aa  69.3  0.00000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.778317  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0142  N-acyl-homoserine lactone dependent regulatory protein  27.14 
 
 
234 aa  69.3  0.00000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0163426  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1652  ATP-dependent transcription regulator LuxR  27.14 
 
 
234 aa  69.3  0.00000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.643432  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4439  LuxR family transcriptional regulator  26.24 
 
 
234 aa  68.9  0.00000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8300  transcriptional regulator TraR  24.57 
 
 
230 aa  68.9  0.00000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4647  LuxR family transcriptional regulator  27.72 
 
 
279 aa  68.6  0.00000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>