More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_4114 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_4114  putative transcriptional activator  100 
 
 		 213 aa  442  1e-123  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.605496  normal  0.314154 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1836  transcriptional regulator, LuxR family  28.51 
 
 		 245 aa  112  4.0000000000000004e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.28867  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1003  transcriptional regulator, LuxR family  30.56 
 
 		 245 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.383688  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0100  transcriptional regulator, LuxR family  30 
 
 		 250 aa  108  4.0000000000000004e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0854  ATP-dependent transcription regulator LuxR  32.7 
 
 		 238 aa  108  5e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.777865  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1443  ATP-dependent transcription regulator LuxR  32.7 
 
 		 238 aa  108  5e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2171  ATP-dependent transcription regulator LuxR  32.7 
 
 		 238 aa  108  5e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0944598  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0542  ATP-dependent transcription regulator LuxR  32.7 
 
 		 238 aa  108  5e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0444  ATP-dependent transcription regulator LuxR  32.7 
 
 		 238 aa  108  5e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.853961  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1863  ATP-dependent transcription regulator LuxR  32.08 
 
 		 394 aa  107  1e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00465528  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3098  transcriptional regulator, LuxR family  30.43 
 
 		 254 aa  106  2e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.521704  normal  0.269359 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2417  LuxR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 244 aa  106  3e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0127  transcriptional regulator, LuxR family  31.02 
 
 		 236 aa  105  4e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0260  LuxR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 243 aa  105  5e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0460  transcriptional regulator, LuxR family  32.97 
 
 		 253 aa  105  5e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.343765 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2087  ATP-dependent transcription regulator LuxR  31.6 
 
 		 425 aa  104  1e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.417065  n/a   
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6378  LuxR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 248 aa  104  1e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_6408  LuxR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 248 aa  104  1e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1442  transcriptional regulator, LuxR family  27.15 
 
 		 245 aa  103  2e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.600459  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1622  LuxR transcriptional regulator  29.3 
 
 		 247 aa  102  3e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.831315  normal  0.816592 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1547  LuxR family transcriptional regulator  27.15 
 
 		 245 aa  102  3e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1655  LuxR family transcriptional regulator  27.15 
 
 		 245 aa  102  3e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5387  autoinducer-binding domain-containing protein  32.34 
 
 		 320 aa  103  3e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.841269  normal  0.0379322 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1715  LuxR family transcriptional regulator  27.15 
 
 		 245 aa  102  3e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00270807  hitchhiker  0.000116776 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3395  LuxR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 260 aa  102  5e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3863  transcriptional regulator PsyR  28.37 
 
 		 247 aa  100  2e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.831721  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0791  LuxR family transcriptional regulator  26.61 
 
 		 247 aa  98.6  6e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0182  LuxR family transcriptional regulator  26.61 
 
 		 247 aa  98.6  6e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00268604  hitchhiker  0.00000585836 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0720  LuxR family transcriptional regulator  26.61 
 
 		 247 aa  98.6  6e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5725  DNA-binding HTH domain-containing protein  31.86 
 
 		 307 aa  96.7  2e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.000726612  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0805  LuxR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 230 aa  95.5  5e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.565309  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5194  LuxR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 242 aa  95.5  6e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0681352 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1576  LuxR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 230 aa  95.1  6e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.893939  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2024  ATP-dependent transcription regulator LuxR  32.8 
 
 		 230 aa  95.1  6e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.896026  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0617  LuxR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 230 aa  95.1  6e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0241474  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0702  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  32.8 
 
 		 230 aa  95.1  6e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.669136  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2128  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  32.8 
 
 		 230 aa  95.1  6e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.423434  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2215  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  32.8 
 
 		 230 aa  95.1  6e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.311283  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5810  LuxR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 228 aa  95.1  8e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.809704  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6040  LuxR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 228 aa  95.1  8e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.917081 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4558  LuxR family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 234 aa  94  1e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.534127  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0418  LuxR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 242 aa  93.2  2e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3898  transcriptional regulator LasR  30.05 
 
 		 239 aa  93.6  2e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.219668  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3386  putative transcriptional regulator  30.05 
 
 		 237 aa  93.6  2e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.247592  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4889  autoinducer-binding domain-containing protein  29.86 
 
 		 233 aa  92.8  3e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.70592  normal  0.843155 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0402  regulatory protein, LuxR  30.81 
 
 		 242 aa  92.4  4e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45960  transcriptional regulator LasR  29.56 
 
 		 239 aa  91.7  7e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0359  LuxR family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 248 aa  90.9  1e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.870907  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4428  transcriptional regulator, LuxR family  26.48 
 
 		 245 aa  90.9  1e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39980  putative transcriptional regulator  29.58 
 
 		 237 aa  91.3  1e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4147  transcriptional regulator, LuxR family  25.23 
 
 		 242 aa  90.5  2e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0282  transcriptional regulator, LuxR family  30.48 
 
 		 246 aa  90.1  2e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.419752  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7112  LuxR family transcriptional regulator  33.52 
 
 		 242 aa  89.7  3e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0985225  normal  0.773577 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0323  transcriptional regulator, LuxR family  33.51 
 
 		 243 aa  89  4e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0943  transcriptional regulator, LuxR family  28.5 
 
 		 242 aa  89  5e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5462  LuxR family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 245 aa  88.6  6e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.191354 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1766  transcriptional regulator, LuxR family  31.55 
 
 		 244 aa  88.6  6e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.182775  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0122  LuxR family transcriptional regulator  28.44 
 
 		 233 aa  88.6  7e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1758  autoinducer-binding domain-containing protein  28.44 
 
 		 233 aa  88.6  7e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4514  autoinducer-binding domain-containing protein  29.05 
 
 		 243 aa  87  2e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.447162  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4977  transcriptional regulator, LuxR family  29.86 
 
 		 243 aa  86.3  3e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.637652  normal  0.142556 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0142  N-acyl-homoserine lactone dependent regulatory protein  31.77 
 
 		 234 aa  85.9  4e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0163426  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1652  ATP-dependent transcription regulator LuxR  31.77 
 
 		 234 aa  85.9  4e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.643432  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1231  ATP-dependent transcription regulator LuxR  31.25 
 
 		 234 aa  85.9  4e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.681253  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1570  ATP-dependent transcription regulator LuxR  31.77 
 
 		 236 aa  85.9  4e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.778317  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5029  transcriptional regulator, LuxR family  31.67 
 
 		 243 aa  85.1  7e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.771298  normal  0.575652 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0702  LuxR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 245 aa  85.1  7e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0198  autoinducer-binding domain-containing protein  30.52 
 
 		 235 aa  85.1  8e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00000129067  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5493  transcriptional regulator, LuxR family  32.08 
 
 		 236 aa  84.7  8e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1664  transcriptional regulator, LuxR family  33.51 
 
 		 237 aa  84.3  0.000000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.888844 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2028  LuxR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 242 aa  84.3  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1997  autoinducer-binding transcriptional regulator, LuxR family  33.51 
 
 		 237 aa  84.3  0.000000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.448669  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4439  LuxR family transcriptional regulator  31.22 
 
 		 234 aa  84.3  0.000000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0190  LuxR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 235 aa  83.6  0.000000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.195449  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0610  LuxR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 234 aa  83.6  0.000000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.317613 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1649  transcriptional regulator RhlR  32.34 
 
 		 224 aa  83.6  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.458186  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19120  transcriptional regulator RhlR  32.34 
 
 		 241 aa  84  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.420854  normal  0.170234 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6196  transcriptional regulator, LuxR family  32.6 
 
 		 275 aa  82.8  0.000000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5040  LuxR family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 229 aa  82.8  0.000000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.350334  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4277  transcriptional regulator, LuxR family  30.54 
 
 		 234 aa  82.8  0.000000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.343912 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0965  transcriptional activator protein LuxR  25.41 
 
 		 248 aa  82.8  0.000000000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.266935  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0183  LuxR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 235 aa  82.4  0.000000000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0816251  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4299  LuxR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 237 aa  82.4  0.000000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.190696 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4980  LuxR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 237 aa  82.4  0.000000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3180  LuxR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 237 aa  82.4  0.000000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.100011 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4647  LuxR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 279 aa  81.6  0.000000000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1709  autoinducer-binding domain-containing protein  26.67 
 
 		 233 aa  81.6  0.000000000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.781724  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2210  LuxR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 240 aa  81.6  0.000000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4539  transcriptional regulator, LuxR family, autoinducer-regulated  30.3 
 
 		 254 aa  80.9  0.00000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.542388  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2928  transcriptional regulator, LuxR family  28.93 
 
 		 241 aa  80.9  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.258432  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4279  LuxR family transcriptional regulator  29.36 
 
 		 321 aa  80.9  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.189781  normal  0.0123236 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4509  autoinducer-binding domain-containing protein  28.25 
 
 		 235 aa  80.9  0.00000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5762  LuxR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 242 aa  80.5  0.00000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.225342  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2667  transcriptional regulator, LuxR family  28.43 
 
 		 241 aa  79.3  0.00000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.530563  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4216  regulatory protein, LuxR  30.3 
 
 		 254 aa  79.3  0.00000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2330  transcriptional regulator, LuxR family  29.26 
 
 		 240 aa  79.3  0.00000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.20021  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5781  response regulator receiver protein  27.83 
 
 		 243 aa  79  0.00000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.305702  hitchhiker  0.00700374 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0416  LuxR family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 262 aa  79  0.00000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2174  regulatory protein, LuxR  29.26 
 
 		 240 aa  79  0.00000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.795683 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3796  LuxR family transcriptional regulator  24.88 
 
 		 237 aa  79  0.00000000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00301827 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>