More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_3863 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_3863  transcriptional regulator PsyR  100 
 
 
247 aa  517  1e-146  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.831721  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1622  LuxR transcriptional regulator  89.47 
 
 
247 aa  465  9.999999999999999e-131  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.831315  normal  0.816592 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0100  transcriptional regulator, LuxR family  34.36 
 
 
250 aa  135  9e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1547  LuxR family transcriptional regulator  35.91 
 
 
245 aa  132  6.999999999999999e-30  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1655  LuxR family transcriptional regulator  35.91 
 
 
245 aa  132  6.999999999999999e-30  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1715  LuxR family transcriptional regulator  35.91 
 
 
245 aa  132  6.999999999999999e-30  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00270807  hitchhiker  0.000116776 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1442  transcriptional regulator, LuxR family  33.64 
 
 
245 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.600459  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1836  transcriptional regulator, LuxR family  33.19 
 
 
245 aa  129  6e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.28867  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4428  transcriptional regulator, LuxR family  34.23 
 
 
245 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0127  transcriptional regulator, LuxR family  34.26 
 
 
236 aa  124  1e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0791  LuxR family transcriptional regulator  31.92 
 
 
247 aa  120  3e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0720  LuxR family transcriptional regulator  31.92 
 
 
247 aa  120  3e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0182  LuxR family transcriptional regulator  31.92 
 
 
247 aa  120  3e-26  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00268604  hitchhiker  0.00000585836 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4147  transcriptional regulator, LuxR family  30.53 
 
 
242 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0066  LuxR family transcriptional regulator  32.44 
 
 
248 aa  112  5e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.961932  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39980  putative transcriptional regulator  30.7 
 
 
237 aa  106  4e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2417  LuxR family transcriptional regulator  30.81 
 
 
244 aa  103  2e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3386  putative transcriptional regulator  30 
 
 
237 aa  102  4e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.247592  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1997  autoinducer-binding transcriptional regulator, LuxR family  31.28 
 
 
237 aa  102  5e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.448669  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1664  transcriptional regulator, LuxR family  31.28 
 
 
237 aa  102  5e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.888844 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4114  putative transcriptional activator  28.37 
 
 
213 aa  100  3e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.605496  normal  0.314154 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1709  autoinducer-binding domain-containing protein  30.19 
 
 
233 aa  97.8  1e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.781724  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3098  transcriptional regulator, LuxR family  30.19 
 
 
254 aa  97.8  2e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.521704  normal  0.269359 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0418  LuxR family transcriptional regulator  30.43 
 
 
242 aa  96.3  4e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0323  transcriptional regulator, LuxR family  30.36 
 
 
243 aa  96.3  4e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1231  ATP-dependent transcription regulator LuxR  33.85 
 
 
234 aa  95.9  6e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.681253  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0260  LuxR family transcriptional regulator  29.57 
 
 
243 aa  94  2e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45960  transcriptional regulator LasR  29.32 
 
 
239 aa  94.4  2e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3898  transcriptional regulator LasR  29.32 
 
 
239 aa  93.2  3e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.219668  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0122  LuxR family transcriptional regulator  28.25 
 
 
233 aa  93.6  3e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3810  LuxR family transcriptional regulator  30.21 
 
 
242 aa  93.2  3e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1758  autoinducer-binding domain-containing protein  28.25 
 
 
233 aa  93.6  3e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0402  regulatory protein, LuxR  31.56 
 
 
242 aa  93.2  4e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5040  LuxR family transcriptional regulator  30.41 
 
 
229 aa  92.4  7e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.350334  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0142  N-acyl-homoserine lactone dependent regulatory protein  33.33 
 
 
234 aa  91.3  1e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0163426  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1652  ATP-dependent transcription regulator LuxR  33.33 
 
 
234 aa  91.3  1e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.643432  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1570  ATP-dependent transcription regulator LuxR  33.33 
 
 
236 aa  91.7  1e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.778317  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1052  LuxR family transcriptional regulator  30.3 
 
 
239 aa  89.4  4e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000000445716  normal  0.182523 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4116  LuxR family transcriptional regulator  29.8 
 
 
239 aa  89.4  5e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0201758  hitchhiker  0.00877352 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0282  transcriptional regulator, LuxR family  26.42 
 
 
246 aa  89.4  6e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.419752  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1559  regulatory protein LuxR  31.28 
 
 
246 aa  87.8  1e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.509292 
 
 
-
 
NC_004310  BR0190  LuxR family transcriptional regulator  28.76 
 
 
235 aa  87  2e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.195449  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5810  LuxR family transcriptional regulator  29.44 
 
 
228 aa  87.4  2e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.809704  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6040  LuxR family transcriptional regulator  29.44 
 
 
228 aa  87.4  2e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.917081 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4581  LuxR family transcriptional regulator  29.8 
 
 
239 aa  86.7  3e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000141763  hitchhiker  0.0000089809 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5576  LuxR family transcriptional regulator  29.8 
 
 
239 aa  86.7  3e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000012464  normal  0.015154 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3643  LuxR family transcriptional regulator  29.8 
 
 
239 aa  86.7  3e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00106494  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4724  LuxR family transcriptional regulator  29.8 
 
 
239 aa  86.7  3e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000522863  hitchhiker  0.00659366 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0542  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.76 
 
 
238 aa  86.3  4e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1443  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.76 
 
 
238 aa  86.3  4e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1576  LuxR family transcriptional regulator  28.76 
 
 
230 aa  86.3  4e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.893939  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0702  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  28.76 
 
 
230 aa  86.3  4e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.669136  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0617  LuxR family transcriptional regulator  28.76 
 
 
230 aa  86.3  4e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0241474  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0854  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.76 
 
 
238 aa  86.3  4e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.777865  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2215  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  28.76 
 
 
230 aa  86.3  4e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.311283  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5725  DNA-binding HTH domain-containing protein  26.95 
 
 
307 aa  86.3  4e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.000726612  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2128  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  28.76 
 
 
230 aa  86.3  4e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.423434  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2024  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.76 
 
 
230 aa  86.3  4e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.896026  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2171  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.76 
 
 
238 aa  86.3  4e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0944598  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0444  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.76 
 
 
238 aa  86.3  4e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.853961  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1863  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.76 
 
 
394 aa  85.9  5e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00465528  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0805  LuxR family transcriptional regulator  28.76 
 
 
230 aa  85.5  7e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.565309  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3971  LuxR family transcriptional regulator  30.46 
 
 
239 aa  85.5  8e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000126265  normal  0.0321799 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2087  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.76 
 
 
425 aa  85.1  8e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.417065  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0183  LuxR family transcriptional regulator  28.33 
 
 
235 aa  85.1  9e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0816251  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3395  LuxR family transcriptional regulator  29.74 
 
 
260 aa  84  0.000000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0791  LuxR family transcriptional regulator  28.93 
 
 
236 aa  83.6  0.000000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0904596  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4299  LuxR family transcriptional regulator  30.88 
 
 
237 aa  82.8  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.190696 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1345  N-acyl homoserine lactone transcriptional regulator  27.55 
 
 
239 aa  83.2  0.000000000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1223  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  27.55 
 
 
239 aa  83.2  0.000000000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2485  BpsR  27.55 
 
 
239 aa  83.2  0.000000000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4168  transcriptional regulator, LuxR family  26.47 
 
 
251 aa  82.8  0.000000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1295  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  27.55 
 
 
239 aa  83.2  0.000000000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.312538  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4980  LuxR family transcriptional regulator  30.88 
 
 
237 aa  82.8  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3180  LuxR family transcriptional regulator  30.88 
 
 
237 aa  82.8  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.100011 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0962  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  27.55 
 
 
239 aa  83.2  0.000000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0329  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  27.55 
 
 
239 aa  83.2  0.000000000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0607  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  27.55 
 
 
239 aa  83.2  0.000000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.83559  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1510  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.43 
 
 
239 aa  82.4  0.000000000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.08907  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3500  LuxR family transcriptional regulator  27.84 
 
 
247 aa  82.4  0.000000000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.547243 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0963  transcriptional regulator, LuxR family  25.5 
 
 
237 aa  82  0.000000000000008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.27907  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0965  transcriptional activator protein LuxR  25.47 
 
 
248 aa  81.6  0.00000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.266935  n/a   
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_6408  LuxR family transcriptional regulator  28.88 
 
 
248 aa  81.3  0.00000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6378  LuxR family transcriptional regulator  28.88 
 
 
248 aa  81.3  0.00000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2174  regulatory protein, LuxR  29.32 
 
 
240 aa  80.5  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.795683 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1266  DNA-binding transcriptional activator SdiA  29.33 
 
 
240 aa  80.9  0.00000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00315864  hitchhiker  0.00193945 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2330  transcriptional regulator, LuxR family  29.32 
 
 
240 aa  81.3  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.20021  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3840  transcriptional regulator, LuxR family  26.52 
 
 
251 aa  81.3  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1513  LuxR family transcriptional regulator  28.78 
 
 
246 aa  80.1  0.00000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000493267  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0359  LuxR family transcriptional regulator  29.5 
 
 
248 aa  79.7  0.00000000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.870907  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5699  LuxR family transcriptional regulator  27.23 
 
 
239 aa  79.3  0.00000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0607724 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0460  transcriptional regulator, LuxR family  29.32 
 
 
253 aa  79  0.00000000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.343765 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1003  transcriptional regulator, LuxR family  27.75 
 
 
245 aa  79.3  0.00000000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.383688  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1730  transcriptional regulator, LuxR family  28.37 
 
 
240 aa  78.6  0.00000000000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000557622  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1044  DNA-binding transcriptional activator SdiA  28.85 
 
 
240 aa  78.6  0.00000000000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000369866  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2150  DNA-binding transcriptional activator SdiA  28.85 
 
 
240 aa  78.6  0.00000000000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000560081  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0198  autoinducer-binding domain-containing protein  28.86 
 
 
235 aa  78.6  0.00000000000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00000129067  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2690  DNA-binding transcriptional activator SdiA  28.37 
 
 
240 aa  78.2  0.0000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0029365  normal  0.0383701 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1649  transcriptional regulator RhlR  29.07 
 
 
224 aa  77.4  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.458186  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7112  LuxR family transcriptional regulator  27.19 
 
 
242 aa  77.4  0.0000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0985225  normal  0.773577 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>