More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_1622 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007005  Psyr_1622  LuxR transcriptional regulator  100 
 
 
247 aa  518  1e-146  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.831315  normal  0.816592 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3863  transcriptional regulator PsyR  89.47 
 
 
247 aa  465  9.999999999999999e-131  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.831721  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1836  transcriptional regulator, LuxR family  34.7 
 
 
245 aa  132  3.9999999999999996e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.28867  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0100  transcriptional regulator, LuxR family  34.36 
 
 
250 aa  132  6e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1442  transcriptional regulator, LuxR family  33.19 
 
 
245 aa  130  3e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.600459  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1547  LuxR family transcriptional regulator  33.62 
 
 
245 aa  127  1.0000000000000001e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1655  LuxR family transcriptional regulator  33.62 
 
 
245 aa  127  1.0000000000000001e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1715  LuxR family transcriptional regulator  33.62 
 
 
245 aa  127  1.0000000000000001e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00270807  hitchhiker  0.000116776 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4428  transcriptional regulator, LuxR family  32.46 
 
 
245 aa  119  3e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0791  LuxR family transcriptional regulator  33.49 
 
 
247 aa  118  9e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0182  LuxR family transcriptional regulator  33.49 
 
 
247 aa  118  9e-26  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00268604  hitchhiker  0.00000585836 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0720  LuxR family transcriptional regulator  33.49 
 
 
247 aa  118  9e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0127  transcriptional regulator, LuxR family  32.42 
 
 
236 aa  117  9.999999999999999e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0066  LuxR family transcriptional regulator  30.36 
 
 
248 aa  110  2.0000000000000002e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.961932  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4147  transcriptional regulator, LuxR family  28.51 
 
 
242 aa  109  4.0000000000000004e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1709  autoinducer-binding domain-containing protein  31.72 
 
 
233 aa  106  3e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.781724  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4114  putative transcriptional activator  29.3 
 
 
213 aa  102  4e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.605496  normal  0.314154 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2417  LuxR family transcriptional regulator  30.92 
 
 
244 aa  102  5e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1664  transcriptional regulator, LuxR family  31.28 
 
 
237 aa  100  2e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.888844 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1997  autoinducer-binding transcriptional regulator, LuxR family  31.28 
 
 
237 aa  100  2e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.448669  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1758  autoinducer-binding domain-containing protein  30.36 
 
 
233 aa  99.8  3e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0122  LuxR family transcriptional regulator  30.36 
 
 
233 aa  99.8  3e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3810  LuxR family transcriptional regulator  28.38 
 
 
242 aa  100  3e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0418  LuxR family transcriptional regulator  29.57 
 
 
242 aa  99.8  4e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0323  transcriptional regulator, LuxR family  29.02 
 
 
243 aa  95.5  6e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3098  transcriptional regulator, LuxR family  30 
 
 
254 aa  95.5  8e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.521704  normal  0.269359 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0402  regulatory protein, LuxR  30.67 
 
 
242 aa  95.1  9e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39980  putative transcriptional regulator  29.07 
 
 
237 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3898  transcriptional regulator LasR  30.73 
 
 
239 aa  92  8e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.219668  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3386  putative transcriptional regulator  28.19 
 
 
237 aa  91.3  1e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.247592  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45960  transcriptional regulator LasR  30.37 
 
 
239 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1231  ATP-dependent transcription regulator LuxR  32.46 
 
 
234 aa  90.1  3e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.681253  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0260  LuxR family transcriptional regulator  28.51 
 
 
243 aa  89.7  4e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5040  LuxR family transcriptional regulator  32.81 
 
 
229 aa  87.8  2e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.350334  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4116  LuxR family transcriptional regulator  31.98 
 
 
239 aa  86.3  4e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0201758  hitchhiker  0.00877352 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1570  ATP-dependent transcription regulator LuxR  31.94 
 
 
236 aa  85.9  6e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.778317  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1652  ATP-dependent transcription regulator LuxR  31.94 
 
 
234 aa  85.9  6e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.643432  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0142  N-acyl-homoserine lactone dependent regulatory protein  31.94 
 
 
234 aa  85.9  6e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0163426  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3971  LuxR family transcriptional regulator  31.98 
 
 
239 aa  85.5  7e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000126265  normal  0.0321799 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1003  transcriptional regulator, LuxR family  29.84 
 
 
245 aa  84.7  0.000000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.383688  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1443  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.38 
 
 
238 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0854  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.38 
 
 
238 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.777865  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1863  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.38 
 
 
394 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00465528  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4581  LuxR family transcriptional regulator  31.98 
 
 
239 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000141763  hitchhiker  0.0000089809 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2171  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.38 
 
 
238 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0944598  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0791  LuxR family transcriptional regulator  29.53 
 
 
236 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0904596  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0444  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.38 
 
 
238 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.853961  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0542  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.38 
 
 
238 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1052  LuxR family transcriptional regulator  32.49 
 
 
239 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000000445716  normal  0.182523 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2087  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.38 
 
 
425 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.417065  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3395  LuxR family transcriptional regulator  29.74 
 
 
260 aa  83.2  0.000000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5725  DNA-binding HTH domain-containing protein  28.4 
 
 
307 aa  83.6  0.000000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.000726612  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1513  LuxR family transcriptional regulator  29.27 
 
 
246 aa  83.2  0.000000000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000493267  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0805  LuxR family transcriptional regulator  28.63 
 
 
230 aa  83.2  0.000000000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.565309  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3500  LuxR family transcriptional regulator  29.02 
 
 
247 aa  82.8  0.000000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.547243 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1559  regulatory protein LuxR  31.28 
 
 
246 aa  82.8  0.000000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.509292 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0282  transcriptional regulator, LuxR family  28.08 
 
 
246 aa  82.4  0.000000000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.419752  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1576  LuxR family transcriptional regulator  28.19 
 
 
230 aa  82.4  0.000000000000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.893939  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2128  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  28.19 
 
 
230 aa  82.4  0.000000000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.423434  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0617  LuxR family transcriptional regulator  28.19 
 
 
230 aa  82.4  0.000000000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0241474  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2215  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  28.19 
 
 
230 aa  82.4  0.000000000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.311283  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0702  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  28.19 
 
 
230 aa  82.4  0.000000000000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.669136  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5810  LuxR family transcriptional regulator  28.93 
 
 
228 aa  82.4  0.000000000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.809704  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2024  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.19 
 
 
230 aa  82.4  0.000000000000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.896026  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6040  LuxR family transcriptional regulator  28.93 
 
 
228 aa  82.4  0.000000000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.917081 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0965  transcriptional activator protein LuxR  26.45 
 
 
248 aa  82.4  0.000000000000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.266935  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4647  LuxR family transcriptional regulator  29.8 
 
 
279 aa  82  0.000000000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4168  transcriptional regulator, LuxR family  27.62 
 
 
251 aa  81.3  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0190  LuxR family transcriptional regulator  30.53 
 
 
235 aa  81.6  0.00000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.195449  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5576  LuxR family transcriptional regulator  31.47 
 
 
239 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000012464  normal  0.015154 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3643  LuxR family transcriptional regulator  31.47 
 
 
239 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00106494  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4724  LuxR family transcriptional regulator  31.47 
 
 
239 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000522863  hitchhiker  0.00659366 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0963  transcriptional regulator, LuxR family  27.72 
 
 
237 aa  81.3  0.00000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.27907  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1345  N-acyl homoserine lactone transcriptional regulator  30.2 
 
 
239 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1295  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  30.2 
 
 
239 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.312538  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2485  BpsR  30.2 
 
 
239 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0460  transcriptional regulator, LuxR family  29.84 
 
 
253 aa  80.5  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.343765 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0962  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  30.2 
 
 
239 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4509  autoinducer-binding domain-containing protein  28.43 
 
 
235 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1223  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  30.2 
 
 
239 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0607  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  30.2 
 
 
239 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.83559  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0329  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  30.2 
 
 
239 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4641  LuxR family transcriptional regulator  27.92 
 
 
235 aa  80.1  0.00000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.226579  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0183  LuxR family transcriptional regulator  30.09 
 
 
235 aa  80.1  0.00000000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0816251  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3840  transcriptional regulator, LuxR family  26.22 
 
 
251 aa  79.7  0.00000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1649  transcriptional regulator RhlR  29.2 
 
 
224 aa  79.7  0.00000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.458186  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1510  ATP-dependent transcription regulator LuxR  30.2 
 
 
239 aa  79.3  0.00000000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.08907  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4980  LuxR family transcriptional regulator  30.57 
 
 
237 aa  79.3  0.00000000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4299  LuxR family transcriptional regulator  30.57 
 
 
237 aa  79.3  0.00000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.190696 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3180  LuxR family transcriptional regulator  30.57 
 
 
237 aa  79.3  0.00000000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.100011 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19120  transcriptional regulator RhlR  29.2 
 
 
241 aa  79  0.00000000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.420854  normal  0.170234 
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6378  LuxR family transcriptional regulator  28.05 
 
 
248 aa  78.2  0.0000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_6408  LuxR family transcriptional regulator  28.05 
 
 
248 aa  78.2  0.0000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0359  LuxR family transcriptional regulator  29.05 
 
 
248 aa  78.2  0.0000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.870907  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4279  LuxR family transcriptional regulator  27.89 
 
 
321 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.189781  normal  0.0123236 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1266  DNA-binding transcriptional activator SdiA  27.73 
 
 
240 aa  77  0.0000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00315864  hitchhiker  0.00193945 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1153  LuxR family transcriptional regulator  29.44 
 
 
243 aa  77.8  0.0000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.446836 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5699  LuxR family transcriptional regulator  27.68 
 
 
239 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0607724 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3796  LuxR family transcriptional regulator  26.26 
 
 
237 aa  77  0.0000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00301827 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2330  transcriptional regulator, LuxR family  30.3 
 
 
240 aa  76.3  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.20021  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>