More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_0791 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009708  YpsIP31758_0720  LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 
247 aa  506  9.999999999999999e-143  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0791  LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 
247 aa  506  9.999999999999999e-143  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0182  LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 
247 aa  506  9.999999999999999e-143  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00268604  hitchhiker  0.00000585836 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1836  transcriptional regulator, LuxR family  57.2 
 
 
245 aa  277  9e-74  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.28867  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1442  transcriptional regulator, LuxR family  56.38 
 
 
245 aa  275  4e-73  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.600459  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0100  transcriptional regulator, LuxR family  56.22 
 
 
250 aa  271  8.000000000000001e-72  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4147  transcriptional regulator, LuxR family  51.43 
 
 
242 aa  263  2e-69  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4428  transcriptional regulator, LuxR family  48.98 
 
 
245 aa  252  4.0000000000000004e-66  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0066  LuxR family transcriptional regulator  50.81 
 
 
248 aa  244  9e-64  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.961932  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0127  transcriptional regulator, LuxR family  45.69 
 
 
236 aa  224  8e-58  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1547  LuxR family transcriptional regulator  47.7 
 
 
245 aa  219  3e-56  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1655  LuxR family transcriptional regulator  47.7 
 
 
245 aa  219  3e-56  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1715  LuxR family transcriptional regulator  47.7 
 
 
245 aa  219  3e-56  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00270807  hitchhiker  0.000116776 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3863  transcriptional regulator PsyR  31.92 
 
 
247 aa  120  3e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.831721  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1622  LuxR transcriptional regulator  33.49 
 
 
247 aa  118  9e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.831315  normal  0.816592 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0359  LuxR family transcriptional regulator  32.07 
 
 
248 aa  113  3e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.870907  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2417  LuxR family transcriptional regulator  32.18 
 
 
244 aa  109  4.0000000000000004e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4114  putative transcriptional activator  26.61 
 
 
213 aa  98.6  8e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.605496  normal  0.314154 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0402  regulatory protein, LuxR  27.65 
 
 
242 aa  95.5  7e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0116  LuxR family transcriptional regulator  42.31 
 
 
105 aa  95.1  8e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0323  transcriptional regulator, LuxR family  26.85 
 
 
243 aa  92  9e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3395  LuxR family transcriptional regulator  26.44 
 
 
260 aa  91.3  1e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0418  LuxR family transcriptional regulator  25.35 
 
 
242 aa  89.4  6e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1863  ATP-dependent transcription regulator LuxR  31.91 
 
 
394 aa  88.6  9e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00465528  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0444  ATP-dependent transcription regulator LuxR  31.91 
 
 
238 aa  88.2  1e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.853961  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1443  ATP-dependent transcription regulator LuxR  31.91 
 
 
238 aa  88.2  1e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1513  LuxR family transcriptional regulator  29.08 
 
 
246 aa  88.2  1e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000493267  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0460  transcriptional regulator, LuxR family  29.27 
 
 
253 aa  88.2  1e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.343765 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0854  ATP-dependent transcription regulator LuxR  31.91 
 
 
238 aa  88.2  1e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.777865  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2171  ATP-dependent transcription regulator LuxR  31.91 
 
 
238 aa  88.2  1e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0944598  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0542  ATP-dependent transcription regulator LuxR  31.91 
 
 
238 aa  88.2  1e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0260  LuxR family transcriptional regulator  26.77 
 
 
243 aa  87  2e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2087  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.8 
 
 
425 aa  85.5  7e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.417065  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1003  transcriptional regulator, LuxR family  29.38 
 
 
245 aa  85.1  8e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.383688  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3898  transcriptional regulator LasR  30 
 
 
239 aa  85.1  8e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.219668  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3098  transcriptional regulator, LuxR family  27.51 
 
 
254 aa  85.1  9e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.521704  normal  0.269359 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2928  transcriptional regulator, LuxR family  30.05 
 
 
241 aa  85.1  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.258432  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5725  DNA-binding HTH domain-containing protein  29.35 
 
 
307 aa  84.3  0.000000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.000726612  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5387  autoinducer-binding domain-containing protein  31.02 
 
 
320 aa  84.7  0.000000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.841269  normal  0.0379322 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45960  transcriptional regulator LasR  29.5 
 
 
239 aa  84  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2667  transcriptional regulator, LuxR family  30.05 
 
 
241 aa  83.2  0.000000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.530563  normal 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4558  LuxR family transcriptional regulator  26.39 
 
 
234 aa  83.6  0.000000000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.534127  n/a   
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6378  LuxR family transcriptional regulator  25.37 
 
 
248 aa  83.2  0.000000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_6408  LuxR family transcriptional regulator  25.37 
 
 
248 aa  83.2  0.000000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5462  LuxR family transcriptional regulator  29.8 
 
 
245 aa  80.9  0.00000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.191354 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5810  LuxR family transcriptional regulator  27.41 
 
 
228 aa  79.3  0.00000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.809704  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6040  LuxR family transcriptional regulator  27.41 
 
 
228 aa  79.3  0.00000000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.917081 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1576  LuxR family transcriptional regulator  30 
 
 
230 aa  79  0.00000000000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.893939  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0617  LuxR family transcriptional regulator  30 
 
 
230 aa  79  0.00000000000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0241474  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2024  ATP-dependent transcription regulator LuxR  30 
 
 
230 aa  79  0.00000000000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.896026  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0805  LuxR family transcriptional regulator  30.32 
 
 
230 aa  79  0.00000000000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.565309  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2128  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  30 
 
 
230 aa  79  0.00000000000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.423434  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0702  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  30 
 
 
230 aa  79  0.00000000000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.669136  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2215  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  30 
 
 
230 aa  79  0.00000000000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.311283  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0198  autoinducer-binding domain-containing protein  29.95 
 
 
235 aa  77.8  0.0000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00000129067  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0190  LuxR family transcriptional regulator  29.57 
 
 
235 aa  77.4  0.0000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.195449  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1766  transcriptional regulator, LuxR family  30.35 
 
 
244 aa  77.4  0.0000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.182775  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0965  transcriptional activator protein LuxR  27.27 
 
 
248 aa  77.4  0.0000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.266935  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4279  LuxR family transcriptional regulator  23.15 
 
 
321 aa  75.9  0.0000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.189781  normal  0.0123236 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0183  LuxR family transcriptional regulator  29.03 
 
 
235 aa  75.5  0.0000000000007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0816251  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4980  LuxR family transcriptional regulator  29.32 
 
 
237 aa  75.1  0.0000000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3180  LuxR family transcriptional regulator  29.32 
 
 
237 aa  75.1  0.0000000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.100011 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4299  LuxR family transcriptional regulator  29.32 
 
 
237 aa  75.1  0.0000000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.190696 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4647  LuxR family transcriptional regulator  24.23 
 
 
279 aa  75.1  0.000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0920  LuxR family transcriptional regulator  26.6 
 
 
268 aa  75.1  0.000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.81926  normal  0.148698 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1997  autoinducer-binding transcriptional regulator, LuxR family  28.04 
 
 
237 aa  74.3  0.000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.448669  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4641  LuxR family transcriptional regulator  23.71 
 
 
235 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.226579  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1231  ATP-dependent transcription regulator LuxR  24.88 
 
 
234 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.681253  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3500  LuxR family transcriptional regulator  25.59 
 
 
247 aa  73.9  0.000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.547243 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1664  transcriptional regulator, LuxR family  28.04 
 
 
237 aa  74.3  0.000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.888844 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7112  LuxR family transcriptional regulator  24.63 
 
 
242 aa  73.9  0.000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0985225  normal  0.773577 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0963  transcriptional regulator, LuxR family  30 
 
 
237 aa  73.6  0.000000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.27907  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0282  transcriptional regulator, LuxR family  22.75 
 
 
246 aa  73.6  0.000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.419752  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4439  LuxR family transcriptional regulator  23.9 
 
 
234 aa  72.8  0.000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0958  transcriptional activator protein LuxR  24.78 
 
 
247 aa  73.2  0.000000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39980  putative transcriptional regulator  23.18 
 
 
237 aa  73.2  0.000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4509  autoinducer-binding domain-containing protein  23.2 
 
 
235 aa  72.4  0.000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1407  LuxR family transcriptional regulator  28.71 
 
 
241 aa  72.4  0.000000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.959158  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4277  transcriptional regulator, LuxR family  25.37 
 
 
234 aa  71.2  0.00000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.343912 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3386  putative transcriptional regulator  22.75 
 
 
237 aa  71.2  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.247592  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0702  LuxR family transcriptional regulator  22.81 
 
 
245 aa  70.5  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1649  transcriptional regulator RhlR  27.22 
 
 
224 aa  70.5  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.458186  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5493  transcriptional regulator, LuxR family  25.49 
 
 
236 aa  70.5  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5040  LuxR family transcriptional regulator  24.06 
 
 
229 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.350334  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19120  transcriptional regulator RhlR  27.22 
 
 
241 aa  70.5  0.00000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.420854  normal  0.170234 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4889  autoinducer-binding domain-containing protein  25.81 
 
 
233 aa  69.7  0.00000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.70592  normal  0.843155 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0610  LuxR family transcriptional regulator  24.39 
 
 
234 aa  69.7  0.00000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.317613 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2997  LuxR family transcriptional regulator  28.44 
 
 
250 aa  69.3  0.00000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.665573 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1570  ATP-dependent transcription regulator LuxR  24.41 
 
 
236 aa  68.9  0.00000000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.778317  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1559  regulatory protein LuxR  26.04 
 
 
246 aa  68.9  0.00000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.509292 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0142  N-acyl-homoserine lactone dependent regulatory protein  24.41 
 
 
234 aa  68.9  0.00000000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0163426  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1652  ATP-dependent transcription regulator LuxR  24.41 
 
 
234 aa  68.9  0.00000000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.643432  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0127  transcriptional regulator, LuxR family  25.81 
 
 
206 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1758  autoinducer-binding domain-containing protein  22.94 
 
 
233 aa  67.8  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0122  LuxR family transcriptional regulator  22.94 
 
 
233 aa  67.8  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3112  regulatory protein, LuxR  24.1 
 
 
250 aa  68.6  0.0000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01929  transcriptional activator of quorum sensing autoinducer synthesis transcription regulator protein  25.79 
 
 
248 aa  67.4  0.0000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.746701 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2957  transcriptional regulator protein  26.37 
 
 
243 aa  67  0.0000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.923766  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3840  transcriptional regulator, LuxR family  22.71 
 
 
251 aa  66.6  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1709  autoinducer-binding domain-containing protein  22.73 
 
 
233 aa  66.2  0.0000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.781724  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>