More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hneap_0963 on replicon NC_013422
Organism: Halothiobacillus neapolitanus c2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013422  Hneap_0963  transcriptional regulator, LuxR family  100 
 
 
237 aa  493  9.999999999999999e-139  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.27907  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0641  ATP-dependent transcription regulator LuxR  41.63 
 
 
241 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0312274  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2915  ATP-dependent transcription regulator LuxR  41.63 
 
 
237 aa  212  2.9999999999999995e-54  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.454836  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2798  ATP-dependent transcription regulator LuxR  41.63 
 
 
237 aa  212  2.9999999999999995e-54  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.675669  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1686  ATP-dependent transcription regulator LuxR  41.63 
 
 
237 aa  212  2.9999999999999995e-54  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0643903  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2729  ATP-dependent transcription regulator LuxR  41.63 
 
 
241 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0930619  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2672  ATP-dependent transcription regulator LuxR  41.63 
 
 
241 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2371  ATP-dependent transcription regulator LuxR  41.63 
 
 
241 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.440892  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1817  ATP-dependent transcription regulator LuxR  41.63 
 
 
241 aa  211  7.999999999999999e-54  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.985291  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1664  transcriptional regulator, LuxR family  42.8 
 
 
237 aa  207  1e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.888844 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1997  autoinducer-binding transcriptional regulator, LuxR family  42.8 
 
 
237 aa  207  1e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.448669  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01929  transcriptional activator of quorum sensing autoinducer synthesis transcription regulator protein  40.51 
 
 
248 aa  204  1e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.746701 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5699  LuxR family transcriptional regulator  38.56 
 
 
239 aa  192  3e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0607724 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5910  LuxR family transcriptional regulator  38.63 
 
 
237 aa  185  5e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0531603  decreased coverage  0.00148471 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1223  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  39.08 
 
 
239 aa  181  1e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1345  N-acyl homoserine lactone transcriptional regulator  39.08 
 
 
239 aa  181  1e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2485  BpsR  39.08 
 
 
239 aa  181  1e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1295  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  39.08 
 
 
239 aa  181  1e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.312538  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4116  LuxR family transcriptional regulator  39.5 
 
 
239 aa  181  1e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0201758  hitchhiker  0.00877352 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0962  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  39.08 
 
 
239 aa  181  1e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0329  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  39.08 
 
 
239 aa  181  1e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0607  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  39.08 
 
 
239 aa  181  1e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.83559  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1510  ATP-dependent transcription regulator LuxR  39.08 
 
 
239 aa  179  2e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.08907  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3386  putative transcriptional regulator  39.51 
 
 
237 aa  180  2e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.247592  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39980  putative transcriptional regulator  37.23 
 
 
237 aa  179  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5810  LuxR family transcriptional regulator  38.53 
 
 
228 aa  178  4.999999999999999e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.809704  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6040  LuxR family transcriptional regulator  38.53 
 
 
228 aa  178  4.999999999999999e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.917081 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4581  LuxR family transcriptional regulator  39.08 
 
 
239 aa  178  8e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000141763  hitchhiker  0.0000089809 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1052  LuxR family transcriptional regulator  38.24 
 
 
239 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000000445716  normal  0.182523 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5576  LuxR family transcriptional regulator  37.82 
 
 
239 aa  170  2e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000012464  normal  0.015154 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3643  LuxR family transcriptional regulator  37.82 
 
 
239 aa  170  2e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00106494  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4724  LuxR family transcriptional regulator  37.82 
 
 
239 aa  170  2e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000522863  hitchhiker  0.00659366 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3971  LuxR family transcriptional regulator  37.82 
 
 
239 aa  169  3e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000126265  normal  0.0321799 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5809  transcriptional regulator, LuxR family  34.45 
 
 
235 aa  164  1.0000000000000001e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.962539  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1652  ATP-dependent transcription regulator LuxR  35.59 
 
 
234 aa  163  3e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.643432  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3287  transcriptional activator SOLR transcription regulator protein  34.78 
 
 
236 aa  163  3e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.840181  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0142  N-acyl-homoserine lactone dependent regulatory protein  35.59 
 
 
234 aa  163  3e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0163426  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1570  ATP-dependent transcription regulator LuxR  35.59 
 
 
236 aa  163  3e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.778317  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4299  LuxR family transcriptional regulator  37.39 
 
 
237 aa  159  3e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.190696 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4980  LuxR family transcriptional regulator  37.39 
 
 
237 aa  159  3e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3180  LuxR family transcriptional regulator  37.39 
 
 
237 aa  159  3e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.100011 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1231  ATP-dependent transcription regulator LuxR  34.32 
 
 
234 aa  156  3e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.681253  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0190  LuxR family transcriptional regulator  34.51 
 
 
235 aa  148  9e-35  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.195449  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0183  LuxR family transcriptional regulator  34.51 
 
 
235 aa  148  9e-35  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0816251  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0198  autoinducer-binding domain-containing protein  34.51 
 
 
235 aa  134  8e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00000129067  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19120  transcriptional regulator RhlR  33.61 
 
 
241 aa  130  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.420854  normal  0.170234 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1649  transcriptional regulator RhlR  33.19 
 
 
224 aa  124  9e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.458186  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1730  transcriptional regulator, LuxR family  31.65 
 
 
240 aa  124  1e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000557622  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1044  DNA-binding transcriptional activator SdiA  31.22 
 
 
240 aa  124  1e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000369866  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2150  DNA-binding transcriptional activator SdiA  31.22 
 
 
240 aa  124  1e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000560081  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2690  DNA-binding transcriptional activator SdiA  31.65 
 
 
240 aa  123  2e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0029365  normal  0.0383701 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1266  DNA-binding transcriptional activator SdiA  31.22 
 
 
240 aa  123  3e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00315864  hitchhiker  0.00193945 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2015  DNA-binding transcriptional activator SdiA  31.22 
 
 
240 aa  122  4e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000284169  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1723  DNA-binding transcriptional activator SdiA  31.22 
 
 
240 aa  122  4e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00781439  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4647  LuxR family transcriptional regulator  27.71 
 
 
279 aa  117  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2503  DNA-binding transcriptional activator SdiA  28.76 
 
 
240 aa  117  9.999999999999999e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000339648  normal  0.514976 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4509  autoinducer-binding domain-containing protein  27.71 
 
 
235 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4641  LuxR family transcriptional regulator  27.27 
 
 
235 aa  115  7.999999999999999e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.226579  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0791  LuxR family transcriptional regulator  30.94 
 
 
236 aa  115  7.999999999999999e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0904596  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1681  ATP-dependent transcription regulator LuxR  26.36 
 
 
238 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1293  DNA-binding transcriptional activator SdiA  29.61 
 
 
240 aa  111  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.746399  hitchhiker  0.0000202879 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1170  DNA-binding transcriptional activator SdiA  29.61 
 
 
240 aa  110  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0141324  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2106  DNA-binding transcriptional activator SdiA  29.61 
 
 
240 aa  111  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.010871 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2165  DNA-binding transcriptional activator SdiA  29.61 
 
 
240 aa  110  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0921825  hitchhiker  0.00000020452 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1833  LuxR family transcriptional regulator  29.19 
 
 
238 aa  110  1.0000000000000001e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.873673  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2112  DNA-binding transcriptional activator SdiA  29.61 
 
 
240 aa  110  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.722664  hitchhiker  0.0000000000000595752 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2417  LuxR family transcriptional regulator  30.05 
 
 
244 aa  110  2.0000000000000002e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1443  ATP-dependent transcription regulator LuxR  30 
 
 
238 aa  109  4.0000000000000004e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0854  ATP-dependent transcription regulator LuxR  30 
 
 
238 aa  109  4.0000000000000004e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.777865  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0444  ATP-dependent transcription regulator LuxR  30 
 
 
238 aa  109  4.0000000000000004e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.853961  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0542  ATP-dependent transcription regulator LuxR  30 
 
 
238 aa  109  4.0000000000000004e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2171  ATP-dependent transcription regulator LuxR  30 
 
 
238 aa  109  4.0000000000000004e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0944598  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1863  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.57 
 
 
394 aa  108  5e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00465528  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2087  ATP-dependent transcription regulator LuxR  30 
 
 
425 aa  108  7.000000000000001e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.417065  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4889  LuxR family transcriptional regulator  28.15 
 
 
235 aa  103  2e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.672367  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3098  transcriptional regulator, LuxR family  28.29 
 
 
254 aa  98.6  8e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.521704  normal  0.269359 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3898  transcriptional regulator LasR  29.29 
 
 
239 aa  98.6  8e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.219668  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4439  LuxR family transcriptional regulator  26.47 
 
 
234 aa  97.8  1e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45960  transcriptional regulator LasR  29.29 
 
 
239 aa  97.8  1e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1407  LuxR family transcriptional regulator  28.46 
 
 
241 aa  95.5  6e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.959158  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0460  transcriptional regulator, LuxR family  30.43 
 
 
253 aa  94  2e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.343765 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3796  LuxR family transcriptional regulator  27.66 
 
 
237 aa  94  2e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00301827 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4277  transcriptional regulator, LuxR family  26.92 
 
 
234 aa  92  7e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.343912 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0323  transcriptional regulator, LuxR family  25.6 
 
 
243 aa  90.5  2e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3810  LuxR family transcriptional regulator  28.87 
 
 
242 aa  89.7  4e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0610  LuxR family transcriptional regulator  26.5 
 
 
234 aa  89  5e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.317613 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5725  DNA-binding HTH domain-containing protein  28.38 
 
 
307 aa  88.2  1e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.000726612  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0402  regulatory protein, LuxR  28.72 
 
 
242 aa  87.8  1e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3112  regulatory protein, LuxR  29.11 
 
 
250 aa  87  2e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0418  LuxR family transcriptional regulator  29.32 
 
 
242 aa  85.5  6e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3395  LuxR family transcriptional regulator  28.84 
 
 
260 aa  84.7  0.000000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5040  LuxR family transcriptional regulator  23.38 
 
 
229 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.350334  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2928  transcriptional regulator, LuxR family  28.69 
 
 
241 aa  82.4  0.000000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.258432  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2667  transcriptional regulator, LuxR family  28.51 
 
 
241 aa  82.4  0.000000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.530563  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3863  transcriptional regulator PsyR  25.5 
 
 
247 aa  82  0.000000000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.831721  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0965  transcriptional activator protein LuxR  24.9 
 
 
248 aa  81.6  0.000000000000009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.266935  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1622  LuxR transcriptional regulator  27.72 
 
 
247 aa  81.3  0.00000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.831315  normal  0.816592 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0920  LuxR family transcriptional regulator  27.64 
 
 
268 aa  79.3  0.00000000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.81926  normal  0.148698 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0702  LuxR family transcriptional regulator  24.14 
 
 
245 aa  79.3  0.00000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4224  regulatory protein LuxR  29.35 
 
 
260 aa  78.6  0.00000000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.525332  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>