240 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5387 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_5387  autoinducer-binding domain-containing protein  100 
 
 		 320 aa  671    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.841269  normal  0.0379322 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4558  LuxR family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 234 aa  190  2.9999999999999997e-47  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.534127  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5493  transcriptional regulator, LuxR family  37.99 
 
 		 236 aa  140  3e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4889  autoinducer-binding domain-containing protein  34.19 
 
 		 233 aa  127  2.0000000000000002e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.70592  normal  0.843155 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8300  transcriptional regulator TraR  31.53 
 
 		 230 aa  124  2e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8140  transcriptional regulator TraR  31.08 
 
 		 227 aa  124  3e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.692827  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9195  transcriptional regulator TraR  33.77 
 
 		 234 aa  121  1.9999999999999998e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.391185  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0260  LuxR family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 243 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4114  putative transcriptional activator  32.34 
 
 		 213 aa  103  6e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.605496  normal  0.314154 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0943  transcriptional regulator, LuxR family  26.72 
 
 		 242 aa  97.4  3e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2417  LuxR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 244 aa  91.7  2e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3395  LuxR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 260 aa  87  4e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39980  putative transcriptional regulator  28.19 
 
 		 237 aa  87  4e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1003  transcriptional regulator, LuxR family  27.92 
 
 		 245 aa  85.5  0.000000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.383688  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0791  LuxR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 247 aa  84.7  0.000000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0720  LuxR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 247 aa  84.7  0.000000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0182  LuxR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 247 aa  84.7  0.000000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00268604  hitchhiker  0.00000585836 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0100  transcriptional regulator, LuxR family  26.14 
 
 		 250 aa  82.8  0.000000000000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2087  ATP-dependent transcription regulator LuxR  30.52 
 
 		 425 aa  82.8  0.000000000000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.417065  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5725  DNA-binding HTH domain-containing protein  26.72 
 
 		 307 aa  82.4  0.000000000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.000726612  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1443  ATP-dependent transcription regulator LuxR  30.77 
 
 		 238 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0854  ATP-dependent transcription regulator LuxR  30.77 
 
 		 238 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.777865  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2171  ATP-dependent transcription regulator LuxR  30.77 
 
 		 238 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0944598  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0542  ATP-dependent transcription regulator LuxR  30.77 
 
 		 238 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0444  ATP-dependent transcription regulator LuxR  30.77 
 
 		 238 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.853961  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1863  ATP-dependent transcription regulator LuxR  30.77 
 
 		 394 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00465528  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3098  transcriptional regulator, LuxR family  34.38 
 
 		 254 aa  80.1  0.00000000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.521704  normal  0.269359 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3386  putative transcriptional regulator  26.43 
 
 		 237 aa  80.1  0.00000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.247592  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1836  transcriptional regulator, LuxR family  24.9 
 
 		 245 aa  78.2  0.0000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.28867  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1442  transcriptional regulator, LuxR family  24.9 
 
 		 245 aa  77.8  0.0000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.600459  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1766  transcriptional regulator, LuxR family  30.53 
 
 		 244 aa  78.2  0.0000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.182775  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4147  transcriptional regulator, LuxR family  28.27 
 
 		 242 aa  77.4  0.0000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0460  transcriptional regulator, LuxR family  30.06 
 
 		 253 aa  77  0.0000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.343765 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0122  LuxR family transcriptional regulator  26.41 
 
 		 233 aa  75.1  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1758  autoinducer-binding domain-containing protein  26.41 
 
 		 233 aa  75.1  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0127  transcriptional regulator, LuxR family  27.27 
 
 		 236 aa  75.1  0.000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1709  autoinducer-binding domain-containing protein  26.84 
 
 		 233 aa  74.7  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.781724  normal  1 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4435  LuxR family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 231 aa  73.9  0.000000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0359  LuxR family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 248 aa  73.9  0.000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.870907  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5462  LuxR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 245 aa  73.9  0.000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.191354 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4428  transcriptional regulator, LuxR family  25.54 
 
 		 245 aa  72.8  0.000000000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4396  LuxR family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 228 aa  72.8  0.000000000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1576  LuxR family transcriptional regulator  26.27 
 
 		 230 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.893939  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0617  LuxR family transcriptional regulator  26.27 
 
 		 230 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0241474  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2525  LuxR family transcriptional regulator  24.91 
 
 		 276 aa  72  0.00000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.853805  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2024  ATP-dependent transcription regulator LuxR  26.27 
 
 		 230 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.896026  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2215  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  26.27 
 
 		 230 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.311283  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2128  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  26.27 
 
 		 230 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.423434  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0702  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  26.27 
 
 		 230 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.669136  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0066  LuxR family transcriptional regulator  27.37 
 
 		 248 aa  70.9  0.00000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.961932  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4439  LuxR family transcriptional regulator  25.74 
 
 		 234 aa  70.9  0.00000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0805  LuxR family transcriptional regulator  25.33 
 
 		 230 aa  70.9  0.00000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.565309  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3500  LuxR family transcriptional regulator  25.63 
 
 		 247 aa  70.9  0.00000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.547243 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3102  LuxR family transcriptional regulator  25.97 
 
 		 239 aa  70.5  0.00000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.644499  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0965  transcriptional activator protein LuxR  25 
 
 		 248 aa  70.5  0.00000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.266935  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0958  transcriptional activator protein LuxR  25.84 
 
 		 247 aa  70.5  0.00000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1622  LuxR transcriptional regulator  27.89 
 
 		 247 aa  69.7  0.00000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.831315  normal  0.816592 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0127  transcriptional regulator, LuxR family  28.74 
 
 		 206 aa  69.3  0.00000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4279  LuxR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 321 aa  69.3  0.00000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.189781  normal  0.0123236 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0702  LuxR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 245 aa  69.7  0.00000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5029  transcriptional regulator, LuxR family  27.05 
 
 		 243 aa  69.7  0.00000000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.771298  normal  0.575652 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2976  LuxR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 255 aa  69.3  0.00000000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.575225 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0323  transcriptional regulator, LuxR family  29.19 
 
 		 243 aa  68.6  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3112  regulatory protein, LuxR  27.41 
 
 		 250 aa  67.8  0.0000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3863  transcriptional regulator PsyR  28.42 
 
 		 247 aa  67.4  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.831721  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0963  transcriptional regulator, LuxR family  24.88 
 
 		 237 aa  67.8  0.0000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.27907  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7112  LuxR family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 242 aa  67.8  0.0000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0985225  normal  0.773577 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4168  transcriptional regulator, LuxR family  24.41 
 
 		 251 aa  67  0.0000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1407  LuxR family transcriptional regulator  25.55 
 
 		 241 aa  67  0.0000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.959158  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1513  LuxR family transcriptional regulator  27.16 
 
 		 246 aa  66.2  0.0000000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000493267  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1655  LuxR family transcriptional regulator  26.05 
 
 		 245 aa  66.6  0.0000000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1547  LuxR family transcriptional regulator  26.05 
 
 		 245 aa  66.6  0.0000000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1715  LuxR family transcriptional regulator  26.05 
 
 		 245 aa  66.6  0.0000000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00270807  hitchhiker  0.000116776 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1997  autoinducer-binding transcriptional regulator, LuxR family  29.38 
 
 		 237 aa  66.2  0.0000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.448669  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2852  transcriptional regulator  26.5 
 
 		 236 aa  65.9  0.0000000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1664  transcriptional regulator, LuxR family  29.38 
 
 		 237 aa  66.2  0.0000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.888844 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2957  transcriptional regulator protein  27.31 
 
 		 243 aa  65.9  0.000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.923766  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0198  autoinducer-binding domain-containing protein  25.21 
 
 		 235 aa  65.9  0.000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00000129067  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5910  LuxR family transcriptional regulator  30.52 
 
 		 237 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0531603  decreased coverage  0.00148471 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1345  N-acyl homoserine lactone transcriptional regulator  25 
 
 		 239 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0962  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  25 
 
 		 239 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2485  BpsR  25 
 
 		 239 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3810  LuxR family transcriptional regulator  25.31 
 
 		 242 aa  64.7  0.000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0329  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  25 
 
 		 239 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0607  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  25 
 
 		 239 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.83559  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1295  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  25 
 
 		 239 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.312538  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1223  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  25 
 
 		 239 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4277  transcriptional regulator, LuxR family  23.48 
 
 		 234 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.343912 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0282  transcriptional regulator, LuxR family  25.22 
 
 		 246 aa  63.9  0.000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.419752  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1052  LuxR family transcriptional regulator  25.86 
 
 		 239 aa  63.9  0.000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000000445716  normal  0.182523 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0175  LuxR family transcriptional regulator  27.83 
 
 		 254 aa  63.9  0.000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.508003  normal  0.575618 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4581  LuxR family transcriptional regulator  24.56 
 
 		 239 aa  63.5  0.000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000141763  hitchhiker  0.0000089809 
 
 
-
 
NC_003296  RS01929  transcriptional activator of quorum sensing autoinducer synthesis transcription regulator protein  28.43 
 
 		 248 aa  63.2  0.000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.746701 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1723  DNA-binding transcriptional activator SdiA  26.29 
 
 		 240 aa  63.2  0.000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00781439  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2015  DNA-binding transcriptional activator SdiA  26.29 
 
 		 240 aa  63.2  0.000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000284169  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5810  LuxR family transcriptional regulator  28 
 
 		 228 aa  63.2  0.000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.809704  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6040  LuxR family transcriptional regulator  28 
 
 		 228 aa  63.2  0.000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.917081 
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_6408  LuxR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 248 aa  62.8  0.000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0610  LuxR family transcriptional regulator  25.11 
 
 		 234 aa  62.8  0.000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.317613 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0097  transcriptional regulator, LuxR family  25.41 
 
 		 244 aa  62.8  0.000000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>