More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_0127 on replicon NC_010681
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010681  Bphyt_0127  transcriptional regulator, LuxR family  100 
 
 
206 aa  425  1e-118  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0416  LuxR family transcriptional regulator  74.07 
 
 
262 aa  295  2e-79  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4279  LuxR family transcriptional regulator  49.21 
 
 
321 aa  188  5e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.189781  normal  0.0123236 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1576  LuxR family transcriptional regulator  48.13 
 
 
230 aa  170  1e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.893939  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0617  LuxR family transcriptional regulator  48.13 
 
 
230 aa  170  1e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0241474  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2128  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  48.13 
 
 
230 aa  170  1e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.423434  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2215  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  48.13 
 
 
230 aa  170  1e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.311283  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0702  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  48.13 
 
 
230 aa  170  1e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.669136  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2024  ATP-dependent transcription regulator LuxR  48.13 
 
 
230 aa  170  1e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.896026  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0805  LuxR family transcriptional regulator  48.66 
 
 
230 aa  169  2e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.565309  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3810  LuxR family transcriptional regulator  35.64 
 
 
242 aa  113  2.0000000000000002e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2087  ATP-dependent transcription regulator LuxR  34.05 
 
 
425 aa  93.2  2e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.417065  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0418  LuxR family transcriptional regulator  34.07 
 
 
242 aa  92.4  4e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0542  ATP-dependent transcription regulator LuxR  33.51 
 
 
238 aa  91.7  6e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1443  ATP-dependent transcription regulator LuxR  33.51 
 
 
238 aa  91.7  6e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0444  ATP-dependent transcription regulator LuxR  33.51 
 
 
238 aa  91.7  6e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.853961  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0854  ATP-dependent transcription regulator LuxR  33.51 
 
 
238 aa  91.7  6e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.777865  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2171  ATP-dependent transcription regulator LuxR  33.51 
 
 
238 aa  91.7  6e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0944598  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5725  DNA-binding HTH domain-containing protein  28.99 
 
 
307 aa  90.9  1e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.000726612  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1863  ATP-dependent transcription regulator LuxR  33.51 
 
 
394 aa  91.3  1e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00465528  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0460  transcriptional regulator, LuxR family  34.57 
 
 
253 aa  90.1  2e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.343765 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0323  transcriptional regulator, LuxR family  33.7 
 
 
243 aa  89  4e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2417  LuxR family transcriptional regulator  31.53 
 
 
244 aa  85.9  4e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1664  transcriptional regulator, LuxR family  31.69 
 
 
237 aa  85.5  6e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.888844 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1997  autoinducer-binding transcriptional regulator, LuxR family  31.69 
 
 
237 aa  85.5  6e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.448669  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4514  autoinducer-binding domain-containing protein  31.64 
 
 
243 aa  82.8  0.000000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.447162  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4977  transcriptional regulator, LuxR family  31.64 
 
 
243 aa  82.8  0.000000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.637652  normal  0.142556 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0402  regulatory protein, LuxR  33.7 
 
 
242 aa  82.4  0.000000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0359  LuxR family transcriptional regulator  29.1 
 
 
248 aa  82.4  0.000000000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.870907  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3500  LuxR family transcriptional regulator  30.21 
 
 
247 aa  80.1  0.00000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.547243 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4435  LuxR family transcriptional regulator  31.25 
 
 
231 aa  79.7  0.00000000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4439  LuxR family transcriptional regulator  27.69 
 
 
234 aa  79  0.00000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2957  transcriptional regulator protein  28.96 
 
 
243 aa  78.6  0.00000000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.923766  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0965  transcriptional activator protein LuxR  28.64 
 
 
248 aa  77.4  0.0000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.266935  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5762  LuxR family transcriptional regulator  28.04 
 
 
242 aa  77.4  0.0000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.225342  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0282  transcriptional regulator, LuxR family  29.08 
 
 
246 aa  77  0.0000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.419752  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4889  autoinducer-binding domain-containing protein  32.24 
 
 
233 aa  77  0.0000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.70592  normal  0.843155 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3386  putative transcriptional regulator  30.16 
 
 
237 aa  76.3  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.247592  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0100  transcriptional regulator, LuxR family  24.53 
 
 
250 aa  76.3  0.0000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6040  LuxR family transcriptional regulator  32.24 
 
 
228 aa  75.9  0.0000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.917081 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5810  LuxR family transcriptional regulator  32.24 
 
 
228 aa  75.9  0.0000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.809704  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39980  putative transcriptional regulator  30.16 
 
 
237 aa  75.5  0.0000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2525  LuxR family transcriptional regulator  30.98 
 
 
276 aa  75.1  0.0000000000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.853805  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5462  LuxR family transcriptional regulator  29.83 
 
 
245 aa  75.1  0.0000000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.191354 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5029  transcriptional regulator, LuxR family  29.38 
 
 
243 aa  74.3  0.000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.771298  normal  0.575652 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0610  LuxR family transcriptional regulator  27.96 
 
 
234 aa  74.3  0.000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.317613 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1407  LuxR family transcriptional regulator  31.32 
 
 
241 aa  74.7  0.000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.959158  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8300  transcriptional regulator TraR  28.24 
 
 
230 aa  73.9  0.000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8140  transcriptional regulator TraR  28.24 
 
 
227 aa  73.9  0.000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.692827  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1513  LuxR family transcriptional regulator  30.41 
 
 
246 aa  73.6  0.000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000493267  normal 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4396  LuxR family transcriptional regulator  29.55 
 
 
228 aa  73.2  0.000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1766  transcriptional regulator, LuxR family  28.89 
 
 
244 aa  73.9  0.000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.182775  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4114  putative transcriptional activator  26.9 
 
 
213 aa  72.8  0.000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.605496  normal  0.314154 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1153  LuxR family transcriptional regulator  29.03 
 
 
243 aa  73.2  0.000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.446836 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3112  regulatory protein, LuxR  26.32 
 
 
250 aa  72.4  0.000000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7112  LuxR family transcriptional regulator  30.39 
 
 
242 aa  72  0.000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0985225  normal  0.773577 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4277  transcriptional regulator, LuxR family  27.37 
 
 
234 aa  71.2  0.000000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.343912 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2588  LuxR family transcriptional regulator  30.05 
 
 
250 aa  70.9  0.00000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5040  LuxR family transcriptional regulator  25.54 
 
 
229 aa  70.9  0.00000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.350334  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1442  transcriptional regulator, LuxR family  24.06 
 
 
245 aa  70.1  0.00000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.600459  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1819  putative transcriptional regulator  31.72 
 
 
243 aa  70.5  0.00000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0145412  normal  0.357363 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0127  transcriptional regulator, LuxR family  27.32 
 
 
236 aa  70.5  0.00000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3395  LuxR family transcriptional regulator  28.35 
 
 
260 aa  69.3  0.00000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5387  autoinducer-binding domain-containing protein  28.74 
 
 
320 aa  69.3  0.00000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.841269  normal  0.0379322 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9195  transcriptional regulator TraR  27.06 
 
 
234 aa  69.3  0.00000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.391185  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1836  transcriptional regulator, LuxR family  24.41 
 
 
245 aa  68.9  0.00000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.28867  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5323  transcriptional regulator two component heavy metal regulatory response ZniR  45.33 
 
 
206 aa  68.9  0.00000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.844748 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0918  transcriptional regulator LuxR family  34.88 
 
 
230 aa  68.9  0.00000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0182  LuxR family transcriptional regulator  25.81 
 
 
247 aa  68.2  0.00000000007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00268604  hitchhiker  0.00000585836 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0720  LuxR family transcriptional regulator  25.81 
 
 
247 aa  68.2  0.00000000007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0791  LuxR family transcriptional regulator  25.81 
 
 
247 aa  68.2  0.00000000007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0958  transcriptional activator protein LuxR  27.72 
 
 
247 aa  68.6  0.00000000007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0943  transcriptional regulator, LuxR family  29.17 
 
 
242 aa  68.2  0.00000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1266  DNA-binding transcriptional activator SdiA  26.37 
 
 
240 aa  68.2  0.00000000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00315864  hitchhiker  0.00193945 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1715  LuxR family transcriptional regulator  25.87 
 
 
245 aa  67.8  0.0000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00270807  hitchhiker  0.000116776 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1655  LuxR family transcriptional regulator  25.87 
 
 
245 aa  67.8  0.0000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2690  DNA-binding transcriptional activator SdiA  26.37 
 
 
240 aa  67.8  0.0000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0029365  normal  0.0383701 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1549  LuxR transcriptional regulator  57.63 
 
 
201 aa  67.8  0.0000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.355184  normal  0.152747 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2015  DNA-binding transcriptional activator SdiA  26.37 
 
 
240 aa  67.8  0.0000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000284169  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1723  DNA-binding transcriptional activator SdiA  26.37 
 
 
240 aa  67.8  0.0000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00781439  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2503  DNA-binding transcriptional activator SdiA  32.64 
 
 
240 aa  67.8  0.0000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000339648  normal  0.514976 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1547  LuxR family transcriptional regulator  25.87 
 
 
245 aa  67.8  0.0000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45960  transcriptional regulator LasR  28.12 
 
 
239 aa  67.8  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1730  transcriptional regulator, LuxR family  26.37 
 
 
240 aa  67.4  0.0000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000557622  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2330  transcriptional regulator, LuxR family  28.09 
 
 
240 aa  66.6  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.20021  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3898  transcriptional regulator LasR  28.42 
 
 
239 aa  67.4  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.219668  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1622  LuxR transcriptional regulator  28.64 
 
 
247 aa  66.6  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.831315  normal  0.816592 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2150  DNA-binding transcriptional activator SdiA  26.37 
 
 
240 aa  66.6  0.0000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000560081  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0505  transcriptional regulator, LuxR family  27.67 
 
 
244 aa  66.2  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2174  regulatory protein, LuxR  28.09 
 
 
240 aa  66.6  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.795683 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1044  DNA-binding transcriptional activator SdiA  26.37 
 
 
240 aa  66.6  0.0000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000369866  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2165  DNA-binding transcriptional activator SdiA  27.37 
 
 
240 aa  65.9  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0921825  hitchhiker  0.00000020452 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2112  DNA-binding transcriptional activator SdiA  27.37 
 
 
240 aa  65.9  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.722664  hitchhiker  0.0000000000000595752 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1170  DNA-binding transcriptional activator SdiA  27.37 
 
 
240 aa  65.9  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0141324  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5809  transcriptional regulator, LuxR family  28.72 
 
 
235 aa  65.9  0.0000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.962539  n/a   
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_6408  LuxR family transcriptional regulator  27.17 
 
 
248 aa  65.9  0.0000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6378  LuxR family transcriptional regulator  27.17 
 
 
248 aa  65.9  0.0000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2106  DNA-binding transcriptional activator SdiA  27.37 
 
 
240 aa  65.5  0.0000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.010871 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4428  transcriptional regulator, LuxR family  23.33 
 
 
245 aa  65.5  0.0000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1293  DNA-binding transcriptional activator SdiA  27.37 
 
 
240 aa  65.5  0.0000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.746399  hitchhiker  0.0000202879 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>