More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2852 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_2852  transcriptional regulator  100 
 
 		 236 aa  492  9.999999999999999e-139  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3102  LuxR family transcriptional regulator  45.49 
 
 		 239 aa  219  1.9999999999999999e-56  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.644499  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2210  LuxR family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 240 aa  151  7e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0920  LuxR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 268 aa  145  5e-34  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.81926  normal  0.148698 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5194  LuxR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 242 aa  138  7e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0681352 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0097  transcriptional regulator, LuxR family  36.28 
 
 		 244 aa  132  3.9999999999999996e-30  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2028  LuxR family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 242 aa  123  2e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5781  response regulator receiver protein  31.95 
 
 		 243 aa  120  3e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.305702  hitchhiker  0.00700374 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2928  transcriptional regulator, LuxR family  31.44 
 
 		 241 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.258432  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2667  transcriptional regulator, LuxR family  31.44 
 
 		 241 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.530563  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1407  LuxR family transcriptional regulator  28.07 
 
 		 241 aa  101  1e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.959158  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0122  LuxR family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 233 aa  93.6  2e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1709  autoinducer-binding domain-containing protein  31.41 
 
 		 233 aa  94.4  2e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.781724  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1758  autoinducer-binding domain-containing protein  31.41 
 
 		 233 aa  93.6  2e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1709  transcriptional regulator, LuxR family  29.63 
 
 		 251 aa  88.6  8e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3348  transcriptional regulator, LuxR family  32.74 
 
 		 238 aa  88.2  1e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0694  transcriptional regulator, LuxR family  28.77 
 
 		 242 aa  85.1  8e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1559  regulatory protein LuxR  29.71 
 
 		 246 aa  83.2  0.000000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.509292 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5725  DNA-binding HTH domain-containing protein  27.13 
 
 		 307 aa  82.8  0.000000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.000726612  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3500  LuxR family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 247 aa  83.2  0.000000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.547243 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3810  LuxR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 242 aa  80.5  0.00000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3395  LuxR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 260 aa  79.7  0.00000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0119  LuxR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 259 aa  79  0.00000000000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.608376  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0805  LuxR family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 230 aa  78.6  0.00000000000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.565309  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3098  transcriptional regulator, LuxR family  28.07 
 
 		 254 aa  77.8  0.0000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.521704  normal  0.269359 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39980  putative transcriptional regulator  27.69 
 
 		 237 aa  77.8  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3386  putative transcriptional regulator  30.05 
 
 		 237 aa  78.2  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.247592  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0110  LuxR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 268 aa  77  0.0000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.514691  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1231  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.46 
 
 		 234 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.681253  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3321  LuxR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 240 aa  77  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.214587 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02209  transcriptional regulator AhyR/AsaR family  27.89 
 
 		 254 aa  77.8  0.0000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0933251  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5462  LuxR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 245 aa  76.6  0.0000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.191354 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1576  LuxR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 230 aa  75.9  0.0000000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.893939  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2128  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  29.1 
 
 		 230 aa  75.9  0.0000000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.423434  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0617  LuxR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 230 aa  75.9  0.0000000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0241474  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0702  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  29.1 
 
 		 230 aa  75.9  0.0000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.669136  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2215  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  29.1 
 
 		 230 aa  75.9  0.0000000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.311283  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2024  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.1 
 
 		 230 aa  75.9  0.0000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.896026  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0460  transcriptional regulator, LuxR family  30.98 
 
 		 253 aa  75.1  0.0000000000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.343765 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0943  transcriptional regulator, LuxR family  22.78 
 
 		 242 aa  74.3  0.000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0359  LuxR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 248 aa  74.7  0.000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.870907  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5029  transcriptional regulator, LuxR family  30.43 
 
 		 243 aa  73.9  0.000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.771298  normal  0.575652 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0282  transcriptional regulator, LuxR family  26.96 
 
 		 246 aa  72.8  0.000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.419752  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4114  putative transcriptional activator  28.85 
 
 		 213 aa  72.8  0.000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.605496  normal  0.314154 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1513  LuxR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 246 aa  72.4  0.000000000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000493267  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5810  LuxR family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 228 aa  72  0.000000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.809704  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6040  LuxR family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 228 aa  72  0.000000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.917081 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1652  ATP-dependent transcription regulator LuxR  30.43 
 
 		 234 aa  71.2  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.643432  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1570  ATP-dependent transcription regulator LuxR  30.43 
 
 		 236 aa  71.2  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.778317  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0142  N-acyl-homoserine lactone dependent regulatory protein  30.43 
 
 		 234 aa  71.2  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0163426  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4279  LuxR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 321 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.189781  normal  0.0123236 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4224  regulatory protein LuxR  28.42 
 
 		 260 aa  70.9  0.00000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.525332  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1766  transcriptional regulator, LuxR family  29.19 
 
 		 244 aa  70.5  0.00000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.182775  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1003  transcriptional regulator, LuxR family  30.6 
 
 		 245 aa  69.7  0.00000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.383688  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5762  LuxR family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 242 aa  69.3  0.00000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.225342  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4216  regulatory protein, LuxR  27.02 
 
 		 254 aa  68.2  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0627  LuxR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 241 aa  67.8  0.0000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.253164  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4514  autoinducer-binding domain-containing protein  28.8 
 
 		 243 aa  67.8  0.0000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.447162  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1819  putative transcriptional regulator  26.78 
 
 		 243 aa  67.4  0.0000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0145412  normal  0.357363 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4977  transcriptional regulator, LuxR family  28.8 
 
 		 243 aa  67.4  0.0000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.637652  normal  0.142556 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1997  autoinducer-binding transcriptional regulator, LuxR family  30.11 
 
 		 237 aa  67.8  0.0000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.448669  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1664  transcriptional regulator, LuxR family  30.11 
 
 		 237 aa  67.8  0.0000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.888844 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4558  LuxR family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 234 aa  66.6  0.0000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.534127  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5387  autoinducer-binding domain-containing protein  26.5 
 
 		 320 aa  65.9  0.0000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.841269  normal  0.0379322 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2417  LuxR family transcriptional regulator  26.36 
 
 		 244 aa  65.5  0.0000000008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1649  transcriptional regulator RhlR  30.65 
 
 		 224 aa  64.7  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.458186  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19120  transcriptional regulator RhlR  30.65 
 
 		 241 aa  64.7  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.420854  normal  0.170234 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1228  LuxR family transcriptional regulator  41.86 
 
 		 204 aa  63.9  0.000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.118696  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45960  transcriptional regulator LasR  25.91 
 
 		 239 aa  64.3  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2340  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.1 
 
 		 217 aa  63.5  0.000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.273151  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0416  LuxR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 262 aa  63.2  0.000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3898  transcriptional regulator LasR  25.91 
 
 		 239 aa  63.5  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.219668  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1443  ATP-dependent transcription regulator LuxR  27.76 
 
 		 238 aa  63.2  0.000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0854  ATP-dependent transcription regulator LuxR  27.76 
 
 		 238 aa  63.2  0.000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.777865  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4168  transcriptional regulator, LuxR family  26.98 
 
 		 251 aa  62.8  0.000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1863  ATP-dependent transcription regulator LuxR  27.76 
 
 		 394 aa  62.8  0.000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00465528  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0444  ATP-dependent transcription regulator LuxR  27.76 
 
 		 238 aa  63.2  0.000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.853961  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0542  ATP-dependent transcription regulator LuxR  27.76 
 
 		 238 aa  63.2  0.000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0799  response regulator receiver protein  39.53 
 
 		 204 aa  62.8  0.000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.403434 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2171  ATP-dependent transcription regulator LuxR  27.76 
 
 		 238 aa  63.2  0.000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0944598  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4539  transcriptional regulator, LuxR family, autoinducer-regulated  25.81 
 
 		 254 aa  62.4  0.000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.542388  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2330  transcriptional regulator, LuxR family  28.49 
 
 		 240 aa  62.8  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.20021  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2174  regulatory protein, LuxR  28.49 
 
 		 240 aa  62.8  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.795683 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5493  transcriptional regulator, LuxR family  29.19 
 
 		 236 aa  61.6  0.000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0127  transcriptional regulator, LuxR family  27.96 
 
 		 206 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2087  ATP-dependent transcription regulator LuxR  27.35 
 
 		 425 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.417065  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0418  LuxR family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 242 aa  59.7  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4359  regulatory protein, LuxR  23.33 
 
 		 301 aa  60.1  0.00000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3840  transcriptional regulator, LuxR family  27.13 
 
 		 251 aa  59.7  0.00000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6376  transcriptional regulator, LuxR family  26.9 
 
 		 258 aa  59.7  0.00000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.888984 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1890  transcriptional regulator LuxR family  25.5 
 
 		 246 aa  59.3  0.00000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.546749  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2247  LuxR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 239 aa  58.9  0.00000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.788747  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0958  transcriptional activator protein LuxR  23.56 
 
 		 247 aa  58.5  0.00000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4439  LuxR family transcriptional regulator  23.91 
 
 		 234 aa  58.5  0.00000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4299  LuxR family transcriptional regulator  27.7 
 
 		 237 aa  58.5  0.00000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.190696 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4435  LuxR family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 231 aa  58.5  0.00000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4980  LuxR family transcriptional regulator  27.7 
 
 		 237 aa  58.5  0.00000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3180  LuxR family transcriptional regulator  27.7 
 
 		 237 aa  58.5  0.00000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.100011 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1153  LuxR family transcriptional regulator  24.68 
 
 		 243 aa  58.5  0.00000009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.446836 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4396  LuxR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 228 aa  58.2  0.0000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>