More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_4216 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007005  Psyr_4216  regulatory protein, LuxR  100 
 
 
254 aa  526  1e-148  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4539  transcriptional regulator, LuxR family, autoinducer-regulated  96.06 
 
 
254 aa  511  1e-144  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.542388  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6376  transcriptional regulator, LuxR family  51.68 
 
 
258 aa  261  6.999999999999999e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.888984 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6196  transcriptional regulator, LuxR family  51.26 
 
 
275 aa  260  2e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02209  transcriptional regulator AhyR/AsaR family  49.4 
 
 
254 aa  242  5e-63  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0933251  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2179  LuxR family transcriptional regulator  48.09 
 
 
239 aa  223  2e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2417  LuxR family transcriptional regulator  30.3 
 
 
244 aa  90.9  2e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0097  transcriptional regulator, LuxR family  33.86 
 
 
244 aa  89.4  5e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0190  LuxR family transcriptional regulator  28.74 
 
 
235 aa  89.4  6e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.195449  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4116  LuxR family transcriptional regulator  27.97 
 
 
239 aa  89  7e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0201758  hitchhiker  0.00877352 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4581  LuxR family transcriptional regulator  27.97 
 
 
239 aa  88.6  9e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000141763  hitchhiker  0.0000089809 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1052  LuxR family transcriptional regulator  27.97 
 
 
239 aa  87.8  1e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000000445716  normal  0.182523 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4359  regulatory protein, LuxR  29.8 
 
 
301 aa  88.2  1e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0183  LuxR family transcriptional regulator  28.35 
 
 
235 aa  87.8  2e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0816251  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5576  LuxR family transcriptional regulator  27.59 
 
 
239 aa  86.7  3e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000012464  normal  0.015154 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3643  LuxR family transcriptional regulator  27.59 
 
 
239 aa  86.7  3e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00106494  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4724  LuxR family transcriptional regulator  27.59 
 
 
239 aa  86.7  3e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000522863  hitchhiker  0.00659366 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3971  LuxR family transcriptional regulator  28.35 
 
 
239 aa  86.3  5e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000126265  normal  0.0321799 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0460  transcriptional regulator, LuxR family  29.29 
 
 
253 aa  83.2  0.000000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.343765 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1997  autoinducer-binding transcriptional regulator, LuxR family  29.37 
 
 
237 aa  83.2  0.000000000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.448669  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0920  LuxR family transcriptional regulator  30.32 
 
 
268 aa  83.2  0.000000000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.81926  normal  0.148698 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1664  transcriptional regulator, LuxR family  29.37 
 
 
237 aa  83.2  0.000000000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.888844 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3287  transcriptional activator SOLR transcription regulator protein  30.18 
 
 
236 aa  82  0.000000000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.840181  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0965  transcriptional activator protein LuxR  26.53 
 
 
248 aa  81.6  0.00000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.266935  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2973  LuxR family transcriptional regulator  26.56 
 
 
257 aa  79.7  0.00000000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.207347 
 
 
-
 
NC_003296  RS01929  transcriptional activator of quorum sensing autoinducer synthesis transcription regulator protein  30.33 
 
 
248 aa  79.3  0.00000000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.746701 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4114  putative transcriptional activator  30.3 
 
 
213 aa  79.3  0.00000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.605496  normal  0.314154 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0962  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  27.2 
 
 
239 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1345  N-acyl homoserine lactone transcriptional regulator  27.2 
 
 
239 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2485  BpsR  27.2 
 
 
239 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0282  transcriptional regulator, LuxR family  31.25 
 
 
246 aa  78.6  0.0000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.419752  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1223  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  27.2 
 
 
239 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0329  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  27.2 
 
 
239 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0607  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  27.2 
 
 
239 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.83559  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1295  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  27.2 
 
 
239 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.312538  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3395  LuxR family transcriptional regulator  30.81 
 
 
260 aa  77.8  0.0000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1510  ATP-dependent transcription regulator LuxR  27.59 
 
 
239 aa  77  0.0000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.08907  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3810  LuxR family transcriptional regulator  28.17 
 
 
242 aa  77.4  0.0000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0198  autoinducer-binding domain-containing protein  29.59 
 
 
235 aa  76.6  0.0000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00000129067  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2215  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  27.04 
 
 
230 aa  75.9  0.0000000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.311283  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1576  LuxR family transcriptional regulator  27.04 
 
 
230 aa  75.9  0.0000000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.893939  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0617  LuxR family transcriptional regulator  27.04 
 
 
230 aa  75.9  0.0000000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0241474  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2128  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  27.04 
 
 
230 aa  75.9  0.0000000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.423434  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0418  LuxR family transcriptional regulator  30.13 
 
 
242 aa  75.9  0.0000000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0702  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  27.04 
 
 
230 aa  75.9  0.0000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.669136  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2024  ATP-dependent transcription regulator LuxR  27.04 
 
 
230 aa  75.9  0.0000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.896026  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4514  autoinducer-binding domain-containing protein  30.67 
 
 
243 aa  75.9  0.0000000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.447162  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0323  transcriptional regulator, LuxR family  31.72 
 
 
243 aa  75.5  0.0000000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4439  LuxR family transcriptional regulator  28.51 
 
 
234 aa  75.5  0.0000000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4977  transcriptional regulator, LuxR family  30.67 
 
 
243 aa  75.5  0.0000000000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.637652  normal  0.142556 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3500  LuxR family transcriptional regulator  26.23 
 
 
247 aa  75.5  0.0000000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.547243 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3098  transcriptional regulator, LuxR family  29.02 
 
 
254 aa  75.1  0.0000000000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.521704  normal  0.269359 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0805  LuxR family transcriptional regulator  26.53 
 
 
230 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.565309  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4889  autoinducer-binding domain-containing protein  29.25 
 
 
233 aa  74.3  0.000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.70592  normal  0.843155 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1443  ATP-dependent transcription regulator LuxR  30.88 
 
 
238 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0122  LuxR family transcriptional regulator  30.87 
 
 
233 aa  74.3  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0444  ATP-dependent transcription regulator LuxR  30.88 
 
 
238 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.853961  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5029  transcriptional regulator, LuxR family  28.44 
 
 
243 aa  73.9  0.000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.771298  normal  0.575652 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0854  ATP-dependent transcription regulator LuxR  30.88 
 
 
238 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.777865  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6040  LuxR family transcriptional regulator  28.03 
 
 
228 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.917081 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0958  transcriptional activator protein LuxR  26.15 
 
 
247 aa  74.3  0.000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2171  ATP-dependent transcription regulator LuxR  30.88 
 
 
238 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0944598  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5810  LuxR family transcriptional regulator  28.03 
 
 
228 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.809704  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1758  autoinducer-binding domain-containing protein  30.87 
 
 
233 aa  74.3  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0542  ATP-dependent transcription regulator LuxR  30.88 
 
 
238 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2084  LuxR family transcriptional regulator  24.81 
 
 
269 aa  73.6  0.000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.730902  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39980  putative transcriptional regulator  23.62 
 
 
237 aa  73.6  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5725  DNA-binding HTH domain-containing protein  25.1 
 
 
307 aa  73.2  0.000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.000726612  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5194  LuxR family transcriptional regulator  27.65 
 
 
242 aa  73.2  0.000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0681352 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1863  ATP-dependent transcription regulator LuxR  30.37 
 
 
394 aa  72.8  0.000000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00465528  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3386  putative transcriptional regulator  24.28 
 
 
237 aa  72.4  0.000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.247592  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2087  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.91 
 
 
425 aa  72.4  0.000000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.417065  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0402  regulatory protein, LuxR  30.53 
 
 
242 aa  72.8  0.000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1709  autoinducer-binding domain-containing protein  29.46 
 
 
233 aa  72.4  0.000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.781724  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0963  transcriptional regulator, LuxR family  25.69 
 
 
237 aa  70.1  0.00000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.27907  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0359  LuxR family transcriptional regulator  27.86 
 
 
248 aa  69.7  0.00000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.870907  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4279  LuxR family transcriptional regulator  27.89 
 
 
321 aa  69.3  0.00000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.189781  normal  0.0123236 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2957  transcriptional regulator protein  26.32 
 
 
243 aa  69.7  0.00000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.923766  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7112  LuxR family transcriptional regulator  26.53 
 
 
242 aa  68.9  0.00000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0985225  normal  0.773577 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3898  transcriptional regulator LasR  26.84 
 
 
239 aa  68.2  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.219668  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0627  LuxR family transcriptional regulator  29.72 
 
 
241 aa  68.2  0.0000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.253164  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2852  transcriptional regulator  27.02 
 
 
236 aa  68.2  0.0000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2311  LuxR family transcriptional regulator  26.1 
 
 
265 aa  68.6  0.0000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45960  transcriptional regulator LasR  26.84 
 
 
239 aa  68.2  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5699  LuxR family transcriptional regulator  24.79 
 
 
239 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0607724 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1003  transcriptional regulator, LuxR family  28.35 
 
 
245 aa  67.4  0.0000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.383688  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1935  LuxR family transcriptional regulator  36.84 
 
 
254 aa  66.6  0.0000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0226826  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1715  LuxR family transcriptional regulator  25.12 
 
 
245 aa  66.6  0.0000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00270807  hitchhiker  0.000116776 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1655  LuxR family transcriptional regulator  25.12 
 
 
245 aa  66.6  0.0000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1547  LuxR family transcriptional regulator  25.12 
 
 
245 aa  66.6  0.0000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0100  transcriptional regulator, LuxR family  26.6 
 
 
250 aa  66.6  0.0000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3321  LuxR family transcriptional regulator  29.27 
 
 
240 aa  66.2  0.0000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.214587 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5762  LuxR family transcriptional regulator  27.84 
 
 
242 aa  65.9  0.0000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.225342  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0610  LuxR family transcriptional regulator  26.6 
 
 
234 aa  65.9  0.0000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.317613 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3796  LuxR family transcriptional regulator  27.56 
 
 
237 aa  65.5  0.0000000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00301827 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4558  LuxR family transcriptional regulator  28.86 
 
 
234 aa  65.5  0.0000000009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.534127  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4299  LuxR family transcriptional regulator  28.23 
 
 
237 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.190696 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4435  LuxR family transcriptional regulator  26.88 
 
 
231 aa  65.1  0.000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4980  LuxR family transcriptional regulator  28.23 
 
 
237 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3180  LuxR family transcriptional regulator  28.23 
 
 
237 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.100011 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>