More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1819 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_1819  putative transcriptional regulator  100 
 
 
243 aa  498  1e-140  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0145412  normal  0.357363 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1153  LuxR family transcriptional regulator  49.79 
 
 
243 aa  227  1e-58  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.446836 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1815  putative transcriptional regulator  43.41 
 
 
265 aa  206  2e-52  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.319475  normal  0.33301 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5725  DNA-binding HTH domain-containing protein  27.59 
 
 
307 aa  95.9  5e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.000726612  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0323  transcriptional regulator, LuxR family  30.77 
 
 
243 aa  87.4  2e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3810  LuxR family transcriptional regulator  30.53 
 
 
242 aa  87.4  2e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0627  LuxR family transcriptional regulator  29.61 
 
 
241 aa  86.7  3e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.253164  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0190  LuxR family transcriptional regulator  27.05 
 
 
235 aa  86.3  4e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.195449  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0183  LuxR family transcriptional regulator  27.05 
 
 
235 aa  86.3  4e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0816251  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4279  LuxR family transcriptional regulator  32.23 
 
 
321 aa  85.9  5e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.189781  normal  0.0123236 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0702  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  28.79 
 
 
230 aa  82.8  0.000000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.669136  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1576  LuxR family transcriptional regulator  28.79 
 
 
230 aa  82.8  0.000000000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.893939  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0617  LuxR family transcriptional regulator  28.79 
 
 
230 aa  82.8  0.000000000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0241474  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2128  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  28.79 
 
 
230 aa  82.8  0.000000000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.423434  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2215  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  28.79 
 
 
230 aa  82.8  0.000000000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.311283  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2024  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.79 
 
 
230 aa  82.8  0.000000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.896026  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0805  LuxR family transcriptional regulator  29.63 
 
 
230 aa  82  0.000000000000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.565309  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3863  transcriptional regulator PsyR  27.88 
 
 
247 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.831721  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2957  transcriptional regulator protein  26.5 
 
 
243 aa  80.5  0.00000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.923766  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1622  LuxR transcriptional regulator  28.85 
 
 
247 aa  80.1  0.00000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.831315  normal  0.816592 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3840  transcriptional regulator, LuxR family  30.77 
 
 
251 aa  80.1  0.00000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4168  transcriptional regulator, LuxR family  30.62 
 
 
251 aa  80.1  0.00000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4277  transcriptional regulator, LuxR family  30.64 
 
 
234 aa  79.3  0.00000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.343912 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3321  LuxR family transcriptional regulator  29.06 
 
 
240 aa  78.6  0.00000000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.214587 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1758  autoinducer-binding domain-containing protein  30.45 
 
 
233 aa  77.8  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0122  LuxR family transcriptional regulator  30.45 
 
 
233 aa  77.8  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4514  autoinducer-binding domain-containing protein  27.78 
 
 
243 aa  78.2  0.0000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.447162  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4977  transcriptional regulator, LuxR family  27.78 
 
 
243 aa  77.8  0.0000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.637652  normal  0.142556 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5029  transcriptional regulator, LuxR family  27.78 
 
 
243 aa  76.3  0.0000000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.771298  normal  0.575652 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3971  LuxR family transcriptional regulator  29.27 
 
 
239 aa  76.3  0.0000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000126265  normal  0.0321799 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5809  transcriptional regulator, LuxR family  28.63 
 
 
235 aa  75.1  0.000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.962539  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4581  LuxR family transcriptional regulator  28.05 
 
 
239 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000141763  hitchhiker  0.0000089809 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0702  LuxR family transcriptional regulator  27.88 
 
 
245 aa  73.9  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0610  LuxR family transcriptional regulator  31.68 
 
 
234 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.317613 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2330  transcriptional regulator, LuxR family  28.51 
 
 
240 aa  73.6  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.20021  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2174  regulatory protein, LuxR  28.51 
 
 
240 aa  73.2  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.795683 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5462  LuxR family transcriptional regulator  28.75 
 
 
245 aa  73.6  0.000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.191354 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4116  LuxR family transcriptional regulator  28.27 
 
 
239 aa  73.2  0.000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0201758  hitchhiker  0.00877352 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0418  LuxR family transcriptional regulator  29.46 
 
 
242 aa  72.8  0.000000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3643  LuxR family transcriptional regulator  27.94 
 
 
239 aa  72.8  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00106494  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5576  LuxR family transcriptional regulator  27.94 
 
 
239 aa  72.8  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000012464  normal  0.015154 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4724  LuxR family transcriptional regulator  27.94 
 
 
239 aa  72.8  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000522863  hitchhiker  0.00659366 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1709  autoinducer-binding domain-containing protein  31.51 
 
 
233 aa  72.4  0.000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.781724  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0402  regulatory protein, LuxR  28.27 
 
 
242 aa  72  0.000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0127  transcriptional regulator, LuxR family  31.72 
 
 
206 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0416  LuxR family transcriptional regulator  29.44 
 
 
262 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2852  transcriptional regulator  26.78 
 
 
236 aa  70.5  0.00000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2130  DNA-binding response regulator, LuxR family  45.98 
 
 
222 aa  70.1  0.00000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1052  LuxR family transcriptional regulator  27.13 
 
 
239 aa  70.1  0.00000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000000445716  normal  0.182523 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2997  LuxR family transcriptional regulator  28.49 
 
 
250 aa  70.5  0.00000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.665573 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1940  LuxR response regulator receiver  45.98 
 
 
222 aa  68.9  0.00000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.95717  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1833  LuxR family transcriptional regulator  27.76 
 
 
238 aa  68.9  0.00000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.873673  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4439  LuxR family transcriptional regulator  28.74 
 
 
234 aa  68.6  0.00000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1766  transcriptional regulator, LuxR family  27.2 
 
 
244 aa  68.6  0.00000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.182775  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01929  transcriptional activator of quorum sensing autoinducer synthesis transcription regulator protein  28.69 
 
 
248 aa  68.2  0.0000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.746701 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0791  LuxR family transcriptional regulator  24 
 
 
236 aa  67.4  0.0000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0904596  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0198  autoinducer-binding domain-containing protein  27.51 
 
 
235 aa  67.4  0.0000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00000129067  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5387  autoinducer-binding domain-containing protein  27.39 
 
 
320 aa  66.2  0.0000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.841269  normal  0.0379322 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4539  transcriptional regulator, LuxR family, autoinducer-regulated  25.68 
 
 
254 aa  65.5  0.0000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.542388  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4216  regulatory protein, LuxR  24.3 
 
 
254 aa  65.5  0.0000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4359  regulatory protein, LuxR  28.8 
 
 
301 aa  65.1  0.0000000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3112  regulatory protein, LuxR  27.92 
 
 
250 aa  64.7  0.000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5040  LuxR family transcriptional regulator  26.82 
 
 
229 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.350334  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2928  transcriptional regulator, LuxR family  26.23 
 
 
241 aa  63.9  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.258432  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1345  N-acyl homoserine lactone transcriptional regulator  27.12 
 
 
239 aa  63.9  0.000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2485  BpsR  27.12 
 
 
239 aa  63.9  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0282  transcriptional regulator, LuxR family  30.94 
 
 
246 aa  64.3  0.000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.419752  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1223  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  27.12 
 
 
239 aa  63.9  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4183  two component LuxR family transcriptional regulator  50.75 
 
 
220 aa  64.3  0.000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2588  LuxR family transcriptional regulator  24.58 
 
 
250 aa  64.3  0.000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0962  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  27.12 
 
 
239 aa  63.9  0.000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0218  two component LuxR family transcriptional regulator  50 
 
 
339 aa  63.9  0.000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1295  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  27.12 
 
 
239 aa  63.9  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.312538  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0607  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  27.12 
 
 
239 aa  63.9  0.000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.83559  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0329  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  27.12 
 
 
239 aa  63.9  0.000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01320  response regulator containing a CheY-like receiver domain protein and an HTH DNA-binding domain protein  49.23 
 
 
261 aa  64.3  0.000000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1686  ATP-dependent transcription regulator LuxR  30.53 
 
 
237 aa  63.2  0.000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0643903  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5810  LuxR family transcriptional regulator  29.03 
 
 
228 aa  63.2  0.000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.809704  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2798  ATP-dependent transcription regulator LuxR  30.53 
 
 
237 aa  63.2  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.675669  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3500  LuxR family transcriptional regulator  27.37 
 
 
247 aa  63.5  0.000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.547243 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2915  ATP-dependent transcription regulator LuxR  30.53 
 
 
237 aa  63.2  0.000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.454836  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1407  LuxR family transcriptional regulator  25.53 
 
 
241 aa  63.5  0.000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.959158  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6040  LuxR family transcriptional regulator  29.03 
 
 
228 aa  63.2  0.000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.917081 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2656  two component transcriptional regulator, LuxR family  51.52 
 
 
226 aa  63.2  0.000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.161573  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2672  ATP-dependent transcription regulator LuxR  30.53 
 
 
241 aa  63.2  0.000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0641  ATP-dependent transcription regulator LuxR  30.53 
 
 
241 aa  63.2  0.000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0312274  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4374  transcriptional regulator LuxR family  26.13 
 
 
246 aa  62.8  0.000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.307061  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1817  ATP-dependent transcription regulator LuxR  31.58 
 
 
241 aa  63.2  0.000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.985291  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0652  two component LuxR family transcriptional regulator  53.23 
 
 
305 aa  63.2  0.000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0800453  normal  0.813173 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2729  ATP-dependent transcription regulator LuxR  30.53 
 
 
241 aa  63.2  0.000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0930619  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2371  ATP-dependent transcription regulator LuxR  30.53 
 
 
241 aa  63.2  0.000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.440892  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1510  ATP-dependent transcription regulator LuxR  27.12 
 
 
239 aa  62.8  0.000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.08907  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9665  two-component transcriptional regulator LuxR family  24.88 
 
 
240 aa  62.8  0.000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.024682  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2973  LuxR family transcriptional regulator  22.59 
 
 
257 aa  62.4  0.000000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.207347 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7009  two component transcriptional regulator, LuxR family  48 
 
 
218 aa  62.4  0.000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0896567  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2511  two component LuxR family transcriptional regulator  51.52 
 
 
229 aa  62.4  0.000000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2525  LuxR family transcriptional regulator  26.75 
 
 
276 aa  62.4  0.000000007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.853805  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1730  transcriptional regulator, LuxR family  24.27 
 
 
240 aa  62  0.000000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000557622  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2150  DNA-binding transcriptional activator SdiA  24.27 
 
 
240 aa  61.6  0.00000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000560081  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1044  DNA-binding transcriptional activator SdiA  24.27 
 
 
240 aa  61.6  0.00000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000369866  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>