131 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_2973 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010581  Bind_2973  LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 		 257 aa  538  9.999999999999999e-153  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.207347 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2588  LuxR family transcriptional regulator  33.19 
 
 		 250 aa  146  3e-34  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2525  LuxR family transcriptional regulator  37.95 
 
 		 276 aa  145  8.000000000000001e-34  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.853805  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0175  LuxR family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 254 aa  112  6e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.508003  normal  0.575618 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2976  LuxR family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 255 aa  110  2.0000000000000002e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.575225 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5012  regulatory protein, LuxR  28.86 
 
 		 289 aa  90.9  2e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.136049 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4216  regulatory protein, LuxR  26.56 
 
 		 254 aa  79.7  0.00000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4539  transcriptional regulator, LuxR family, autoinducer-regulated  26.56 
 
 		 254 aa  77  0.0000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.542388  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1576  LuxR family transcriptional regulator  26.27 
 
 		 230 aa  72  0.000000000009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.893939  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0617  LuxR family transcriptional regulator  26.27 
 
 		 230 aa  72  0.000000000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0241474  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2024  ATP-dependent transcription regulator LuxR  26.27 
 
 		 230 aa  72  0.000000000009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.896026  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2215  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  26.27 
 
 		 230 aa  72  0.000000000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.311283  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2128  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  26.27 
 
 		 230 aa  72  0.000000000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.423434  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0702  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  26.27 
 
 		 230 aa  72  0.000000000009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.669136  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0805  LuxR family transcriptional regulator  26.03 
 
 		 230 aa  69.7  0.00000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.565309  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0282  transcriptional regulator, LuxR family  27.75 
 
 		 246 aa  68.9  0.00000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.419752  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4279  LuxR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 321 aa  68.6  0.00000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.189781  normal  0.0123236 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4435  LuxR family transcriptional regulator  24.11 
 
 		 231 aa  64.7  0.000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1003  transcriptional regulator, LuxR family  28.72 
 
 		 245 aa  63.9  0.000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.383688  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0416  LuxR family transcriptional regulator  24.79 
 
 		 262 aa  63.5  0.000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3098  transcriptional regulator, LuxR family  24.09 
 
 		 254 aa  63.5  0.000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.521704  normal  0.269359 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0323  transcriptional regulator, LuxR family  24.9 
 
 		 243 aa  63.5  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2997  LuxR family transcriptional regulator  25.68 
 
 		 250 aa  63.2  0.000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.665573 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3810  LuxR family transcriptional regulator  23.55 
 
 		 242 aa  62.4  0.000000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0402  regulatory protein, LuxR  26.34 
 
 		 242 aa  61.6  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1153  LuxR family transcriptional regulator  24.3 
 
 		 243 aa  60.8  0.00000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.446836 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0610  LuxR family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 234 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.317613 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1766  transcriptional regulator, LuxR family  27.47 
 
 		 244 aa  60.8  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.182775  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1819  putative transcriptional regulator  22.18 
 
 		 243 aa  59.7  0.00000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0145412  normal  0.357363 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2417  LuxR family transcriptional regulator  22.73 
 
 		 244 aa  59.3  0.00000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4396  LuxR family transcriptional regulator  24.43 
 
 		 228 aa  59.7  0.00000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4277  transcriptional regulator, LuxR family  27.78 
 
 		 234 aa  59.7  0.00000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.343912 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5462  LuxR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 245 aa  58.9  0.00000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.191354 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3140  regulatory protein LuxR  26.32 
 
 		 246 aa  58.9  0.00000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4514  autoinducer-binding domain-containing protein  25.11 
 
 		 243 aa  58.9  0.00000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.447162  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4977  transcriptional regulator, LuxR family  25.11 
 
 		 243 aa  58.5  0.00000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.637652  normal  0.142556 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1407  LuxR family transcriptional regulator  23.98 
 
 		 241 aa  58.2  0.0000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.959158  n/a   
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6378  LuxR family transcriptional regulator  26.49 
 
 		 248 aa  58.5  0.0000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_6408  LuxR family transcriptional regulator  26.49 
 
 		 248 aa  58.5  0.0000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5029  transcriptional regulator, LuxR family  24.89 
 
 		 243 aa  58.2  0.0000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.771298  normal  0.575652 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0418  LuxR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 242 aa  57.4  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3840  transcriptional regulator, LuxR family  25.62 
 
 		 251 aa  56.6  0.0000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0627  LuxR family transcriptional regulator  25.37 
 
 		 241 aa  56.2  0.0000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.253164  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2957  transcriptional regulator protein  21.02 
 
 		 243 aa  55.5  0.0000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.923766  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6376  transcriptional regulator, LuxR family  25.26 
 
 		 258 aa  55.1  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.888984 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2015  DNA-binding transcriptional activator SdiA  21.29 
 
 		 240 aa  53.9  0.000003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000284169  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1723  DNA-binding transcriptional activator SdiA  21.29 
 
 		 240 aa  53.9  0.000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00781439  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1266  DNA-binding transcriptional activator SdiA  21.29 
 
 		 240 aa  53.5  0.000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00315864  hitchhiker  0.00193945 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02209  transcriptional regulator AhyR/AsaR family  23.98 
 
 		 254 aa  53.5  0.000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0933251  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4168  transcriptional regulator, LuxR family  26.26 
 
 		 251 aa  53.5  0.000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2928  transcriptional regulator, LuxR family  22.95 
 
 		 241 aa  53.1  0.000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.258432  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2503  DNA-binding transcriptional activator SdiA  21.4 
 
 		 240 aa  53.1  0.000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000339648  normal  0.514976 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2690  DNA-binding transcriptional activator SdiA  21.29 
 
 		 240 aa  53.1  0.000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0029365  normal  0.0383701 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0100  transcriptional regulator, LuxR family  25 
 
 		 250 aa  52.8  0.000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4374  transcriptional regulator LuxR family  24.75 
 
 		 246 aa  52.8  0.000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.307061  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1730  transcriptional regulator, LuxR family  21.29 
 
 		 240 aa  52.4  0.000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000557622  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6196  transcriptional regulator, LuxR family  25 
 
 		 275 aa  52.4  0.000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4439  LuxR family transcriptional regulator  25.82 
 
 		 234 aa  52  0.000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5725  DNA-binding HTH domain-containing protein  21.86 
 
 		 307 aa  51.6  0.00001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.000726612  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3500  LuxR family transcriptional regulator  22.92 
 
 		 247 aa  51.6  0.00001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.547243 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2667  transcriptional regulator, LuxR family  23.75 
 
 		 241 aa  51.6  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.530563  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2150  DNA-binding transcriptional activator SdiA  20.88 
 
 		 240 aa  51.2  0.00002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000560081  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1044  DNA-binding transcriptional activator SdiA  20.88 
 
 		 240 aa  51.2  0.00002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000369866  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0127  transcriptional regulator, LuxR family  25.12 
 
 		 206 aa  50.8  0.00002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0965  transcriptional activator protein LuxR  20.49 
 
 		 248 aa  50.4  0.00003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.266935  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3321  LuxR family transcriptional regulator  27.47 
 
 		 240 aa  50.1  0.00004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.214587 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2112  DNA-binding transcriptional activator SdiA  23.15 
 
 		 240 aa  50.1  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.722664  hitchhiker  0.0000000000000595752 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2165  DNA-binding transcriptional activator SdiA  23.15 
 
 		 240 aa  50.1  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0921825  hitchhiker  0.00000020452 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1170  DNA-binding transcriptional activator SdiA  23.15 
 
 		 240 aa  50.1  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0141324  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8300  transcriptional regulator TraR  20.83 
 
 		 230 aa  49.3  0.00005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8140  transcriptional regulator TraR  20.83 
 
 		 227 aa  49.7  0.00005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.692827  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0260  LuxR family transcriptional regulator  22.94 
 
 		 243 aa  49.3  0.00006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0920  LuxR family transcriptional regulator  23.38 
 
 		 268 aa  48.9  0.00009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.81926  normal  0.148698 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2179  LuxR family transcriptional regulator  23.5 
 
 		 239 aa  48.5  0.0001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0359  LuxR family transcriptional regulator  23.2 
 
 		 248 aa  48.5  0.0001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.870907  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4114  putative transcriptional activator  25.25 
 
 		 213 aa  48.5  0.0001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.605496  normal  0.314154 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2106  DNA-binding transcriptional activator SdiA  22.69 
 
 		 240 aa  48.5  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.010871 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1293  DNA-binding transcriptional activator SdiA  22.69 
 
 		 240 aa  48.5  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.746399  hitchhiker  0.0000202879 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1709  autoinducer-binding domain-containing protein  22.86 
 
 		 233 aa  47.4  0.0002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.781724  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7112  LuxR family transcriptional regulator  20.97 
 
 		 242 aa  47.4  0.0002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0985225  normal  0.773577 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4147  transcriptional regulator, LuxR family  25.65 
 
 		 242 aa  47.4  0.0002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0460  transcriptional regulator, LuxR family  22.58 
 
 		 253 aa  47.4  0.0002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.343765 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7055  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.56 
 
 		 219 aa  47.4  0.0002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0122  LuxR family transcriptional regulator  23.62 
 
 		 233 aa  47  0.0003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5040  LuxR family transcriptional regulator  21.83 
 
 		 229 aa  47.4  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.350334  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1758  autoinducer-binding domain-containing protein  23.62 
 
 		 233 aa  47  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0127  transcriptional regulator, LuxR family  21.78 
 
 		 236 aa  47  0.0003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9195  transcriptional regulator TraR  21.8 
 
 		 234 aa  46.6  0.0004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.391185  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0958  transcriptional activator protein LuxR  22.58 
 
 		 247 aa  46.6  0.0004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1513  LuxR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 246 aa  46.2  0.0005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000493267  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4641  LuxR family transcriptional regulator  19.74 
 
 		 235 aa  46.2  0.0005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.226579  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1067  transcriptional regulator, LuxR family  42.11 
 
 		 205 aa  45.8  0.0006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.506731 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2311  LuxR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 265 aa  45.4  0.0009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3395  LuxR family transcriptional regulator  23.86 
 
 		 260 aa  44.7  0.001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39980  putative transcriptional regulator  20.16 
 
 		 237 aa  45.4  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3386  putative transcriptional regulator  20.16 
 
 		 237 aa  45.4  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.247592  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1734  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.31 
 
 		 188 aa  45.4  0.001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.34281  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1936  regulatory protein LuxR  41.67 
 
 		 218 aa  45.1  0.001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.548655  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0719  transcriptional regulator, LuxR family  31.31 
 
 		 768 aa  44.3  0.002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.141698  hitchhiker  0.00663122 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1715  LuxR family transcriptional regulator  23.53 
 
 		 245 aa  44.3  0.002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00270807  hitchhiker  0.000116776 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>