More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_5012 on replicon NC_009508
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009508  Swit_5012  regulatory protein, LuxR  100 
 
 		 289 aa  590  1e-167  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.136049 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0175  LuxR family transcriptional regulator  45.53 
 
 		 254 aa  247  1e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.508003  normal  0.575618 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2976  LuxR family transcriptional regulator  40.42 
 
 		 255 aa  209  5e-53  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.575225 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2588  LuxR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 250 aa  123  3e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2973  LuxR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 257 aa  106  4e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.207347 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2525  LuxR family transcriptional regulator  30.47 
 
 		 276 aa  99.4  7e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.853805  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1003  transcriptional regulator, LuxR family  29.44 
 
 		 245 aa  87.8  2e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.383688  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3810  LuxR family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 242 aa  87.4  3e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3321  LuxR family transcriptional regulator  28.75 
 
 		 240 aa  84.3  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.214587 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0460  transcriptional regulator, LuxR family  29.21 
 
 		 253 aa  79.3  0.00000000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.343765 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5725  DNA-binding HTH domain-containing protein  23.83 
 
 		 307 aa  79.3  0.00000000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.000726612  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4514  autoinducer-binding domain-containing protein  29.65 
 
 		 243 aa  78.2  0.0000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.447162  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4279  LuxR family transcriptional regulator  25.99 
 
 		 321 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.189781  normal  0.0123236 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0359  LuxR family transcriptional regulator  25.53 
 
 		 248 aa  77  0.0000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.870907  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4977  transcriptional regulator, LuxR family  29.65 
 
 		 243 aa  77  0.0000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.637652  normal  0.142556 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4277  transcriptional regulator, LuxR family  29.02 
 
 		 234 aa  75.9  0.0000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.343912 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5029  transcriptional regulator, LuxR family  31.64 
 
 		 243 aa  75.5  0.000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.771298  normal  0.575652 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0965  transcriptional activator protein LuxR  22.75 
 
 		 248 aa  75.5  0.000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.266935  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1766  transcriptional regulator, LuxR family  29.57 
 
 		 244 aa  74.3  0.000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.182775  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3500  LuxR family transcriptional regulator  27.51 
 
 		 247 aa  73.6  0.000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.547243 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0958  transcriptional activator protein LuxR  26.63 
 
 		 247 aa  73.2  0.000000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3098  transcriptional regulator, LuxR family  25.89 
 
 		 254 aa  72.4  0.000000000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.521704  normal  0.269359 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1153  LuxR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 243 aa  71.6  0.00000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.446836 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0627  LuxR family transcriptional regulator  25.1 
 
 		 241 aa  70.5  0.00000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.253164  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0610  LuxR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 234 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.317613 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2957  transcriptional regulator protein  22.5 
 
 		 243 aa  70.1  0.00000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.923766  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1576  LuxR family transcriptional regulator  24.64 
 
 		 230 aa  69.3  0.00000000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.893939  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0617  LuxR family transcriptional regulator  24.64 
 
 		 230 aa  69.3  0.00000000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0241474  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2024  ATP-dependent transcription regulator LuxR  24.64 
 
 		 230 aa  69.3  0.00000000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.896026  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2215  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  24.64 
 
 		 230 aa  69.3  0.00000000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.311283  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2128  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  24.64 
 
 		 230 aa  69.3  0.00000000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.423434  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0702  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  24.64 
 
 		 230 aa  69.3  0.00000000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.669136  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2330  transcriptional regulator, LuxR family  26.49 
 
 		 240 aa  68.2  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.20021  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4439  LuxR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 234 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2174  regulatory protein, LuxR  26.49 
 
 		 240 aa  67.8  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.795683 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4114  putative transcriptional activator  29.19 
 
 		 213 aa  67.8  0.0000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.605496  normal  0.314154 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5040  LuxR family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 229 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.350334  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2417  LuxR family transcriptional regulator  24.07 
 
 		 244 aa  66.6  0.0000000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9665  two-component transcriptional regulator LuxR family  21.61 
 
 		 240 aa  66.6  0.0000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.024682  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0282  transcriptional regulator, LuxR family  25.54 
 
 		 246 aa  65.9  0.0000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.419752  n/a   
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6378  LuxR family transcriptional regulator  29.34 
 
 		 248 aa  65.5  0.0000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0805  LuxR family transcriptional regulator  23.3 
 
 		 230 aa  65.9  0.0000000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.565309  n/a   
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_6408  LuxR family transcriptional regulator  29.34 
 
 		 248 aa  65.5  0.0000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7112  LuxR family transcriptional regulator  23.55 
 
 		 242 aa  64.7  0.000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0985225  normal  0.773577 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0702  LuxR family transcriptional regulator  24.36 
 
 		 245 aa  65.5  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5462  LuxR family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 245 aa  63.9  0.000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.191354 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5762  LuxR family transcriptional regulator  24.02 
 
 		 242 aa  63.5  0.000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.225342  normal  1 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4396  LuxR family transcriptional regulator  25.54 
 
 		 228 aa  63.5  0.000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3796  LuxR family transcriptional regulator  25 
 
 		 237 aa  63.5  0.000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00301827 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3386  putative transcriptional regulator  24.12 
 
 		 237 aa  63.2  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.247592  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0416  LuxR family transcriptional regulator  27.66 
 
 		 262 aa  62.8  0.000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2997  LuxR family transcriptional regulator  21.43 
 
 		 250 aa  62.4  0.000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.665573 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39980  putative transcriptional regulator  23.68 
 
 		 237 aa  62.4  0.000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3395  LuxR family transcriptional regulator  26.14 
 
 		 260 aa  62  0.00000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5810  LuxR family transcriptional regulator  27.04 
 
 		 228 aa  62  0.00000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.809704  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6040  LuxR family transcriptional regulator  27.04 
 
 		 228 aa  62  0.00000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.917081 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1997  autoinducer-binding transcriptional regulator, LuxR family  24.89 
 
 		 237 aa  60.5  0.00000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.448669  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2852  transcriptional regulator  26.32 
 
 		 236 aa  60.8  0.00000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3898  transcriptional regulator LasR  25.52 
 
 		 239 aa  60.8  0.00000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.219668  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1664  transcriptional regulator, LuxR family  24.89 
 
 		 237 aa  60.5  0.00000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.888844 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4435  LuxR family transcriptional regulator  23.25 
 
 		 231 aa  60.1  0.00000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5387  autoinducer-binding domain-containing protein  26.27 
 
 		 320 aa  60.1  0.00000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.841269  normal  0.0379322 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5809  transcriptional regulator, LuxR family  27.04 
 
 		 235 aa  59.7  0.00000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.962539  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0440  regulatory protein LuxR  26.27 
 
 		 246 aa  58.5  0.0000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0539143 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0797  transcriptional regulator, LuxR family  22.34 
 
 		 240 aa  58.2  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.205827  normal  0.24043 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0943  transcriptional regulator, LuxR family  24.64 
 
 		 242 aa  57.8  0.0000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45960  transcriptional regulator LasR  24.08 
 
 		 239 aa  57.8  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2667  transcriptional regulator, LuxR family  25 
 
 		 241 aa  57  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.530563  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1231  ATP-dependent transcription regulator LuxR  21.79 
 
 		 234 aa  57  0.0000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.681253  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4136  LuxR family transcriptional regulator  40.51 
 
 		 82 aa  57  0.0000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1649  transcriptional regulator RhlR  26.79 
 
 		 224 aa  57  0.0000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.458186  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2210  LuxR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 240 aa  57  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19120  transcriptional regulator RhlR  26.79 
 
 		 241 aa  57  0.0000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.420854  normal  0.170234 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1729  LuxR family transcriptional regulator  40.51 
 
 		 82 aa  57  0.0000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00602837  normal  0.265991 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1345  N-acyl homoserine lactone transcriptional regulator  24.43 
 
 		 239 aa  56.6  0.0000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0142  N-acyl-homoserine lactone dependent regulatory protein  22.98 
 
 		 234 aa  56.6  0.0000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0163426  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2485  BpsR  24.43 
 
 		 239 aa  56.6  0.0000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0962  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  24.43 
 
 		 239 aa  56.6  0.0000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0329  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  24.43 
 
 		 239 aa  56.6  0.0000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0607  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  24.43 
 
 		 239 aa  56.6  0.0000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.83559  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1295  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  24.43 
 
 		 239 aa  56.6  0.0000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.312538  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1652  ATP-dependent transcription regulator LuxR  22.98 
 
 		 234 aa  56.6  0.0000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.643432  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1223  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  24.43 
 
 		 239 aa  56.6  0.0000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1570  ATP-dependent transcription regulator LuxR  22.98 
 
 		 236 aa  56.6  0.0000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.778317  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0127  transcriptional regulator, LuxR family  25.5 
 
 		 236 aa  55.8  0.0000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1513  LuxR family transcriptional regulator  23.24 
 
 		 246 aa  55.8  0.0000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000493267  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1857  LuxR family transcriptional regulator  39.74 
 
 		 82 aa  55.5  0.000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00288103  normal  0.0218384 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1815  putative transcriptional regulator  26.92 
 
 		 265 aa  55.1  0.000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.319475  normal  0.33301 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1510  ATP-dependent transcription regulator LuxR  24.43 
 
 		 239 aa  55.1  0.000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.08907  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4224  regulatory protein LuxR  26.83 
 
 		 260 aa  55.1  0.000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.525332  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2084  LuxR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 269 aa  54.3  0.000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.730902  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2818  transcriptional regulator, LuxR family  44.44 
 
 		 241 aa  54.3  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0185947 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4428  two component LuxR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 231 aa  54.3  0.000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0441  regulatory protein LuxR  37.31 
 
 		 286 aa  54.7  0.000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.923746  normal  0.0183899 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8300  transcriptional regulator TraR  25.73 
 
 		 230 aa  54.3  0.000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3112  regulatory protein, LuxR  23.12 
 
 		 250 aa  54.3  0.000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0127  transcriptional regulator, LuxR family  27.23 
 
 		 206 aa  54.7  0.000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4066  transcriptional regulator LuxR family  29.66 
 
 		 248 aa  54.3  0.000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.274649  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2928  transcriptional regulator, LuxR family  22.84 
 
 		 241 aa  53.9  0.000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.258432  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2503  DNA-binding transcriptional activator SdiA  23.32 
 
 		 240 aa  54.3  0.000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000339648  normal  0.514976 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>