173 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_9195 on replicon NC_011984
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011984  Avi_9195  transcriptional regulator TraR  100 
 
 		 234 aa  481  1e-135  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.391185  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8300  transcriptional regulator TraR  83.04 
 
 		 230 aa  405  1.0000000000000001e-112  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8140  transcriptional regulator TraR  83.7 
 
 		 227 aa  401  1e-111  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.692827  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4889  autoinducer-binding domain-containing protein  43.59 
 
 		 233 aa  194  9e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.70592  normal  0.843155 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5493  transcriptional regulator, LuxR family  37.18 
 
 		 236 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4558  LuxR family transcriptional regulator  34.89 
 
 		 234 aa  139  4.999999999999999e-32  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.534127  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5387  autoinducer-binding domain-containing protein  33.77 
 
 		 320 aa  127  2.0000000000000002e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.841269  normal  0.0379322 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0260  LuxR family transcriptional regulator  30.09 
 
 		 243 aa  108  6e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5462  LuxR family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 245 aa  84  0.000000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.191354 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3395  LuxR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 260 aa  80.1  0.00000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4279  LuxR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 321 aa  77.8  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.189781  normal  0.0123236 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5762  LuxR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 242 aa  77.4  0.0000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.225342  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5029  transcriptional regulator, LuxR family  29.17 
 
 		 243 aa  77.4  0.0000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.771298  normal  0.575652 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4514  autoinducer-binding domain-containing protein  29.38 
 
 		 243 aa  76.6  0.0000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.447162  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4977  transcriptional regulator, LuxR family  29.38 
 
 		 243 aa  76.3  0.0000000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.637652  normal  0.142556 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3386  putative transcriptional regulator  26.07 
 
 		 237 aa  76.3  0.0000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.247592  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1766  transcriptional regulator, LuxR family  26.8 
 
 		 244 aa  75.5  0.0000000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.182775  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4114  putative transcriptional activator  26.15 
 
 		 213 aa  75.1  0.0000000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.605496  normal  0.314154 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0943  transcriptional regulator, LuxR family  27.08 
 
 		 242 aa  73.2  0.000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5725  DNA-binding HTH domain-containing protein  24.46 
 
 		 307 aa  72  0.000000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.000726612  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39980  putative transcriptional regulator  27.57 
 
 		 237 aa  72  0.000000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5040  LuxR family transcriptional regulator  25 
 
 		 229 aa  71.6  0.000000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.350334  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1709  autoinducer-binding domain-containing protein  23.93 
 
 		 233 aa  71.6  0.00000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.781724  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0127  transcriptional regulator, LuxR family  27.06 
 
 		 206 aa  70.1  0.00000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3098  transcriptional regulator, LuxR family  26.64 
 
 		 254 aa  70.9  0.00000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.521704  normal  0.269359 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2957  transcriptional regulator protein  25.51 
 
 		 243 aa  70.1  0.00000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.923766  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0127  transcriptional regulator, LuxR family  24.07 
 
 		 236 aa  70.1  0.00000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1231  ATP-dependent transcription regulator LuxR  24.03 
 
 		 234 aa  68.9  0.00000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.681253  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3863  transcriptional regulator PsyR  24.36 
 
 		 247 aa  68.9  0.00000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.831721  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0122  LuxR family transcriptional regulator  24.68 
 
 		 233 aa  68.2  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0282  transcriptional regulator, LuxR family  26.42 
 
 		 246 aa  68.2  0.0000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.419752  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1758  autoinducer-binding domain-containing protein  24.68 
 
 		 233 aa  68.2  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0416  LuxR family transcriptional regulator  25 
 
 		 262 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4435  LuxR family transcriptional regulator  26.82 
 
 		 231 aa  67.4  0.0000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0627  LuxR family transcriptional regulator  25.76 
 
 		 241 aa  66.6  0.0000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.253164  normal  1 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4396  LuxR family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 228 aa  66.6  0.0000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0323  transcriptional regulator, LuxR family  26.94 
 
 		 243 aa  67  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0142  N-acyl-homoserine lactone dependent regulatory protein  24.03 
 
 		 234 aa  66.2  0.0000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0163426  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1652  ATP-dependent transcription regulator LuxR  24.03 
 
 		 234 aa  66.2  0.0000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.643432  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1570  ATP-dependent transcription regulator LuxR  24.03 
 
 		 236 aa  66.2  0.0000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.778317  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1836  transcriptional regulator, LuxR family  21.46 
 
 		 245 aa  66.2  0.0000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.28867  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4980  LuxR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 237 aa  65.9  0.0000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3180  LuxR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 237 aa  65.9  0.0000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.100011 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4299  LuxR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 237 aa  65.9  0.0000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.190696 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7112  LuxR family transcriptional regulator  25.54 
 
 		 242 aa  65.9  0.0000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0985225  normal  0.773577 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1655  LuxR family transcriptional regulator  24.31 
 
 		 245 aa  65.1  0.0000000009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1715  LuxR family transcriptional regulator  24.31 
 
 		 245 aa  65.1  0.0000000009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00270807  hitchhiker  0.000116776 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1547  LuxR family transcriptional regulator  24.31 
 
 		 245 aa  65.1  0.0000000009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1622  LuxR transcriptional regulator  25.11 
 
 		 247 aa  63.2  0.000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.831315  normal  0.816592 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4428  transcriptional regulator, LuxR family  22.58 
 
 		 245 aa  62.8  0.000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1709  transcriptional regulator, LuxR family  24.6 
 
 		 251 aa  62.8  0.000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0805  LuxR family transcriptional regulator  25.26 
 
 		 230 aa  62.4  0.000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.565309  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19120  transcriptional regulator RhlR  23.27 
 
 		 241 aa  62.4  0.000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.420854  normal  0.170234 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1003  transcriptional regulator, LuxR family  21.98 
 
 		 245 aa  62.4  0.000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.383688  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0100  transcriptional regulator, LuxR family  22.22 
 
 		 250 aa  62  0.000000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1649  transcriptional regulator RhlR  23.62 
 
 		 224 aa  62  0.000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.458186  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1442  transcriptional regulator, LuxR family  22.83 
 
 		 245 aa  62  0.000000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.600459  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3810  LuxR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 242 aa  62  0.000000009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1576  LuxR family transcriptional regulator  25.26 
 
 		 230 aa  61.2  0.00000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.893939  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0617  LuxR family transcriptional regulator  25.26 
 
 		 230 aa  61.2  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0241474  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2024  ATP-dependent transcription regulator LuxR  25.26 
 
 		 230 aa  61.2  0.00000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.896026  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2215  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  25.26 
 
 		 230 aa  61.2  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.311283  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2128  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  25.26 
 
 		 230 aa  61.2  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.423434  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0702  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  25.26 
 
 		 230 aa  61.2  0.00000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.669136  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3500  LuxR family transcriptional regulator  25.11 
 
 		 247 aa  60.8  0.00000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.547243 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5699  LuxR family transcriptional regulator  25.35 
 
 		 239 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0607724 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1513  LuxR family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 246 aa  59.7  0.00000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000493267  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3321  LuxR family transcriptional regulator  25.61 
 
 		 240 aa  59.7  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.214587 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0702  LuxR family transcriptional regulator  24.61 
 
 		 245 aa  59.3  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2417  LuxR family transcriptional regulator  23.24 
 
 		 244 aa  59.3  0.00000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1997  autoinducer-binding transcriptional regulator, LuxR family  23.32 
 
 		 237 aa  58.9  0.00000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.448669  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1664  transcriptional regulator, LuxR family  23.32 
 
 		 237 aa  58.9  0.00000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.888844 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0963  transcriptional regulator, LuxR family  22.03 
 
 		 237 aa  58.9  0.00000006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.27907  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1443  ATP-dependent transcription regulator LuxR  23.96 
 
 		 238 aa  58.5  0.00000009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2171  ATP-dependent transcription regulator LuxR  23.96 
 
 		 238 aa  58.5  0.00000009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0944598  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0542  ATP-dependent transcription regulator LuxR  23.96 
 
 		 238 aa  58.5  0.00000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0444  ATP-dependent transcription regulator LuxR  23.96 
 
 		 238 aa  58.5  0.00000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.853961  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0854  ATP-dependent transcription regulator LuxR  23.96 
 
 		 238 aa  58.5  0.00000009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.777865  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2087  ATP-dependent transcription regulator LuxR  24.54 
 
 		 425 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.417065  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0359  LuxR family transcriptional regulator  23.96 
 
 		 248 aa  57.8  0.0000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.870907  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1815  putative transcriptional regulator  25.79 
 
 		 265 aa  58.2  0.0000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.319475  normal  0.33301 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1863  ATP-dependent transcription regulator LuxR  23.96 
 
 		 394 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00465528  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0920  LuxR family transcriptional regulator  24.73 
 
 		 268 aa  57.4  0.0000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.81926  normal  0.148698 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2174  regulatory protein, LuxR  26.97 
 
 		 240 aa  56.6  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.795683 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2330  transcriptional regulator, LuxR family  26.97 
 
 		 240 aa  56.6  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.20021  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0402  regulatory protein, LuxR  25.67 
 
 		 242 aa  56.2  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0460  transcriptional regulator, LuxR family  23.66 
 
 		 253 aa  56.2  0.0000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.343765 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0791  LuxR family transcriptional regulator  23.36 
 
 		 247 aa  56.2  0.0000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0182  LuxR family transcriptional regulator  23.36 
 
 		 247 aa  56.2  0.0000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00268604  hitchhiker  0.00000585836 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0720  LuxR family transcriptional regulator  23.36 
 
 		 247 aa  56.2  0.0000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0175  LuxR family transcriptional regulator  23.08 
 
 		 254 aa  55.5  0.0000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.508003  normal  0.575618 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0418  LuxR family transcriptional regulator  25.95 
 
 		 242 aa  55.1  0.0000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4439  LuxR family transcriptional regulator  22.28 
 
 		 234 aa  54.7  0.000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4277  transcriptional regulator, LuxR family  22.8 
 
 		 234 aa  54.7  0.000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.343912 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2028  LuxR family transcriptional regulator  22.84 
 
 		 242 aa  54.3  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5809  transcriptional regulator, LuxR family  23.83 
 
 		 235 aa  53.5  0.000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.962539  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3898  transcriptional regulator LasR  22.16 
 
 		 239 aa  53.5  0.000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.219668  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1153  LuxR family transcriptional regulator  24.06 
 
 		 243 aa  52.8  0.000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.446836 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1407  LuxR family transcriptional regulator  24.31 
 
 		 241 aa  52.8  0.000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.959158  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0610  LuxR family transcriptional regulator  22.28 
 
 		 234 aa  52.4  0.000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.317613 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>