196 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_0943 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_0943  transcriptional regulator, LuxR family  100 
 
 		 242 aa  506  9.999999999999999e-143  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0260  LuxR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 243 aa  123  3e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5493  transcriptional regulator, LuxR family  32.49 
 
 		 236 aa  104  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5387  autoinducer-binding domain-containing protein  26.72 
 
 		 320 aa  97.4  2e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.841269  normal  0.0379322 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3395  LuxR family transcriptional regulator  26.89 
 
 		 260 aa  95.9  5e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4889  autoinducer-binding domain-containing protein  31.12 
 
 		 233 aa  94.4  2e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.70592  normal  0.843155 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4114  putative transcriptional activator  28.5 
 
 		 213 aa  89  6e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.605496  normal  0.314154 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0920  LuxR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 268 aa  85.9  5e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.81926  normal  0.148698 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4558  LuxR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 234 aa  85.1  9e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.534127  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0359  LuxR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 248 aa  82  0.000000000000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.870907  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0097  transcriptional regulator, LuxR family  33.16 
 
 		 244 aa  80.9  0.00000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8300  transcriptional regulator TraR  29.33 
 
 		 230 aa  79.7  0.00000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8140  transcriptional regulator TraR  29.33 
 
 		 227 aa  80.1  0.00000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.692827  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0460  transcriptional regulator, LuxR family  30.37 
 
 		 253 aa  77.4  0.0000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.343765 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2852  transcriptional regulator  22.78 
 
 		 236 aa  74.3  0.000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3098  transcriptional regulator, LuxR family  25 
 
 		 254 aa  74.3  0.000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.521704  normal  0.269359 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0100  transcriptional regulator, LuxR family  24.64 
 
 		 250 aa  73.6  0.000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4439  LuxR family transcriptional regulator  27.04 
 
 		 234 aa  73.2  0.000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5725  DNA-binding HTH domain-containing protein  23.79 
 
 		 307 aa  73.6  0.000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.000726612  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2210  LuxR family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 240 aa  72  0.000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3287  transcriptional activator SOLR transcription regulator protein  26.42 
 
 		 236 aa  71.2  0.00000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.840181  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9195  transcriptional regulator TraR  27.08 
 
 		 234 aa  71.6  0.00000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.391185  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4277  transcriptional regulator, LuxR family  26.29 
 
 		 234 aa  71.2  0.00000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.343912 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5462  LuxR family transcriptional regulator  26.04 
 
 		 245 aa  70.5  0.00000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.191354 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9665  two-component transcriptional regulator LuxR family  28.14 
 
 		 240 aa  70.9  0.00000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.024682  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2028  LuxR family transcriptional regulator  27.13 
 
 		 242 aa  70.9  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1709  autoinducer-binding domain-containing protein  26.47 
 
 		 233 aa  70.5  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.781724  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19120  transcriptional regulator RhlR  24.8 
 
 		 241 aa  70.1  0.00000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.420854  normal  0.170234 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0122  LuxR family transcriptional regulator  24.15 
 
 		 233 aa  69.3  0.00000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1758  autoinducer-binding domain-containing protein  24.15 
 
 		 233 aa  69.3  0.00000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1649  transcriptional regulator RhlR  25 
 
 		 224 aa  68.6  0.00000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.458186  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1576  LuxR family transcriptional regulator  29.26 
 
 		 230 aa  67.8  0.0000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.893939  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0617  LuxR family transcriptional regulator  29.26 
 
 		 230 aa  67.8  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0241474  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0127  transcriptional regulator, LuxR family  29.17 
 
 		 206 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2024  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.26 
 
 		 230 aa  67.8  0.0000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.896026  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2215  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  29.26 
 
 		 230 aa  67.8  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.311283  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2128  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  29.26 
 
 		 230 aa  67.8  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.423434  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0702  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  29.26 
 
 		 230 aa  67.8  0.0000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.669136  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5781  response regulator receiver protein  29.17 
 
 		 243 aa  67.8  0.0000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.305702  hitchhiker  0.00700374 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5809  transcriptional regulator, LuxR family  26.67 
 
 		 235 aa  67.4  0.0000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.962539  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5194  LuxR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 242 aa  67  0.0000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0681352 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3971  LuxR family transcriptional regulator  26.12 
 
 		 239 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000126265  normal  0.0321799 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0805  LuxR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 230 aa  66.6  0.0000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.565309  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0416  LuxR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 262 aa  65.9  0.0000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4147  transcriptional regulator, LuxR family  24.49 
 
 		 242 aa  65.5  0.0000000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1766  transcriptional regulator, LuxR family  24.47 
 
 		 244 aa  65.5  0.0000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.182775  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0127  transcriptional regulator, LuxR family  24.62 
 
 		 236 aa  65.5  0.0000000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0610  LuxR family transcriptional regulator  24.57 
 
 		 234 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.317613 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0066  LuxR family transcriptional regulator  21.88 
 
 		 248 aa  64.3  0.000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.961932  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1836  transcriptional regulator, LuxR family  21.52 
 
 		 245 aa  64.3  0.000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.28867  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5762  LuxR family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 242 aa  64.3  0.000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.225342  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0282  transcriptional regulator, LuxR family  25.99 
 
 		 246 aa  63.5  0.000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.419752  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3898  transcriptional regulator LasR  26.36 
 
 		 239 aa  63.2  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.219668  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3102  LuxR family transcriptional regulator  24.3 
 
 		 239 aa  63.2  0.000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.644499  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1622  LuxR transcriptional regulator  27.57 
 
 		 247 aa  62.8  0.000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.831315  normal  0.816592 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2417  LuxR family transcriptional regulator  24.69 
 
 		 244 aa  62  0.000000008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45960  transcriptional regulator LasR  25.56 
 
 		 239 aa  62  0.000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0627  LuxR family transcriptional regulator  23.33 
 
 		 241 aa  61.6  0.00000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.253164  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1547  LuxR family transcriptional regulator  21.61 
 
 		 245 aa  61.6  0.00000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1052  LuxR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 239 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000000445716  normal  0.182523 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1655  LuxR family transcriptional regulator  21.61 
 
 		 245 aa  61.6  0.00000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3500  LuxR family transcriptional regulator  23.39 
 
 		 247 aa  61.6  0.00000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.547243 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1715  LuxR family transcriptional regulator  21.61 
 
 		 245 aa  61.6  0.00000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00270807  hitchhiker  0.000116776 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3386  putative transcriptional regulator  25.25 
 
 		 237 aa  61.6  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.247592  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1443  ATP-dependent transcription regulator LuxR  25.21 
 
 		 238 aa  60.5  0.00000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1003  transcriptional regulator, LuxR family  25.54 
 
 		 245 aa  60.5  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.383688  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4581  LuxR family transcriptional regulator  24.9 
 
 		 239 aa  60.5  0.00000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000141763  hitchhiker  0.0000089809 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4116  LuxR family transcriptional regulator  24.9 
 
 		 239 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0201758  hitchhiker  0.00877352 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2171  ATP-dependent transcription regulator LuxR  25.21 
 
 		 238 aa  60.5  0.00000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0944598  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0542  ATP-dependent transcription regulator LuxR  25.21 
 
 		 238 aa  60.5  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0444  ATP-dependent transcription regulator LuxR  25.21 
 
 		 238 aa  60.5  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.853961  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0854  ATP-dependent transcription regulator LuxR  25.21 
 
 		 238 aa  60.5  0.00000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.777865  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1863  ATP-dependent transcription regulator LuxR  25.21 
 
 		 394 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00465528  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2087  ATP-dependent transcription regulator LuxR  25.21 
 
 		 425 aa  60.1  0.00000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.417065  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3643  LuxR family transcriptional regulator  26.1 
 
 		 239 aa  60.1  0.00000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00106494  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4724  LuxR family transcriptional regulator  26.1 
 
 		 239 aa  60.1  0.00000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000522863  hitchhiker  0.00659366 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5576  LuxR family transcriptional regulator  26.1 
 
 		 239 aa  60.1  0.00000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000012464  normal  0.015154 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4279  LuxR family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 321 aa  59.7  0.00000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.189781  normal  0.0123236 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2247  LuxR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 239 aa  59.7  0.00000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.788747  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2957  transcriptional regulator protein  24.07 
 
 		 243 aa  59.7  0.00000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.923766  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39980  putative transcriptional regulator  26.63 
 
 		 237 aa  59.7  0.00000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1442  transcriptional regulator, LuxR family  21.33 
 
 		 245 aa  59.7  0.00000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.600459  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4428  transcriptional regulator, LuxR family  22.75 
 
 		 245 aa  60.1  0.00000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0175  LuxR family transcriptional regulator  25 
 
 		 254 aa  59.7  0.00000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.508003  normal  0.575618 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3863  transcriptional regulator PsyR  25.12 
 
 		 247 aa  59.3  0.00000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.831721  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1345  N-acyl homoserine lactone transcriptional regulator  25.52 
 
 		 239 aa  59.3  0.00000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2485  BpsR  25.52 
 
 		 239 aa  59.3  0.00000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1510  ATP-dependent transcription regulator LuxR  25.52 
 
 		 239 aa  59.3  0.00000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.08907  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0329  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  25.52 
 
 		 239 aa  59.3  0.00000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0607  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  25.52 
 
 		 239 aa  59.3  0.00000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.83559  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1295  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  25.52 
 
 		 239 aa  59.3  0.00000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.312538  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1223  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  25.52 
 
 		 239 aa  59.3  0.00000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0962  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  25.52 
 
 		 239 aa  59.3  0.00000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1997  autoinducer-binding transcriptional regulator, LuxR family  26.75 
 
 		 237 aa  58.5  0.00000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.448669  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1664  transcriptional regulator, LuxR family  26.75 
 
 		 237 aa  58.5  0.00000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.888844 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0119  LuxR family transcriptional regulator  24.51 
 
 		 259 aa  57.8  0.0000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.608376  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0791  LuxR family transcriptional regulator  21.61 
 
 		 247 aa  58.2  0.0000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1935  LuxR family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 254 aa  57.8  0.0000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0226826  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0720  LuxR family transcriptional regulator  21.61 
 
 		 247 aa  58.2  0.0000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0182  LuxR family transcriptional regulator  21.61 
 
 		 247 aa  58.2  0.0000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00268604  hitchhiker  0.00000585836 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>