More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1815 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_1815  putative transcriptional regulator  100 
 
 		 265 aa  541  1e-153  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.319475  normal  0.33301 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1819  putative transcriptional regulator  43.41 
 
 		 243 aa  201  8e-51  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0145412  normal  0.357363 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1153  LuxR family transcriptional regulator  39.08 
 
 		 243 aa  180  2e-44  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.446836 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5725  DNA-binding HTH domain-containing protein  31.05 
 
 		 307 aa  98.6  1e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.000726612  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2215  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  29.31 
 
 		 230 aa  85.5  8e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.311283  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2128  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  29.31 
 
 		 230 aa  85.5  8e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.423434  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1576  LuxR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 230 aa  85.5  8e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.893939  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0617  LuxR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 230 aa  85.5  8e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0241474  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0805  LuxR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 230 aa  85.5  8e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.565309  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0702  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  29.31 
 
 		 230 aa  85.5  8e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.669136  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2024  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.31 
 
 		 230 aa  85.5  8e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.896026  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4279  LuxR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 321 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.189781  normal  0.0123236 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3395  LuxR family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 260 aa  82  0.000000000000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0323  transcriptional regulator, LuxR family  28.8 
 
 		 243 aa  82  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5040  LuxR family transcriptional regulator  29.3 
 
 		 229 aa  79.3  0.00000000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.350334  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2997  LuxR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 250 aa  78.6  0.0000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.665573 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3810  LuxR family transcriptional regulator  25.26 
 
 		 242 aa  78.6  0.0000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9665  two-component transcriptional regulator LuxR family  21.9 
 
 		 240 aa  75.5  0.0000000000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.024682  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3863  transcriptional regulator PsyR  28.5 
 
 		 247 aa  75.1  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.831721  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01929  transcriptional activator of quorum sensing autoinducer synthesis transcription regulator protein  29.1 
 
 		 248 aa  73.6  0.000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.746701 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7112  LuxR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 242 aa  71.6  0.00000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0985225  normal  0.773577 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1622  LuxR transcriptional regulator  28.87 
 
 		 247 aa  70.9  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.831315  normal  0.816592 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0702  LuxR family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 245 aa  70.9  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3112  regulatory protein, LuxR  26.15 
 
 		 250 aa  70.5  0.00000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0418  LuxR family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 242 aa  70.1  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0402  regulatory protein, LuxR  27.84 
 
 		 242 aa  68.9  0.00000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2525  LuxR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 276 aa  68.9  0.00000000009  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.853805  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0791  LuxR family transcriptional regulator  25.25 
 
 		 236 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0904596  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2507  LuxR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 239 aa  68.2  0.0000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.883175  normal  0.509717 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2957  transcriptional regulator protein  25.53 
 
 		 243 aa  67  0.0000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.923766  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1003  transcriptional regulator, LuxR family  29.26 
 
 		 245 aa  67  0.0000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.383688  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1559  regulatory protein LuxR  30.26 
 
 		 246 aa  67  0.0000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.509292 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3098  transcriptional regulator, LuxR family  24.37 
 
 		 254 aa  67  0.0000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.521704  normal  0.269359 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0627  LuxR family transcriptional regulator  25.81 
 
 		 241 aa  66.6  0.0000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.253164  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1664  transcriptional regulator, LuxR family  31.12 
 
 		 237 aa  65.1  0.000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.888844 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1997  autoinducer-binding transcriptional regulator, LuxR family  31.12 
 
 		 237 aa  65.1  0.000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.448669  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4277  transcriptional regulator, LuxR family  26.84 
 
 		 234 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.343912 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0122  LuxR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 233 aa  64.3  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0963  transcriptional regulator, LuxR family  23.56 
 
 		 237 aa  63.9  0.000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.27907  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1758  autoinducer-binding domain-containing protein  29.47 
 
 		 233 aa  64.3  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0218  two component LuxR family transcriptional regulator  50.77 
 
 		 339 aa  63.9  0.000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1547  LuxR family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 245 aa  63.5  0.000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3386  putative transcriptional regulator  26.63 
 
 		 237 aa  63.5  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.247592  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1655  LuxR family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 245 aa  63.5  0.000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1715  LuxR family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 245 aa  63.5  0.000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00270807  hitchhiker  0.000116776 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39980  putative transcriptional regulator  26.63 
 
 		 237 aa  63.9  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3321  LuxR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 240 aa  63.2  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.214587 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0127  transcriptional regulator, LuxR family  29.06 
 
 		 206 aa  63.5  0.000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0610  LuxR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 234 aa  62.4  0.000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.317613 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0652  two component LuxR family transcriptional regulator  53.12 
 
 		 305 aa  62.4  0.000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0800453  normal  0.813173 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0416  LuxR family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 262 aa  62  0.000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0440  regulatory protein LuxR  29.19 
 
 		 246 aa  61.6  0.00000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0539143 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2417  LuxR family transcriptional regulator  25.23 
 
 		 244 aa  61.6  0.00000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0127  transcriptional regulator, LuxR family  25 
 
 		 236 aa  61.2  0.00000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4147  transcriptional regulator, LuxR family  26.09 
 
 		 242 aa  61.6  0.00000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4647  LuxR family transcriptional regulator  24.48 
 
 		 279 aa  61.2  0.00000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4359  regulatory protein, LuxR  27.98 
 
 		 301 aa  61.2  0.00000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2928  transcriptional regulator, LuxR family  26.78 
 
 		 241 aa  61.2  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.258432  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2729  ATP-dependent transcription regulator LuxR  30.65 
 
 		 241 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0930619  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0641  ATP-dependent transcription regulator LuxR  30.65 
 
 		 241 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0312274  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4509  autoinducer-binding domain-containing protein  26.11 
 
 		 235 aa  60.8  0.00000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2798  ATP-dependent transcription regulator LuxR  30.65 
 
 		 237 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.675669  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2667  transcriptional regulator, LuxR family  27.32 
 
 		 241 aa  60.8  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.530563  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1686  ATP-dependent transcription regulator LuxR  30.65 
 
 		 237 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0643903  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4558  LuxR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 234 aa  61.2  0.00000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.534127  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2915  ATP-dependent transcription regulator LuxR  30.65 
 
 		 237 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.454836  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2371  ATP-dependent transcription regulator LuxR  30.65 
 
 		 241 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.440892  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2672  ATP-dependent transcription regulator LuxR  30.65 
 
 		 241 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0282  transcriptional regulator, LuxR family  29.47 
 
 		 246 aa  60.1  0.00000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.419752  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0198  autoinducer-binding domain-containing protein  25.52 
 
 		 235 aa  60.5  0.00000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00000129067  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4374  transcriptional regulator LuxR family  27.09 
 
 		 246 aa  59.7  0.00000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.307061  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0720  LuxR family transcriptional regulator  24.76 
 
 		 247 aa  60.1  0.00000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0182  LuxR family transcriptional regulator  24.76 
 
 		 247 aa  60.1  0.00000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00268604  hitchhiker  0.00000585836 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0791  LuxR family transcriptional regulator  24.76 
 
 		 247 aa  60.1  0.00000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4539  transcriptional regulator, LuxR family, autoinducer-regulated  26.7 
 
 		 254 aa  59.7  0.00000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.542388  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2174  regulatory protein, LuxR  25.13 
 
 		 240 aa  59.7  0.00000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.795683 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2330  transcriptional regulator, LuxR family  25.13 
 
 		 240 aa  59.7  0.00000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.20021  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5029  transcriptional regulator, LuxR family  23.68 
 
 		 243 aa  59.7  0.00000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.771298  normal  0.575652 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1817  ATP-dependent transcription regulator LuxR  30.37 
 
 		 241 aa  59.3  0.00000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.985291  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0441  regulatory protein LuxR  34.48 
 
 		 286 aa  59.3  0.00000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.923746  normal  0.0183899 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0548  transcriptional regulator, LuxR family  43.42 
 
 		 244 aa  59.3  0.00000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.216848  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1513  LuxR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 246 aa  58.9  0.00000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000493267  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0918  transcriptional regulator LuxR family  45.9 
 
 		 230 aa  58.9  0.00000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4216  regulatory protein, LuxR  26.7 
 
 		 254 aa  58.2  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0974  two component LuxR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 309 aa  58.5  0.0000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.883175  normal  0.426964 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0505  transcriptional regulator, LuxR family  43.42 
 
 		 244 aa  58.5  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1874  LuxR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 270 aa  58.2  0.0000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.818656 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5810  LuxR family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 228 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.809704  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3840  transcriptional regulator, LuxR family  26.26 
 
 		 251 aa  58.5  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6040  LuxR family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 228 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.917081 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2852  transcriptional regulator  25.82 
 
 		 236 aa  58.2  0.0000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6289  LuxR family transcriptional regulator  52.46 
 
 		 515 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1442  transcriptional regulator, LuxR family  22.71 
 
 		 245 aa  57.4  0.0000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.600459  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0175  LuxR family transcriptional regulator  25.54 
 
 		 254 aa  57.4  0.0000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.508003  normal  0.575618 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1709  autoinducer-binding domain-containing protein  28.21 
 
 		 233 aa  57.8  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.781724  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04600  two-component system regulatory protein  34.97 
 
 		 204 aa  57.8  0.0000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6457  LuxR family transcriptional regulator  52.46 
 
 		 570 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5493  transcriptional regulator, LuxR family  25.11 
 
 		 236 aa  57.4  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6196  transcriptional regulator, LuxR family  28.65 
 
 		 275 aa  57.8  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6692  LuxR family transcriptional regulator  52.46 
 
 		 570 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>