More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_9665 on replicon NC_011991
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011991  Avi_9665  two-component transcriptional regulator LuxR family  100 
 
 		 240 aa  504  9.999999999999999e-143  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.024682  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0418  LuxR family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 242 aa  119  3.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0402  regulatory protein, LuxR  34.33 
 
 		 242 aa  116  3e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0323  transcriptional regulator, LuxR family  32.9 
 
 		 243 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7112  LuxR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 242 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0985225  normal  0.773577 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3321  LuxR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 240 aa  107  1e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.214587 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0627  LuxR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 241 aa  101  1e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.253164  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0282  transcriptional regulator, LuxR family  29.13 
 
 		 246 aa  95.9  5e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.419752  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5725  DNA-binding HTH domain-containing protein  26.14 
 
 		 307 aa  95.9  6e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.000726612  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3098  transcriptional regulator, LuxR family  26.34 
 
 		 254 aa  94  2e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.521704  normal  0.269359 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2417  LuxR family transcriptional regulator  28.34 
 
 		 244 aa  90.9  2e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0965  transcriptional activator protein LuxR  27.42 
 
 		 248 aa  90.5  2e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.266935  n/a   
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6378  LuxR family transcriptional regulator  25.1 
 
 		 248 aa  89  7e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_6408  LuxR family transcriptional regulator  25.1 
 
 		 248 aa  89  7e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5762  LuxR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 242 aa  88.6  8e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.225342  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1443  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.26 
 
 		 238 aa  87.8  1e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0854  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.26 
 
 		 238 aa  87.8  1e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.777865  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2330  transcriptional regulator, LuxR family  30.14 
 
 		 240 aa  88.2  1e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.20021  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0444  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.26 
 
 		 238 aa  87.8  1e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.853961  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2171  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.26 
 
 		 238 aa  87.8  1e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0944598  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0542  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.26 
 
 		 238 aa  87.8  1e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2087  ATP-dependent transcription regulator LuxR  30.04 
 
 		 425 aa  87  2e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.417065  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2174  regulatory protein, LuxR  30.14 
 
 		 240 aa  87.4  2e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.795683 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1863  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.26 
 
 		 394 aa  86.7  3e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00465528  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0958  transcriptional activator protein LuxR  29.74 
 
 		 247 aa  85.1  8e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1003  transcriptional regulator, LuxR family  26.67 
 
 		 245 aa  84.3  0.000000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.383688  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3810  LuxR family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 242 aa  84.7  0.000000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4435  LuxR family transcriptional regulator  23.81 
 
 		 231 aa  83.6  0.000000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0505  transcriptional regulator, LuxR family  27.05 
 
 		 244 aa  83.6  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0127  transcriptional regulator, LuxR family  28.21 
 
 		 236 aa  83.6  0.000000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4977  transcriptional regulator, LuxR family  30.16 
 
 		 243 aa  83.2  0.000000000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.637652  normal  0.142556 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5040  LuxR family transcriptional regulator  28.02 
 
 		 229 aa  83.2  0.000000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.350334  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4514  autoinducer-binding domain-containing protein  30.16 
 
 		 243 aa  82.8  0.000000000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.447162  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2957  transcriptional regulator protein  23.28 
 
 		 243 aa  82  0.000000000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.923766  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3898  transcriptional regulator LasR  25.71 
 
 		 239 aa  82  0.000000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.219668  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3500  LuxR family transcriptional regulator  31.64 
 
 		 247 aa  82  0.000000000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.547243 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45960  transcriptional regulator LasR  25.71 
 
 		 239 aa  82  0.000000000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1576  LuxR family transcriptional regulator  26.91 
 
 		 230 aa  80.9  0.00000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.893939  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1766  transcriptional regulator, LuxR family  27.27 
 
 		 244 aa  81.3  0.00000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.182775  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2128  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  26.91 
 
 		 230 aa  80.9  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.423434  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0617  LuxR family transcriptional regulator  26.91 
 
 		 230 aa  80.9  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0241474  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0702  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  26.91 
 
 		 230 aa  80.9  0.00000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.669136  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2024  ATP-dependent transcription regulator LuxR  26.91 
 
 		 230 aa  80.9  0.00000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.896026  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2215  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  26.91 
 
 		 230 aa  80.9  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.311283  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0460  transcriptional regulator, LuxR family  25.33 
 
 		 253 aa  80.5  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.343765 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0962  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  27.24 
 
 		 239 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1345  N-acyl homoserine lactone transcriptional regulator  27.24 
 
 		 239 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2485  BpsR  27.24 
 
 		 239 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2588  LuxR family transcriptional regulator  25.33 
 
 		 250 aa  80.1  0.00000000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2311  LuxR family transcriptional regulator  25.42 
 
 		 265 aa  80.1  0.00000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1223  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  27.24 
 
 		 239 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0329  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  27.24 
 
 		 239 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0607  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  27.24 
 
 		 239 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.83559  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1295  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  27.24 
 
 		 239 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.312538  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1510  ATP-dependent transcription regulator LuxR  27.24 
 
 		 239 aa  79.3  0.00000000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.08907  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0805  LuxR family transcriptional regulator  26.01 
 
 		 230 aa  77.8  0.0000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.565309  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0548  transcriptional regulator, LuxR family  25.73 
 
 		 244 aa  77.8  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.216848  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5029  transcriptional regulator, LuxR family  28.57 
 
 		 243 aa  77.4  0.0000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.771298  normal  0.575652 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4374  transcriptional regulator LuxR family  27.27 
 
 		 246 aa  77  0.0000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.307061  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2997  LuxR family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 250 aa  77.4  0.0000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.665573 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0610  LuxR family transcriptional regulator  25.68 
 
 		 234 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.317613 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0198  autoinducer-binding domain-containing protein  27.94 
 
 		 235 aa  77  0.0000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00000129067  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2507  LuxR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 239 aa  77  0.0000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.883175  normal  0.509717 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4439  LuxR family transcriptional regulator  26.13 
 
 		 234 aa  76.3  0.0000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5810  LuxR family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 228 aa  76.3  0.0000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.809704  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6040  LuxR family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 228 aa  76.3  0.0000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.917081 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4277  transcriptional regulator, LuxR family  26.07 
 
 		 234 aa  75.5  0.0000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.343912 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1815  putative transcriptional regulator  21.9 
 
 		 265 aa  75.5  0.0000000000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.319475  normal  0.33301 
 
 
-
 
NC_004310  BR0190  LuxR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 235 aa  75.1  0.000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.195449  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4396  LuxR family transcriptional regulator  23.81 
 
 		 228 aa  74.7  0.000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0359  LuxR family transcriptional regulator  24.7 
 
 		 248 aa  74.3  0.000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.870907  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3863  transcriptional regulator PsyR  24.34 
 
 		 247 aa  73.6  0.000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.831721  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2818  transcriptional regulator, LuxR family  24.89 
 
 		 241 aa  73.2  0.000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0185947 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0183  LuxR family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 235 aa  73.2  0.000000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0816251  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3840  transcriptional regulator, LuxR family  25.2 
 
 		 251 aa  72.8  0.000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1407  LuxR family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 241 aa  72.8  0.000000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.959158  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1622  LuxR transcriptional regulator  24.34 
 
 		 247 aa  72  0.000000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.831315  normal  0.816592 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3395  LuxR family transcriptional regulator  23.53 
 
 		 260 aa  71.6  0.000000000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4168  transcriptional regulator, LuxR family  26.02 
 
 		 251 aa  71.6  0.000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0702  LuxR family transcriptional regulator  24.03 
 
 		 245 aa  71.6  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0943  transcriptional regulator, LuxR family  28.14 
 
 		 242 aa  70.9  0.00000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3140  regulatory protein LuxR  24.19 
 
 		 246 aa  70.5  0.00000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0100  transcriptional regulator, LuxR family  25.12 
 
 		 250 aa  70.5  0.00000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3287  transcriptional activator SOLR transcription regulator protein  24.69 
 
 		 236 aa  70.1  0.00000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.840181  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5462  LuxR family transcriptional regulator  26.02 
 
 		 245 aa  68.6  0.00000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.191354 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0440  regulatory protein LuxR  23.56 
 
 		 246 aa  68.6  0.00000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0539143 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4279  LuxR family transcriptional regulator  23.48 
 
 		 321 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.189781  normal  0.0123236 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1649  transcriptional regulator RhlR  26.11 
 
 		 224 aa  67.8  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.458186  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19120  transcriptional regulator RhlR  26.11 
 
 		 241 aa  67.4  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.420854  normal  0.170234 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3796  LuxR family transcriptional regulator  27.14 
 
 		 237 aa  67  0.0000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00301827 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1052  LuxR family transcriptional regulator  25.4 
 
 		 239 aa  67  0.0000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000000445716  normal  0.182523 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0416  LuxR family transcriptional regulator  24.79 
 
 		 262 aa  67  0.0000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4116  LuxR family transcriptional regulator  24.6 
 
 		 239 aa  67  0.0000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0201758  hitchhiker  0.00877352 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4114  putative transcriptional activator  25.48 
 
 		 213 aa  66.2  0.0000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.605496  normal  0.314154 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3087  transcriptional regulator, LuxR family  24.21 
 
 		 241 aa  66.6  0.0000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0720  LuxR family transcriptional regulator  25.24 
 
 		 247 aa  65.9  0.0000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0182  LuxR family transcriptional regulator  25.24 
 
 		 247 aa  65.9  0.0000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00268604  hitchhiker  0.00000585836 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0791  LuxR family transcriptional regulator  25.24 
 
 		 247 aa  65.9  0.0000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4581  LuxR family transcriptional regulator  24.6 
 
 		 239 aa  65.5  0.0000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000141763  hitchhiker  0.0000089809 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1513  LuxR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 246 aa  65.5  0.0000000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000493267  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>