More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_4359 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_4359  regulatory protein, LuxR  100 
 
 		 301 aa  622  1e-177  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4539  transcriptional regulator, LuxR family, autoinducer-regulated  29.39 
 
 		 254 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.542388  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4216  regulatory protein, LuxR  29.8 
 
 		 254 aa  88.2  2e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0359  LuxR family transcriptional regulator  24.21 
 
 		 248 aa  82.8  0.000000000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.870907  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5725  DNA-binding HTH domain-containing protein  25.41 
 
 		 307 aa  77.4  0.0000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.000726612  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6376  transcriptional regulator, LuxR family  25.31 
 
 		 258 aa  77  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.888984 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3500  LuxR family transcriptional regulator  25.76 
 
 		 247 aa  75.5  0.0000000000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.547243 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0918  transcriptional regulator LuxR family  53.12 
 
 		 230 aa  73.9  0.000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0323  transcriptional regulator, LuxR family  28.57 
 
 		 243 aa  73.9  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2601  regulatory protein LuxR  28.72 
 
 		 247 aa  73.9  0.000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02209  transcriptional regulator AhyR/AsaR family  25.9 
 
 		 254 aa  73.6  0.000000000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0933251  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3810  LuxR family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 242 aa  72.8  0.000000000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6196  transcriptional regulator, LuxR family  23.11 
 
 		 275 aa  72.8  0.000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0505  transcriptional regulator, LuxR family  53.12 
 
 		 244 aa  71.6  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0548  transcriptional regulator, LuxR family  53.12 
 
 		 244 aa  71.6  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.216848  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4514  autoinducer-binding domain-containing protein  26.83 
 
 		 243 aa  71.6  0.00000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.447162  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0441  regulatory protein LuxR  48.35 
 
 		 286 aa  71.2  0.00000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.923746  normal  0.0183899 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0460  transcriptional regulator, LuxR family  30.65 
 
 		 253 aa  71.6  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.343765 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1407  LuxR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 241 aa  71.2  0.00000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.959158  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4977  transcriptional regulator, LuxR family  26.83 
 
 		 243 aa  71.2  0.00000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.637652  normal  0.142556 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3395  LuxR family transcriptional regulator  25.71 
 
 		 260 aa  70.9  0.00000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0920  LuxR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 268 aa  70.9  0.00000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.81926  normal  0.148698 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0402  regulatory protein, LuxR  34.06 
 
 		 242 aa  70.5  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0702  LuxR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 245 aa  69.7  0.00000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1003  transcriptional regulator, LuxR family  30.85 
 
 		 245 aa  69.7  0.00000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.383688  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0418  LuxR family transcriptional regulator  39.77 
 
 		 242 aa  69.3  0.00000000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1758  autoinducer-binding domain-containing protein  26.18 
 
 		 233 aa  68.9  0.00000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0440  regulatory protein LuxR  53.97 
 
 		 246 aa  68.9  0.00000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0539143 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0122  LuxR family transcriptional regulator  26.18 
 
 		 233 aa  68.9  0.00000000009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3102  LuxR family transcriptional regulator  25.61 
 
 		 239 aa  68.9  0.00000000009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.644499  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0190  LuxR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 235 aa  68.2  0.0000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.195449  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1709  autoinducer-binding domain-containing protein  28.95 
 
 		 233 aa  68.2  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.781724  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0183  LuxR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 235 aa  68.2  0.0000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0816251  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1576  LuxR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 230 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.893939  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0702  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  27.92 
 
 		 230 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.669136  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0617  LuxR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 230 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0241474  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2128  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  27.92 
 
 		 230 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.423434  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2215  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  27.92 
 
 		 230 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.311283  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2024  ATP-dependent transcription regulator LuxR  27.92 
 
 		 230 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.896026  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0097  transcriptional regulator, LuxR family  31.2 
 
 		 244 aa  67  0.0000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2084  LuxR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 269 aa  66.6  0.0000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.730902  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5029  transcriptional regulator, LuxR family  26.83 
 
 		 243 aa  66.6  0.0000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.771298  normal  0.575652 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2179  LuxR family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 239 aa  66.2  0.0000000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7112  LuxR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 242 aa  66.2  0.0000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0985225  normal  0.773577 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4715  two component LuxR family transcriptional regulator  50 
 
 		 196 aa  65.9  0.0000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3348  transcriptional regulator, LuxR family  33.33 
 
 		 238 aa  65.9  0.0000000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0965  transcriptional activator protein LuxR  22.18 
 
 		 248 aa  65.5  0.000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.266935  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2667  transcriptional regulator, LuxR family  25 
 
 		 241 aa  65.1  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.530563  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3321  LuxR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 240 aa  65.5  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.214587 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4581  LuxR family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 239 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000141763  hitchhiker  0.0000089809 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2120  LuxR family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 244 aa  64.3  0.000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0535979  normal  0.194929 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4116  LuxR family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 239 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0201758  hitchhiker  0.00877352 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3118  transcriptional regulator, LuxR family  33.82 
 
 		 391 aa  64.3  0.000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1819  putative transcriptional regulator  28.34 
 
 		 243 aa  63.5  0.000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0145412  normal  0.357363 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0805  LuxR family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 230 aa  63.9  0.000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.565309  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2928  transcriptional regulator, LuxR family  25.4 
 
 		 241 aa  63.5  0.000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.258432  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2503  DNA-binding transcriptional activator SdiA  31.82 
 
 		 240 aa  63.5  0.000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000339648  normal  0.514976 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2028  LuxR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 242 aa  63.9  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4435  LuxR family transcriptional regulator  27.39 
 
 		 231 aa  63.5  0.000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0260  LuxR family transcriptional regulator  24.9 
 
 		 243 aa  63.5  0.000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3779  regulatory protein, LuxR  37.36 
 
 		 248 aa  63.2  0.000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3549  regulatory protein, LuxR  50 
 
 		 255 aa  62.8  0.000000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5762  LuxR family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 242 aa  63.2  0.000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.225342  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2417  LuxR family transcriptional regulator  43.66 
 
 		 244 aa  62.8  0.000000007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1997  regulatory protein, LuxR  31.69 
 
 		 278 aa  62.8  0.000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0318  transcriptional regulator, LuxR family  34.72 
 
 		 234 aa  62.8  0.000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3112  regulatory protein, LuxR  47.06 
 
 		 250 aa  62.8  0.000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0791  LuxR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 236 aa  62.8  0.000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0904596  normal  1 
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_6408  LuxR family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 248 aa  62.4  0.000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6378  LuxR family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 248 aa  62.4  0.000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0287  transcriptional regulator, LuxR family  31.16 
 
 		 234 aa  62  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5699  LuxR family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 239 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0607724 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1513  LuxR family transcriptional regulator  40.22 
 
 		 246 aa  61.2  0.00000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000493267  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1815  putative transcriptional regulator  27.98 
 
 		 265 aa  61.2  0.00000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.319475  normal  0.33301 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1927  LuxR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 257 aa  61.2  0.00000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1890  transcriptional regulator LuxR family  45.83 
 
 		 246 aa  61.2  0.00000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.546749  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3643  LuxR family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 239 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00106494  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4724  LuxR family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 239 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000522863  hitchhiker  0.00659366 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5576  LuxR family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 239 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000012464  normal  0.015154 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2048  transcriptional regulator, LuxR family  43.48 
 
 		 240 aa  60.8  0.00000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0912162  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1858  regulatory protein, LuxR  45.31 
 
 		 240 aa  60.5  0.00000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.968511  normal  0.429654 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3087  transcriptional regulator, LuxR family  49.21 
 
 		 241 aa  60.8  0.00000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1052  LuxR family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 239 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000000445716  normal  0.182523 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1935  LuxR family transcriptional regulator  27.48 
 
 		 254 aa  60.1  0.00000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0226826  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2818  transcriptional regulator, LuxR family  49.21 
 
 		 241 aa  60.5  0.00000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0185947 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2997  LuxR family transcriptional regulator  27.37 
 
 		 250 aa  60.1  0.00000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.665573 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3971  LuxR family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 239 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000126265  normal  0.0321799 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0694  transcriptional regulator, LuxR family  32.09 
 
 		 242 aa  60.5  0.00000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2852  transcriptional regulator  23.33 
 
 		 236 aa  60.1  0.00000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5809  transcriptional regulator, LuxR family  26.13 
 
 		 235 aa  60.1  0.00000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.962539  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3287  transcriptional activator SOLR transcription regulator protein  26.61 
 
 		 236 aa  59.7  0.00000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.840181  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1345  N-acyl homoserine lactone transcriptional regulator  36.56 
 
 		 239 aa  59.7  0.00000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0142  N-acyl-homoserine lactone dependent regulatory protein  44.26 
 
 		 234 aa  59.7  0.00000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0163426  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2485  BpsR  36.56 
 
 		 239 aa  59.7  0.00000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1510  ATP-dependent transcription regulator LuxR  36.56 
 
 		 239 aa  59.7  0.00000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.08907  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0962  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  36.56 
 
 		 239 aa  59.7  0.00000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3273  transcriptional regulator LuxR family  50.82 
 
 		 241 aa  59.7  0.00000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0329  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  36.56 
 
 		 239 aa  59.7  0.00000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1223  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  36.56 
 
 		 239 aa  59.7  0.00000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0607  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  36.56 
 
 		 239 aa  59.7  0.00000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.83559  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>