More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gura_3112 on replicon NC_009483
Organism: Geobacter uraniireducens Rf4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009483  Gura_3112  regulatory protein, LuxR  100 
 
 
250 aa  516  1.0000000000000001e-145  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1513  LuxR family transcriptional regulator  36.07 
 
 
246 aa  181  1e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000493267  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2417  LuxR family transcriptional regulator  29.88 
 
 
244 aa  103  3e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0418  LuxR family transcriptional regulator  33.02 
 
 
242 aa  103  3e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0323  transcriptional regulator, LuxR family  32.3 
 
 
243 aa  101  1e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3810  LuxR family transcriptional regulator  32.11 
 
 
242 aa  100  3e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3287  transcriptional activator SOLR transcription regulator protein  32.59 
 
 
236 aa  97.8  1e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.840181  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0402  regulatory protein, LuxR  31.25 
 
 
242 aa  94.7  1e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0460  transcriptional regulator, LuxR family  34.03 
 
 
253 aa  90.1  3e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.343765 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3098  transcriptional regulator, LuxR family  31.27 
 
 
254 aa  89.4  5e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.521704  normal  0.269359 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5040  LuxR family transcriptional regulator  26.72 
 
 
229 aa  89.4  5e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.350334  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3395  LuxR family transcriptional regulator  28.19 
 
 
260 aa  89  6e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3500  LuxR family transcriptional regulator  31.09 
 
 
247 aa  89  7e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.547243 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1295  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  31.11 
 
 
239 aa  88.6  8e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.312538  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1345  N-acyl homoserine lactone transcriptional regulator  31.11 
 
 
239 aa  88.6  8e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0607  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  31.11 
 
 
239 aa  88.6  8e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.83559  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2485  BpsR  31.11 
 
 
239 aa  88.6  8e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1223  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  31.11 
 
 
239 aa  88.6  8e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0962  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  31.11 
 
 
239 aa  88.6  8e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0329  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  31.11 
 
 
239 aa  88.6  8e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1576  LuxR family transcriptional regulator  29.86 
 
 
230 aa  87  2e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.893939  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0617  LuxR family transcriptional regulator  29.86 
 
 
230 aa  87  2e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0241474  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2215  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  29.86 
 
 
230 aa  87  2e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.311283  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2024  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.86 
 
 
230 aa  87  2e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.896026  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1510  ATP-dependent transcription regulator LuxR  30.67 
 
 
239 aa  87.8  2e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.08907  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0702  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  29.86 
 
 
230 aa  87  2e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.669136  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4116  LuxR family transcriptional regulator  29.91 
 
 
239 aa  87.8  2e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0201758  hitchhiker  0.00877352 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2957  transcriptional regulator protein  30 
 
 
243 aa  87.4  2e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.923766  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2128  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  29.86 
 
 
230 aa  87  2e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.423434  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1858  regulatory protein, LuxR  32.78 
 
 
240 aa  86.7  3e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.968511  normal  0.429654 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0805  LuxR family transcriptional regulator  29.86 
 
 
230 aa  87  3e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.565309  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0963  transcriptional regulator, LuxR family  29.11 
 
 
237 aa  87  3e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.27907  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4581  LuxR family transcriptional regulator  29.91 
 
 
239 aa  87  3e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000141763  hitchhiker  0.0000089809 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5576  LuxR family transcriptional regulator  29.91 
 
 
239 aa  85.9  6e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000012464  normal  0.015154 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3643  LuxR family transcriptional regulator  29.91 
 
 
239 aa  85.9  6e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00106494  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4724  LuxR family transcriptional regulator  29.91 
 
 
239 aa  85.9  6e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000522863  hitchhiker  0.00659366 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2997  LuxR family transcriptional regulator  32.61 
 
 
250 aa  85.5  8e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.665573 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0702  LuxR family transcriptional regulator  31.52 
 
 
245 aa  85.1  9e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4279  LuxR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
321 aa  84.3  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.189781  normal  0.0123236 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7112  LuxR family transcriptional regulator  29.38 
 
 
242 aa  84.7  0.000000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0985225  normal  0.773577 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0260  LuxR family transcriptional regulator  26.45 
 
 
243 aa  84  0.000000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4435  LuxR family transcriptional regulator  31.38 
 
 
231 aa  83.6  0.000000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1052  LuxR family transcriptional regulator  28.97 
 
 
239 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000000445716  normal  0.182523 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3971  LuxR family transcriptional regulator  28.7 
 
 
239 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000126265  normal  0.0321799 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2048  transcriptional regulator, LuxR family  30.51 
 
 
240 aa  82  0.000000000000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0912162  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1649  transcriptional regulator RhlR  28.97 
 
 
224 aa  81.6  0.000000000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.458186  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0542  ATP-dependent transcription regulator LuxR  31.18 
 
 
238 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1443  ATP-dependent transcription regulator LuxR  31.18 
 
 
238 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2171  ATP-dependent transcription regulator LuxR  31.18 
 
 
238 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0944598  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0854  ATP-dependent transcription regulator LuxR  31.18 
 
 
238 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.777865  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0444  ATP-dependent transcription regulator LuxR  31.18 
 
 
238 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.853961  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19120  transcriptional regulator RhlR  28.97 
 
 
241 aa  81.3  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.420854  normal  0.170234 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5725  DNA-binding HTH domain-containing protein  28.95 
 
 
307 aa  80.9  0.00000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.000726612  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0920  LuxR family transcriptional regulator  32.61 
 
 
268 aa  80.1  0.00000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.81926  normal  0.148698 
 
 
-
 
NC_004310  BR0190  LuxR family transcriptional regulator  28.19 
 
 
235 aa  80.1  0.00000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.195449  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1863  ATP-dependent transcription regulator LuxR  31.18 
 
 
394 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00465528  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4396  LuxR family transcriptional regulator  31.38 
 
 
228 aa  80.5  0.00000000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0198  autoinducer-binding domain-containing protein  28.97 
 
 
235 aa  79.7  0.00000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00000129067  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1997  autoinducer-binding transcriptional regulator, LuxR family  26.87 
 
 
237 aa  79.3  0.00000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.448669  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1664  transcriptional regulator, LuxR family  26.87 
 
 
237 aa  79.3  0.00000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.888844 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0142  N-acyl-homoserine lactone dependent regulatory protein  27.31 
 
 
234 aa  79.3  0.00000000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0163426  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1652  ATP-dependent transcription regulator LuxR  27.31 
 
 
234 aa  79.3  0.00000000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.643432  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1570  ATP-dependent transcription regulator LuxR  27.31 
 
 
236 aa  79.3  0.00000000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.778317  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0183  LuxR family transcriptional regulator  28.19 
 
 
235 aa  79.3  0.00000000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0816251  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2087  ATP-dependent transcription regulator LuxR  30.81 
 
 
425 aa  79  0.00000000000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.417065  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2409  LuxR family transcriptional regulator  43.75 
 
 
272 aa  78.6  0.00000000000008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1766  transcriptional regulator, LuxR family  32.61 
 
 
244 aa  78.6  0.00000000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.182775  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1442  transcriptional regulator, LuxR family  27.46 
 
 
245 aa  78.2  0.0000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.600459  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0100  transcriptional regulator, LuxR family  28.87 
 
 
250 aa  77.4  0.0000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3898  transcriptional regulator LasR  27.13 
 
 
239 aa  77.4  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.219668  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4299  LuxR family transcriptional regulator  28.7 
 
 
237 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.190696 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0965  transcriptional activator protein LuxR  29.8 
 
 
248 aa  77.4  0.0000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.266935  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4980  LuxR family transcriptional regulator  28.7 
 
 
237 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3180  LuxR family transcriptional regulator  28.7 
 
 
237 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.100011 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1231  ATP-dependent transcription regulator LuxR  26.27 
 
 
234 aa  76.6  0.0000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.681253  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45960  transcriptional regulator LasR  27.13 
 
 
239 aa  76.6  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2503  DNA-binding transcriptional activator SdiA  30.41 
 
 
240 aa  75.5  0.0000000000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000339648  normal  0.514976 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5762  LuxR family transcriptional regulator  29.06 
 
 
242 aa  75.1  0.0000000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.225342  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4147  transcriptional regulator, LuxR family  26.84 
 
 
242 aa  74.7  0.000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01929  transcriptional activator of quorum sensing autoinducer synthesis transcription regulator protein  31.31 
 
 
248 aa  75.1  0.000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.746701 
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_6408  LuxR family transcriptional regulator  26.25 
 
 
248 aa  74.7  0.000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5699  LuxR family transcriptional regulator  25.54 
 
 
239 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0607724 
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6378  LuxR family transcriptional regulator  26.25 
 
 
248 aa  74.7  0.000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1547  LuxR family transcriptional regulator  25.77 
 
 
245 aa  73.9  0.000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4114  putative transcriptional activator  29.02 
 
 
213 aa  73.9  0.000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.605496  normal  0.314154 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1655  LuxR family transcriptional regulator  25.77 
 
 
245 aa  73.9  0.000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1715  LuxR family transcriptional regulator  25.77 
 
 
245 aa  73.9  0.000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00270807  hitchhiker  0.000116776 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4715  two component LuxR family transcriptional regulator  56.45 
 
 
196 aa  73.6  0.000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1833  LuxR family transcriptional regulator  28.14 
 
 
238 aa  73.6  0.000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.873673  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1709  autoinducer-binding domain-containing protein  27.91 
 
 
233 aa  73.6  0.000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.781724  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3102  LuxR family transcriptional regulator  26.1 
 
 
239 aa  73.2  0.000000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.644499  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39980  putative transcriptional regulator  28.19 
 
 
237 aa  73.2  0.000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0359  LuxR family transcriptional regulator  28.34 
 
 
248 aa  72.4  0.000000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.870907  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1836  transcriptional regulator, LuxR family  26.04 
 
 
245 aa  72  0.000000000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.28867  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0127  transcriptional regulator, LuxR family  26.32 
 
 
206 aa  72.4  0.000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5462  LuxR family transcriptional regulator  30.98 
 
 
245 aa  72  0.000000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.191354 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5029  transcriptional regulator, LuxR family  27.53 
 
 
243 aa  72  0.000000000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.771298  normal  0.575652 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1758  autoinducer-binding domain-containing protein  27.49 
 
 
233 aa  72  0.000000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0122  LuxR family transcriptional regulator  27.49 
 
 
233 aa  72  0.000000000009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4439  LuxR family transcriptional regulator  27.35 
 
 
234 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>