More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_0702 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_0702  LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 		 245 aa  505  9.999999999999999e-143  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1003  transcriptional regulator, LuxR family  36.17 
 
 		 245 aa  151  1e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.383688  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0323  transcriptional regulator, LuxR family  36.17 
 
 		 243 aa  150  1e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0402  regulatory protein, LuxR  34.04 
 
 		 242 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0418  LuxR family transcriptional regulator  34.89 
 
 		 242 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2957  transcriptional regulator protein  30.99 
 
 		 243 aa  139  3e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.923766  n/a   
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_6408  LuxR family transcriptional regulator  33.05 
 
 		 248 aa  139  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6378  LuxR family transcriptional regulator  33.05 
 
 		 248 aa  139  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7112  LuxR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 242 aa  135  5e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0985225  normal  0.773577 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0282  transcriptional regulator, LuxR family  33.62 
 
 		 246 aa  121  9.999999999999999e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.419752  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4514  autoinducer-binding domain-containing protein  28.75 
 
 		 243 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.447162  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5029  transcriptional regulator, LuxR family  30 
 
 		 243 aa  120  3e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.771298  normal  0.575652 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4977  transcriptional regulator, LuxR family  28.75 
 
 		 243 aa  119  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.637652  normal  0.142556 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1766  transcriptional regulator, LuxR family  28.1 
 
 		 244 aa  115  5e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.182775  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5762  LuxR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 242 aa  115  8.999999999999998e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.225342  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5462  LuxR family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 245 aa  111  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.191354 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0627  LuxR family transcriptional regulator  28.75 
 
 		 241 aa  107  2e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.253164  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2330  transcriptional regulator, LuxR family  28.22 
 
 		 240 aa  105  8e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.20021  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2174  regulatory protein, LuxR  28.22 
 
 		 240 aa  104  1e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.795683 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2247  LuxR family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 239 aa  103  2e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.788747  normal  1 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4435  LuxR family transcriptional regulator  26.99 
 
 		 231 aa  103  3e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0440  regulatory protein LuxR  31.22 
 
 		 246 aa  102  4e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0539143 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4396  LuxR family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 228 aa  102  4e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0505  transcriptional regulator, LuxR family  29.77 
 
 		 244 aa  100  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3395  LuxR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 260 aa  97.4  2e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3321  LuxR family transcriptional regulator  27.9 
 
 		 240 aa  96.7  3e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.214587 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0350  LuxR family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 253 aa  95.5  7e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0548  transcriptional regulator, LuxR family  29.67 
 
 		 244 aa  94.7  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.216848  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1575  transcriptional regulator, LuxR family  33.33 
 
 		 234 aa  93.6  3e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.629023  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2507  LuxR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 239 aa  92.4  7e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.883175  normal  0.509717 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5725  DNA-binding HTH domain-containing protein  33.03 
 
 		 307 aa  90.9  2e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.000726612  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0918  transcriptional regulator LuxR family  26.09 
 
 		 230 aa  89.7  4e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0441  regulatory protein LuxR  28.18 
 
 		 286 aa  89.4  5e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.923746  normal  0.0183899 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3098  transcriptional regulator, LuxR family  26.79 
 
 		 254 aa  88.2  1e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.521704  normal  0.269359 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49700  transcriptional regulator  29.79 
 
 		 243 aa  87.4  2e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3112  regulatory protein, LuxR  31.52 
 
 		 250 aa  85.1  8e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4114  putative transcriptional activator  30.43 
 
 		 213 aa  85.1  9e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.605496  normal  0.314154 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1153  LuxR family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 243 aa  84  0.000000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.446836 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3140  regulatory protein LuxR  27.23 
 
 		 246 aa  82.4  0.000000000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1863  ATP-dependent transcription regulator LuxR  27.27 
 
 		 394 aa  82  0.000000000000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00465528  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1443  ATP-dependent transcription regulator LuxR  27.27 
 
 		 238 aa  81.6  0.000000000000009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0444  ATP-dependent transcription regulator LuxR  27.27 
 
 		 238 aa  81.6  0.000000000000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.853961  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0542  ATP-dependent transcription regulator LuxR  27.27 
 
 		 238 aa  81.6  0.000000000000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0854  ATP-dependent transcription regulator LuxR  27.27 
 
 		 238 aa  81.6  0.000000000000009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.777865  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2171  ATP-dependent transcription regulator LuxR  27.27 
 
 		 238 aa  81.6  0.000000000000009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0944598  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2087  ATP-dependent transcription regulator LuxR  26.88 
 
 		 425 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.417065  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3810  LuxR family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 242 aa  81.6  0.00000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2417  LuxR family transcriptional regulator  26.25 
 
 		 244 aa  80.9  0.00000000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0805  LuxR family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 230 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.565309  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39980  putative transcriptional regulator  26.56 
 
 		 237 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4279  LuxR family transcriptional regulator  27.66 
 
 		 321 aa  79  0.00000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.189781  normal  0.0123236 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0127  transcriptional regulator, LuxR family  26.48 
 
 		 236 aa  79  0.00000000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0963  transcriptional regulator, LuxR family  24.14 
 
 		 237 aa  79.3  0.00000000000006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.27907  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0702  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  28.57 
 
 		 230 aa  78.6  0.00000000000009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.669136  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1576  LuxR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 230 aa  78.6  0.00000000000009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.893939  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0617  LuxR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 230 aa  78.6  0.00000000000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0241474  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2128  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  28.57 
 
 		 230 aa  78.6  0.00000000000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.423434  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2215  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  28.57 
 
 		 230 aa  78.6  0.00000000000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.311283  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2024  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.57 
 
 		 230 aa  78.6  0.00000000000009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.896026  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5576  LuxR family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 239 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000012464  normal  0.015154 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3643  LuxR family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 239 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00106494  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4724  LuxR family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 239 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000522863  hitchhiker  0.00659366 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0791  LuxR family transcriptional regulator  26.07 
 
 		 236 aa  77  0.0000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0904596  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1052  LuxR family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 239 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000000445716  normal  0.182523 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1836  transcriptional regulator, LuxR family  25.79 
 
 		 245 aa  77.4  0.0000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.28867  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4581  LuxR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 239 aa  77  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000141763  hitchhiker  0.0000089809 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4116  LuxR family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 239 aa  76.6  0.0000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0201758  hitchhiker  0.00877352 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5810  LuxR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 228 aa  75.9  0.0000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.809704  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6040  LuxR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 228 aa  75.9  0.0000000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.917081 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3386  putative transcriptional regulator  25.1 
 
 		 237 aa  75.9  0.0000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.247592  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3863  transcriptional regulator PsyR  28.57 
 
 		 247 aa  75.5  0.0000000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.831721  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3971  LuxR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 239 aa  75.5  0.0000000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000126265  normal  0.0321799 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1442  transcriptional regulator, LuxR family  24.74 
 
 		 245 aa  75.5  0.0000000000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.600459  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0100  transcriptional regulator, LuxR family  26.06 
 
 		 250 aa  75.1  0.0000000000009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01929  transcriptional activator of quorum sensing autoinducer synthesis transcription regulator protein  29.58 
 
 		 248 aa  73.9  0.000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.746701 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3898  transcriptional regulator LasR  24.32 
 
 		 239 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.219668  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1817  ATP-dependent transcription regulator LuxR  31.55 
 
 		 241 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.985291  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3500  LuxR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 247 aa  74.3  0.000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.547243 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1819  putative transcriptional regulator  28.32 
 
 		 243 aa  73.6  0.000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0145412  normal  0.357363 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1686  ATP-dependent transcription regulator LuxR  31.55 
 
 		 237 aa  73.6  0.000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0643903  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0641  ATP-dependent transcription regulator LuxR  31.55 
 
 		 241 aa  73.6  0.000000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0312274  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2798  ATP-dependent transcription regulator LuxR  31.55 
 
 		 237 aa  73.6  0.000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.675669  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2915  ATP-dependent transcription regulator LuxR  31.55 
 
 		 237 aa  73.6  0.000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.454836  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2729  ATP-dependent transcription regulator LuxR  31.55 
 
 		 241 aa  73.6  0.000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0930619  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2371  ATP-dependent transcription regulator LuxR  31.55 
 
 		 241 aa  73.6  0.000000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.440892  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2672  ATP-dependent transcription regulator LuxR  31.55 
 
 		 241 aa  73.6  0.000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0190  LuxR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 235 aa  72.8  0.000000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.195449  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1622  LuxR transcriptional regulator  27.95 
 
 		 247 aa  72.8  0.000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.831315  normal  0.816592 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4168  transcriptional regulator, LuxR family  28.19 
 
 		 251 aa  73.2  0.000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4641  LuxR family transcriptional regulator  26.58 
 
 		 235 aa  72.8  0.000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.226579  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45960  transcriptional regulator LasR  24.32 
 
 		 239 aa  72.8  0.000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4647  LuxR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 279 aa  72  0.000000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1715  LuxR family transcriptional regulator  22.22 
 
 		 245 aa  72  0.000000000009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00270807  hitchhiker  0.000116776 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1513  LuxR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 246 aa  71.6  0.000000000009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000493267  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1655  LuxR family transcriptional regulator  22.22 
 
 		 245 aa  72  0.000000000009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1547  LuxR family transcriptional regulator  22.22 
 
 		 245 aa  72  0.000000000009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1649  transcriptional regulator RhlR  28.14 
 
 		 224 aa  71.2  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.458186  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9665  two-component transcriptional regulator LuxR family  24.03 
 
 		 240 aa  71.6  0.00000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.024682  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0183  LuxR family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 235 aa  71.2  0.00000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0816251  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0791  LuxR family transcriptional regulator  22.81 
 
 		 247 aa  70.5  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>