261 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_4558 on replicon NC_007961
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007961  Nham_4558  LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 
234 aa  484  1e-136  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.534127  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5387  autoinducer-binding domain-containing protein  42.62 
 
 
320 aa  190  2e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.841269  normal  0.0379322 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4889  autoinducer-binding domain-containing protein  40.69 
 
 
233 aa  161  9e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.70592  normal  0.843155 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5493  transcriptional regulator, LuxR family  39.74 
 
 
236 aa  148  9e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9195  transcriptional regulator TraR  34.89 
 
 
234 aa  132  3e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.391185  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8300  transcriptional regulator TraR  32.19 
 
 
230 aa  131  9e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8140  transcriptional regulator TraR  32.61 
 
 
227 aa  130  1.0000000000000001e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.692827  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0260  LuxR family transcriptional regulator  31.38 
 
 
243 aa  114  1.0000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2417  LuxR family transcriptional regulator  31.7 
 
 
244 aa  98.6  8e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0127  transcriptional regulator, LuxR family  29.17 
 
 
236 aa  97.8  1e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0122  LuxR family transcriptional regulator  30.51 
 
 
233 aa  96.3  3e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1758  autoinducer-binding domain-containing protein  30.51 
 
 
233 aa  96.3  3e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4114  putative transcriptional activator  31.5 
 
 
213 aa  94  2e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.605496  normal  0.314154 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1709  autoinducer-binding domain-containing protein  29.24 
 
 
233 aa  90.1  2e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.781724  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0920  LuxR family transcriptional regulator  33.16 
 
 
268 aa  90.1  3e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.81926  normal  0.148698 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2087  ATP-dependent transcription regulator LuxR  30.73 
 
 
425 aa  89.4  5e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.417065  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0444  ATP-dependent transcription regulator LuxR  30.28 
 
 
238 aa  87.4  2e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.853961  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0854  ATP-dependent transcription regulator LuxR  30.28 
 
 
238 aa  87.4  2e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.777865  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1443  ATP-dependent transcription regulator LuxR  30.28 
 
 
238 aa  87.4  2e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1664  transcriptional regulator, LuxR family  32.6 
 
 
237 aa  87  2e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.888844 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1863  ATP-dependent transcription regulator LuxR  30.28 
 
 
394 aa  87  2e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00465528  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0198  autoinducer-binding domain-containing protein  28.69 
 
 
235 aa  87.4  2e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00000129067  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0542  ATP-dependent transcription regulator LuxR  30.28 
 
 
238 aa  87.4  2e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1997  autoinducer-binding transcriptional regulator, LuxR family  32.6 
 
 
237 aa  87  2e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.448669  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2171  ATP-dependent transcription regulator LuxR  30.28 
 
 
238 aa  87.4  2e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0944598  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0402  regulatory protein, LuxR  29.96 
 
 
242 aa  86.7  3e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0418  LuxR family transcriptional regulator  29.91 
 
 
242 aa  85.5  6e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0943  transcriptional regulator, LuxR family  26.69 
 
 
242 aa  85.1  9e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1003  transcriptional regulator, LuxR family  25.42 
 
 
245 aa  84.3  0.000000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.383688  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39980  putative transcriptional regulator  26.5 
 
 
237 aa  84.7  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0720  LuxR family transcriptional regulator  26.39 
 
 
247 aa  83.6  0.000000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0791  LuxR family transcriptional regulator  26.39 
 
 
247 aa  83.6  0.000000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0182  LuxR family transcriptional regulator  26.39 
 
 
247 aa  83.6  0.000000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00268604  hitchhiker  0.00000585836 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3386  putative transcriptional regulator  31.28 
 
 
237 aa  83.2  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.247592  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1836  transcriptional regulator, LuxR family  26.05 
 
 
245 aa  82  0.000000000000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.28867  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3287  transcriptional activator SOLR transcription regulator protein  30.98 
 
 
236 aa  81.6  0.000000000000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.840181  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1442  transcriptional regulator, LuxR family  27.69 
 
 
245 aa  81.6  0.000000000000009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.600459  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0190  LuxR family transcriptional regulator  25.76 
 
 
235 aa  81.3  0.00000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.195449  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5029  transcriptional regulator, LuxR family  30.17 
 
 
243 aa  81.3  0.00000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.771298  normal  0.575652 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0100  transcriptional regulator, LuxR family  28.02 
 
 
250 aa  80.1  0.00000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0460  transcriptional regulator, LuxR family  30.57 
 
 
253 aa  80.1  0.00000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.343765 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0183  LuxR family transcriptional regulator  25.33 
 
 
235 aa  79.7  0.00000000000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0816251  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1655  LuxR family transcriptional regulator  28.15 
 
 
245 aa  79.3  0.00000000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1547  LuxR family transcriptional regulator  28.15 
 
 
245 aa  79.3  0.00000000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1715  LuxR family transcriptional regulator  28.15 
 
 
245 aa  79.3  0.00000000000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00270807  hitchhiker  0.000116776 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0282  transcriptional regulator, LuxR family  28.27 
 
 
246 aa  78.6  0.00000000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.419752  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2997  LuxR family transcriptional regulator  31.91 
 
 
250 aa  78.6  0.00000000000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.665573 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5725  DNA-binding HTH domain-containing protein  31 
 
 
307 aa  77.8  0.0000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.000726612  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0963  transcriptional regulator, LuxR family  25.97 
 
 
237 aa  77.4  0.0000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.27907  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1513  LuxR family transcriptional regulator  31.82 
 
 
246 aa  77  0.0000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000493267  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3395  LuxR family transcriptional regulator  28.1 
 
 
260 aa  77.4  0.0000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3500  LuxR family transcriptional regulator  26.61 
 
 
247 aa  77.4  0.0000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.547243 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4147  transcriptional regulator, LuxR family  30.1 
 
 
242 aa  76.6  0.0000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0097  transcriptional regulator, LuxR family  32.11 
 
 
244 aa  76.6  0.0000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0359  LuxR family transcriptional regulator  26.67 
 
 
248 aa  76.6  0.0000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.870907  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5462  LuxR family transcriptional regulator  30.6 
 
 
245 aa  76.3  0.0000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.191354 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4977  transcriptional regulator, LuxR family  31.28 
 
 
243 aa  76.3  0.0000000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.637652  normal  0.142556 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3098  transcriptional regulator, LuxR family  29.51 
 
 
254 aa  75.9  0.0000000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.521704  normal  0.269359 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4514  autoinducer-binding domain-containing protein  30.17 
 
 
243 aa  75.5  0.0000000000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.447162  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3971  LuxR family transcriptional regulator  27.5 
 
 
239 aa  74.3  0.000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000126265  normal  0.0321799 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4279  LuxR family transcriptional regulator  27.94 
 
 
321 aa  74.3  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.189781  normal  0.0123236 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1576  LuxR family transcriptional regulator  26.07 
 
 
230 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.893939  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0617  LuxR family transcriptional regulator  26.07 
 
 
230 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0241474  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0702  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  26.07 
 
 
230 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.669136  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3321  LuxR family transcriptional regulator  30.48 
 
 
240 aa  73.6  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.214587 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1766  transcriptional regulator, LuxR family  28.57 
 
 
244 aa  73.6  0.000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.182775  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2215  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  26.07 
 
 
230 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.311283  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5762  LuxR family transcriptional regulator  28.04 
 
 
242 aa  74.3  0.000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.225342  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2024  ATP-dependent transcription regulator LuxR  26.07 
 
 
230 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.896026  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2128  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  26.07 
 
 
230 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.423434  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0962  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  29.31 
 
 
239 aa  73.6  0.000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1345  N-acyl homoserine lactone transcriptional regulator  29.31 
 
 
239 aa  73.6  0.000000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1223  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  29.31 
 
 
239 aa  73.6  0.000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0627  LuxR family transcriptional regulator  27.5 
 
 
241 aa  73.6  0.000000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.253164  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2485  BpsR  29.31 
 
 
239 aa  73.6  0.000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0805  LuxR family transcriptional regulator  25.74 
 
 
230 aa  73.6  0.000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.565309  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1510  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.31 
 
 
239 aa  73.6  0.000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.08907  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1295  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  29.31 
 
 
239 aa  73.6  0.000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.312538  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0329  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  29.31 
 
 
239 aa  73.6  0.000000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0607  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  29.31 
 
 
239 aa  73.6  0.000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.83559  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1052  LuxR family transcriptional regulator  27.27 
 
 
239 aa  71.2  0.00000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000000445716  normal  0.182523 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5576  LuxR family transcriptional regulator  27.27 
 
 
239 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000012464  normal  0.015154 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3643  LuxR family transcriptional regulator  27.27 
 
 
239 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00106494  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19120  transcriptional regulator RhlR  25.89 
 
 
241 aa  71.2  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.420854  normal  0.170234 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4724  LuxR family transcriptional regulator  27.27 
 
 
239 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000522863  hitchhiker  0.00659366 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3810  LuxR family transcriptional regulator  31.52 
 
 
242 aa  71.6  0.00000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1649  transcriptional regulator RhlR  27.78 
 
 
224 aa  70.5  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.458186  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01929  transcriptional activator of quorum sensing autoinducer synthesis transcription regulator protein  30.36 
 
 
248 aa  70.5  0.00000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.746701 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4374  transcriptional regulator LuxR family  29.74 
 
 
246 aa  70.9  0.00000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.307061  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1622  LuxR transcriptional regulator  25.13 
 
 
247 aa  70.5  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.831315  normal  0.816592 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0958  transcriptional activator protein LuxR  29.41 
 
 
247 aa  70.5  0.00000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1407  LuxR family transcriptional regulator  27.31 
 
 
241 aa  70.5  0.00000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.959158  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7112  LuxR family transcriptional regulator  28.07 
 
 
242 aa  69.7  0.00000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0985225  normal  0.773577 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5810  LuxR family transcriptional regulator  29.94 
 
 
228 aa  69.7  0.00000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.809704  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6040  LuxR family transcriptional regulator  29.94 
 
 
228 aa  69.7  0.00000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.917081 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0066  LuxR family transcriptional regulator  24.65 
 
 
248 aa  69.7  0.00000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.961932  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2028  LuxR family transcriptional regulator  25.31 
 
 
242 aa  69.7  0.00000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4581  LuxR family transcriptional regulator  26.84 
 
 
239 aa  69.7  0.00000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000141763  hitchhiker  0.0000089809 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3863  transcriptional regulator PsyR  24.12 
 
 
247 aa  68.9  0.00000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.831721  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4116  LuxR family transcriptional regulator  26.96 
 
 
239 aa  68.6  0.00000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0201758  hitchhiker  0.00877352 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>