More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_0918 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011989  Avi_0918  transcriptional regulator LuxR family  100 
 
 
230 aa  478  1e-134  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0505  transcriptional regulator, LuxR family  54.35 
 
 
244 aa  263  2e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0548  transcriptional regulator, LuxR family  54.78 
 
 
244 aa  261  6e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.216848  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0440  regulatory protein LuxR  48.43 
 
 
246 aa  221  4.9999999999999996e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0539143 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0441  regulatory protein LuxR  45.22 
 
 
286 aa  200  1.9999999999999998e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.923746  normal  0.0183899 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0797  transcriptional regulator, LuxR family  34.96 
 
 
240 aa  168  7e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.205827  normal  0.24043 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2601  regulatory protein LuxR  32.43 
 
 
247 aa  126  2.0000000000000002e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2818  transcriptional regulator, LuxR family  32.46 
 
 
241 aa  124  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0185947 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3087  transcriptional regulator, LuxR family  32.16 
 
 
241 aa  117  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6378  LuxR family transcriptional regulator  30.4 
 
 
248 aa  111  8.000000000000001e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_6408  LuxR family transcriptional regulator  30.4 
 
 
248 aa  111  8.000000000000001e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1003  transcriptional regulator, LuxR family  28.88 
 
 
245 aa  108  7.000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.383688  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3273  transcriptional regulator LuxR family  30.47 
 
 
241 aa  105  5e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0323  transcriptional regulator, LuxR family  32.27 
 
 
243 aa  100  3e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0418  LuxR family transcriptional regulator  30.53 
 
 
242 aa  99.8  3e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0402  regulatory protein, LuxR  29.61 
 
 
242 aa  91.7  8e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0702  LuxR family transcriptional regulator  26.09 
 
 
245 aa  89.7  3e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3840  transcriptional regulator, LuxR family  28.11 
 
 
251 aa  88.6  8e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0460  transcriptional regulator, LuxR family  30.81 
 
 
253 aa  87.4  1e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.343765 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2417  LuxR family transcriptional regulator  27.84 
 
 
244 aa  85.9  5e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4168  transcriptional regulator, LuxR family  30.1 
 
 
251 aa  83.6  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0965  transcriptional activator protein LuxR  26.84 
 
 
248 aa  83.2  0.000000000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.266935  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0282  transcriptional regulator, LuxR family  30.73 
 
 
246 aa  83.6  0.000000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.419752  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7112  LuxR family transcriptional regulator  28.64 
 
 
242 aa  82.8  0.000000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0985225  normal  0.773577 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0339  transcriptional regulator, LuxR family  41.18 
 
 
248 aa  82.4  0.000000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.872821  normal  0.0558568 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4374  transcriptional regulator LuxR family  29.41 
 
 
246 aa  81.6  0.000000000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.307061  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0307  transcriptional regulator, LuxR family  41.18 
 
 
248 aa  82  0.000000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0244  response regulator receiver protein  34.09 
 
 
247 aa  81.6  0.000000000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.50277 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5762  LuxR family transcriptional regulator  28.45 
 
 
242 aa  80.9  0.00000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.225342  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0318  transcriptional regulator, LuxR family  31.12 
 
 
234 aa  79.7  0.00000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3140  regulatory protein LuxR  27.78 
 
 
246 aa  79.3  0.00000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4224  regulatory protein LuxR  31.54 
 
 
260 aa  79.3  0.00000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.525332  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0287  transcriptional regulator, LuxR family  43.1 
 
 
234 aa  78.2  0.00000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4065  transcriptional regulator LuxR family  56.92 
 
 
251 aa  78.2  0.0000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2330  transcriptional regulator, LuxR family  28.14 
 
 
240 aa  76.3  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.20021  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3321  LuxR family transcriptional regulator  27.86 
 
 
240 aa  76.6  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.214587 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0359  LuxR family transcriptional regulator  29.47 
 
 
248 aa  76.6  0.0000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.870907  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3098  transcriptional regulator, LuxR family  28.25 
 
 
254 aa  76.6  0.0000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.521704  normal  0.269359 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1443  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.3 
 
 
238 aa  75.9  0.0000000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0542  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.3 
 
 
238 aa  75.9  0.0000000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0854  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.3 
 
 
238 aa  75.9  0.0000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.777865  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0444  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.3 
 
 
238 aa  75.9  0.0000000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.853961  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2171  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.3 
 
 
238 aa  75.9  0.0000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0944598  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0958  transcriptional activator protein LuxR  23.11 
 
 
247 aa  75.5  0.0000000000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1863  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.3 
 
 
394 aa  75.1  0.0000000000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00465528  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5029  transcriptional regulator, LuxR family  34.06 
 
 
243 aa  75.1  0.0000000000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.771298  normal  0.575652 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2174  regulatory protein, LuxR  27.64 
 
 
240 aa  74.7  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.795683 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3810  LuxR family transcriptional regulator  28.8 
 
 
242 aa  74.3  0.000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4359  regulatory protein, LuxR  53.12 
 
 
301 aa  73.9  0.000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4514  autoinducer-binding domain-containing protein  34.31 
 
 
243 aa  73.6  0.000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.447162  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5040  LuxR family transcriptional regulator  27.78 
 
 
229 aa  73.2  0.000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.350334  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4977  transcriptional regulator, LuxR family  34.31 
 
 
243 aa  72.8  0.000000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.637652  normal  0.142556 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4435  LuxR family transcriptional regulator  26.19 
 
 
231 aa  71.6  0.000000000009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3395  LuxR family transcriptional regulator  26.67 
 
 
260 aa  71.6  0.00000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2087  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.17 
 
 
425 aa  70.5  0.00000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.417065  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0243  regulatory protein LuxR  47.73 
 
 
245 aa  70.5  0.00000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.537224 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3549  regulatory protein, LuxR  33.99 
 
 
255 aa  70.1  0.00000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2667  transcriptional regulator, LuxR family  27.4 
 
 
241 aa  69.7  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.530563  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4066  transcriptional regulator LuxR family  54.1 
 
 
248 aa  69.7  0.00000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.274649  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1817  ATP-dependent transcription regulator LuxR  30.32 
 
 
241 aa  69.7  0.00000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.985291  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4396  LuxR family transcriptional regulator  27.07 
 
 
228 aa  68.9  0.00000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1997  autoinducer-binding transcriptional regulator, LuxR family  28.83 
 
 
237 aa  69.3  0.00000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.448669  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1664  transcriptional regulator, LuxR family  28.83 
 
 
237 aa  69.3  0.00000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.888844 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0127  transcriptional regulator, LuxR family  34.88 
 
 
206 aa  68.9  0.00000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0963  transcriptional regulator, LuxR family  24.89 
 
 
237 aa  68.6  0.00000000007  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.27907  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3287  transcriptional activator SOLR transcription regulator protein  26.84 
 
 
236 aa  68.9  0.00000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.840181  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0627  LuxR family transcriptional regulator  25.5 
 
 
241 aa  68.6  0.00000000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.253164  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2928  transcriptional regulator, LuxR family  27.54 
 
 
241 aa  68.6  0.00000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.258432  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0920  LuxR family transcriptional regulator  26.48 
 
 
268 aa  68.6  0.00000000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.81926  normal  0.148698 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2957  transcriptional regulator protein  26.48 
 
 
243 aa  68.2  0.00000000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.923766  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1890  transcriptional regulator LuxR family  56.45 
 
 
246 aa  67.8  0.0000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.546749  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0119  LuxR family transcriptional regulator  28.22 
 
 
259 aa  68.2  0.0000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.608376  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0641  ATP-dependent transcription regulator LuxR  31.75 
 
 
241 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0312274  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0110  LuxR family transcriptional regulator  28.22 
 
 
268 aa  68.2  0.0000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.514691  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2798  ATP-dependent transcription regulator LuxR  31.75 
 
 
237 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.675669  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1559  regulatory protein LuxR  55.74 
 
 
246 aa  68.2  0.0000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.509292 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1686  ATP-dependent transcription regulator LuxR  31.75 
 
 
237 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0643903  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1766  transcriptional regulator, LuxR family  36.15 
 
 
244 aa  68.2  0.0000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.182775  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2729  ATP-dependent transcription regulator LuxR  31.75 
 
 
241 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0930619  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5725  DNA-binding HTH domain-containing protein  50 
 
 
307 aa  68.2  0.0000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.000726612  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4715  two component LuxR family transcriptional regulator  55.74 
 
 
196 aa  68.2  0.0000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2672  ATP-dependent transcription regulator LuxR  31.75 
 
 
241 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0306  transcriptional regulator, LuxR family  52.46 
 
 
248 aa  67.8  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.6306  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0338  transcriptional regulator, LuxR family  52.46 
 
 
248 aa  68.2  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.137643 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2371  ATP-dependent transcription regulator LuxR  31.75 
 
 
241 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.440892  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2915  ATP-dependent transcription regulator LuxR  31.75 
 
 
237 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.454836  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3863  transcriptional regulator PsyR  25.37 
 
 
247 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.831721  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1622  LuxR transcriptional regulator  27.36 
 
 
247 aa  67  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.831315  normal  0.816592 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1709  autoinducer-binding domain-containing protein  31.54 
 
 
233 aa  67.4  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.781724  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45960  transcriptional regulator LasR  26.4 
 
 
239 aa  67  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3898  transcriptional regulator LasR  26.4 
 
 
239 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.219668  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3796  LuxR family transcriptional regulator  26.75 
 
 
237 aa  67.8  0.0000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00301827 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0416  LuxR family transcriptional regulator  34.65 
 
 
262 aa  67  0.0000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5323  transcriptional regulator two component heavy metal regulatory response ZniR  50.79 
 
 
206 aa  66.6  0.0000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.844748 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4980  LuxR family transcriptional regulator  27.89 
 
 
237 aa  66.6  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4299  LuxR family transcriptional regulator  27.89 
 
 
237 aa  66.6  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.190696 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3180  LuxR family transcriptional regulator  27.89 
 
 
237 aa  66.6  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.100011 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1549  LuxR transcriptional regulator  48.72 
 
 
201 aa  66.6  0.0000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.355184  normal  0.152747 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0702  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  27.78 
 
 
230 aa  66.2  0.0000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.669136  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2128  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  27.78 
 
 
230 aa  66.2  0.0000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.423434  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>