More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0243 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_0243  regulatory protein LuxR  100 
 
 		 245 aa  503  9.999999999999999e-143  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.537224 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0306  transcriptional regulator, LuxR family  63.06 
 
 		 248 aa  280  2e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.6306  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0338  transcriptional regulator, LuxR family  61.26 
 
 		 248 aa  273  1.0000000000000001e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.137643 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4066  transcriptional regulator LuxR family  58.12 
 
 		 248 aa  256  3e-67  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.274649  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0918  transcriptional regulator LuxR family  47.73 
 
 		 230 aa  70.5  0.00000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2601  regulatory protein LuxR  51.61 
 
 		 247 aa  67  0.0000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2084  LuxR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 269 aa  62.8  0.000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.730902  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0318  transcriptional regulator, LuxR family  50.82 
 
 		 234 aa  62.8  0.000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0287  transcriptional regulator, LuxR family  50.82 
 
 		 234 aa  62.8  0.000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0441  regulatory protein LuxR  44.26 
 
 		 286 aa  62.4  0.000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.923746  normal  0.0183899 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0548  transcriptional regulator, LuxR family  47.54 
 
 		 244 aa  62  0.000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.216848  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0505  transcriptional regulator, LuxR family  47.54 
 
 		 244 aa  62  0.000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0440  regulatory protein LuxR  27.27 
 
 		 246 aa  61.2  0.00000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0539143 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4279  LuxR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 321 aa  59.3  0.00000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.189781  normal  0.0123236 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1559  regulatory protein LuxR  45.45 
 
 		 246 aa  59.3  0.00000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.509292 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4435  LuxR family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 231 aa  58.9  0.00000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2818  transcriptional regulator, LuxR family  29.71 
 
 		 241 aa  58.9  0.00000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0185947 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3273  transcriptional regulator LuxR family  47.54 
 
 		 241 aa  58.5  0.00000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0351  LuxR family transcriptional regulator  46.43 
 
 		 258 aa  58.5  0.00000009  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.637296  normal  0.0151595 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3098  transcriptional regulator, LuxR family  33.04 
 
 		 254 aa  58.5  0.0000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.521704  normal  0.269359 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4396  LuxR family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 228 aa  57.8  0.0000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5323  transcriptional regulator two component heavy metal regulatory response ZniR  39.47 
 
 		 206 aa  58.5  0.0000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.844748 
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6378  LuxR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 248 aa  58.2  0.0000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_6408  LuxR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 248 aa  58.2  0.0000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2957  transcriptional regulator protein  34.02 
 
 		 243 aa  57.4  0.0000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.923766  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4428  two component LuxR family transcriptional regulator  43.86 
 
 		 231 aa  57  0.0000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3087  transcriptional regulator, LuxR family  40.28 
 
 		 241 aa  57  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4359  regulatory protein, LuxR  39.51 
 
 		 301 aa  56.6  0.0000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4977  transcriptional regulator, LuxR family  36.05 
 
 		 243 aa  55.8  0.0000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.637652  normal  0.142556 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1407  LuxR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 241 aa  55.8  0.0000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.959158  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4514  autoinducer-binding domain-containing protein  36.05 
 
 		 243 aa  55.8  0.0000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.447162  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0020  two component transcriptional regulator, LuxR family  44.07 
 
 		 229 aa  55.8  0.0000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0804  two component LuxR family transcriptional regulator  46.43 
 
 		 204 aa  55.1  0.000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2446  transcriptional regulator, LuxR family  38.24 
 
 		 188 aa  55.1  0.000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1600  two component LuxR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 207 aa  55.1  0.000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3952  two component LuxR family transcriptional regulator  45.16 
 
 		 222 aa  54.7  0.000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.173353 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3193  LuxR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 243 aa  54.7  0.000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.800778  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0175  LuxR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 254 aa  54.7  0.000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.508003  normal  0.575618 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1549  LuxR transcriptional regulator  43.08 
 
 		 201 aa  55.1  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.355184  normal  0.152747 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5029  transcriptional regulator, LuxR family  34.88 
 
 		 243 aa  54.7  0.000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.771298  normal  0.575652 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1760  two component LuxR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 303 aa  55.1  0.000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.887336 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4860  two component LuxR family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 219 aa  54.3  0.000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.452521  normal  0.0798716 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5809  transcriptional regulator, LuxR family  44.26 
 
 		 235 aa  54.3  0.000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.962539  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2417  LuxR family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 244 aa  54.3  0.000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1039  two component LuxR family transcriptional regulator  45 
 
 		 238 aa  54.3  0.000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.135118 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5512  two component LuxR family transcriptional regulator  45 
 
 		 250 aa  54.3  0.000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.631776 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2943  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.27 
 
 		 201 aa  54.3  0.000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6539  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.05 
 
 		 198 aa  54.3  0.000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.370011  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04700  response regulator containing a CheY-like receiver domain protein and an HTH DNA-binding domain protein  36.05 
 
 		 198 aa  53.9  0.000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.162406  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0965  transcriptional activator protein LuxR  36.71 
 
 		 248 aa  54.7  0.000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.266935  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1673  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.27 
 
 		 201 aa  54.3  0.000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.619826  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3840  transcriptional regulator, LuxR family  39.06 
 
 		 251 aa  53.5  0.000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4468  response regulator receiver protein  42.19 
 
 		 219 aa  53.5  0.000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0876299  normal  0.32237 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1513  LuxR family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 246 aa  53.5  0.000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000493267  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5840  two component LuxR family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 237 aa  53.5  0.000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0206065  normal  0.380036 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0962  response regulator receiver protein  42.62 
 
 		 304 aa  53.5  0.000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.512477  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1438  response regulator receiver  42.62 
 
 		 213 aa  53.5  0.000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.494689  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0460  transcriptional regulator, LuxR family  35.64 
 
 		 253 aa  53.5  0.000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.343765 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0702  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  42.86 
 
 		 230 aa  53.1  0.000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.669136  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2359  two component transcriptional regulator, LuxR family  45.61 
 
 		 247 aa  53.1  0.000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0990205  decreased coverage  0.00133027 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1576  LuxR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 230 aa  53.1  0.000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.893939  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0617  LuxR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 230 aa  53.1  0.000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0241474  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0805  LuxR family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 230 aa  53.1  0.000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.565309  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2128  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  42.86 
 
 		 230 aa  53.1  0.000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.423434  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0765  two component LuxR family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 237 aa  53.1  0.000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.272345  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2106  DNA-binding transcriptional activator SdiA  31.01 
 
 		 240 aa  52.8  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.010871 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0359  LuxR family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 248 aa  53.1  0.000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.870907  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1293  DNA-binding transcriptional activator SdiA  31.01 
 
 		 240 aa  52.8  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.746399  hitchhiker  0.0000202879 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3869  response regulator receiver protein  44.83 
 
 		 301 aa  53.1  0.000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2024  ATP-dependent transcription regulator LuxR  42.86 
 
 		 230 aa  53.1  0.000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.896026  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0775  LuxR family two component transcriptional regulator  42.62 
 
 		 234 aa  53.1  0.000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.336237 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2215  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  42.86 
 
 		 230 aa  53.1  0.000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.311283  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2528  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.27 
 
 		 201 aa  52.8  0.000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0341229 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0641  ATP-dependent transcription regulator LuxR  42.42 
 
 		 241 aa  52.8  0.000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0312274  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2458  response regulator receiver  40.62 
 
 		 220 aa  52.8  0.000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0554598  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1044  DNA-binding transcriptional activator SdiA  29.53 
 
 		 240 aa  52.8  0.000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000369866  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2150  DNA-binding transcriptional activator SdiA  29.53 
 
 		 240 aa  52.8  0.000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000560081  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2165  DNA-binding transcriptional activator SdiA  31.01 
 
 		 240 aa  52.8  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0921825  hitchhiker  0.00000020452 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2112  DNA-binding transcriptional activator SdiA  31.01 
 
 		 240 aa  52.8  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.722664  hitchhiker  0.0000000000000595752 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1170  DNA-binding transcriptional activator SdiA  31.01 
 
 		 240 aa  52.8  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0141324  n/a   
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4984  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.27 
 
 		 201 aa  52.8  0.000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0145131 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3839  regulatory protein, LuxR  36.78 
 
 		 268 aa  52.8  0.000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2371  ATP-dependent transcription regulator LuxR  42.42 
 
 		 241 aa  52.8  0.000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.440892  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1160  two component LuxR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 210 aa  52.8  0.000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2672  ATP-dependent transcription regulator LuxR  42.42 
 
 		 241 aa  52.8  0.000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2729  ATP-dependent transcription regulator LuxR  42.42 
 
 		 241 aa  52.8  0.000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0930619  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3480  two component transcriptional regulator, LuxR family  45.9 
 
 		 210 aa  52.4  0.000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.147525 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0804  two component LuxR family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 229 aa  52.8  0.000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2798  ATP-dependent transcription regulator LuxR  45 
 
 		 237 aa  52.8  0.000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.675669  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4038  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.94 
 
 		 253 aa  52.8  0.000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1817  ATP-dependent transcription regulator LuxR  45 
 
 		 241 aa  52.4  0.000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.985291  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1587  two component transcriptional regulator, LuxR family  45.61 
 
 		 292 aa  52.4  0.000006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.522901  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2623  two component transcriptional regulator, LuxR family  45.9 
 
 		 210 aa  52.4  0.000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1686  ATP-dependent transcription regulator LuxR  45 
 
 		 237 aa  52.8  0.000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0643903  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2915  ATP-dependent transcription regulator LuxR  45 
 
 		 237 aa  52.8  0.000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.454836  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1003  transcriptional regulator, LuxR family  40 
 
 		 245 aa  52.4  0.000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.383688  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1445  two component LuxR family transcriptional regulator  45.1 
 
 		 308 aa  52.4  0.000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.446624  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4509  autoinducer-binding domain-containing protein  44.64 
 
 		 235 aa  52.4  0.000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5725  DNA-binding HTH domain-containing protein  40 
 
 		 307 aa  52.4  0.000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.000726612  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0218  two component LuxR family transcriptional regulator  40.35 
 
 		 339 aa  52.4  0.000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>