More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_1673 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_1673  two component transcriptional regulator, LuxR family  100 
 
 		 201 aa  409  1e-113  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.619826  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2943  two component transcriptional regulator, LuxR family  100 
 
 		 201 aa  409  1e-113  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2528  two component transcriptional regulator, LuxR family  94.03 
 
 		 201 aa  390  1e-108  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0341229 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4984  two component transcriptional regulator, LuxR family  94.03 
 
 		 201 aa  390  1e-108  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0145131 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5323  transcriptional regulator two component heavy metal regulatory response ZniR  71.57 
 
 		 206 aa  287  9e-77  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.844748 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1549  LuxR transcriptional regulator  59.2 
 
 		 201 aa  247  8e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.355184  normal  0.152747 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4715  two component LuxR family transcriptional regulator  55.15 
 
 		 196 aa  209  3e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2873  two component LuxR family transcriptional regulator  40.69 
 
 		 216 aa  152  2.9999999999999998e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0804  two component LuxR family transcriptional regulator  41.41 
 
 		 204 aa  137  7.999999999999999e-32  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4080  DNA-binding response regulator, LuxR family  38.94 
 
 		 222 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.542388  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3311  response regulator receiver protein  47.58 
 
 		 321 aa  120  1.9999999999999998e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.479786 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2665  response regulator receiver protein  44.09 
 
 		 133 aa  117  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0531061  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2881  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.94 
 
 		 212 aa  111  8.000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4323  two component LuxR family transcriptional regulator  32.82 
 
 		 215 aa  110  1.0000000000000001e-23  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.115662  normal  0.727411 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2336  response regulator receiver protein  42.86 
 
 		 133 aa  110  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.103968  normal  0.760096 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2887  LuxR family two component transcriptional regulator  35.38 
 
 		 225 aa  110  2.0000000000000002e-23  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.526109  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3628  two component LuxR family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 225 aa  110  2.0000000000000002e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.717242  normal  0.142765 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1580  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.5 
 
 		 216 aa  108  7.000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1605  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.5 
 
 		 216 aa  108  7.000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1518  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 767 aa  103  1e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0706082  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2749  transcription response regulator-like protein  36.55 
 
 		 221 aa  102  5e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00061025  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2022  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.8 
 
 		 589 aa  101  6e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1237  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.88 
 
 		 234 aa  101  8e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.178035  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1040  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  41.67 
 
 		 365 aa  100  1e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2563  transcriptional regulatory protein ResD  29.81 
 
 		 221 aa  100  2e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00803163 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2424  two component transcriptional regulator  35.17 
 
 		 221 aa  100  2e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0245011  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2267  two component transcriptional regulator, AraC family  44.63 
 
 		 265 aa  100  2e-20  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00808217 
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5471  two component transcriptional regulator  29.33 
 
 		 221 aa  99.4  3e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00800002  hitchhiker  0.0013378 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2754  two component LuxR family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 215 aa  99.4  3e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.221671  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2938  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.02 
 
 		 215 aa  99.8  3e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2846  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.02 
 
 		 215 aa  99.8  3e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.243379  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4740  two component LuxR family transcriptional regulator  38.82 
 
 		 160 aa  99.4  4e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.318753  normal  0.272493 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3979  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.84 
 
 		 220 aa  98.6  5e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.487116  normal  0.704163 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5215  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.28 
 
 		 217 aa  99  5e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1271  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  43.33 
 
 		 350 aa  98.2  7e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0981  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.72 
 
 		 221 aa  97.4  1e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.416641 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0644  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.33 
 
 		 236 aa  97.1  1e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1805  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.41 
 
 		 310 aa  97.4  1e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0638722  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5633  response regulator receiver protein  33.66 
 
 		 218 aa  96.3  3e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.938686  normal  0.508699 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4491  two component LuxR family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 233 aa  95.9  4e-19  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.697305 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4627  two component transcriptional regulator, LuxR family  28.05 
 
 		 226 aa  95.1  7e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0301  two component LuxR family transcriptional regulator  28.82 
 
 		 231 aa  94.7  9e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.54347  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0802  two component transcriptional regulator  29.95 
 
 		 220 aa  94  1e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0332  response regulator receiver protein  43.33 
 
 		 806 aa  94  1e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.112355  normal  0.937153 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2743  two component LuxR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 215 aa  94  1e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.231043  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3501  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.18 
 
 		 234 aa  94  1e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2492  response regulator receiver  39.02 
 
 		 352 aa  94.4  1e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.570528  normal  0.0101485 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1132  transcriptional regulator  40.48 
 
 		 355 aa  94.4  1e-18  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.99008 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3690  two component transcriptional regulator  41.18 
 
 		 234 aa  94  1e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.038332  normal  0.0151663 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5316  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  40.65 
 
 		 354 aa  94.4  1e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.100222 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3569  two component transcriptional regulator  41.18 
 
 		 234 aa  94  1e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.401849  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5556  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  40.34 
 
 		 352 aa  94  1e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.487576  normal  0.0420739 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0749  two component transcriptional regulator  41.18 
 
 		 234 aa  94  1e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.326027  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4604  histidine kinase  41.86 
 
 		 663 aa  93.6  2e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0065  response regulator receiver domain-containing protein  30.21 
 
 		 196 aa  93.2  2e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.670969  normal  0.0252366 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2324  two component LuxR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 245 aa  93.2  2e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.42123  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1389  two component heavy metal response transcriptional regulator  34 
 
 		 225 aa  93.6  2e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.717226  normal  0.091392 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2844  two component transcriptional regulator  35.51 
 
 		 248 aa  93.2  2e-18  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1037  response regulator receiver protein  41.27 
 
 		 247 aa  93.6  2e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1271  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.1 
 
 		 225 aa  93.6  2e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1461  two component heavy metal response transcriptional regulator  37.59 
 
 		 227 aa  93.2  2e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2987  LuxR family two component transcriptional regulator  30.57 
 
 		 231 aa  93.6  2e-18  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2852  histidine kinase  31.95 
 
 		 1342 aa  93.2  3e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.0012841  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1752  two component transcriptional regulator, winged helix family  30.49 
 
 		 228 aa  92.8  3e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000101966  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0844  two component transcriptional regulator  42.02 
 
 		 231 aa  92.8  3e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000690184  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0015  two component transcriptional regulator  34.1 
 
 		 228 aa  92.8  3e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1155  two component transcriptional regulator  30.14 
 
 		 231 aa  93.2  3e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000430064  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4970  two component transcriptional regulator  36.09 
 
 		 228 aa  92.8  3e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.375881  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3553  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  42.86 
 
 		 348 aa  92.8  3e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.528491 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1887  adenylate/guanylate cyclase  38.41 
 
 		 403 aa  92.4  4e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.522729 
 
 
-
 
NC_002978  WD0221  response regulator PleD  31.25 
 
 		 460 aa  92.4  4e-18  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4308  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.83 
 
 		 552 aa  92.4  4e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2952  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.64 
 
 		 225 aa  92.4  4e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1098  PAS:GGDEF  42.86 
 
 		 705 aa  92.4  4e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6145  two component response regulator  30.14 
 
 		 229 aa  92.4  4e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4952  response regulator receiver protein  40.48 
 
 		 317 aa  92.4  4e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0649  response regulator receiver Signal transduction histidine kinase  38.02 
 
 		 387 aa  92  5e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.736737  normal  0.226718 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3978  two component transcriptional regulator  38.21 
 
 		 234 aa  92  5e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.832558 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4236  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.93 
 
 		 241 aa  91.7  6e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0557  response regulator receiver  33.33 
 
 		 234 aa  91.7  7e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2505  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  36.31 
 
 		 331 aa  91.7  7e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1018  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  38.19 
 
 		 441 aa  91.3  8e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00729938  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2522  response regulator receiver  29.58 
 
 		 229 aa  91.7  8e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.661278  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1104  two component transcriptional regulator  37.1 
 
 		 237 aa  91.3  9e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00308001  normal  0.0226787 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3287  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.1 
 
 		 237 aa  91.3  9e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000200523  normal  0.324308 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4889  two component AraC family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 288 aa  91.3  9e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.298891  hitchhiker  0.00503781 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1071  two component transcriptional regulator  37.1 
 
 		 237 aa  91.3  9e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000676378  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1002  two component transcriptional regulator  37.1 
 
 		 237 aa  91.3  9e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000471824  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1118  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  35.71 
 
 		 452 aa  90.5  1e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000972917  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1136  two component transcriptional regulator  31.25 
 
 		 239 aa  90.9  1e-17  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000652217  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0589  response regulator receiver modulated serine phosphatase  40.65 
 
 		 371 aa  90.9  1e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.420228  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1030  two component transcriptional regulator  36.92 
 
 		 237 aa  90.9  1e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000000542446  normal  0.656047 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3807  AraC family two component transcriptional regulator  37.8 
 
 		 289 aa  90.9  1e-17  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.536318  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5224  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  34 
 
 		 225 aa  90.9  1e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.57611  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1174  two component transcriptional regulator  31.25 
 
 		 239 aa  90.9  1e-17  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0181894  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2199  response regulator receiver/SARP domain-containing protein  41.73 
 
 		 344 aa  90.9  1e-17  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.425276 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3062  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  33.33 
 
 		 234 aa  90.9  1e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2112  Cache sensor hybrid histidine kinase  38.66 
 
 		 1361 aa  90.9  1e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0463  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  38.84 
 
 		 403 aa  90.9  1e-17  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0896  two component transcriptional regulator  36.92 
 
 		 237 aa  90.9  1e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000189871  normal  0.423328 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>