More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_3273 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011989  Avi_3273  transcriptional regulator LuxR family  100 
 
 
241 aa  500  1e-140  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3087  transcriptional regulator, LuxR family  46.5 
 
 
241 aa  220  9.999999999999999e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2818  transcriptional regulator, LuxR family  46.91 
 
 
241 aa  220  1.9999999999999999e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0185947 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0505  transcriptional regulator, LuxR family  33.19 
 
 
244 aa  121  8e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0548  transcriptional regulator, LuxR family  32.75 
 
 
244 aa  118  9e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.216848  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0440  regulatory protein LuxR  30.97 
 
 
246 aa  112  4.0000000000000004e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0539143 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0918  transcriptional regulator LuxR family  30.47 
 
 
230 aa  105  5e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0441  regulatory protein LuxR  28.05 
 
 
286 aa  90.1  2e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.923746  normal  0.0183899 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1003  transcriptional regulator, LuxR family  28.18 
 
 
245 aa  87.8  1e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.383688  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0287  transcriptional regulator, LuxR family  36.03 
 
 
234 aa  87.4  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0318  transcriptional regulator, LuxR family  38.28 
 
 
234 aa  87.4  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2601  regulatory protein LuxR  26.48 
 
 
247 aa  85.1  0.000000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_6408  LuxR family transcriptional regulator  29.28 
 
 
248 aa  82.4  0.000000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6378  LuxR family transcriptional regulator  29.28 
 
 
248 aa  82.4  0.000000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0797  transcriptional regulator, LuxR family  25.12 
 
 
240 aa  78.2  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.205827  normal  0.24043 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0460  transcriptional regulator, LuxR family  30.85 
 
 
253 aa  76.6  0.0000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.343765 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5762  LuxR family transcriptional regulator  26.55 
 
 
242 aa  74.3  0.000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.225342  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0198  autoinducer-binding domain-containing protein  26.58 
 
 
235 aa  72.8  0.000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00000129067  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0323  transcriptional regulator, LuxR family  28.22 
 
 
243 aa  72.8  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3796  LuxR family transcriptional regulator  29.41 
 
 
237 aa  71.2  0.00000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00301827 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0244  response regulator receiver protein  33.76 
 
 
247 aa  70.1  0.00000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.50277 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4116  LuxR family transcriptional regulator  54.1 
 
 
239 aa  70.1  0.00000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0201758  hitchhiker  0.00877352 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3287  transcriptional activator SOLR transcription regulator protein  29.41 
 
 
236 aa  68.9  0.00000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.840181  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4299  LuxR family transcriptional regulator  30.98 
 
 
237 aa  68.9  0.00000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.190696 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4980  LuxR family transcriptional regulator  30.98 
 
 
237 aa  68.9  0.00000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3180  LuxR family transcriptional regulator  30.98 
 
 
237 aa  68.9  0.00000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.100011 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0963  transcriptional regulator, LuxR family  23.62 
 
 
237 aa  68.6  0.00000000008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.27907  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1407  LuxR family transcriptional regulator  27.95 
 
 
241 aa  68.6  0.00000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.959158  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5576  LuxR family transcriptional regulator  51.61 
 
 
239 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000012464  normal  0.015154 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1052  LuxR family transcriptional regulator  51.61 
 
 
239 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000000445716  normal  0.182523 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3643  LuxR family transcriptional regulator  51.61 
 
 
239 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00106494  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5810  LuxR family transcriptional regulator  28.26 
 
 
228 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.809704  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6040  LuxR family transcriptional regulator  28.26 
 
 
228 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.917081 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4724  LuxR family transcriptional regulator  51.61 
 
 
239 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000522863  hitchhiker  0.00659366 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3321  LuxR family transcriptional regulator  26.7 
 
 
240 aa  66.6  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.214587 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4581  LuxR family transcriptional regulator  52.46 
 
 
239 aa  66.2  0.0000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000141763  hitchhiker  0.0000089809 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0339  transcriptional regulator, LuxR family  34.18 
 
 
248 aa  66.2  0.0000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.872821  normal  0.0558568 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1997  autoinducer-binding transcriptional regulator, LuxR family  50.82 
 
 
237 aa  66.2  0.0000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.448669  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1664  transcriptional regulator, LuxR family  50.82 
 
 
237 aa  66.2  0.0000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.888844 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7112  LuxR family transcriptional regulator  26.72 
 
 
242 aa  65.9  0.0000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0985225  normal  0.773577 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0418  LuxR family transcriptional regulator  27.09 
 
 
242 aa  65.9  0.0000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4715  two component LuxR family transcriptional regulator  51.61 
 
 
196 aa  65.9  0.0000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5809  transcriptional regulator, LuxR family  26.99 
 
 
235 aa  65.9  0.0000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.962539  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0965  transcriptional activator protein LuxR  23.98 
 
 
248 aa  65.5  0.0000000007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.266935  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0190  LuxR family transcriptional regulator  23.18 
 
 
235 aa  65.1  0.0000000009  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.195449  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1345  N-acyl homoserine lactone transcriptional regulator  50 
 
 
239 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2485  BpsR  50 
 
 
239 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0962  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  50 
 
 
239 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1223  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  50 
 
 
239 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1510  ATP-dependent transcription regulator LuxR  50 
 
 
239 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.08907  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3098  transcriptional regulator, LuxR family  25.57 
 
 
254 aa  64.7  0.000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.521704  normal  0.269359 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3971  LuxR family transcriptional regulator  50 
 
 
239 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000126265  normal  0.0321799 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5725  DNA-binding HTH domain-containing protein  50 
 
 
307 aa  65.1  0.000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.000726612  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0307  transcriptional regulator, LuxR family  34.18 
 
 
248 aa  64.7  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0607  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  50 
 
 
239 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.83559  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0329  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  50 
 
 
239 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1295  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  50 
 
 
239 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.312538  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2106  DNA-binding transcriptional activator SdiA  28.8 
 
 
240 aa  64.3  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.010871 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0142  N-acyl-homoserine lactone dependent regulatory protein  24.27 
 
 
234 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0163426  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1652  ATP-dependent transcription regulator LuxR  24.27 
 
 
234 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.643432  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4065  transcriptional regulator LuxR family  50 
 
 
251 aa  63.9  0.000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1293  DNA-binding transcriptional activator SdiA  28.8 
 
 
240 aa  64.3  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.746399  hitchhiker  0.0000202879 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1709  autoinducer-binding domain-containing protein  26.7 
 
 
233 aa  64.3  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.781724  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1570  ATP-dependent transcription regulator LuxR  24.27 
 
 
236 aa  63.9  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.778317  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1730  transcriptional regulator, LuxR family  43.21 
 
 
240 aa  63.2  0.000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000557622  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2690  DNA-binding transcriptional activator SdiA  43.21 
 
 
240 aa  63.2  0.000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0029365  normal  0.0383701 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0402  regulatory protein, LuxR  26.8 
 
 
242 aa  63.5  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5040  LuxR family transcriptional regulator  29.65 
 
 
229 aa  63.5  0.000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.350334  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0183  LuxR family transcriptional regulator  22.75 
 
 
235 aa  63.5  0.000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0816251  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1758  autoinducer-binding domain-containing protein  26.32 
 
 
233 aa  62.8  0.000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0122  LuxR family transcriptional regulator  26.32 
 
 
233 aa  62.8  0.000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0702  LuxR family transcriptional regulator  31.82 
 
 
245 aa  62.8  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5029  transcriptional regulator, LuxR family  30.11 
 
 
243 aa  62.8  0.000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.771298  normal  0.575652 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1170  DNA-binding transcriptional activator SdiA  28.27 
 
 
240 aa  62.4  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0141324  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0338  transcriptional regulator, LuxR family  38.89 
 
 
248 aa  62.4  0.000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.137643 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2165  DNA-binding transcriptional activator SdiA  28.27 
 
 
240 aa  62.4  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0921825  hitchhiker  0.00000020452 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2112  DNA-binding transcriptional activator SdiA  28.27 
 
 
240 aa  62.4  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.722664  hitchhiker  0.0000000000000595752 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1723  DNA-binding transcriptional activator SdiA  41.98 
 
 
240 aa  62  0.000000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00781439  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3840  transcriptional regulator, LuxR family  47.54 
 
 
251 aa  62.4  0.000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2015  DNA-binding transcriptional activator SdiA  41.98 
 
 
240 aa  62  0.000000007  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000284169  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1044  DNA-binding transcriptional activator SdiA  41.98 
 
 
240 aa  62.4  0.000000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000369866  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1890  transcriptional regulator LuxR family  47.83 
 
 
246 aa  62.4  0.000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.546749  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2150  DNA-binding transcriptional activator SdiA  41.98 
 
 
240 aa  62.4  0.000000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000560081  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01929  transcriptional activator of quorum sensing autoinducer synthesis transcription regulator protein  28.4 
 
 
248 aa  62  0.000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.746701 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1266  DNA-binding transcriptional activator SdiA  41.98 
 
 
240 aa  62  0.000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00315864  hitchhiker  0.00193945 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0306  transcriptional regulator, LuxR family  38.89 
 
 
248 aa  62  0.000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.6306  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1833  LuxR family transcriptional regulator  27.16 
 
 
238 aa  62  0.000000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.873673  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4514  autoinducer-binding domain-containing protein  45.9 
 
 
243 aa  61.2  0.00000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.447162  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4977  transcriptional regulator, LuxR family  33.33 
 
 
243 aa  61.6  0.00000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.637652  normal  0.142556 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0282  transcriptional regulator, LuxR family  29.55 
 
 
246 aa  61.2  0.00000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.419752  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1559  regulatory protein LuxR  29.78 
 
 
246 aa  61.2  0.00000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.509292 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1374  LuxR family transcriptional regulator  46.03 
 
 
267 aa  61.2  0.00000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4435  LuxR family transcriptional regulator  23.71 
 
 
231 aa  61.2  0.00000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4224  regulatory protein LuxR  46.03 
 
 
260 aa  61.2  0.00000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.525332  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0119  LuxR family transcriptional regulator  46.03 
 
 
259 aa  60.8  0.00000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.608376  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2957  transcriptional regulator protein  23.95 
 
 
243 aa  60.8  0.00000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.923766  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0110  LuxR family transcriptional regulator  46.03 
 
 
268 aa  60.8  0.00000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.514691  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0920  LuxR family transcriptional regulator  28.34 
 
 
268 aa  60.5  0.00000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.81926  normal  0.148698 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0139  GAF modulated transcriptional regulator, LuxR family  27.93 
 
 
506 aa  60.1  0.00000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4374  transcriptional regulator LuxR family  27.8 
 
 
246 aa  60.1  0.00000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.307061  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>