More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_0351 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_0351  LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 		 258 aa  523  1e-147  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.637296  normal  0.0151595 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2579  LuxR family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 257 aa  136  4e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.286869  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2409  LuxR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 272 aa  133  3e-30  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1374  LuxR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 267 aa  93.2  4e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1927  LuxR family transcriptional regulator  25.68 
 
 		 257 aa  73.2  0.000000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1895  putative transcription regulator protein  30 
 
 		 252 aa  72.8  0.000000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.030885  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1874  LuxR family transcriptional regulator  28.73 
 
 		 270 aa  72.4  0.000000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.818656 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0238  LuxR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 267 aa  71.2  0.00000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2681  response regulator receiver protein  26.56 
 
 		 262 aa  68.6  0.00000000009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.217011  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3341  response regulator receiver protein  42.86 
 
 		 275 aa  64.3  0.000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0108642  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2084  LuxR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 269 aa  63.5  0.000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.730902  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0965  transcriptional activator protein LuxR  35.64 
 
 		 248 aa  61.2  0.00000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.266935  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5809  transcriptional regulator, LuxR family  49.37 
 
 		 235 aa  62  0.00000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.962539  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3112  regulatory protein, LuxR  37 
 
 		 250 aa  61.2  0.00000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1575  transcriptional regulator, LuxR family  43.69 
 
 		 234 aa  60.5  0.00000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.629023  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2528  two component transcriptional regulator, LuxR family  53.23 
 
 		 201 aa  60.1  0.00000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0341229 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0533  two component LuxR family transcriptional regulator  43 
 
 		 219 aa  60.1  0.00000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.405575  normal  1 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4984  two component transcriptional regulator, LuxR family  53.23 
 
 		 201 aa  60.1  0.00000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0145131 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0612  two component LuxR family transcriptional regulator  45.57 
 
 		 231 aa  59.7  0.00000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.105579 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1083  two component LuxR family transcriptional regulator  57.14 
 
 		 316 aa  59.7  0.00000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1858  regulatory protein, LuxR  35.54 
 
 		 240 aa  59.7  0.00000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.968511  normal  0.429654 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2417  LuxR family transcriptional regulator  44.78 
 
 		 244 aa  58.9  0.00000008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2048  transcriptional regulator, LuxR family  43.18 
 
 		 240 aa  58.5  0.00000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0912162  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2247  LuxR family transcriptional regulator  50 
 
 		 239 aa  58.5  0.00000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.788747  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0218  two component LuxR family transcriptional regulator  50.77 
 
 		 339 aa  58.5  0.00000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0243  regulatory protein LuxR  46.43 
 
 		 245 aa  58.9  0.00000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.537224 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3779  regulatory protein, LuxR  45.24 
 
 		 248 aa  58.5  0.00000009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2943  two component transcriptional regulator, LuxR family  51.61 
 
 		 201 aa  58.5  0.0000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1354  two component LuxR family transcriptional regulator  57.14 
 
 		 349 aa  58.5  0.0000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4066  transcriptional regulator LuxR family  44.64 
 
 		 248 aa  58.2  0.0000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.274649  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6040  LuxR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 228 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.917081 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0548  transcriptional regulator, LuxR family  42.67 
 
 		 244 aa  58.2  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.216848  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1673  two component transcriptional regulator, LuxR family  51.61 
 
 		 201 aa  58.5  0.0000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.619826  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5810  LuxR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 228 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.809704  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1731  response regulator receiver protein  57.14 
 
 		 361 aa  58.2  0.0000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.319975 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0804  two component LuxR family transcriptional regulator  53.57 
 
 		 204 aa  57.8  0.0000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0338  transcriptional regulator, LuxR family  44.64 
 
 		 248 aa  57.8  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.137643 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2798  ATP-dependent transcription regulator LuxR  32.45 
 
 		 237 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.675669  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0306  transcriptional regulator, LuxR family  44.64 
 
 		 248 aa  57.8  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.6306  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1686  ATP-dependent transcription regulator LuxR  32.45 
 
 		 237 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0643903  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3397  two component LuxR family transcriptional regulator  52.63 
 
 		 328 aa  57.4  0.0000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0652  two component LuxR family transcriptional regulator  50.77 
 
 		 305 aa  57.4  0.0000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0800453  normal  0.813173 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3838  transcriptional regulator, LuxR family  47.76 
 
 		 161 aa  57.4  0.0000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.696628  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0671  two component LuxR family transcriptional regulator  54.84 
 
 		 333 aa  57.4  0.0000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0205263  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1390  two component LuxR family transcriptional regulator  41.57 
 
 		 225 aa  57.4  0.0000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2915  ATP-dependent transcription regulator LuxR  32.45 
 
 		 237 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.454836  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0641  ATP-dependent transcription regulator LuxR  32.45 
 
 		 241 aa  57  0.0000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0312274  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2729  ATP-dependent transcription regulator LuxR  32.45 
 
 		 241 aa  57  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0930619  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2672  ATP-dependent transcription regulator LuxR  32.45 
 
 		 241 aa  57  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1817  ATP-dependent transcription regulator LuxR  32.45 
 
 		 241 aa  57  0.0000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.985291  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2997  LuxR family transcriptional regulator  37.78 
 
 		 250 aa  57  0.0000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.665573 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0505  transcriptional regulator, LuxR family  42.67 
 
 		 244 aa  57  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2371  ATP-dependent transcription regulator LuxR  32.45 
 
 		 241 aa  57  0.0000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.440892  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0918  transcriptional regulator LuxR family  42.67 
 
 		 230 aa  56.6  0.0000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5323  transcriptional regulator two component heavy metal regulatory response ZniR  50 
 
 		 206 aa  56.6  0.0000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.844748 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3105  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.68 
 
 		 223 aa  56.2  0.0000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0418  LuxR family transcriptional regulator  47.62 
 
 		 242 aa  55.8  0.0000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0979  response regulator receiver protein  53.57 
 
 		 336 aa  55.8  0.0000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1587  two component transcriptional regulator, LuxR family  56.6 
 
 		 292 aa  55.8  0.0000007  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.522901  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4435  LuxR family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 231 aa  55.8  0.0000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3287  transcriptional activator SOLR transcription regulator protein  38.82 
 
 		 236 aa  55.5  0.0000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.840181  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1570  ATP-dependent transcription regulator LuxR  35.9 
 
 		 236 aa  55.5  0.0000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.778317  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3863  transcriptional regulator PsyR  44.26 
 
 		 247 aa  55.5  0.0000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.831721  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0142  N-acyl-homoserine lactone dependent regulatory protein  35.9 
 
 		 234 aa  55.5  0.0000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0163426  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1652  ATP-dependent transcription regulator LuxR  35.9 
 
 		 234 aa  55.5  0.0000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.643432  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1709  autoinducer-binding domain-containing protein  49.18 
 
 		 233 aa  55.5  0.0000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.781724  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1407  LuxR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 241 aa  55.5  0.0000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.959158  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01929  transcriptional activator of quorum sensing autoinducer synthesis transcription regulator protein  44.26 
 
 		 248 aa  54.7  0.000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.746701 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1284  two component LuxR family transcriptional regulator  45.9 
 
 		 209 aa  55.1  0.000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.479266  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4238  two component transcriptional regulator, LuxR family  55.36 
 
 		 356 aa  55.1  0.000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1513  LuxR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 246 aa  55.1  0.000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000493267  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2014  two component transcriptional regulator, LuxR family  44.12 
 
 		 212 aa  54.7  0.000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.172206  hitchhiker  0.00394331 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5725  DNA-binding HTH domain-containing protein  39.71 
 
 		 307 aa  54.7  0.000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.000726612  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49700  transcriptional regulator  40 
 
 		 243 aa  55.1  0.000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4581  LuxR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 239 aa  54.7  0.000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000141763  hitchhiker  0.0000089809 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3585  two component LuxR family transcriptional regulator  51.92 
 
 		 306 aa  55.1  0.000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.295986  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2015  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.33 
 
 		 232 aa  54.3  0.000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.706703  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3743  transcriptional regulator, LuxR family  52.46 
 
 		 286 aa  53.9  0.000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0119  LuxR family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 259 aa  54.3  0.000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.608376  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1549  two component transcriptional regulator, LuxR family  45.88 
 
 		 238 aa  53.9  0.000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.196807  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1003  transcriptional regulator, LuxR family  33.59 
 
 		 245 aa  53.9  0.000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.383688  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0441  regulatory protein LuxR  43.55 
 
 		 286 aa  54.3  0.000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.923746  normal  0.0183899 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0122  LuxR family transcriptional regulator  47.54 
 
 		 233 aa  54.3  0.000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4299  LuxR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 237 aa  54.3  0.000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.190696 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0562  two component LuxR family transcriptional regulator  54.17 
 
 		 297 aa  54.7  0.000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1758  autoinducer-binding domain-containing protein  47.54 
 
 		 233 aa  54.3  0.000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1212  LuxR family transcriptional regulator  49.09 
 
 		 251 aa  54.7  0.000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0323  transcriptional regulator, LuxR family  46.77 
 
 		 243 aa  54.3  0.000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4980  LuxR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 237 aa  54.3  0.000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0110  LuxR family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 268 aa  54.7  0.000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.514691  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3180  LuxR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 237 aa  54.3  0.000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.100011 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0020  two component transcriptional regulator, LuxR family  48.39 
 
 		 229 aa  54.3  0.000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4715  two component LuxR family transcriptional regulator  51.67 
 
 		 196 aa  53.5  0.000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1362  LuxR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 257 aa  53.5  0.000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_6408  LuxR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 248 aa  53.5  0.000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5576  LuxR family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 239 aa  53.5  0.000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000012464  normal  0.015154 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1997  regulatory protein, LuxR  44.74 
 
 		 278 aa  53.9  0.000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1720  two component LuxR family transcriptional regulator  50 
 
 		 301 aa  53.9  0.000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.162572  normal  0.616267 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1951  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.7 
 
 		 226 aa  53.9  0.000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0924411 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4724  LuxR family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 239 aa  53.5  0.000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000522863  hitchhiker  0.00659366 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>