More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3838 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_3838  transcriptional regulator, LuxR family  100 
 
 		 161 aa  320  3e-87  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.696628  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3341  response regulator receiver protein  66.67 
 
 		 275 aa  105  2e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0108642  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4080  DNA-binding response regulator, LuxR family  66.67 
 
 		 222 aa  82  0.000000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.542388  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0652  two component LuxR family transcriptional regulator  51.16 
 
 		 305 aa  79.3  0.00000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0800453  normal  0.813173 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0218  two component LuxR family transcriptional regulator  68.63 
 
 		 339 aa  78.2  0.00000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0671  two component LuxR family transcriptional regulator  60 
 
 		 333 aa  77  0.0000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0205263  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0962  response regulator receiver protein  60.71 
 
 		 304 aa  75.1  0.0000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.512477  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1587  two component transcriptional regulator, LuxR family  59.68 
 
 		 292 aa  74.7  0.0000000000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.522901  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3866  response regulator receiver  52.63 
 
 		 309 aa  73.9  0.0000000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.370865  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0591  two component LuxR family transcriptional regulator  61.67 
 
 		 301 aa  72.4  0.000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.477799  hitchhiker  0.00469436 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2977  response regulator receiver domain-containing protein  54.39 
 
 		 303 aa  72  0.000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.13601 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3585  two component LuxR family transcriptional regulator  62 
 
 		 306 aa  72  0.000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.295986  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3147  two component transcriptional regulator, LuxR family  62 
 
 		 302 aa  71.6  0.000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.235206  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1083  two component LuxR family transcriptional regulator  56.45 
 
 		 316 aa  70.9  0.000000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0804  two component LuxR family transcriptional regulator  57.89 
 
 		 204 aa  70.9  0.000000000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2984  two component transcriptional regulator, LuxR family protein  58.82 
 
 		 295 aa  70.9  0.000000000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.43543  normal  0.546259 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1720  two component LuxR family transcriptional regulator  52.86 
 
 		 301 aa  70.5  0.000000000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.162572  normal  0.616267 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1250  two component LuxR family transcriptional regulator  63.27 
 
 		 309 aa  70.5  0.000000000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.886948  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1441  two component transcriptional regulator, LuxR family  63.27 
 
 		 308 aa  70.5  0.000000000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3869  response regulator receiver protein  57.14 
 
 		 301 aa  70.5  0.000000000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1445  two component LuxR family transcriptional regulator  56.67 
 
 		 308 aa  70.5  0.00000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.446624  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2002  two component transcriptional regulator, LuxR family  57.14 
 
 		 306 aa  70.1  0.00000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4179  response regulator receiver protein  54.55 
 
 		 309 aa  70.1  0.00000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.15819 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3397  two component LuxR family transcriptional regulator  56.67 
 
 		 328 aa  69.7  0.00000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1354  two component LuxR family transcriptional regulator  60.71 
 
 		 349 aa  69.3  0.00000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1355  two component LuxR family transcriptional regulator  54.17 
 
 		 230 aa  69.7  0.00000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00878  two-component response regulator  51.79 
 
 		 298 aa  68.2  0.00000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0562  two component LuxR family transcriptional regulator  60 
 
 		 297 aa  68.2  0.00000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3524  two component LuxR family transcriptional regulator  59.65 
 
 		 353 aa  67.8  0.00000000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.406085  normal  0.428998 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1665  two component LuxR family transcriptional regulator  54.84 
 
 		 307 aa  67.4  0.00000000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3066  two component transcriptional regulator, LuxR family  52.73 
 
 		 305 aa  66.6  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3321  two component transcriptional regulator, LuxR family  52.73 
 
 		 305 aa  66.6  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.536368 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1731  response regulator receiver protein  57.14 
 
 		 361 aa  66.6  0.0000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.319975 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1713  two component LuxR family transcriptional regulator  63.27 
 
 		 361 aa  66.6  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.310925  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4238  two component transcriptional regulator, LuxR family  60.78 
 
 		 356 aa  67  0.0000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0974  two component LuxR family transcriptional regulator  52.63 
 
 		 309 aa  67  0.0000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.883175  normal  0.426964 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3383  response regulator receiver  60.78 
 
 		 300 aa  66.2  0.0000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2294  transcriptional regulator, LuxR family  46.24 
 
 		 253 aa  66.2  0.0000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3574  two component transcriptional regulator, LuxR family  60.78 
 
 		 301 aa  66.6  0.0000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0249095  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3692  two component transcriptional regulator, LuxR family  60.78 
 
 		 300 aa  66.2  0.0000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.170876  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0979  response regulator receiver protein  55.36 
 
 		 336 aa  65.9  0.0000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4275  two component LuxR family transcriptional regulator  50.7 
 
 		 226 aa  65.1  0.0000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.798613  normal  0.287125 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1761  two component LuxR family transcriptional regulator  57.45 
 
 		 311 aa  63.9  0.0000000009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2417  LuxR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 244 aa  63.5  0.000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6272  transcriptional regulator, LuxR family  52.83 
 
 		 394 aa  63.2  0.000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.486348 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5514  two component LuxR family transcriptional regulator  56.36 
 
 		 305 aa  62.8  0.000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.211273 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3499  transcriptional regulator LuxR family  55.1 
 
 		 312 aa  63.2  0.000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1153  LuxR family transcriptional regulator  43.02 
 
 		 243 aa  61.2  0.000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.446836 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4136  LuxR family transcriptional regulator  44.12 
 
 		 82 aa  59.7  0.00000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1729  LuxR family transcriptional regulator  44.12 
 
 		 82 aa  59.7  0.00000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00602837  normal  0.265991 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0119  LuxR family transcriptional regulator  47.46 
 
 		 259 aa  60.1  0.00000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.608376  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5188  two component response regulator  43.24 
 
 		 220 aa  60.1  0.00000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0110  LuxR family transcriptional regulator  47.46 
 
 		 268 aa  60.1  0.00000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.514691  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2409  LuxR family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 272 aa  59.7  0.00000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2511  two component LuxR family transcriptional regulator  38.95 
 
 		 229 aa  60.1  0.00000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5666  two component LuxR family transcriptional regulator  52.54 
 
 		 312 aa  59.7  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.917296 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3730  two component LuxR family transcriptional regulator  52.54 
 
 		 312 aa  59.7  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5916  transcriptional regulator, LuxR family  48.44 
 
 		 864 aa  59.3  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4638  two component LuxR family transcriptional regulator  52.54 
 
 		 312 aa  59.7  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4224  regulatory protein LuxR  47.46 
 
 		 260 aa  59.7  0.00000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.525332  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1345  N-acyl homoserine lactone transcriptional regulator  46.97 
 
 		 239 aa  58.9  0.00000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1295  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  46.97 
 
 		 239 aa  58.9  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.312538  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2485  BpsR  46.97 
 
 		 239 aa  58.9  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0329  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  46.97 
 
 		 239 aa  58.9  0.00000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0238  LuxR family transcriptional regulator  40.26 
 
 		 267 aa  58.5  0.00000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1510  ATP-dependent transcription regulator LuxR  46.97 
 
 		 239 aa  58.9  0.00000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.08907  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1549  LuxR transcriptional regulator  35.14 
 
 		 201 aa  58.5  0.00000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.355184  normal  0.152747 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0962  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  46.97 
 
 		 239 aa  58.9  0.00000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1223  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  46.97 
 
 		 239 aa  58.9  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0607  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  46.97 
 
 		 239 aa  58.9  0.00000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.83559  n/a   
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4984  two component transcriptional regulator, LuxR family  49.21 
 
 		 201 aa  58.5  0.00000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0145131 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5553  transcriptional regulator, LuxR family  49.12 
 
 		 373 aa  58.2  0.00000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1505  transcriptional regulator, LuxR family  38.66 
 
 		 522 aa  58.5  0.00000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2528  two component transcriptional regulator, LuxR family  49.21 
 
 		 201 aa  58.5  0.00000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0341229 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0460  transcriptional regulator, LuxR family  40 
 
 		 253 aa  58.5  0.00000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.343765 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1052  LuxR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 239 aa  58.2  0.00000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000000445716  normal  0.182523 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1231  ATP-dependent transcription regulator LuxR  35 
 
 		 234 aa  58.2  0.00000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.681253  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0300  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.08 
 
 		 224 aa  57.8  0.00000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3947  transcriptional regulator, LuxR family  52.54 
 
 		 250 aa  57.8  0.00000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.657672  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0523  transcriptional regulator, LuxR family  54.17 
 
 		 122 aa  57.8  0.00000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2997  LuxR family transcriptional regulator  41.27 
 
 		 250 aa  57.8  0.00000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.665573 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1652  ATP-dependent transcription regulator LuxR  35 
 
 		 234 aa  57.8  0.00000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.643432  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1673  two component transcriptional regulator, LuxR family  49.21 
 
 		 201 aa  57.4  0.00000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.619826  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2943  two component transcriptional regulator, LuxR family  49.21 
 
 		 201 aa  57.4  0.00000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0351  LuxR family transcriptional regulator  47.76 
 
 		 258 aa  57.8  0.00000007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.637296  normal  0.0151595 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0142  N-acyl-homoserine lactone dependent regulatory protein  35 
 
 		 234 aa  57.8  0.00000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0163426  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1570  ATP-dependent transcription regulator LuxR  35 
 
 		 236 aa  57.4  0.00000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.778317  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3287  transcriptional activator SOLR transcription regulator protein  45.9 
 
 		 236 aa  57  0.0000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.840181  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2371  ATP-dependent transcription regulator LuxR  45.45 
 
 		 241 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.440892  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2672  ATP-dependent transcription regulator LuxR  45.45 
 
 		 241 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0641  ATP-dependent transcription regulator LuxR  45.45 
 
 		 241 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0312274  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4715  two component LuxR family transcriptional regulator  50 
 
 		 196 aa  57  0.0000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2798  ATP-dependent transcription regulator LuxR  45.45 
 
 		 237 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.675669  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2915  ATP-dependent transcription regulator LuxR  45.45 
 
 		 237 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.454836  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1817  ATP-dependent transcription regulator LuxR  45.45 
 
 		 241 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.985291  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1794  transcriptional regulator, LuxR family  47.62 
 
 		 537 aa  56.6  0.0000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000182459 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2729  ATP-dependent transcription regulator LuxR  45.45 
 
 		 241 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0930619  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6040  LuxR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 228 aa  57  0.0000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.917081 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4724  LuxR family transcriptional regulator  43.94 
 
 		 239 aa  57  0.0000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000522863  hitchhiker  0.00659366 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3766  response regulator receiver protein  48.33 
 
 		 539 aa  57  0.0000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.484632  normal  0.834357 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>