More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_3947 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_3947  transcriptional regulator, LuxR family  100 
 
 		 250 aa  466  9.999999999999999e-131  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.657672  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4301  transcriptional regulator, LuxR family  41.29 
 
 		 261 aa  125  9e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7175  transcriptional regulator, LuxR family  57.47 
 
 		 262 aa  89.7  4e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.267519  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2485  transcriptional regulator, LuxR family  68.75 
 
 		 316 aa  81.6  0.00000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1981  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.77 
 
 		 222 aa  60.5  0.00000003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0502  regulatory protein, LuxR  36.89 
 
 		 861 aa  59.7  0.00000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0169233  normal  0.80601 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2033  LuxR family DNA-binding response regulator  31.55 
 
 		 208 aa  58.9  0.00000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0645  two component transcriptional regulator, LuxR family  47.76 
 
 		 220 aa  58.9  0.00000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.691779  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1496  LuxR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 197 aa  58.5  0.00000009  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0423  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  40.87 
 
 		 1003 aa  58.2  0.0000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0618  transcriptional regulator, LuxR family  46.27 
 
 		 196 aa  57.8  0.0000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5237  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  48.57 
 
 		 846 aa  58.5  0.0000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1626  two component LuxR family transcriptional regulator  51.39 
 
 		 194 aa  58.5  0.0000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.947018 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2943  two component LuxR family transcriptional regulator  47.19 
 
 		 215 aa  58.2  0.0000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0164  response regulator receiver protein  49.18 
 
 		 128 aa  57.8  0.0000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3838  transcriptional regulator, LuxR family  52.54 
 
 		 161 aa  57.4  0.0000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.696628  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0655  two component LuxR family transcriptional regulator  50 
 
 		 194 aa  57.4  0.0000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2629  two component LuxR family transcriptional regulator  52.38 
 
 		 232 aa  57.8  0.0000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.312922  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0730  two component LuxR family transcriptional regulator  49.23 
 
 		 214 aa  56.6  0.0000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.47186  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1052  LuxR family transcriptional regulator  44.78 
 
 		 239 aa  57  0.0000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000000445716  normal  0.182523 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5576  LuxR family transcriptional regulator  44.78 
 
 		 239 aa  57  0.0000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000012464  normal  0.015154 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3120  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT-like, LuxR family  43.18 
 
 		 854 aa  57  0.0000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3643  LuxR family transcriptional regulator  44.78 
 
 		 239 aa  57  0.0000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00106494  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4222  ATP-dependent transcription regulator LuxR  46.77 
 
 		 309 aa  57  0.0000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.157864 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4724  LuxR family transcriptional regulator  44.78 
 
 		 239 aa  57  0.0000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000522863  hitchhiker  0.00659366 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3120  response regulator receiver  45.21 
 
 		 212 aa  57  0.0000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.230577  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4275  two component LuxR family transcriptional regulator  50.82 
 
 		 226 aa  56.6  0.0000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.798613  normal  0.287125 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0973  two component LuxR family transcriptional regulator  46.38 
 
 		 216 aa  56.6  0.0000004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.255067  normal  0.404517 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1345  N-acyl homoserine lactone transcriptional regulator  43.28 
 
 		 239 aa  55.8  0.0000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2485  BpsR  43.28 
 
 		 239 aa  55.8  0.0000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0906  transcriptional regulator, LuxR family  45.24 
 
 		 208 aa  56.2  0.0000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000244022  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0329  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  43.28 
 
 		 239 aa  55.8  0.0000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0607  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  43.28 
 
 		 239 aa  55.8  0.0000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.83559  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0962  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  43.28 
 
 		 239 aa  55.8  0.0000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1295  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  43.28 
 
 		 239 aa  55.8  0.0000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.312538  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1223  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  43.28 
 
 		 239 aa  55.8  0.0000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1510  ATP-dependent transcription regulator LuxR  43.28 
 
 		 239 aa  55.8  0.0000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.08907  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2511  two component LuxR family transcriptional regulator  49.28 
 
 		 229 aa  55.8  0.0000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04030  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  37.7 
 
 		 223 aa  55.5  0.0000007  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.253855  normal  0.0592312 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1384  two component transcriptional regulator, LuxR family  24.48 
 
 		 200 aa  55.5  0.0000007  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1355  two component LuxR family transcriptional regulator  50.82 
 
 		 230 aa  55.5  0.0000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4163  two component transcriptional regulator, LuxR family  48.39 
 
 		 208 aa  55.5  0.0000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.296115  normal  0.698078 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4479  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.79 
 
 		 224 aa  55.1  0.000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.518456  normal  0.598935 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0915  two component LuxR family transcriptional regulator  46.27 
 
 		 202 aa  55.1  0.000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  hitchhiker  0.000299753  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1051  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.67 
 
 		 211 aa  55.1  0.000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0337978 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3341  response regulator receiver protein  53.12 
 
 		 275 aa  55.1  0.000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0108642  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2373  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.54 
 
 		 192 aa  53.9  0.000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4443  transcriptional regulator, LuxR family  42.31 
 
 		 91 aa  54.3  0.000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.000136242  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2417  LuxR family transcriptional regulator  44.12 
 
 		 244 aa  54.7  0.000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5955  two component LuxR family transcriptional regulator  47.76 
 
 		 215 aa  53.9  0.000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.132796 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2946  LuxR family transcriptional regulator  50.77 
 
 		 781 aa  53.9  0.000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3529  transcriptional regulator, LuxR family  41.43 
 
 		 324 aa  53.9  0.000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0854004  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0102  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.18 
 
 		 221 aa  54.3  0.000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0637251  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4922  two component transcriptional regulator, LuxR family  47.69 
 
 		 206 aa  54.3  0.000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0302523  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2002  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.56 
 
 		 306 aa  54.3  0.000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1584  regulatory protein, LuxR  42.62 
 
 		 916 aa  54.3  0.000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3835  two component LuxR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 217 aa  53.5  0.000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.760782  normal  0.0940778 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1445  two component LuxR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 308 aa  53.5  0.000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.446624  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0029  two component LuxR family transcriptional regulator  40 
 
 		 220 aa  53.5  0.000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.268532  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3971  LuxR family transcriptional regulator  45.9 
 
 		 239 aa  53.5  0.000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000126265  normal  0.0321799 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4581  LuxR family transcriptional regulator  43.28 
 
 		 239 aa  53.5  0.000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000141763  hitchhiker  0.0000089809 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3763  two component LuxR family transcriptional regulator  55.1 
 
 		 221 aa  53.5  0.000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0403461 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3278  two component LuxR family transcriptional regulator  55.1 
 
 		 214 aa  53.5  0.000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.749326 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0615  two component transcriptional regulator, LuxR family  50.77 
 
 		 216 aa  53.9  0.000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1523  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  39.81 
 
 		 873 aa  53.5  0.000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4386  two component transcriptional regulator, LuxR family  46.88 
 
 		 214 aa  53.1  0.000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3331  response regulator receiver protein  48.33 
 
 		 227 aa  53.1  0.000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.832029  normal  0.250763 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0908  LuxR family transcriptional regulator  46.77 
 
 		 526 aa  53.1  0.000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1460  two component transcriptional regulator, LuxR family  54.72 
 
 		 224 aa  53.1  0.000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.659068  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2635  response regulator receiver  47.54 
 
 		 207 aa  53.1  0.000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0925  metal dependent phosphohydrolase  46.77 
 
 		 526 aa  53.1  0.000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0925  response regulator receiver protein  43.86 
 
 		 119 aa  53.1  0.000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.592282  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2264  LuxR family transcriptional regulator  43.28 
 
 		 91 aa  52.8  0.000005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.537119 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2977  response regulator receiver domain-containing protein  47.92 
 
 		 303 aa  52.8  0.000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.13601 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4871  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.58 
 
 		 222 aa  52.8  0.000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.134443  normal  0.31614 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0300  two component transcriptional regulator, LuxR family  45.9 
 
 		 224 aa  52.8  0.000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3337  two component transcriptional regulator, LuxR family  47.54 
 
 		 254 aa  52.8  0.000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0952095  normal  0.130531 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1421  transcriptional regulator, LuxR family  47.76 
 
 		 365 aa  52.8  0.000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.1221 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0915  metal dependent phosphohydrolase  46.77 
 
 		 526 aa  52.8  0.000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.691229  decreased coverage  0.00674138 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1057  transcriptional regulator, LuxR family  48.33 
 
 		 486 aa  52.8  0.000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.113368 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0530  transcriptional regulator, LuxR family  42.62 
 
 		 217 aa  52.4  0.000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2396  transcriptional regulator, LuxR family  42.27 
 
 		 363 aa  52.8  0.000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000296074  decreased coverage  0.0001884 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5022  LuxR family LuxR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 947 aa  52.8  0.000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.362862  normal  0.157407 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0363  PAS sensor protein  46.67 
 
 		 278 aa  52.4  0.000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5374  two component response regulator  45.16 
 
 		 779 aa  52.8  0.000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6161  response regulator receiver protein  31.58 
 
 		 221 aa  52.4  0.000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.902987  decreased coverage  0.000109123 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0615  transcriptional regulator, LuxR family  46.15 
 
 		 462 aa  52.4  0.000007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  unclonable  0.000000110739  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1132  two component transcriptional regulator, LuxR family  46.43 
 
 		 214 aa  52.4  0.000007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5014  two component LuxR family transcriptional regulator  45.9 
 
 		 209 aa  52.4  0.000007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.103708  normal  0.29037 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0393  transcriptional regulator, LuxR family  46.67 
 
 		 486 aa  52  0.000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3579  two component LuxR family transcriptional regulator  46.88 
 
 		 217 aa  52.4  0.000008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.393396  normal  0.0540104 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0476  transcriptional regulator, LuxR family  41.33 
 
 		 323 aa  52  0.000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00422983 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2610  transcriptional regulator, LuxR family  36.84 
 
 		 981 aa  52  0.000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.701031  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0902  two component transcriptional regulator, LuxR family  46.88 
 
 		 208 aa  52  0.000009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.154451  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1238  competence protein A, putative  40.32 
 
 		 219 aa  51.2  0.00001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00092764  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3548  transcriptional regulator  42.62 
 
 		 924 aa  51.6  0.00001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5475  regulatory protein, LuxR  40.32 
 
 		 911 aa  52  0.00001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.450601  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1068  transcriptional regulator, LuxR family  50 
 
 		 966 aa  51.2  0.00001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10909  LuxR family transcriptional regulator  47.46 
 
 		 882 aa  51.6  0.00001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4116  LuxR family transcriptional regulator  43.28 
 
 		 239 aa  51.6  0.00001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0201758  hitchhiker  0.00877352 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>