More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mchl_0393 on replicon NC_011757
Organism: Methylobacterium chloromethanicum CM4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010725  Mpop_1057  transcriptional regulator, LuxR family  87.22 
 
 
486 aa  866    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.113368 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4460  LuxR family transcriptional regulator  81.33 
 
 
486 aa  784    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.478893 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0393  transcriptional regulator, LuxR family  100 
 
 
486 aa  986    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5649  LuxR family transcriptional regulator  81.33 
 
 
486 aa  784    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.090782  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0363  PAS sensor protein  99.28 
 
 
278 aa  565  1e-160  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0636  LuxR family transcriptional regulator  57.94 
 
 
496 aa  538  9.999999999999999e-153  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.223361  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06950  LuxR family transcriptional regulator  57.32 
 
 
496 aa  535  1e-151  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.490761  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2680  LuxR family transcriptional regulator  55.51 
 
 
514 aa  525  1e-148  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3414  LuxR family transcriptional regulator  55.51 
 
 
514 aa  523  1e-147  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5247  LuxR family transcriptional regulator  55.51 
 
 
514 aa  522  1e-147  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.603722  normal  0.35683 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2443  LuxR family transcriptional regulator  55.19 
 
 
497 aa  520  1e-146  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.218456  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5154  LuxR family transcriptional regulator  55.09 
 
 
510 aa  521  1e-146  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.767005 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3423  sensor protein  55.39 
 
 
496 aa  509  1e-143  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4050  LuxR family transcriptional regulator  54.47 
 
 
510 aa  511  1e-143  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3471  LuxR family transcriptional regulator  54.47 
 
 
510 aa  511  1e-143  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2158  LuxR family transcriptional regulator  55.49 
 
 
491 aa  506  9.999999999999999e-143  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.714996 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3813  PAS sensor protein  54.3 
 
 
500 aa  494  9.999999999999999e-139  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6717  transcriptional regulator, LuxR family  52.16 
 
 
509 aa  491  1e-137  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.440846  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0210  transcriptional regulator, LuxR family  54 
 
 
500 aa  486  1e-136  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.252259  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2281  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.49 
 
 
891 aa  155  1e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00177504  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1054  Signal transduction histidine kinase nitrogen specific-like protein  30.8 
 
 
493 aa  133  9e-30  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1887  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.07 
 
 
1092 aa  125  3e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2324  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.76 
 
 
1089 aa  124  3e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1983  sensory box protein  26.24 
 
 
1136 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0811196 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3776  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  26.24 
 
 
1098 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1546  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.24 
 
 
1098 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.223692 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1514  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.6 
 
 
1098 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4138  signal transduction histidine kinase  28.35 
 
 
1051 aa  114  4.0000000000000004e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.35585 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07500  hypothetical protein  28.69 
 
 
1245 aa  113  9e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.411522  normal  0.391796 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0717  hypothetical protein  27.49 
 
 
1245 aa  111  3e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_3022  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.13 
 
 
1101 aa  111  3e-23  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5150  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.92 
 
 
1248 aa  110  5e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0052  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.83 
 
 
1080 aa  106  9e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0420  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  26.5 
 
 
1247 aa  106  1e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.285216  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0386  sensory box protein  26.5 
 
 
1247 aa  105  2e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.298787  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4029  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  27.09 
 
 
1244 aa  103  9e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1741  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.66 
 
 
857 aa  102  2e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.99373 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0417  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.76 
 
 
1247 aa  100  5e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4816  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.48 
 
 
1247 aa  99.4  1e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.201907  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2652  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  26.57 
 
 
833 aa  99  2e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4642  PAS:GGDEF  27.49 
 
 
828 aa  97.8  4e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0536  sensory box/GGDEF domain/EAL domain protein  28.09 
 
 
829 aa  95.9  2e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0714  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.57 
 
 
744 aa  95.1  2e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1031  transcriptional regulator, LuxR family  28.71 
 
 
439 aa  94.7  3e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1070  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.71 
 
 
1426 aa  93.2  1e-17  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.632131  normal  0.158919 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3377  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.86 
 
 
775 aa  91.3  4e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0423  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.68 
 
 
510 aa  90.1  9e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1043  sensory box histidine kinase  29.02 
 
 
767 aa  89.4  1e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.382651  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0599  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.96 
 
 
957 aa  89.7  1e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2304  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.8 
 
 
460 aa  89.4  1e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.757006  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0601  Signal transduction histidine kinase-like protein  27.3 
 
 
1442 aa  87.8  4e-16  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0600  putative PAS/PAC sensor protein  29.78 
 
 
727 aa  85.9  0.000000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000188746  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0614  putative PAS/PAC sensor protein  30.34 
 
 
727 aa  85.5  0.000000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.8657800000000003e-24 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0687  putative PAS/PAC sensor protein  31.68 
 
 
914 aa  85.1  0.000000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000503319  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2106  Signal transduction histidine kinase nitrogen specific-like protein  28.63 
 
 
635 aa  84.7  0.000000000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0050  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.1 
 
 
871 aa  84.3  0.000000000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0971682  decreased coverage  0.000571287 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2096  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.4 
 
 
953 aa  82.4  0.00000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000903564 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1349  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.37 
 
 
1111 aa  81.6  0.00000000000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.444762  normal  0.501062 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0091  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  23.41 
 
 
686 aa  81.6  0.00000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000101658 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0161  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.63 
 
 
1039 aa  79.7  0.0000000000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4631  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.09 
 
 
1672 aa  79.7  0.0000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.659803  normal  0.0232391 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2122  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.64 
 
 
953 aa  79.7  0.0000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0111685  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2725  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  29.67 
 
 
717 aa  78.6  0.0000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.172089 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0875  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.73 
 
 
628 aa  75.9  0.000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1811  diguanylate cyclase  30.64 
 
 
1037 aa  75.9  0.000000000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.688838  normal  0.296213 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0960  multi-sensor hybrid histidine kinase  24.56 
 
 
1245 aa  75.5  0.000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1253  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  30.51 
 
 
638 aa  75.9  0.000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000228716  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4328  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.14 
 
 
612 aa  75.5  0.000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2700  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.03 
 
 
1102 aa  75.1  0.000000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1550  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.29 
 
 
995 aa  74.7  0.000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0713  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.54 
 
 
639 aa  74.3  0.000000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2409  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.73 
 
 
713 aa  74.3  0.000000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00581493 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2460  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.35 
 
 
797 aa  73.9  0.000000000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1464  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  31.74 
 
 
1139 aa  72.8  0.00000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046229 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0360  putative PAS/PAC sensor protein  30.65 
 
 
454 aa  72  0.00000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0458  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.57 
 
 
1037 aa  72.4  0.00000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.160814  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0459  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.2 
 
 
1301 aa  72.4  0.00000000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.012558 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2826  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.11 
 
 
1260 aa  71.6  0.00000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0616256  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1826  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.93 
 
 
1294 aa  71.2  0.00000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2017  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.93 
 
 
1299 aa  71.2  0.00000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0450581  normal  0.783142 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3711  LuxR family transcriptional regulator  24.52 
 
 
637 aa  70.9  0.00000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.731459  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3004  Signal transduction histidine kinase  25.49 
 
 
941 aa  70.5  0.00000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1812  signal transduction histidine kinase  28.57 
 
 
1390 aa  70.5  0.00000000007  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.155927 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2947  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.55 
 
 
503 aa  70.5  0.00000000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4139  signal transduction histidine kinase  32.06 
 
 
913 aa  68.9  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.329059 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1647  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.41 
 
 
638 aa  68.6  0.0000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.211834  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001275  transcriptional regulator VpsT  29.71 
 
 
222 aa  68.6  0.0000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0641  two component transcriptional regulator, LuxR family  25.24 
 
 
1648 aa  68.9  0.0000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2293  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  30.83 
 
 
782 aa  68.6  0.0000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3740  putative PAS/PAC sensor protein  26.24 
 
 
1109 aa  67.4  0.0000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1981  PAS:GGDEF  26.26 
 
 
730 aa  67.4  0.0000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0548345 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2986  putative PAS/PAC sensor protein  28.39 
 
 
474 aa  67  0.0000000006  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1012  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.52 
 
 
1029 aa  67  0.0000000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.135444  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0613  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.03 
 
 
1036 aa  66.2  0.000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.147117  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2658  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.32 
 
 
559 aa  66.2  0.000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.500087  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2171  sensory box/GGDEF domain/EAL domain protein  26.29 
 
 
730 aa  65.9  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2150  signal transduction histidine kinase  29.8 
 
 
945 aa  65.5  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0810  multi-PAS sensor  24.62 
 
 
1116 aa  65.9  0.000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.915221  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1005  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.28 
 
 
747 aa  65.5  0.000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0423  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.33 
 
 
839 aa  65.5  0.000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>