More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mchl_0210 on replicon NC_011757
Organism: Methylobacterium chloromethanicum CM4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011757  Mchl_0210  transcriptional regulator, LuxR family  100 
 
 
500 aa  1024    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.252259  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3813  PAS sensor protein  99 
 
 
500 aa  1017    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0393  transcriptional regulator, LuxR family  54.1 
 
 
486 aa  492  9.999999999999999e-139  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1057  transcriptional regulator, LuxR family  53.59 
 
 
486 aa  486  1e-136  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.113368 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4460  LuxR family transcriptional regulator  55.85 
 
 
486 aa  487  1e-136  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.478893 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5649  LuxR family transcriptional regulator  55.85 
 
 
486 aa  487  1e-136  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.090782  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0636  LuxR family transcriptional regulator  52.02 
 
 
496 aa  476  1e-133  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.223361  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06950  LuxR family transcriptional regulator  52.02 
 
 
496 aa  472  1e-132  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.490761  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2680  LuxR family transcriptional regulator  51.83 
 
 
514 aa  470  1.0000000000000001e-131  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5247  LuxR family transcriptional regulator  51.63 
 
 
514 aa  471  1.0000000000000001e-131  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.603722  normal  0.35683 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3414  LuxR family transcriptional regulator  51.63 
 
 
514 aa  471  1.0000000000000001e-131  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3471  LuxR family transcriptional regulator  51.63 
 
 
510 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4050  LuxR family transcriptional regulator  51.63 
 
 
510 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5154  LuxR family transcriptional regulator  50.81 
 
 
510 aa  462  1e-129  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.767005 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3423  sensor protein  49.9 
 
 
496 aa  459  9.999999999999999e-129  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2443  LuxR family transcriptional regulator  47.58 
 
 
497 aa  440  9.999999999999999e-123  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.218456  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6717  transcriptional regulator, LuxR family  46.27 
 
 
509 aa  431  1e-119  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.440846  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2158  LuxR family transcriptional regulator  48.12 
 
 
491 aa  429  1e-119  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.714996 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0363  PAS sensor protein  52.16 
 
 
278 aa  259  1e-67  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2281  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.34 
 
 
891 aa  121  3e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00177504  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1887  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.13 
 
 
1092 aa  108  3e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1054  Signal transduction histidine kinase nitrogen specific-like protein  27.06 
 
 
493 aa  107  3e-22  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2324  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.4 
 
 
1089 aa  104  4e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3776  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  24.74 
 
 
1098 aa  102  2e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1514  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.74 
 
 
1098 aa  101  3e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1983  sensory box protein  25.09 
 
 
1136 aa  100  4e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0811196 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1546  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.39 
 
 
1098 aa  100  4e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.223692 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1741  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.59 
 
 
857 aa  97.4  6e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.99373 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0536  sensory box/GGDEF domain/EAL domain protein  29.37 
 
 
829 aa  96.3  1e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4138  signal transduction histidine kinase  25.2 
 
 
1051 aa  96.3  1e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.35585 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0386  sensory box protein  28.94 
 
 
1247 aa  94.4  4e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.298787  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0420  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  27.6 
 
 
1247 aa  93.6  8e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.285216  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4816  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.67 
 
 
1247 aa  90.9  5e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.201907  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3377  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.06 
 
 
775 aa  90.9  5e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4642  PAS:GGDEF  26.54 
 
 
828 aa  90.5  7e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0423  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25 
 
 
510 aa  90.1  9e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5150  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.8 
 
 
1248 aa  89  2e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0417  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.62 
 
 
1247 aa  88.2  3e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2096  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.94 
 
 
953 aa  86.3  0.000000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000903564 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4029  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  25.17 
 
 
1244 aa  85.9  0.000000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1070  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.63 
 
 
1426 aa  84.7  0.000000000000004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.632131  normal  0.158919 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2122  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.94 
 
 
953 aa  84  0.000000000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0111685  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0875  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.88 
 
 
628 aa  82.8  0.00000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0717  hypothetical protein  26.49 
 
 
1245 aa  82  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07500  hypothetical protein  25.34 
 
 
1245 aa  81.6  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.411522  normal  0.391796 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4631  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.31 
 
 
1672 aa  80.5  0.00000000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.659803  normal  0.0232391 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1043  sensory box histidine kinase  34.03 
 
 
767 aa  79.3  0.0000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.382651  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0091  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  23.48 
 
 
686 aa  79  0.0000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000101658 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2652  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  25.53 
 
 
833 aa  78.2  0.0000000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0599  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.66 
 
 
957 aa  77  0.0000000000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1718  PAS sensor protein  24.06 
 
 
811 aa  76.6  0.0000000000009  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.604616  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0600  putative PAS/PAC sensor protein  29.01 
 
 
727 aa  76.3  0.000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000188746  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0601  Signal transduction histidine kinase-like protein  26.73 
 
 
1442 aa  74.7  0.000000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0614  putative PAS/PAC sensor protein  27.78 
 
 
727 aa  73.2  0.00000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.8657800000000003e-24 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1464  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  30.72 
 
 
1139 aa  72.4  0.00000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046229 
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_3022  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.81 
 
 
1101 aa  71.6  0.00000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0641  two component transcriptional regulator, LuxR family  25.42 
 
 
1648 aa  70.9  0.00000000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0947  LuxR family transcriptional regulator  51.32 
 
 
799 aa  70.5  0.00000000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4328  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.37 
 
 
612 aa  70.5  0.00000000007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1811  diguanylate cyclase  25.16 
 
 
1037 aa  69.7  0.0000000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.688838  normal  0.296213 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2472  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.55 
 
 
221 aa  69.7  0.0000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0113125  hitchhiker  0.00367669 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1031  transcriptional regulator, LuxR family  28.02 
 
 
439 aa  68.6  0.0000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2725  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  28.24 
 
 
717 aa  68.9  0.0000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.172089 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3729  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.38 
 
 
214 aa  68.6  0.0000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0458  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.17 
 
 
1037 aa  68.2  0.0000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.160814  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3639  two component transcriptional regulator, LuxR family  47.14 
 
 
215 aa  68.6  0.0000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.274763  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0687  putative PAS/PAC sensor protein  27.04 
 
 
914 aa  68.6  0.0000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000503319  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3406  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.38 
 
 
214 aa  68.6  0.0000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.588591  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0052  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.23 
 
 
1080 aa  67.8  0.0000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0960  multi-sensor hybrid histidine kinase  24.85 
 
 
1245 aa  67.4  0.0000000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2409  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.61 
 
 
713 aa  67.4  0.0000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00581493 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1370  signal transduction histidine kinase  25.51 
 
 
1560 aa  67  0.0000000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.71177  normal  0.70667 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1349  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.58 
 
 
1111 aa  66.6  0.000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.444762  normal  0.501062 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0161  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.56 
 
 
1039 aa  65.9  0.000000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0714  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.44 
 
 
744 aa  65.5  0.000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2293  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  31.16 
 
 
782 aa  65.5  0.000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0975  two component LuxR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
222 aa  65.1  0.000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0609  response regulator receiver protein  48.53 
 
 
218 aa  65.1  0.000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7161  two component LuxR family transcriptional regulator  31.82 
 
 
225 aa  64.7  0.000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0588186  normal  0.118819 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0544  two component transcriptional regulator, LuxR family  45.71 
 
 
215 aa  64.3  0.000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3419  LuxR response regulator receiver  39 
 
 
231 aa  63.9  0.000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.393456  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1812  signal transduction histidine kinase  22.34 
 
 
1390 aa  63.9  0.000000007  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.155927 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4479  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.19 
 
 
224 aa  63.5  0.000000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.518456  normal  0.598935 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3004  Signal transduction histidine kinase  21.54 
 
 
941 aa  63.5  0.000000009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3846  two component LuxR family transcriptional regulator  47.14 
 
 
249 aa  63.5  0.000000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.525033  normal  0.770826 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5619  response regulator receiver protein  37.5 
 
 
226 aa  63.2  0.00000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0556461  normal  0.802866 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4139  signal transduction histidine kinase  30 
 
 
913 aa  62.8  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.329059 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2460  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.87 
 
 
797 aa  63.2  0.00000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1826  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.93 
 
 
1294 aa  63.2  0.00000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2017  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.93 
 
 
1299 aa  63.2  0.00000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0450581  normal  0.783142 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2302  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.48 
 
 
226 aa  62.8  0.00000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0191252  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0596  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.53 
 
 
1471 aa  62  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0080  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.4 
 
 
779 aa  62.4  0.00000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2150  signal transduction histidine kinase  31.85 
 
 
945 aa  62.4  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0050  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  23.89 
 
 
871 aa  62.4  0.00000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0971682  decreased coverage  0.000571287 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4134  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.21 
 
 
711 aa  62.4  0.00000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.734876  normal  0.920735 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4863  two component transcriptional regulator, LuxR family  26.85 
 
 
263 aa  61.2  0.00000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.937693  normal  0.105083 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0956  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.76 
 
 
221 aa  61.2  0.00000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3576  two component LuxR family transcriptional regulator  36.08 
 
 
228 aa  61.2  0.00000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3766  response regulator receiver protein  40.24 
 
 
539 aa  61.2  0.00000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.484632  normal  0.834357 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>