More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcenmc03_4050 on replicon NC_010515
Organism: Burkholderia cenocepacia MC0-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007511  Bcep18194_B2680  LuxR family transcriptional regulator  95.8 
 
 
514 aa  969    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5154  LuxR family transcriptional regulator  91.76 
 
 
510 aa  944    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.767005 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3414  LuxR family transcriptional regulator  91.14 
 
 
514 aa  931    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4050  LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 
510 aa  1033    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0636  LuxR family transcriptional regulator  68.14 
 
 
496 aa  689    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.223361  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5247  LuxR family transcriptional regulator  90.94 
 
 
514 aa  930    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.603722  normal  0.35683 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06950  LuxR family transcriptional regulator  69.54 
 
 
496 aa  706    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.490761  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3471  LuxR family transcriptional regulator  99.8 
 
 
510 aa  1031    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2443  LuxR family transcriptional regulator  59.56 
 
 
497 aa  628  1e-179  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.218456  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2158  LuxR family transcriptional regulator  61.7 
 
 
491 aa  604  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.714996 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3423  sensor protein  58.18 
 
 
496 aa  588  1e-167  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6717  transcriptional regulator, LuxR family  54.71 
 
 
509 aa  566  1e-160  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.440846  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0393  transcriptional regulator, LuxR family  54.47 
 
 
486 aa  511  1e-143  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1057  transcriptional regulator, LuxR family  54.68 
 
 
486 aa  507  9.999999999999999e-143  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.113368 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4460  LuxR family transcriptional regulator  54.68 
 
 
486 aa  492  9.999999999999999e-139  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.478893 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5649  LuxR family transcriptional regulator  54.68 
 
 
486 aa  492  9.999999999999999e-139  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.090782  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3813  PAS sensor protein  51.63 
 
 
500 aa  466  9.999999999999999e-131  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0210  transcriptional regulator, LuxR family  51.63 
 
 
500 aa  461  9.999999999999999e-129  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.252259  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0363  PAS sensor protein  49.08 
 
 
278 aa  255  2.0000000000000002e-66  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2281  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.32 
 
 
891 aa  150  5e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00177504  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1054  Signal transduction histidine kinase nitrogen specific-like protein  29.44 
 
 
493 aa  141  1.9999999999999998e-32  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3776  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  28.72 
 
 
1098 aa  139  1e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1546  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.3 
 
 
1098 aa  138  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.223692 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1514  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.37 
 
 
1098 aa  134  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1983  sensory box protein  29.2 
 
 
1136 aa  133  9e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0811196 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1887  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.47 
 
 
1092 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2324  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.56 
 
 
1089 aa  128  3e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0386  sensory box protein  28.29 
 
 
1247 aa  124  6e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.298787  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4642  PAS:GGDEF  29.44 
 
 
828 aa  123  9e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0420  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  27.89 
 
 
1247 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.285216  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4816  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.29 
 
 
1247 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.201907  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4138  signal transduction histidine kinase  27.42 
 
 
1051 aa  121  3e-26  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.35585 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07500  hypothetical protein  28.08 
 
 
1245 aa  119  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.411522  normal  0.391796 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4029  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  27.89 
 
 
1244 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5150  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.82 
 
 
1248 aa  117  5e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0417  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.69 
 
 
1247 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0536  sensory box/GGDEF domain/EAL domain protein  30.28 
 
 
829 aa  115  3e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0717  hypothetical protein  26.6 
 
 
1245 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0714  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.39 
 
 
744 aa  109  1e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0600  putative PAS/PAC sensor protein  36.77 
 
 
727 aa  105  2e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000188746  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0614  putative PAS/PAC sensor protein  36.13 
 
 
727 aa  103  8e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.8657800000000003e-24 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0091  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  27.38 
 
 
686 aa  102  2e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000101658 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0423  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.52 
 
 
510 aa  102  2e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1031  transcriptional regulator, LuxR family  28.75 
 
 
439 aa  100  7e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1741  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.12 
 
 
857 aa  99.8  1e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.99373 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0599  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.43 
 
 
957 aa  99.8  1e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0052  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.35 
 
 
1080 aa  99  2e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4328  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.47 
 
 
612 aa  98.6  2e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2409  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.52 
 
 
713 aa  97.8  5e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00581493 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2652  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  29.8 
 
 
833 aa  96.7  8e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0687  putative PAS/PAC sensor protein  27.9 
 
 
914 aa  95.1  2e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000503319  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0050  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.73 
 
 
871 aa  92.8  1e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0971682  decreased coverage  0.000571287 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1043  sensory box histidine kinase  29.65 
 
 
767 aa  91.3  4e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.382651  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1070  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.92 
 
 
1426 aa  91.3  4e-17  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.632131  normal  0.158919 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2725  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  28.64 
 
 
717 aa  90.5  7e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.172089 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1550  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.28 
 
 
995 aa  89.7  1e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1464  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  31.88 
 
 
1139 aa  88.2  3e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046229 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3377  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.41 
 
 
775 aa  88.2  3e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2096  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.46 
 
 
953 aa  86.7  9e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000903564 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0161  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.5 
 
 
1039 aa  86.7  9e-16  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2122  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.33 
 
 
953 aa  84.3  0.000000000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0111685  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0601  Signal transduction histidine kinase-like protein  26.85 
 
 
1442 aa  83.2  0.000000000000009  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2293  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  31.2 
 
 
782 aa  82.8  0.00000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_3022  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.67 
 
 
1101 aa  82.4  0.00000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0360  putative PAS/PAC sensor protein  25.45 
 
 
454 aa  81.3  0.00000000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1718  PAS sensor protein  26.82 
 
 
811 aa  81.3  0.00000000000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.604616  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0877  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  22.8 
 
 
1050 aa  80.5  0.00000000000006  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.948624  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0596  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  22.76 
 
 
1471 aa  79  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0960  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.94 
 
 
1245 aa  79  0.0000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4134  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.71 
 
 
711 aa  78.2  0.0000000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.734876  normal  0.920735 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2007  putative PAS/PAC sensor protein  29.24 
 
 
692 aa  78.6  0.0000000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.259838  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0884  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.49 
 
 
807 aa  78.6  0.0000000000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  decreased coverage  0.00331872  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2106  Signal transduction histidine kinase nitrogen specific-like protein  25.66 
 
 
635 aa  77.8  0.0000000000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2304  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.12 
 
 
460 aa  77.4  0.0000000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.757006  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2700  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  25.19 
 
 
1102 aa  77.4  0.0000000000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0713  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.84 
 
 
639 aa  76.6  0.0000000000009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0138  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  26.53 
 
 
1338 aa  76.3  0.000000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3326  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.98 
 
 
223 aa  76.3  0.000000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03493  hypothetical protein  36.46 
 
 
213 aa  75.9  0.000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3004  Signal transduction histidine kinase  27.09 
 
 
941 aa  75.5  0.000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2947  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.57 
 
 
503 aa  75.9  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1496  signal transduction histidine kinase  24.15 
 
 
1253 aa  75.5  0.000000000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.172842 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4433  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.53 
 
 
215 aa  74.7  0.000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2658  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.88 
 
 
559 aa  74.7  0.000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.500087  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0875  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.4 
 
 
628 aa  75.1  0.000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1502  multi-sensor signal transduction histidine kinase  21.91 
 
 
783 aa  74.7  0.000000000004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.0445794 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4139  signal transduction histidine kinase  30.71 
 
 
913 aa  74.3  0.000000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.329059 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4631  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.74 
 
 
1672 aa  74.3  0.000000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.659803  normal  0.0232391 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2462  multi-sensor signal transduction histidine kinase  23.32 
 
 
1032 aa  74.3  0.000000000005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2943  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.24 
 
 
981 aa  73.6  0.000000000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.677183 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1555  sensory box histidine kinase/response regulator  28.57 
 
 
1112 aa  72.8  0.00000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1981  PAS:GGDEF  28.85 
 
 
730 aa  73.2  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0548345 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2460  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.1 
 
 
797 aa  73.2  0.00000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1349  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.11 
 
 
1111 aa  72.8  0.00000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.444762  normal  0.501062 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1826  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.99 
 
 
1294 aa  72.4  0.00000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2017  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.99 
 
 
1299 aa  72  0.00000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0450581  normal  0.783142 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0458  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.94 
 
 
1037 aa  72  0.00000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.160814  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0530  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  33.08 
 
 
579 aa  71.6  0.00000000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.82222  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0641  two component transcriptional regulator, LuxR family  27.76 
 
 
1648 aa  71.2  0.00000000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2150  signal transduction histidine kinase  30.71 
 
 
945 aa  71.2  0.00000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>