More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_0360 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011060  Ppha_0360  putative PAS/PAC sensor protein  100 
 
 
454 aa  951    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1550  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.98 
 
 
995 aa  182  1e-44  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0601  Signal transduction histidine kinase-like protein  40.08 
 
 
1442 aa  176  7e-43  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3377  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.38 
 
 
775 aa  116  8.999999999999998e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2281  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.71 
 
 
891 aa  110  5e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00177504  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1070  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.95 
 
 
1426 aa  110  7.000000000000001e-23  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.632131  normal  0.158919 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0423  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.46 
 
 
510 aa  107  6e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2011  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.89 
 
 
814 aa  106  8e-22  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.866808 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2096  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.11 
 
 
953 aa  102  1e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000903564 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0935  putative sensor with HAMP domain  50.6 
 
 
410 aa  100  4e-20  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.0423027 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1153  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.61 
 
 
1143 aa  100  5e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.648529  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2773  hypothetical protein  51.19 
 
 
192 aa  100  5e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0590  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.21 
 
 
1144 aa  99  1e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.851066  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2764  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.33 
 
 
1275 aa  98.6  2e-19  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0647988  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2435  PAS/PAC domain-containing protein  31.89 
 
 
322 aa  97.8  3e-19  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000625428  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2122  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.36 
 
 
953 aa  96.7  7e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0111685  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0052  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.39 
 
 
1080 aa  96.7  7e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2303  response regulator receiver protein  52.87 
 
 
227 aa  94.7  3e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0647  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  24.88 
 
 
1741 aa  94  5e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.294056 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3990  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.06 
 
 
1665 aa  93.6  7e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6717  transcriptional regulator, LuxR family  27.65 
 
 
509 aa  93.2  9e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.440846  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1561  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.33 
 
 
455 aa  92.8  1e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000734361  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0360  response regulator receiver protein  46.91 
 
 
204 aa  92  2e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000726536 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0378  response regulator receiver protein  43.96 
 
 
204 aa  91.7  2e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4631  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.77 
 
 
1672 aa  91.3  3e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.659803  normal  0.0232391 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0300  putative sensor with HAMP domain  46.34 
 
 
405 aa  90.9  5e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.168861  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2443  LuxR family transcriptional regulator  27.17 
 
 
497 aa  90.1  7e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.218456  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1349  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.95 
 
 
1111 aa  90.1  8e-17  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.444762  normal  0.501062 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0700  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.87 
 
 
1419 aa  89.7  9e-17  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.81616  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4328  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.89 
 
 
612 aa  89.4  1e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2222  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.15 
 
 
1120 aa  89.4  1e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.201183 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1983  sensory box protein  26.19 
 
 
1136 aa  89  2e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0811196 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0091  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  35.82 
 
 
686 aa  88.6  2e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000101658 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0050  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.51 
 
 
871 aa  88.2  2e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0971682  decreased coverage  0.000571287 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4029  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  22.84 
 
 
1244 aa  87  6e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2062  response regulator receiver protein  56.9 
 
 
217 aa  86.7  7e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1043  sensory box histidine kinase  33.59 
 
 
767 aa  85.9  0.000000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.382651  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0283  putative sensor with HAMP domain  42.86 
 
 
410 aa  85.9  0.000000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2092  response regulator receiver protein  31.67 
 
 
459 aa  86.3  0.000000000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000936351  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0884  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.19 
 
 
807 aa  85.1  0.000000000000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  decreased coverage  0.00331872  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0599  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  24.19 
 
 
957 aa  85.5  0.000000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3776  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  24.83 
 
 
1098 aa  84.7  0.000000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1054  Signal transduction histidine kinase nitrogen specific-like protein  36.36 
 
 
493 aa  84.7  0.000000000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1546  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.15 
 
 
1098 aa  84.3  0.000000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.223692 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2106  Signal transduction histidine kinase nitrogen specific-like protein  27.98 
 
 
635 aa  83.6  0.000000000000008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2158  LuxR family transcriptional regulator  37.5 
 
 
491 aa  83.2  0.00000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.714996 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0161  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.96 
 
 
1039 aa  82.8  0.00000000000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5154  LuxR family transcriptional regulator  26.01 
 
 
510 aa  81.3  0.00000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.767005 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3423  sensor protein  25 
 
 
496 aa  81.6  0.00000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2680  LuxR family transcriptional regulator  25.45 
 
 
514 aa  81.3  0.00000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4050  LuxR family transcriptional regulator  25.45 
 
 
510 aa  81.3  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1514  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.81 
 
 
1098 aa  81.3  0.00000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3471  LuxR family transcriptional regulator  25.45 
 
 
510 aa  81.3  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0600  putative PAS/PAC sensor protein  28.75 
 
 
727 aa  80.5  0.00000000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000188746  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0614  putative PAS/PAC sensor protein  23.72 
 
 
727 aa  80.1  0.00000000000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.8657800000000003e-24 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1339  PAS sensor protein  44.05 
 
 
328 aa  79.7  0.00000000000009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0875  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 
628 aa  79.7  0.00000000000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0808  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.61 
 
 
929 aa  79.7  0.0000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3250  sensory transduction histidine kinase  28.83 
 
 
1019 aa  79.3  0.0000000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.145129 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1812  signal transduction histidine kinase  24.83 
 
 
1390 aa  79  0.0000000000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.155927 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0458  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.99 
 
 
1037 aa  79.3  0.0000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.160814  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2293  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  29.28 
 
 
782 aa  78.6  0.0000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3414  LuxR family transcriptional regulator  30.72 
 
 
514 aa  78.6  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2947  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.1 
 
 
503 aa  79  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5247  LuxR family transcriptional regulator  30.72 
 
 
514 aa  78.6  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.603722  normal  0.35683 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07500  hypothetical protein  24.15 
 
 
1245 aa  79  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.411522  normal  0.391796 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1355  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.2 
 
 
929 aa  77.8  0.0000000000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.968718  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0120  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.24 
 
 
1568 aa  77.4  0.0000000000004  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0799  response regulator receiver protein  52.54 
 
 
225 aa  77.8  0.0000000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0810  multi-PAS sensor  27.83 
 
 
1116 aa  77.8  0.0000000000004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.915221  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1464  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  28.82 
 
 
1139 aa  77.8  0.0000000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046229 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0846  response regulator receiver protein  50.85 
 
 
225 aa  77.4  0.0000000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4139  signal transduction histidine kinase  30.88 
 
 
913 aa  77.4  0.0000000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.329059 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1887  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.18 
 
 
1092 aa  77  0.0000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2546  Signal transduction histidine kinase-like protein  26.73 
 
 
804 aa  77  0.0000000000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2943  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.7 
 
 
981 aa  77  0.0000000000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.677183 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0117  serine/threonine protein kinase and signal transduction histidine kinase with GAF and PAS/PAC sensor  24.03 
 
 
2361 aa  77  0.0000000000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2430  putative PAS/PAC sensor protein  26.46 
 
 
821 aa  77  0.0000000000007  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1005  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.78 
 
 
747 aa  76.6  0.0000000000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2150  signal transduction histidine kinase  33.56 
 
 
945 aa  76.6  0.0000000000009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0687  putative PAS/PAC sensor protein  29.52 
 
 
914 aa  76.3  0.000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000503319  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0390  ligand-binding sensor domain-containing protein  23.92 
 
 
1275 aa  75.9  0.000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1912  putative PAS/PAC sensor protein  35.14 
 
 
201 aa  75.5  0.000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.436176  unclonable  0.00000739148 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0420  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  24.51 
 
 
1247 aa  74.7  0.000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.285216  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2434  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.34 
 
 
842 aa  75.1  0.000000000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.469652 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0386  sensory box protein  24.51 
 
 
1247 aa  74.7  0.000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.298787  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1787  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  23.42 
 
 
931 aa  74.3  0.000000000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0717  hypothetical protein  23.4 
 
 
1245 aa  74.3  0.000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0713  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.84 
 
 
639 aa  73.9  0.000000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0417  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.14 
 
 
1247 aa  73.9  0.000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2324  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  23.55 
 
 
1089 aa  73.6  0.000000000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2409  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.87 
 
 
713 aa  73.2  0.000000000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00581493 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2460  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  21.54 
 
 
797 aa  73.6  0.000000000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0714  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  22.61 
 
 
744 aa  73.2  0.000000000009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0459  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.42 
 
 
1301 aa  73.2  0.000000000009  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.012558 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4417  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.26 
 
 
1548 aa  72.8  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.409401 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2347  response regulator receiver protein  48.61 
 
 
202 aa  73.2  0.00000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.56815  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0393  transcriptional regulator, LuxR family  30.65 
 
 
486 aa  72  0.00000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3120  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  32.39 
 
 
1653 aa  72  0.00000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1634  response regulator receiver protein  33.33 
 
 
188 aa  72  0.00000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>