47 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dole_1339 on replicon NC_009943
Organism: Desulfococcus oleovorans Hxd3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009943  Dole_1339  PAS sensor protein  100 
 
 		 328 aa  681    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1136  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.52 
 
 		 608 aa  105  1e-21  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2182  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.39 
 
 		 466 aa  85.5  0.000000000000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0935  putative sensor with HAMP domain  47.95 
 
 		 410 aa  84.3  0.000000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.0423027 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2773  hypothetical protein  48.65 
 
 		 192 aa  81.3  0.00000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0360  putative PAS/PAC sensor protein  42.05 
 
 		 454 aa  80.1  0.00000000000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2303  response regulator receiver protein  33.06 
 
 		 227 aa  76.3  0.0000000000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2062  response regulator receiver protein  45.68 
 
 		 217 aa  73.9  0.000000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1634  response regulator receiver protein  36.17 
 
 		 188 aa  73.2  0.000000000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0360  response regulator receiver protein  47.14 
 
 		 204 aa  70.5  0.00000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000726536 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0378  response regulator receiver protein  47.14 
 
 		 204 aa  70.5  0.00000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1419  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.28 
 
 		 769 aa  70.1  0.00000000005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0849788  normal  0.753623 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0283  putative sensor with HAMP domain  40 
 
 		 410 aa  69.3  0.00000000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0300  putative sensor with HAMP domain  49.32 
 
 		 405 aa  68.9  0.0000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.168861  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1339  multi-sensor signal transduction histidine kinase  23.92 
 
 		 931 aa  66.6  0.0000000006  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1755  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.59 
 
 		 781 aa  66.2  0.0000000008  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1335  putative PAS/PAC sensor protein  36.75 
 
 		 1113 aa  65.1  0.000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2347  response regulator receiver protein  40.51 
 
 		 202 aa  63.9  0.000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.56815  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3519  putative PAS/PAC sensor protein  25 
 
 		 757 aa  63.9  0.000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.324252  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4565  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  30.08 
 
 		 833 aa  62.8  0.000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0183003  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0846  response regulator receiver protein  34.57 
 
 		 225 aa  62.4  0.000000009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0687  putative PAS/PAC sensor protein  27.86 
 
 		 914 aa  62.4  0.00000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000503319  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0799  response regulator receiver protein  35.8 
 
 		 225 aa  62  0.00000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2483  putative PAS/PAC sensor protein  30.37 
 
 		 619 aa  60.8  0.00000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1640  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.7 
 
 		 873 aa  60.1  0.00000005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2629  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.03 
 
 		 1030 aa  58.9  0.0000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3134  response regulator receiver protein  40.98 
 
 		 200 aa  57  0.0000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0157  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.28 
 
 		 1329 aa  55.8  0.0000009  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2111  diguanylate cyclase  34.25 
 
 		 392 aa  55.8  0.0000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1912  putative PAS/PAC sensor protein  48.15 
 
 		 201 aa  54.7  0.000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.436176  unclonable  0.00000739148 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1231  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.61 
 
 		 366 aa  53.1  0.000006  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0108298  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1554  GGDEF domain-containing protein  41.67 
 
 		 389 aa  51.6  0.00002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.84144  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0792  hypothetical protein  28.57 
 
 		 240 aa  51.6  0.00002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.327217  normal  0.0268431 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0141  putative PAS/PAC sensor protein  31.47 
 
 		 837 aa  51.6  0.00002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  decreased coverage  0.00355903 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1559  hypothetical protein  32.2 
 
 		 245 aa  50.4  0.00004  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0640  multi-sensor signal transduction histidine kinase  23.33 
 
 		 890 aa  49.7  0.00006  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.0271774 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1907  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.13 
 
 		 1054 aa  49.3  0.0001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_15351  GAF domain-containing protein  24.44 
 
 		 238 aa  47.8  0.0002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.581628  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2554  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.31 
 
 		 844 aa  47.8  0.0002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1434  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.74 
 
 		 481 aa  46.6  0.0006  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0656222  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_15721  GAF domain-containing protein  27.45 
 
 		 249 aa  46.2  0.0007  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_15571  GAF domain-containing protein  27.45 
 
 		 249 aa  46.2  0.0007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.0414818  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1466  GAF domain-containing protein  27.45 
 
 		 249 aa  46.2  0.0008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.105134  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0934  hypothetical protein  31.43 
 
 		 253 aa  46.2  0.0008  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.125271  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_17911  GAF domain-containing protein  31.43 
 
 		 253 aa  45.4  0.001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.305194  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1502  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  25.66 
 
 		 952 aa  43.9  0.004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1112  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.11 
 
 		 493 aa  43.5  0.005  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.607083 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>