81 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_0300 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_0300  putative sensor with HAMP domain  100 
 
 		 405 aa  832    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.168861  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0283  putative sensor with HAMP domain  88.81 
 
 		 410 aa  721    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0935  putative sensor with HAMP domain  38.83 
 
 		 410 aa  291  1e-77  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.0423027 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1302  sensor histidine kinase/response regulator  50.83 
 
 		 835 aa  285  1.0000000000000001e-75  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.924984  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2426  Hpt sensor hybrid histidine kinase  50.83 
 
 		 827 aa  272  7e-72  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1221  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.71 
 
 		 862 aa  115  2.0000000000000002e-24  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000508764  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0135  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  27.22 
 
 		 858 aa  115  2.0000000000000002e-24  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.711395  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2948  histidine kinase  29.25 
 
 		 800 aa  113  7.000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.549542  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3665  putative sensor with HAMP domain  27.92 
 
 		 301 aa  100  5e-20  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011721  PCC8801_4502  putative sensor with HAMP domain protein  28.36 
 
 		 302 aa  99.4  1e-19  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013160  Cyan8802_4551  putative sensor with HAMP domain  28.36 
 
 		 302 aa  98.2  2e-19  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2402  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.38 
 
 		 803 aa  98.6  2e-19  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.623752 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2602  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.12 
 
 		 946 aa  96.3  8e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0276  putative sensor with HAMP domain  30.05 
 
 		 301 aa  95.5  2e-18  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.529907 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0276  putative sensor with HAMP domain protein  30.05 
 
 		 301 aa  95.5  2e-18  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0799  response regulator receiver protein  55 
 
 		 225 aa  94.4  3e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0846  response regulator receiver protein  53.75 
 
 		 225 aa  94.4  4e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0969  histidine kinase  26.6 
 
 		 801 aa  93.2  6e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.0000115814  hitchhiker  0.0000040144 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0527  putative sensor with HAMP domain protein  28.31 
 
 		 313 aa  92.8  8e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0360  putative PAS/PAC sensor protein  46.34 
 
 		 454 aa  90.9  4e-17  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2094  multi-sensor signal transduction histidine kinase  23.18 
 
 		 872 aa  89.4  1e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3657  putative sensor with HAMP domain protein  22.64 
 
 		 355 aa  87.4  4e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0085  sensor protein  29.82 
 
 		 300 aa  86.3  0.000000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.00149715  normal  0.0726608 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3116  histidine kinase  26.37 
 
 		 325 aa  82.8  0.00000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2062  response regulator receiver protein  50 
 
 		 217 aa  81.3  0.00000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4067  sensor protein  26.96 
 
 		 290 aa  80.9  0.00000000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000038366 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0360  response regulator receiver protein  57.38 
 
 		 204 aa  80.5  0.00000000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000726536 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0378  response regulator receiver protein  55.74 
 
 		 204 aa  79  0.0000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1554  GGDEF domain-containing protein  43.59 
 
 		 389 aa  78.6  0.0000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.84144  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2816  sensory box histidine kinase/response regulator  28.18 
 
 		 882 aa  77.8  0.0000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4236  sensor protein  26.1 
 
 		 291 aa  78.2  0.0000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2773  hypothetical protein  49.15 
 
 		 192 aa  77  0.0000000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2040  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.78 
 
 		 810 aa  76.3  0.0000000000009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0193503  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0286  histidine kinase  25.7 
 
 		 582 aa  75.5  0.000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000344798  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0704  ATP-binding region ATPase domain protein  28.5 
 
 		 471 aa  75.5  0.000000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00112286  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00470  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  25.45 
 
 		 422 aa  74.7  0.000000000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2111  diguanylate cyclase  54.55 
 
 		 392 aa  73.6  0.000000000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1912  putative PAS/PAC sensor protein  50.88 
 
 		 201 aa  72.8  0.000000000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.436176  unclonable  0.00000739148 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1634  response regulator receiver protein  49.06 
 
 		 188 aa  72.4  0.00000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2654  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  22.73 
 
 		 812 aa  72.4  0.00000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1361  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.77 
 
 		 912 aa  72  0.00000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2303  response regulator receiver protein  39.13 
 
 		 227 aa  70.5  0.00000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3134  response regulator receiver protein  34.26 
 
 		 200 aa  70.1  0.00000000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0878  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  23.05 
 
 		 840 aa  68.9  0.0000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00403234  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1339  PAS sensor protein  50.72 
 
 		 328 aa  68.6  0.0000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2347  response regulator receiver protein  41.79 
 
 		 202 aa  68.9  0.0000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.56815  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0023  putative PAS/PAC sensor protein  29.41 
 
 		 408 aa  68.6  0.0000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.291981  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_15351  GAF domain-containing protein  42.42 
 
 		 238 aa  68.2  0.0000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.581628  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_15721  GAF domain-containing protein  42.42 
 
 		 249 aa  67  0.0000000006  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1466  GAF domain-containing protein  42.42 
 
 		 249 aa  67  0.0000000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.105134  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_15571  GAF domain-containing protein  42.42 
 
 		 249 aa  66.2  0.0000000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.0414818  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4044  putative PAS/PAC sensor protein  27.32 
 
 		 399 aa  66.2  0.0000000009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.571618 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0792  hypothetical protein  40.91 
 
 		 240 aa  66.2  0.0000000009  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.327217  normal  0.0268431 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3055  histidine kinase  26.13 
 
 		 562 aa  66.2  0.000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1870  hypothetical protein  27.78 
 
 		 475 aa  65.5  0.000000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_17911  GAF domain-containing protein  43.94 
 
 		 253 aa  65.1  0.000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.305194  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0934  hypothetical protein  43.94 
 
 		 253 aa  65.1  0.000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.125271  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4254  putative PAS/PAC sensor protein  27.19 
 
 		 407 aa  64.7  0.000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.157553  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0303  sensory box protein  23.53 
 
 		 405 aa  63.2  0.000000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3959  putative PAS/PAC sensor protein  25.77 
 
 		 399 aa  62.4  0.00000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00121545  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4693  histidine kinase  27.95 
 
 		 561 aa  60.1  0.00000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0105  hypothetical protein  22.39 
 
 		 299 aa  59.7  0.00000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0753  putative PAS/PAC sensor protein  24.41 
 
 		 400 aa  59.7  0.00000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000171105  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1559  hypothetical protein  32.43 
 
 		 245 aa  55.1  0.000002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3383  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  37.5 
 
 		 548 aa  51.2  0.00003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.918408  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3466  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.54 
 
 		 548 aa  50.1  0.00008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0535402  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3530  histidine kinase  36.54 
 
 		 548 aa  50.1  0.00008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2151  multi-sensor hybrid histidine kinase  24.08 
 
 		 1184 aa  49.7  0.0001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1898  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  23.38 
 
 		 546 aa  48.9  0.0002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11300  signal transduction histidine kinase  25.32 
 
 		 556 aa  48.5  0.0002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2092  histidine kinase  20.39 
 
 		 534 aa  48.1  0.0003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.865135  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1284  histidine kinase  21.45 
 
 		 560 aa  47.8  0.0004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0983353  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1551  signal domain-containing protein  39.8 
 
 		 661 aa  46.6  0.0008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.673251  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3217  ATP-binding region ATPase domain protein  26.74 
 
 		 576 aa  45.4  0.002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.644054  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1953  histidine kinase  33.33 
 
 		 661 aa  44.3  0.004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0891  adenylate/guanylate cyclase  35.04 
 
 		 822 aa  44.3  0.004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.508191  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2270  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.97 
 
 		 661 aa  43.9  0.005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2118  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  21.9 
 
 		 720 aa  43.5  0.006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000136561  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1796  histidine kinase  36.08 
 
 		 584 aa  43.1  0.008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2737  histidine kinase  27.86 
 
 		 523 aa  43.1  0.009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2801  protein serine/threonine phosphatase  32.46 
 
 		 705 aa  42.7  0.01  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.079945 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>