More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_2158 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007492  Pfl01_3423  sensor protein  72.04 
 
 
496 aa  718    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2158  LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 
491 aa  1000    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.714996 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2443  LuxR family transcriptional regulator  72.6 
 
 
497 aa  732    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.218456  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06950  LuxR family transcriptional regulator  62.78 
 
 
496 aa  615  1e-175  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.490761  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2680  LuxR family transcriptional regulator  61.68 
 
 
514 aa  610  1e-173  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5154  LuxR family transcriptional regulator  61.89 
 
 
510 aa  608  1e-173  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.767005 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3471  LuxR family transcriptional regulator  61.7 
 
 
510 aa  604  9.999999999999999e-173  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3414  LuxR family transcriptional regulator  61.68 
 
 
514 aa  603  1.0000000000000001e-171  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5247  LuxR family transcriptional regulator  61.68 
 
 
514 aa  603  1.0000000000000001e-171  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.603722  normal  0.35683 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4050  LuxR family transcriptional regulator  61.7 
 
 
510 aa  604  1.0000000000000001e-171  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0636  LuxR family transcriptional regulator  61.76 
 
 
496 aa  598  1e-170  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.223361  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6717  transcriptional regulator, LuxR family  53.81 
 
 
509 aa  544  1e-153  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.440846  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0393  transcriptional regulator, LuxR family  55.49 
 
 
486 aa  506  9.999999999999999e-143  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1057  transcriptional regulator, LuxR family  55.56 
 
 
486 aa  501  1e-140  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.113368 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5649  LuxR family transcriptional regulator  55.77 
 
 
486 aa  493  9.999999999999999e-139  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.090782  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4460  LuxR family transcriptional regulator  55.77 
 
 
486 aa  493  9.999999999999999e-139  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.478893 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3813  PAS sensor protein  48.12 
 
 
500 aa  429  1e-119  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0210  transcriptional regulator, LuxR family  48.12 
 
 
500 aa  424  1e-117  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.252259  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0363  PAS sensor protein  51.64 
 
 
278 aa  268  1e-70  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2281  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.38 
 
 
891 aa  168  2e-40  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00177504  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1054  Signal transduction histidine kinase nitrogen specific-like protein  32.27 
 
 
493 aa  131  3e-29  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2324  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.79 
 
 
1089 aa  125  2e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1887  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.09 
 
 
1092 aa  116  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1514  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.09 
 
 
1098 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1546  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.4 
 
 
1098 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.223692 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3776  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  24.74 
 
 
1098 aa  114  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4138  signal transduction histidine kinase  27.17 
 
 
1051 aa  113  6e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.35585 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1983  sensory box protein  24.74 
 
 
1136 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0811196 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0687  putative PAS/PAC sensor protein  27.31 
 
 
914 aa  96.3  1e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000503319  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1741  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.09 
 
 
857 aa  96.3  1e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.99373 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0714  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.71 
 
 
744 aa  95.5  2e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5150  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.19 
 
 
1248 aa  94  5e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07500  hypothetical protein  25 
 
 
1245 aa  94  5e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.411522  normal  0.391796 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0386  sensory box protein  27.69 
 
 
1247 aa  94  6e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.298787  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0420  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  27.27 
 
 
1247 aa  92.8  1e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.285216  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1070  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.61 
 
 
1426 aa  92  2e-17  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.632131  normal  0.158919 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0052  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.57 
 
 
1080 aa  91.7  3e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_3022  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.61 
 
 
1101 aa  91.3  3e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2464  putative PAS/PAC sensor protein  25.62 
 
 
812 aa  90.9  5e-17  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2947  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.04 
 
 
503 aa  89  2e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0717  hypothetical protein  24.7 
 
 
1245 aa  88.6  2e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0536  sensory box/GGDEF domain/EAL domain protein  25.62 
 
 
829 aa  87.4  5e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0161  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.09 
 
 
1039 aa  87.4  5e-16  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4029  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  24.7 
 
 
1244 aa  87.4  5e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0600  putative PAS/PAC sensor protein  29.35 
 
 
727 aa  87.4  6e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000188746  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4816  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.86 
 
 
1247 aa  87.4  6e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.201907  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0417  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.03 
 
 
1247 aa  86.3  0.000000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2652  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  26.24 
 
 
833 aa  85.9  0.000000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1502  multi-sensor signal transduction histidine kinase  23.67 
 
 
783 aa  84.7  0.000000000000004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.0445794 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1525  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  31.67 
 
 
653 aa  84.7  0.000000000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0183917  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0614  putative PAS/PAC sensor protein  28.8 
 
 
727 aa  84  0.000000000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.8657800000000003e-24 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2293  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  33.58 
 
 
782 aa  83.6  0.000000000000007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0091  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  25.88 
 
 
686 aa  83.2  0.000000000000009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000101658 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0360  putative PAS/PAC sensor protein  37.5 
 
 
454 aa  83.2  0.00000000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1464  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  35.88 
 
 
1139 aa  82.8  0.00000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046229 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1811  diguanylate cyclase  27.41 
 
 
1037 aa  82  0.00000000000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.688838  normal  0.296213 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4642  PAS:GGDEF  22.98 
 
 
828 aa  80.9  0.00000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2096  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.84 
 
 
953 aa  80.5  0.00000000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000903564 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1043  sensory box histidine kinase  24.89 
 
 
767 aa  80.1  0.00000000000009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.382651  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2122  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.84 
 
 
953 aa  79.3  0.0000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0111685  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2409  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  23.74 
 
 
713 aa  79.3  0.0000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00581493 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2462  multi-sensor signal transduction histidine kinase  23.57 
 
 
1032 aa  79  0.0000000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2106  Signal transduction histidine kinase nitrogen specific-like protein  27.08 
 
 
635 aa  79  0.0000000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0599  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.13 
 
 
957 aa  78.2  0.0000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1550  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.53 
 
 
995 aa  77.8  0.0000000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1031  transcriptional regulator, LuxR family  24.04 
 
 
439 aa  77.8  0.0000000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2266  putative PAS/PAC sensor protein  24.57 
 
 
906 aa  77.8  0.0000000000004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1826  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.09 
 
 
1294 aa  77.4  0.0000000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2017  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.09 
 
 
1299 aa  77.4  0.0000000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0450581  normal  0.783142 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0713  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.95 
 
 
639 aa  77  0.0000000000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1349  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.85 
 
 
1111 aa  75.1  0.000000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.444762  normal  0.501062 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2264  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.09 
 
 
692 aa  75.1  0.000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2725  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  25.42 
 
 
717 aa  75.5  0.000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.172089 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4134  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.12 
 
 
711 aa  75.5  0.000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.734876  normal  0.920735 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0458  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.94 
 
 
1037 aa  74.7  0.000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.160814  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0821  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.18 
 
 
473 aa  74.3  0.000000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1952  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.11 
 
 
692 aa  74.3  0.000000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0423  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.68 
 
 
510 aa  73.9  0.000000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2150  signal transduction histidine kinase  32.28 
 
 
945 aa  73.2  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4328  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.71 
 
 
612 aa  73.2  0.00000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2092  response regulator receiver protein  32.8 
 
 
459 aa  71.6  0.00000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000936351  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3004  Signal transduction histidine kinase  25 
 
 
941 aa  70.9  0.00000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1446  response regulator receiver protein  38.24 
 
 
209 aa  70.9  0.00000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0167897  normal  0.0778626 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4139  signal transduction histidine kinase  30.53 
 
 
913 aa  70.9  0.00000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.329059 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0596  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.68 
 
 
1471 aa  70.9  0.00000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1417  response regulator receiver protein  40.19 
 
 
234 aa  70.9  0.00000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0224272 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1555  sensory box histidine kinase/response regulator  26.76 
 
 
1112 aa  69.7  0.0000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3355  two component LuxR family transcriptional regulator  36.04 
 
 
232 aa  69.7  0.0000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5911  two component LuxR family transcriptional regulator  36 
 
 
219 aa  69.3  0.0000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0093  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.09 
 
 
856 aa  69.7  0.0000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3936  two component LuxR family transcriptional regulator  41.24 
 
 
213 aa  69.7  0.0000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00507176  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1267  two component LuxR family transcriptional regulator  36.27 
 
 
216 aa  69.7  0.0000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3326  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.59 
 
 
223 aa  68.6  0.0000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3711  LuxR family transcriptional regulator  24.79 
 
 
637 aa  68.9  0.0000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.731459  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0601  Signal transduction histidine kinase-like protein  29.25 
 
 
1442 aa  68.9  0.0000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4631  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.3 
 
 
1672 aa  68.6  0.0000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.659803  normal  0.0232391 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5512  two component LuxR family transcriptional regulator  39.25 
 
 
250 aa  68.2  0.0000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.631776 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3740  putative PAS/PAC sensor protein  25.13 
 
 
1109 aa  68.2  0.0000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4029  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  25.9 
 
 
1228 aa  68.2  0.0000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2491  LuxR response regulator receiver  38.74 
 
 
242 aa  68.2  0.0000000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.470277  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>