More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Acid345_3711 on replicon NC_008009
Organism: Candidatus Koribacter versatilis Ellin345



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008009  Acid345_3711  LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 
637 aa  1306    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.731459  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3712  multi-sensor signal transduction histidine kinase  57.05 
 
 
851 aa  182  2e-44  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.327076  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3715  multi-sensor signal transduction histidine kinase  64.52 
 
 
739 aa  180  5.999999999999999e-44  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.500892  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4301  signal transduction histidine kinase  33.44 
 
 
2693 aa  153  1e-35  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1939  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  29.47 
 
 
1328 aa  139  2e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.282055  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2021  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.03 
 
 
1516 aa  138  3.0000000000000003e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0198  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.97 
 
 
1344 aa  135  3e-30  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.592297 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0207  protein phosphatase 2C-like, stage II sporulation E  29.7 
 
 
684 aa  135  3e-30  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.543577  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1608  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.68 
 
 
1015 aa  134  3.9999999999999996e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00363686 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1516  signal transduction histidine kinase  28.43 
 
 
1205 aa  134  5e-30  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.0460264 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6593  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.26 
 
 
906 aa  132  3e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0647  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  28.13 
 
 
1741 aa  130  5.0000000000000004e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.294056 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2468  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.17 
 
 
1049 aa  131  5.0000000000000004e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.858637  normal  0.0946099 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1175  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.05 
 
 
821 aa  129  2.0000000000000002e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0725739 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3275  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.95 
 
 
1094 aa  127  5e-28  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.393091 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4311  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.08 
 
 
1291 aa  127  5e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3523  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  26.49 
 
 
1079 aa  126  1e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_3022  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.17 
 
 
1101 aa  126  2e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2969  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.19 
 
 
634 aa  125  2e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.163827 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1960  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.93 
 
 
1680 aa  124  4e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.529564  normal  0.0344276 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1676  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.71 
 
 
1021 aa  124  4e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.267843  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0641  two component transcriptional regulator, LuxR family  28.61 
 
 
1648 aa  124  4e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0119  PAS sensor protein  29.27 
 
 
1561 aa  122  9.999999999999999e-27  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1688  PAS sensor protein  32.1 
 
 
823 aa  122  1.9999999999999998e-26  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2116  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  41.29 
 
 
524 aa  122  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3713  two component LuxR family transcriptional regulator  54.21 
 
 
208 aa  122  1.9999999999999998e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.222966  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2477  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.27 
 
 
1439 aa  122  3e-26  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.131363  normal  0.44536 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1409  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.2 
 
 
778 aa  120  4.9999999999999996e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2336  signal transduction histidine kinase  27.53 
 
 
3706 aa  119  9.999999999999999e-26  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1372  putative PAS/PAC sensor protein  29.9 
 
 
655 aa  119  1.9999999999999998e-25  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1093  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.86 
 
 
1721 aa  119  1.9999999999999998e-25  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2738  putative PAS/PAC sensor protein  41.22 
 
 
2077 aa  116  1.0000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1615  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.65 
 
 
608 aa  115  2.0000000000000002e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0391  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.83 
 
 
1040 aa  115  3e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.519884  normal  0.119604 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5743  two component transcriptional regulator, LuxR family  48.23 
 
 
212 aa  114  5e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0281  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.04 
 
 
688 aa  114  5e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.113851 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3274  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  41.84 
 
 
526 aa  114  6e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2590  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.02 
 
 
1959 aa  114  6e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0694001 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2578  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.51 
 
 
527 aa  113  9e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.376758  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1826  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.08 
 
 
630 aa  113  1.0000000000000001e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0888009 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0667  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.43 
 
 
1036 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4069  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.79 
 
 
1333 aa  112  2.0000000000000002e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000202305 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2743  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.48 
 
 
929 aa  111  3e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00773709  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0811  two-component response regulator  47.76 
 
 
209 aa  112  3e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.184612  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_887  sensor histidine kinase/response regulator  26.6 
 
 
1258 aa  111  4.0000000000000004e-23  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4928  sensory box protein  32.11 
 
 
868 aa  111  5e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2024  fused PAS sensor histidine kinase protein and response regulator  30.62 
 
 
1005 aa  111  5e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00627468  normal  0.216163 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.29 
 
 
1078 aa  110  6e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6162  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.09 
 
 
673 aa  110  6e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.30079  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3580  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.35 
 
 
1428 aa  110  8.000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.506123  normal  0.532587 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0076  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  34.31 
 
 
898 aa  110  8.000000000000001e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.695831  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0903  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.98 
 
 
1262 aa  110  9.000000000000001e-23  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0578  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36 
 
 
632 aa  110  9.000000000000001e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.177294  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0590  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.78 
 
 
1144 aa  110  1e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.851066  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1016  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  25.91 
 
 
1258 aa  108  2e-22  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0120  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.38 
 
 
1568 aa  108  2e-22  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2611  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.01 
 
 
1134 aa  108  2e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.413442  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0267  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.42 
 
 
631 aa  108  3e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.172451  normal  0.0925086 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2651  putative PAS/PAC sensor protein  29.02 
 
 
653 aa  108  3e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0505  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.2 
 
 
952 aa  107  5e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.337439 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1528  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.89 
 
 
659 aa  107  5e-22  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0423  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.16 
 
 
510 aa  107  5e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3132  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.23 
 
 
743 aa  107  5e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.583735  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1364  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.56 
 
 
510 aa  107  6e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2682  two component transcriptional regulator, LuxR family  45.26 
 
 
222 aa  107  6e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1268  two component LuxR family transcriptional regulator  45.93 
 
 
220 aa  107  7e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1812  signal transduction histidine kinase  24.02 
 
 
1390 aa  107  7e-22  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.155927 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0429  signal transduction histidine kinase  22.86 
 
 
1093 aa  106  1e-21  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2380  response regulator receiver protein  46.9 
 
 
208 aa  106  1e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0440  signal transduction histidine kinase  23.03 
 
 
1093 aa  106  1e-21  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.790224  normal  0.127185 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3275  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.28 
 
 
919 aa  106  1e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2317  two component LuxR family transcriptional regulator  51.89 
 
 
209 aa  105  2e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2681  putative sensor protein  27.01 
 
 
1117 aa  105  2e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.968854 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1343  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  39.72 
 
 
510 aa  106  2e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4489  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.41 
 
 
1143 aa  105  2e-21  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4425  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.41 
 
 
1143 aa  105  2e-21  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0244  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.11 
 
 
1066 aa  105  3e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2587  PAS  28.29 
 
 
671 aa  105  3e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.187407  normal  0.694957 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3359  NifA subfamily transcriptional regulator  40.44 
 
 
674 aa  104  4e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01973  predicted diguanylate cyclase, GGDEF domain signalling protein  26.92 
 
 
1105 aa  104  5e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01962  hypothetical protein  26.92 
 
 
1105 aa  104  5e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0993  putative sensor protein  26.92 
 
 
1105 aa  104  5e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.7374 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2014  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.68 
 
 
904 aa  104  5e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0168  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.04 
 
 
352 aa  103  6e-21  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4032  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.89 
 
 
1036 aa  104  6e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.661545 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1907  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.64 
 
 
494 aa  104  6e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0328  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.11 
 
 
951 aa  103  7e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3029  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.25 
 
 
652 aa  103  8e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2469  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.28 
 
 
747 aa  103  9e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0821  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.41 
 
 
473 aa  103  9e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0912  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.24 
 
 
903 aa  103  1e-20  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.644945  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4618  two component LuxR family transcriptional regulator  48.11 
 
 
224 aa  103  1e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1029  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.39 
 
 
1820 aa  103  1e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.165868 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3600  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.58 
 
 
900 aa  103  1e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.182555  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1165  putative sensor protein  26.6 
 
 
1105 aa  103  1e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.807956  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2360  putative sensor protein  26.6 
 
 
1105 aa  103  1e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3789  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.44 
 
 
828 aa  102  2e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.725659  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1685  two component transcriptional regulator, LuxR family  46.23 
 
 
215 aa  102  2e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.166103  normal  0.907447 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1961  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.59 
 
 
1713 aa  102  2e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.280335  normal  0.123564 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1004  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.77 
 
 
921 aa  102  2e-20  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.627886  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>