More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mrad2831_5649 on replicon NC_010505
Organism: Methylobacterium radiotolerans JCM 2831



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010725  Mpop_1057  transcriptional regulator, LuxR family  79.34 
 
 
486 aa  788    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.113368 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0393  transcriptional regulator, LuxR family  81.33 
 
 
486 aa  802    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4460  LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 
486 aa  984    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.478893 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5649  LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 
486 aa  984    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.090782  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0636  LuxR family transcriptional regulator  57.65 
 
 
496 aa  526  1e-148  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.223361  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06950  LuxR family transcriptional regulator  57.23 
 
 
496 aa  524  1e-147  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.490761  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2680  LuxR family transcriptional regulator  56.13 
 
 
514 aa  519  1e-146  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3414  LuxR family transcriptional regulator  55.93 
 
 
514 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5247  LuxR family transcriptional regulator  55.93 
 
 
514 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.603722  normal  0.35683 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5154  LuxR family transcriptional regulator  55.72 
 
 
510 aa  515  1.0000000000000001e-145  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.767005 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3423  sensor protein  54.36 
 
 
496 aa  509  1e-143  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4050  LuxR family transcriptional regulator  54.68 
 
 
510 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2158  LuxR family transcriptional regulator  55.77 
 
 
491 aa  505  9.999999999999999e-143  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.714996 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3471  LuxR family transcriptional regulator  54.68 
 
 
510 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3813  PAS sensor protein  55.85 
 
 
500 aa  502  1e-141  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0210  transcriptional regulator, LuxR family  55.85 
 
 
500 aa  495  1e-139  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.252259  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2443  LuxR family transcriptional regulator  51.66 
 
 
497 aa  492  9.999999999999999e-139  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.218456  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6717  transcriptional regulator, LuxR family  51.35 
 
 
509 aa  478  1e-133  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.440846  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0363  PAS sensor protein  76.45 
 
 
278 aa  435  1e-120  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2281  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.2 
 
 
891 aa  145  1e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00177504  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1887  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.14 
 
 
1092 aa  143  6e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1983  sensory box protein  29.43 
 
 
1136 aa  139  1e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0811196 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1514  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.43 
 
 
1098 aa  139  1e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1546  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.08 
 
 
1098 aa  138  2e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.223692 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3776  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  28.72 
 
 
1098 aa  137  5e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2324  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.75 
 
 
1089 aa  135  1.9999999999999998e-30  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1054  Signal transduction histidine kinase nitrogen specific-like protein  31.08 
 
 
493 aa  131  2.0000000000000002e-29  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5150  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.47 
 
 
1248 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_3022  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.12 
 
 
1101 aa  111  2.0000000000000002e-23  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07500  hypothetical protein  28.85 
 
 
1245 aa  109  1e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.411522  normal  0.391796 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4138  signal transduction histidine kinase  27.56 
 
 
1051 aa  108  3e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.35585 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0687  putative PAS/PAC sensor protein  33.82 
 
 
914 aa  107  4e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000503319  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0386  sensory box protein  26.56 
 
 
1247 aa  106  1e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.298787  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0420  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  26.56 
 
 
1247 aa  106  1e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.285216  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0717  hypothetical protein  28.46 
 
 
1245 aa  105  2e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4816  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.3 
 
 
1247 aa  102  1e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.201907  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1070  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.11 
 
 
1426 aa  102  2e-20  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.632131  normal  0.158919 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0417  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.3 
 
 
1247 aa  102  2e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1741  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.88 
 
 
857 aa  101  3e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.99373 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0536  sensory box/GGDEF domain/EAL domain protein  28.41 
 
 
829 aa  100  5e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0052  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.74 
 
 
1080 aa  98.6  2e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0600  putative PAS/PAC sensor protein  32.58 
 
 
727 aa  97.8  4e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000188746  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4642  PAS:GGDEF  27.02 
 
 
828 aa  97.4  5e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0614  putative PAS/PAC sensor protein  33.15 
 
 
727 aa  97.4  5e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.8657800000000003e-24 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0599  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.3 
 
 
957 aa  96.3  1e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1031  transcriptional regulator, LuxR family  26.12 
 
 
439 aa  95.1  2e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0714  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.62 
 
 
744 aa  93.6  8e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2096  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.22 
 
 
953 aa  92.8  1e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000903564 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4029  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  25.77 
 
 
1244 aa  92.4  2e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1043  sensory box histidine kinase  30.52 
 
 
767 aa  90.9  4e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.382651  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3377  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.31 
 
 
775 aa  91.3  4e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2652  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  25.71 
 
 
833 aa  90.5  7e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0423  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.31 
 
 
510 aa  90.5  7e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2122  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.46 
 
 
953 aa  89.7  9e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0111685  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0161  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.1 
 
 
1039 aa  89.4  1e-16  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0601  Signal transduction histidine kinase-like protein  29.07 
 
 
1442 aa  89.7  1e-16  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1550  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.62 
 
 
995 aa  86.7  8e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1349  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.21 
 
 
1111 aa  86.7  0.000000000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.444762  normal  0.501062 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0713  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.51 
 
 
639 aa  84.7  0.000000000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2409  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.52 
 
 
713 aa  82.8  0.00000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00581493 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4328  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.21 
 
 
612 aa  82.8  0.00000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4631  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.36 
 
 
1672 aa  81.3  0.00000000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.659803  normal  0.0232391 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1981  PAS:GGDEF  30.81 
 
 
730 aa  80.5  0.00000000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0548345 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2106  Signal transduction histidine kinase nitrogen specific-like protein  25.6 
 
 
635 aa  80.1  0.00000000000008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2017  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.97 
 
 
1299 aa  78.6  0.0000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0450581  normal  0.783142 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0091  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  25.38 
 
 
686 aa  79  0.0000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000101658 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1826  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.97 
 
 
1294 aa  78.6  0.0000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0458  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.37 
 
 
1037 aa  78.2  0.0000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.160814  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0050  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  23.89 
 
 
871 aa  78.2  0.0000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0971682  decreased coverage  0.000571287 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2171  sensory box/GGDEF domain/EAL domain protein  31.43 
 
 
730 aa  77  0.0000000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1464  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  31.95 
 
 
1139 aa  77  0.0000000000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046229 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2523  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.49 
 
 
1194 aa  76.6  0.0000000000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1811  diguanylate cyclase  32.35 
 
 
1037 aa  75.9  0.000000000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.688838  normal  0.296213 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2304  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.69 
 
 
460 aa  76.3  0.000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.757006  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0875  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34 
 
 
628 aa  76.3  0.000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2725  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  29.6 
 
 
717 aa  73.9  0.000000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.172089 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3004  Signal transduction histidine kinase  26.09 
 
 
941 aa  73.6  0.000000000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2826  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.06 
 
 
1260 aa  72.4  0.00000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0616256  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0960  multi-sensor hybrid histidine kinase  24 
 
 
1245 aa  71.6  0.00000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3711  LuxR family transcriptional regulator  24.18 
 
 
637 aa  70.1  0.00000000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.731459  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2947  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.57 
 
 
503 aa  70.1  0.00000000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3740  putative PAS/PAC sensor protein  26.06 
 
 
1109 aa  69.3  0.0000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2293  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  31.58 
 
 
782 aa  69.7  0.0000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5018  two component transcriptional regulator, LuxR family  27.23 
 
 
209 aa  69.3  0.0000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05152  protein-glutamate methylesterase  30.08 
 
 
222 aa  68.9  0.0000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03493  hypothetical protein  36.08 
 
 
213 aa  68.2  0.0000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001275  transcriptional regulator VpsT  29.32 
 
 
222 aa  67.8  0.0000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2460  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.25 
 
 
797 aa  67.8  0.0000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0360  putative PAS/PAC sensor protein  30.65 
 
 
454 aa  67.4  0.0000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4134  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.58 
 
 
711 aa  67.4  0.0000000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.734876  normal  0.920735 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5512  two component LuxR family transcriptional regulator  37.14 
 
 
250 aa  67  0.0000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.631776 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1952  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.08 
 
 
692 aa  66.6  0.0000000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2464  putative PAS/PAC sensor protein  20.97 
 
 
812 aa  66.6  0.0000000009  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1555  sensory box histidine kinase/response regulator  26.43 
 
 
1112 aa  66.6  0.000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2150  signal transduction histidine kinase  29.41 
 
 
945 aa  66.6  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1243  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.72 
 
 
734 aa  65.9  0.000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0172121 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2700  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.54 
 
 
1102 aa  65.9  0.000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1496  signal transduction histidine kinase  21.84 
 
 
1253 aa  65.9  0.000000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.172842 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0613  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.5 
 
 
1036 aa  65.9  0.000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.147117  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1034  two component transcriptional regulator, LuxR family  47.54 
 
 
213 aa  65.9  0.000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>