More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_6717 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011894  Mnod_6717  transcriptional regulator, LuxR family  100 
 
 
509 aa  1036    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.440846  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2680  LuxR family transcriptional regulator  54.26 
 
 
514 aa  571  1e-161  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5154  LuxR family transcriptional regulator  55.22 
 
 
510 aa  569  1e-161  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.767005 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4050  LuxR family transcriptional regulator  54.71 
 
 
510 aa  566  1e-160  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3471  LuxR family transcriptional regulator  54.71 
 
 
510 aa  566  1e-160  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3414  LuxR family transcriptional regulator  53.91 
 
 
514 aa  558  1e-158  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5247  LuxR family transcriptional regulator  53.91 
 
 
514 aa  558  1e-158  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.603722  normal  0.35683 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06950  LuxR family transcriptional regulator  54.4 
 
 
496 aa  549  1e-155  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.490761  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0636  LuxR family transcriptional regulator  54.4 
 
 
496 aa  548  1e-155  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.223361  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3423  sensor protein  52.85 
 
 
496 aa  543  1e-153  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2158  LuxR family transcriptional regulator  53.81 
 
 
491 aa  544  1e-153  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.714996 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2443  LuxR family transcriptional regulator  51.53 
 
 
497 aa  524  1e-147  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.218456  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0393  transcriptional regulator, LuxR family  52.16 
 
 
486 aa  491  1e-137  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1057  transcriptional regulator, LuxR family  50 
 
 
486 aa  473  1e-132  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.113368 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4460  LuxR family transcriptional regulator  51.35 
 
 
486 aa  464  1e-129  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.478893 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5649  LuxR family transcriptional regulator  51.35 
 
 
486 aa  464  1e-129  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.090782  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3813  PAS sensor protein  45.85 
 
 
500 aa  428  1e-119  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0210  transcriptional regulator, LuxR family  46.27 
 
 
500 aa  416  9.999999999999999e-116  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.252259  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0363  PAS sensor protein  53.6 
 
 
278 aa  290  5.0000000000000004e-77  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2281  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.49 
 
 
891 aa  174  5e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00177504  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1054  Signal transduction histidine kinase nitrogen specific-like protein  31.85 
 
 
493 aa  147  4.0000000000000006e-34  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2324  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.2 
 
 
1089 aa  134  3.9999999999999996e-30  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1887  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.4 
 
 
1092 aa  131  3e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1741  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.99 
 
 
857 aa  125  2e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.99373 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1983  sensory box protein  26.51 
 
 
1136 aa  124  5e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0811196 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4138  signal transduction histidine kinase  28.23 
 
 
1051 aa  122  1.9999999999999998e-26  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.35585 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1546  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.74 
 
 
1098 aa  121  3e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.223692 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3776  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  25.3 
 
 
1098 aa  121  3e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07500  hypothetical protein  28.23 
 
 
1245 aa  120  6e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.411522  normal  0.391796 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1514  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.04 
 
 
1098 aa  120  9e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0599  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.56 
 
 
957 aa  119  9.999999999999999e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4029  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  28.63 
 
 
1244 aa  119  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0717  hypothetical protein  26.61 
 
 
1245 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1043  sensory box histidine kinase  37.86 
 
 
767 aa  114  3e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.382651  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0423  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.74 
 
 
510 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4642  PAS:GGDEF  26.61 
 
 
828 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0052  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.74 
 
 
1080 aa  112  2.0000000000000002e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0536  sensory box/GGDEF domain/EAL domain protein  28.23 
 
 
829 aa  110  8.000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0386  sensory box protein  26.61 
 
 
1247 aa  109  1e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.298787  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0417  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.32 
 
 
1247 aa  109  1e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0420  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  26.61 
 
 
1247 aa  109  1e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.285216  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0714  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.06 
 
 
744 aa  108  2e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2652  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  30.86 
 
 
833 aa  107  5e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5150  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.08 
 
 
1248 aa  107  5e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3377  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.83 
 
 
775 aa  107  6e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0050  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.15 
 
 
871 aa  106  1e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0971682  decreased coverage  0.000571287 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4816  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.4 
 
 
1247 aa  104  3e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.201907  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0600  putative PAS/PAC sensor protein  29.55 
 
 
727 aa  101  4e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000188746  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_3022  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.24 
 
 
1101 aa  101  4e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2106  Signal transduction histidine kinase nitrogen specific-like protein  33.18 
 
 
635 aa  100  6e-20  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0614  putative PAS/PAC sensor protein  30.11 
 
 
727 aa  100  6e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.8657800000000003e-24 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0687  putative PAS/PAC sensor protein  31.43 
 
 
914 aa  99.4  1e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000503319  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1464  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  35.14 
 
 
1139 aa  98.2  3e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046229 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1031  transcriptional regulator, LuxR family  28.5 
 
 
439 aa  97.8  4e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0091  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  40.6 
 
 
686 aa  97.8  4e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000101658 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2293  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  38.06 
 
 
782 aa  96.7  9e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2409  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.71 
 
 
713 aa  96.3  1e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00581493 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4328  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.97 
 
 
612 aa  96.3  1e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4631  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.64 
 
 
1672 aa  95.1  2e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.659803  normal  0.0232391 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0875  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.3 
 
 
628 aa  95.5  2e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2096  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.98 
 
 
953 aa  94.4  5e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000903564 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0360  putative PAS/PAC sensor protein  27.65 
 
 
454 aa  93.2  1e-17  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2947  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.04 
 
 
503 aa  90.9  4e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2122  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.5 
 
 
953 aa  91.3  4e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0111685  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2826  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.29 
 
 
1260 aa  90.9  5e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0616256  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1070  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.3 
 
 
1426 aa  90.5  6e-17  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.632131  normal  0.158919 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1826  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.74 
 
 
1294 aa  90.1  8e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2725  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  29.95 
 
 
717 aa  90.1  8e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.172089 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2017  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.74 
 
 
1299 aa  90.1  9e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0450581  normal  0.783142 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2264  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.09 
 
 
692 aa  88.6  2e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1555  sensory box histidine kinase/response regulator  33.57 
 
 
1112 aa  87.8  4e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0641  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.24 
 
 
1648 aa  86.3  0.000000000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0458  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.65 
 
 
1037 aa  86.3  0.000000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.160814  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0713  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 
639 aa  85.9  0.000000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0161  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.17 
 
 
1039 aa  84.7  0.000000000000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1349  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.14 
 
 
1111 aa  84  0.000000000000006  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.444762  normal  0.501062 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0808  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.59 
 
 
929 aa  84  0.000000000000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2304  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.43 
 
 
460 aa  83.6  0.000000000000007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.757006  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1550  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.12 
 
 
995 aa  83.2  0.00000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4134  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.04 
 
 
711 aa  82.8  0.00000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.734876  normal  0.920735 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1952  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.59 
 
 
692 aa  82.4  0.00000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1496  signal transduction histidine kinase  23.18 
 
 
1253 aa  81.6  0.00000000000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.172842 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2472  two component transcriptional regulator, LuxR family  44.95 
 
 
221 aa  80.9  0.00000000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0113125  hitchhiker  0.00367669 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4139  signal transduction histidine kinase  35.43 
 
 
913 aa  80.5  0.00000000000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.329059 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2171  sensory box/GGDEF domain/EAL domain protein  28.71 
 
 
730 aa  79.7  0.0000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1981  PAS:GGDEF  28.27 
 
 
730 aa  79.3  0.0000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0548345 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2460  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.45 
 
 
797 aa  79  0.0000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1502  multi-sensor signal transduction histidine kinase  23.11 
 
 
783 aa  79  0.0000000000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.0445794 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2658  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.83 
 
 
559 aa  79  0.0000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.500087  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0459  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.56 
 
 
1301 aa  79.3  0.0000000000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.012558 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1619  two component LuxR family transcriptional regulator  41.67 
 
 
163 aa  78.2  0.0000000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.113726  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1644  two component LuxR family transcriptional regulator  41.67 
 
 
163 aa  78.2  0.0000000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1592  two component LuxR family transcriptional regulator  41.67 
 
 
162 aa  78.2  0.0000000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2700  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.92 
 
 
1102 aa  77.4  0.0000000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2905  transcriptional regulator, LuxR family  35.04 
 
 
335 aa  77.4  0.0000000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0683  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.28 
 
 
234 aa  76.6  0.0000000000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.344925  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1020  response regulator receiver  40.19 
 
 
218 aa  76.6  0.0000000000009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.648692  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5522  two component LuxR family transcriptional regulator  38.1 
 
 
219 aa  76.6  0.0000000000009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05152  protein-glutamate methylesterase  40 
 
 
222 aa  76.6  0.000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4217  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.28 
 
 
225 aa  76.3  0.000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.000816589  normal  0.757819 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>