More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpop_1057 on replicon NC_010725
Organism: Methylobacterium populi BJ001



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010505  Mrad2831_5649  LuxR family transcriptional regulator  79.34 
 
 
486 aa  772    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.090782  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0393  transcriptional regulator, LuxR family  87.22 
 
 
486 aa  866    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4460  LuxR family transcriptional regulator  79.34 
 
 
486 aa  772    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.478893 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1057  transcriptional regulator, LuxR family  100 
 
 
486 aa  989    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.113368 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5247  LuxR family transcriptional regulator  56.34 
 
 
514 aa  525  1e-148  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.603722  normal  0.35683 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3414  LuxR family transcriptional regulator  56.34 
 
 
514 aa  525  1e-147  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2680  LuxR family transcriptional regulator  55.72 
 
 
514 aa  520  1e-146  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5154  LuxR family transcriptional regulator  54.81 
 
 
510 aa  517  1.0000000000000001e-145  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.767005 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06950  LuxR family transcriptional regulator  54.69 
 
 
496 aa  510  1e-143  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.490761  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4050  LuxR family transcriptional regulator  54.68 
 
 
510 aa  507  9.999999999999999e-143  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3471  LuxR family transcriptional regulator  54.68 
 
 
510 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0636  LuxR family transcriptional regulator  54.49 
 
 
496 aa  507  9.999999999999999e-143  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.223361  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3423  sensor protein  53.94 
 
 
496 aa  502  1e-141  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2158  LuxR family transcriptional regulator  55.56 
 
 
491 aa  501  1e-140  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.714996 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2443  LuxR family transcriptional regulator  52.49 
 
 
497 aa  498  1e-140  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.218456  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0363  PAS sensor protein  88.45 
 
 
278 aa  497  1e-139  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3813  PAS sensor protein  53.59 
 
 
500 aa  486  1e-136  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0210  transcriptional regulator, LuxR family  53.59 
 
 
500 aa  481  1e-134  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.252259  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6717  transcriptional regulator, LuxR family  50 
 
 
509 aa  473  1e-132  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.440846  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2281  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.09 
 
 
891 aa  140  3e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00177504  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2324  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.14 
 
 
1089 aa  134  3e-30  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1054  Signal transduction histidine kinase nitrogen specific-like protein  30.8 
 
 
493 aa  132  2.0000000000000002e-29  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1887  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.95 
 
 
1092 aa  127  6e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1514  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.58 
 
 
1098 aa  124  3e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1983  sensory box protein  24.02 
 
 
1136 aa  123  6e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0811196 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3776  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  24.02 
 
 
1098 aa  123  7e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1546  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.53 
 
 
1098 aa  121  3e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.223692 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07500  hypothetical protein  27.44 
 
 
1245 aa  113  7.000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.411522  normal  0.391796 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5150  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.46 
 
 
1248 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_3022  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.59 
 
 
1101 aa  110  6e-23  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0717  hypothetical protein  26.1 
 
 
1245 aa  110  7.000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4138  signal transduction histidine kinase  27.17 
 
 
1051 aa  108  2e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.35585 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0386  sensory box protein  26.58 
 
 
1247 aa  106  9e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.298787  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0420  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  26.27 
 
 
1247 aa  106  1e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.285216  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0052  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.71 
 
 
1080 aa  105  2e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4029  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  25.73 
 
 
1244 aa  102  2e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0417  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.63 
 
 
1247 aa  100  4e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4816  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.71 
 
 
1247 aa  100  7e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.201907  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1741  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.66 
 
 
857 aa  99.4  1e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.99373 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0714  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.7 
 
 
744 aa  99.4  1e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4642  PAS:GGDEF  27.02 
 
 
828 aa  97.8  4e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0536  sensory box/GGDEF domain/EAL domain protein  27.9 
 
 
829 aa  97.1  7e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2652  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  25.39 
 
 
833 aa  94  6e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1070  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.61 
 
 
1426 aa  92  2e-17  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.632131  normal  0.158919 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0423  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.86 
 
 
510 aa  92  2e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3377  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.96 
 
 
775 aa  90.9  4e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1031  transcriptional regulator, LuxR family  28.8 
 
 
439 aa  90.9  5e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0601  Signal transduction histidine kinase-like protein  29.35 
 
 
1442 aa  88.6  2e-16  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0599  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.57 
 
 
957 aa  87  7e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0600  putative PAS/PAC sensor protein  29.78 
 
 
727 aa  86.7  9e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000188746  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1043  sensory box histidine kinase  28.17 
 
 
767 aa  85.9  0.000000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.382651  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0614  putative PAS/PAC sensor protein  30.34 
 
 
727 aa  86.3  0.000000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.8657800000000003e-24 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0091  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  36.72 
 
 
686 aa  86.3  0.000000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000101658 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2096  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.16 
 
 
953 aa  84.7  0.000000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000903564 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1349  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.96 
 
 
1111 aa  83.2  0.000000000000009  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.444762  normal  0.501062 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0687  putative PAS/PAC sensor protein  30.86 
 
 
914 aa  83.2  0.00000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000503319  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2122  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.63 
 
 
953 aa  80.9  0.00000000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0111685  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0875  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34 
 
 
628 aa  80.5  0.00000000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1826  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.49 
 
 
1294 aa  80.5  0.00000000000007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2017  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.49 
 
 
1299 aa  80.1  0.00000000000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0450581  normal  0.783142 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0050  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  21.53 
 
 
871 aa  80.1  0.00000000000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0971682  decreased coverage  0.000571287 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2106  Signal transduction histidine kinase nitrogen specific-like protein  26.87 
 
 
635 aa  79  0.0000000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0161  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.07 
 
 
1039 aa  76.6  0.000000000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2304  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.58 
 
 
460 aa  76.3  0.000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.757006  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0458  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.09 
 
 
1037 aa  75.9  0.000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.160814  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2725  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  30.4 
 
 
717 aa  75.5  0.000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.172089 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0713  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 
639 aa  75.1  0.000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2826  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.85 
 
 
1260 aa  74.3  0.000000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0616256  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4631  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.82 
 
 
1672 aa  73.9  0.000000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.659803  normal  0.0232391 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2947  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.62 
 
 
503 aa  73.6  0.000000000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1550  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.51 
 
 
995 aa  73.2  0.000000000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1811  diguanylate cyclase  33.09 
 
 
1037 aa  72.8  0.00000000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.688838  normal  0.296213 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4328  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.66 
 
 
612 aa  73.2  0.00000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0810  multi-PAS sensor  23.77 
 
 
1116 aa  72  0.00000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.915221  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1464  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  30.54 
 
 
1139 aa  72.4  0.00000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046229 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0960  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.28 
 
 
1245 aa  72.4  0.00000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2460  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.68 
 
 
797 aa  70.1  0.0000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2409  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.25 
 
 
713 aa  69.3  0.0000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00581493 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2171  sensory box/GGDEF domain/EAL domain protein  28.48 
 
 
730 aa  68.9  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0360  putative PAS/PAC sensor protein  27.78 
 
 
454 aa  68.9  0.0000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2293  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  30.08 
 
 
782 aa  68.9  0.0000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1253  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  27.5 
 
 
638 aa  68.2  0.0000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000228716  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0641  two component transcriptional regulator, LuxR family  24.61 
 
 
1648 aa  66.2  0.000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1981  PAS:GGDEF  26.58 
 
 
730 aa  65.9  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0548345 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1146  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  22.88 
 
 
909 aa  65.9  0.000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2947  putative PAS/PAC sensor protein  20.72 
 
 
598 aa  65.9  0.000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3711  LuxR family transcriptional regulator  24.45 
 
 
637 aa  65.5  0.000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.731459  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2700  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  25.48 
 
 
1102 aa  65.5  0.000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1034  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.33 
 
 
213 aa  65.5  0.000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3004  Signal transduction histidine kinase  25.3 
 
 
941 aa  64.7  0.000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2658  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.66 
 
 
559 aa  64.7  0.000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.500087  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1525  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  28.57 
 
 
653 aa  64.7  0.000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0183917  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2523  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  24.58 
 
 
1194 aa  64.3  0.000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1012  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.44 
 
 
1029 aa  64.3  0.000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.135444  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0423  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.84 
 
 
839 aa  64.3  0.000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001275  transcriptional regulator VpsT  28.99 
 
 
222 aa  63.9  0.000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3821  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  24.81 
 
 
1209 aa  63.9  0.000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0235394 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0770  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.48 
 
 
911 aa  63.9  0.000000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.989546 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3912  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  24.81 
 
 
1209 aa  63.9  0.000000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3355  two component LuxR family transcriptional regulator  35.4 
 
 
232 aa  63.5  0.000000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>