More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spro_2443 on replicon NC_009832
Organism: Serratia proteamaculans 568



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009832  Spro_2443  LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 
497 aa  1022    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.218456  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3423  sensor protein  68.37 
 
 
496 aa  710    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2680  LuxR family transcriptional regulator  60.99 
 
 
514 aa  636    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2158  LuxR family transcriptional regulator  72.6 
 
 
491 aa  732    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.714996 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5154  LuxR family transcriptional regulator  60.99 
 
 
510 aa  631  1e-179  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.767005 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4050  LuxR family transcriptional regulator  59.56 
 
 
510 aa  628  1e-179  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5247  LuxR family transcriptional regulator  59.21 
 
 
514 aa  630  1e-179  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.603722  normal  0.35683 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3414  LuxR family transcriptional regulator  59.21 
 
 
514 aa  629  1e-179  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0636  LuxR family transcriptional regulator  62.45 
 
 
496 aa  627  1e-178  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.223361  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06950  LuxR family transcriptional regulator  62.45 
 
 
496 aa  627  1e-178  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.490761  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3471  LuxR family transcriptional regulator  59.56 
 
 
510 aa  627  1e-178  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6717  transcriptional regulator, LuxR family  51.53 
 
 
509 aa  524  1e-147  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.440846  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0393  transcriptional regulator, LuxR family  55.19 
 
 
486 aa  520  1e-146  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1057  transcriptional regulator, LuxR family  52.49 
 
 
486 aa  498  1e-140  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.113368 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5649  LuxR family transcriptional regulator  51.66 
 
 
486 aa  479  1e-134  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.090782  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4460  LuxR family transcriptional regulator  51.66 
 
 
486 aa  479  1e-134  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.478893 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3813  PAS sensor protein  47.58 
 
 
500 aa  440  9.999999999999999e-123  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0210  transcriptional regulator, LuxR family  47.58 
 
 
500 aa  437  1e-121  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.252259  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0363  PAS sensor protein  50.74 
 
 
278 aa  263  4e-69  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2281  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.39 
 
 
891 aa  162  1e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00177504  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1054  Signal transduction histidine kinase nitrogen specific-like protein  30.4 
 
 
493 aa  124  4e-27  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2324  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.17 
 
 
1089 aa  122  1.9999999999999998e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1514  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.05 
 
 
1098 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3776  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  23.05 
 
 
1098 aa  111  3e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1887  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.69 
 
 
1092 aa  111  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1983  sensory box protein  23.05 
 
 
1136 aa  110  5e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0811196 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4138  signal transduction histidine kinase  25 
 
 
1051 aa  109  1e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.35585 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1546  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  22.34 
 
 
1098 aa  108  3e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.223692 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1070  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.81 
 
 
1426 aa  107  3e-22  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.632131  normal  0.158919 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1741  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.12 
 
 
857 aa  102  2e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.99373 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0420  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  25.3 
 
 
1247 aa  102  2e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.285216  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0386  sensory box protein  25.3 
 
 
1247 aa  100  5e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.298787  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5150  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.05 
 
 
1248 aa  100  7e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1031  transcriptional regulator, LuxR family  25.65 
 
 
439 aa  95.9  2e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0714  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.74 
 
 
744 aa  95.5  2e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07500  hypothetical protein  22.28 
 
 
1245 aa  94.7  3e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.411522  normal  0.391796 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0161  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.69 
 
 
1039 aa  94.7  4e-18  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_3022  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.16 
 
 
1101 aa  94.4  5e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0417  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.1 
 
 
1247 aa  93.2  1e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0536  sensory box/GGDEF domain/EAL domain protein  26.39 
 
 
829 aa  90.9  5e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4816  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.22 
 
 
1247 aa  90.9  5e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.201907  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0360  putative PAS/PAC sensor protein  27.17 
 
 
454 aa  90.1  7e-17  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2947  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.91 
 
 
503 aa  89.4  2e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0717  hypothetical protein  21.83 
 
 
1245 aa  87.8  4e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4642  PAS:GGDEF  24.23 
 
 
828 aa  87  6e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0600  putative PAS/PAC sensor protein  29.35 
 
 
727 aa  87.4  6e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000188746  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4029  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  23.28 
 
 
1244 aa  87  7e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1043  sensory box histidine kinase  27.68 
 
 
767 aa  85.5  0.000000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.382651  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0614  putative PAS/PAC sensor protein  29.35 
 
 
727 aa  85.5  0.000000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.8657800000000003e-24 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1349  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.83 
 
 
1111 aa  84.7  0.000000000000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.444762  normal  0.501062 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0423  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  23.6 
 
 
510 aa  84.3  0.000000000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1550  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.93 
 
 
995 aa  84  0.000000000000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0091  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  23.53 
 
 
686 aa  83.6  0.000000000000007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000101658 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2652  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  25.19 
 
 
833 aa  82.8  0.00000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0687  putative PAS/PAC sensor protein  25.82 
 
 
914 aa  82  0.00000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000503319  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2014  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.15 
 
 
904 aa  82  0.00000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2725  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  30.16 
 
 
717 aa  79.3  0.0000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.172089 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4631  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.06 
 
 
1672 aa  78.2  0.0000000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.659803  normal  0.0232391 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4328  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.37 
 
 
612 aa  77.8  0.0000000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0052  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.11 
 
 
1080 aa  76.3  0.000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0713  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.16 
 
 
639 aa  75.1  0.000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0458  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.57 
 
 
1037 aa  75.5  0.000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.160814  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0423  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30 
 
 
839 aa  75.9  0.000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1446  response regulator receiver protein  29.02 
 
 
209 aa  75.5  0.000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0167897  normal  0.0778626 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2523  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  22.25 
 
 
1194 aa  74.7  0.000000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3377  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.43 
 
 
775 aa  74.3  0.000000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4841  putative PAS/PAC sensor protein  32 
 
 
470 aa  74.7  0.000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.00593007  hitchhiker  0.000311175 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0599  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.38 
 
 
957 aa  73.9  0.000000000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2096  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.73 
 
 
953 aa  73.9  0.000000000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000903564 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0601  Signal transduction histidine kinase-like protein  29.49 
 
 
1442 aa  73.6  0.000000000007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1464  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  30.56 
 
 
1139 aa  73.6  0.000000000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046229 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2409  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  23.01 
 
 
713 aa  72.8  0.00000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00581493 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4301  signal transduction histidine kinase  26.16 
 
 
2693 aa  73.2  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0050  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  22.87 
 
 
871 aa  72.4  0.00000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0971682  decreased coverage  0.000571287 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4139  signal transduction histidine kinase  31.3 
 
 
913 aa  72.4  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.329059 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0429  multi-sensor hybrid histidine kinase  23.81 
 
 
955 aa  72  0.00000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2122  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.34 
 
 
953 aa  71.6  0.00000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0111685  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2460  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.14 
 
 
797 aa  71.6  0.00000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2264  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.22 
 
 
692 aa  72  0.00000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0093  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.83 
 
 
856 aa  70.1  0.00000000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0808  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.06 
 
 
929 aa  70.1  0.00000000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2150  signal transduction histidine kinase  31.5 
 
 
945 aa  69.7  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3711  LuxR family transcriptional regulator  26.11 
 
 
637 aa  69.7  0.0000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.731459  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0641  two component transcriptional regulator, LuxR family  27.13 
 
 
1648 aa  69.3  0.0000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4158  two component transcriptional regulator, LuxR family  54.41 
 
 
216 aa  68.6  0.0000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.962754  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1532  two component transcriptional regulator, LuxR family  48.61 
 
 
220 aa  68.9  0.0000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0114765  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2462  multi-sensor signal transduction histidine kinase  21.59 
 
 
1032 aa  68.6  0.0000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4134  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.01 
 
 
711 aa  68.6  0.0000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.734876  normal  0.920735 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2171  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.18 
 
 
227 aa  68.6  0.0000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0596  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  22.77 
 
 
1471 aa  68.2  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2293  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  29.1 
 
 
782 aa  67.8  0.0000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0004  multi-sensor signal transduction histidine kinase  22.41 
 
 
1039 aa  67.4  0.0000000005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.763661  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1525  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  28.87 
 
 
653 aa  67.4  0.0000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0183917  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3004  Signal transduction histidine kinase  23.6 
 
 
941 aa  67.4  0.0000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2437  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.38 
 
 
218 aa  67.4  0.0000000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3326  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.94 
 
 
223 aa  67  0.0000000007  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1502  multi-sensor signal transduction histidine kinase  20.32 
 
 
783 aa  67  0.0000000008  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.0445794 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3089  two component LuxR family transcriptional regulator  42.86 
 
 
219 aa  66.6  0.0000000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1539  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.32 
 
 
1273 aa  66.6  0.000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0331  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.88 
 
 
608 aa  66.2  0.000000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>