More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_0363 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011757  Mchl_0393  transcriptional regulator, LuxR family  99.28 
 
 
486 aa  565  1e-160  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0363  PAS sensor protein  100 
 
 
278 aa  563  1e-160  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1057  transcriptional regulator, LuxR family  88.45 
 
 
486 aa  497  1e-140  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.113368 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4460  LuxR family transcriptional regulator  76.45 
 
 
486 aa  434  1e-121  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.478893 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5649  LuxR family transcriptional regulator  76.45 
 
 
486 aa  434  1e-121  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.090782  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6717  transcriptional regulator, LuxR family  53.6 
 
 
509 aa  290  2e-77  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.440846  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06950  LuxR family transcriptional regulator  52 
 
 
496 aa  275  6e-73  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.490761  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0636  LuxR family transcriptional regulator  52 
 
 
496 aa  275  9e-73  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.223361  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2158  LuxR family transcriptional regulator  51.64 
 
 
491 aa  268  5e-71  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.714996 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2680  LuxR family transcriptional regulator  50.18 
 
 
514 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5247  LuxR family transcriptional regulator  50.55 
 
 
514 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.603722  normal  0.35683 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3414  LuxR family transcriptional regulator  50.55 
 
 
514 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5154  LuxR family transcriptional regulator  50.18 
 
 
510 aa  265  4e-70  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.767005 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2443  LuxR family transcriptional regulator  50.74 
 
 
497 aa  263  2e-69  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.218456  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3423  sensor protein  51.47 
 
 
496 aa  262  4e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3813  PAS sensor protein  52.16 
 
 
500 aa  259  4e-68  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4050  LuxR family transcriptional regulator  49.08 
 
 
510 aa  255  7e-67  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3471  LuxR family transcriptional regulator  49.08 
 
 
510 aa  254  9e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0210  transcriptional regulator, LuxR family  51.23 
 
 
500 aa  253  3e-66  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.252259  normal 
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_3022  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.98 
 
 
1101 aa  107  2e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0052  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.93 
 
 
1080 aa  97.1  3e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1031  transcriptional regulator, LuxR family  30.43 
 
 
439 aa  94  2e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2652  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  30.95 
 
 
833 aa  93.2  4e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1070  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.71 
 
 
1426 aa  92.4  7e-18  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.632131  normal  0.158919 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07500  hypothetical protein  31.43 
 
 
1245 aa  92.4  7e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.411522  normal  0.391796 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0717  hypothetical protein  31.43 
 
 
1245 aa  92.4  7e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2324  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.32 
 
 
1089 aa  91.7  1e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1887  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.88 
 
 
1092 aa  90.1  3e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2304  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.8 
 
 
460 aa  89.7  5e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.757006  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2281  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.03 
 
 
891 aa  89  7e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00177504  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0423  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.67 
 
 
510 aa  88.2  1e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3776  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  32.17 
 
 
1098 aa  87.4  2e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0714  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.43 
 
 
744 aa  87.4  2e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0599  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.96 
 
 
957 aa  87.4  2e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1546  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.59 
 
 
1098 aa  86.7  4e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.223692 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1983  sensory box protein  32.87 
 
 
1136 aa  86.3  5e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0811196 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0600  putative PAS/PAC sensor protein  30.41 
 
 
727 aa  85.9  7e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000188746  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1043  sensory box histidine kinase  33.09 
 
 
767 aa  85.1  0.000000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.382651  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5150  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.38 
 
 
1248 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1514  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32 
 
 
1098 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0614  putative PAS/PAC sensor protein  29.94 
 
 
727 aa  84.3  0.000000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.8657800000000003e-24 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0687  putative PAS/PAC sensor protein  30.99 
 
 
914 aa  84.7  0.000000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000503319  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4138  signal transduction histidine kinase  32.05 
 
 
1051 aa  83.6  0.000000000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.35585 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3377  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.97 
 
 
775 aa  82  0.000000000000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2096  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.98 
 
 
953 aa  82  0.00000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000903564 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1741  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.13 
 
 
857 aa  81.6  0.00000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.99373 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0091  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  35.16 
 
 
686 aa  81.3  0.00000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000101658 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4029  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  29.52 
 
 
1244 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4631  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.09 
 
 
1672 aa  79.7  0.00000000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.659803  normal  0.0232391 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2106  Signal transduction histidine kinase nitrogen specific-like protein  34.62 
 
 
635 aa  79.7  0.00000000000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2122  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.21 
 
 
953 aa  79.3  0.00000000000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0111685  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0050  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.09 
 
 
871 aa  77.4  0.0000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0971682  decreased coverage  0.000571287 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4642  PAS:GGDEF  28.75 
 
 
828 aa  76.3  0.0000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1054  Signal transduction histidine kinase nitrogen specific-like protein  30.38 
 
 
493 aa  76.3  0.0000000000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0875  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.89 
 
 
628 aa  76.3  0.0000000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1253  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  30.08 
 
 
638 aa  75.1  0.000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000228716  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4328  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.14 
 
 
612 aa  74.7  0.000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0458  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.29 
 
 
1037 aa  73.9  0.000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.160814  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0417  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.03 
 
 
1247 aa  73.2  0.000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2409  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.48 
 
 
713 aa  72.8  0.000000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00581493 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0713  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.75 
 
 
639 aa  72.4  0.000000000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0386  sensory box protein  27.39 
 
 
1247 aa  72  0.000000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.298787  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1464  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  31.74 
 
 
1139 aa  72  0.000000000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046229 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1826  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.53 
 
 
1294 aa  72  0.00000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0420  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  27.39 
 
 
1247 aa  72  0.00000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.285216  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4816  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.49 
 
 
1247 aa  72  0.00000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.201907  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2826  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30 
 
 
1260 aa  72  0.00000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0616256  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2017  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.53 
 
 
1299 aa  72  0.00000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0450581  normal  0.783142 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1550  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.41 
 
 
995 aa  71.6  0.00000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0360  putative PAS/PAC sensor protein  29.84 
 
 
454 aa  70.9  0.00000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0960  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.87 
 
 
1245 aa  70.9  0.00000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0161  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.43 
 
 
1039 aa  70.9  0.00000000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4139  signal transduction histidine kinase  32.06 
 
 
913 aa  70.1  0.00000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.329059 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0536  sensory box/GGDEF domain/EAL domain protein  28.75 
 
 
829 aa  69.7  0.00000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1647  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.41 
 
 
638 aa  68.9  0.0000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.211834  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001275  transcriptional regulator VpsT  29.71 
 
 
222 aa  68.2  0.0000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2947  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.88 
 
 
503 aa  68.2  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2293  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  30.83 
 
 
782 aa  68.6  0.0000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0601  Signal transduction histidine kinase-like protein  29.01 
 
 
1442 aa  67.8  0.0000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0613  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.03 
 
 
1036 aa  66.6  0.0000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.147117  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2658  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.32 
 
 
559 aa  66.2  0.0000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.500087  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1981  PAS:GGDEF  27.92 
 
 
730 aa  65.9  0.0000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0548345 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2986  putative PAS/PAC sensor protein  28.39 
 
 
474 aa  66.2  0.0000000006  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1005  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.28 
 
 
747 aa  64.7  0.000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03493  hypothetical protein  33.63 
 
 
213 aa  64.7  0.000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3711  LuxR family transcriptional regulator  25.7 
 
 
637 aa  63.9  0.000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.731459  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05152  protein-glutamate methylesterase  34.88 
 
 
222 aa  63.9  0.000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2725  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  25.3 
 
 
717 aa  63.9  0.000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.172089 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1555  sensory box histidine kinase/response regulator  24.68 
 
 
1112 aa  63.2  0.000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2171  sensory box/GGDEF domain/EAL domain protein  25.86 
 
 
730 aa  63.2  0.000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2150  signal transduction histidine kinase  32.06 
 
 
945 aa  63.2  0.000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1034  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.01 
 
 
213 aa  63.5  0.000000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6236  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.79 
 
 
553 aa  63.5  0.000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.914679 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2523  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  22.92 
 
 
1194 aa  62.8  0.000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1812  signal transduction histidine kinase  31.55 
 
 
1390 aa  62.4  0.000000009  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.155927 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2460  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.14 
 
 
797 aa  61.6  0.00000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4134  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.85 
 
 
711 aa  60.8  0.00000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.734876  normal  0.920735 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1349  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.15 
 
 
1111 aa  61.2  0.00000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.444762  normal  0.501062 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2092  response regulator receiver protein  28.8 
 
 
459 aa  60.8  0.00000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000936351  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1760  two component LuxR family transcriptional regulator  38 
 
 
303 aa  61.2  0.00000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.887336 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>