More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dbac_1031 on replicon NC_013173
Organism: Desulfomicrobium baculatum DSM 4028



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013173  Dbac_1031  transcriptional regulator, LuxR family  100 
 
 
439 aa  899    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4137  signal transduction histidine kinase  32.98 
 
 
912 aa  142  9.999999999999999e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2281  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.69 
 
 
891 aa  130  4.0000000000000003e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00177504  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3377  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.62 
 
 
775 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4136  signal transduction histidine kinase  39.01 
 
 
790 aa  115  2.0000000000000002e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0423  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.68 
 
 
510 aa  114  3e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0687  putative PAS/PAC sensor protein  35.84 
 
 
914 aa  113  7.000000000000001e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000503319  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0614  putative PAS/PAC sensor protein  37.21 
 
 
727 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.8657800000000003e-24 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0600  putative PAS/PAC sensor protein  36.63 
 
 
727 aa  111  3e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000188746  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3414  LuxR family transcriptional regulator  30.03 
 
 
514 aa  105  1e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5247  LuxR family transcriptional regulator  30.03 
 
 
514 aa  105  1e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.603722  normal  0.35683 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2324  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.02 
 
 
1089 aa  105  2e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5154  LuxR family transcriptional regulator  29.39 
 
 
510 aa  103  8e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.767005 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2173  LuxR family transcriptional regulator  28.09 
 
 
269 aa  103  8e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2409  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.5 
 
 
713 aa  102  1e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00581493 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2680  LuxR family transcriptional regulator  29.07 
 
 
514 aa  102  2e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1054  Signal transduction histidine kinase nitrogen specific-like protein  38.24 
 
 
493 aa  101  3e-20  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1043  sensory box histidine kinase  35.5 
 
 
767 aa  100  4e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.382651  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3471  LuxR family transcriptional regulator  28.75 
 
 
510 aa  100  5e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0127  sensory box sensor histidine kinase  29.96 
 
 
1061 aa  100  6e-20  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06950  LuxR family transcriptional regulator  26.07 
 
 
496 aa  100  6e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.490761  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4050  LuxR family transcriptional regulator  28.75 
 
 
510 aa  100  6e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3423  sensor protein  26.46 
 
 
496 aa  99  1e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1070  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.31 
 
 
1426 aa  99.4  1e-19  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.632131  normal  0.158919 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6717  transcriptional regulator, LuxR family  28.5 
 
 
509 aa  97.8  4e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.440846  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0599  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.69 
 
 
957 aa  97.8  4e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0052  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.12 
 
 
1080 aa  96.7  7e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_134  sensor histidine kinase  28.26 
 
 
1062 aa  95.9  1e-18  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2443  LuxR family transcriptional regulator  25.65 
 
 
497 aa  95.9  1e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.218456  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0636  LuxR family transcriptional regulator  26.4 
 
 
496 aa  95.1  2e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.223361  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4460  LuxR family transcriptional regulator  26.12 
 
 
486 aa  95.5  2e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.478893 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4029  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  29.44 
 
 
1244 aa  95.5  2e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5649  LuxR family transcriptional regulator  26.12 
 
 
486 aa  95.5  2e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.090782  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0808  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.01 
 
 
929 aa  95.1  2e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2652  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  26.48 
 
 
833 aa  94.7  3e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1931  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.11 
 
 
1289 aa  94.4  3e-18  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0959119  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0393  transcriptional regulator, LuxR family  28.71 
 
 
486 aa  94.7  3e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1555  sensory box histidine kinase/response regulator  35.77 
 
 
1112 aa  94  5e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0363  PAS sensor protein  30.43 
 
 
278 aa  94  5e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1797  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.18 
 
 
1419 aa  94  5e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5150  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.79 
 
 
1248 aa  93.2  8e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2096  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.32 
 
 
953 aa  93.2  8e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000903564 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4328  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.79 
 
 
612 aa  93.2  9e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1648  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.49 
 
 
1176 aa  92.8  1e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.883005  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2122  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.32 
 
 
953 aa  92.8  1e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0111685  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1057  transcriptional regulator, LuxR family  28.8 
 
 
486 aa  90.9  4e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.113368 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07500  hypothetical protein  29.37 
 
 
1245 aa  90.1  7e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.411522  normal  0.391796 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1805  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  27.21 
 
 
960 aa  89.7  8e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1539  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.89 
 
 
1273 aa  89  1e-16  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0875  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.41 
 
 
628 aa  89.7  1e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4816  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.21 
 
 
1247 aa  88.6  2e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.201907  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0091  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  32.87 
 
 
686 aa  88.2  3e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000101658 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1410  MCP methyltransferase/methylesterase, CheR/CheB with PAS/PAC sensor  31.75 
 
 
1120 aa  88.2  3e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.132886  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1033  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.59 
 
 
1040 aa  87.8  4e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0050  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.07 
 
 
871 aa  87  5e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0971682  decreased coverage  0.000571287 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0038  transcriptional regulator, LuxR family  35.21 
 
 
307 aa  87  6e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0717  hypothetical protein  29.31 
 
 
1245 aa  86.7  7e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0386  sensory box protein  30.06 
 
 
1247 aa  85.9  0.000000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.298787  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0161  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.92 
 
 
1039 aa  85.9  0.000000000000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0536  sensory box/GGDEF domain/EAL domain protein  32.95 
 
 
829 aa  85.9  0.000000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0420  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  30.06 
 
 
1247 aa  86.3  0.000000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.285216  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0417  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.06 
 
 
1247 aa  85.9  0.000000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2947  putative PAS/PAC sensor protein  31.85 
 
 
598 aa  85.1  0.000000000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0936  signal transduction histidine kinase  25.45 
 
 
1177 aa  85.1  0.000000000000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.194621  normal  0.0190935 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4642  PAS:GGDEF  28.98 
 
 
828 aa  84.7  0.000000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1464  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  27.49 
 
 
1139 aa  84.7  0.000000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046229 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1349  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.39 
 
 
1111 aa  84.3  0.000000000000004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.444762  normal  0.501062 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0664  putative response regulator protein  27.56 
 
 
508 aa  84  0.000000000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3275  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.61 
 
 
1094 aa  83.6  0.000000000000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.393091 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0713  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.71 
 
 
639 aa  83.2  0.000000000000009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1887  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.38 
 
 
1092 aa  82.8  0.00000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1005  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.48 
 
 
747 aa  82.8  0.00000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2106  Signal transduction histidine kinase nitrogen specific-like protein  32.26 
 
 
635 aa  82.8  0.00000000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0309  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  26.88 
 
 
827 aa  82.4  0.00000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0510078  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3043  multi-sensor hybrid histidine kinase  24.74 
 
 
1122 aa  81.6  0.00000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.000641159  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1812  signal transduction histidine kinase  26.55 
 
 
1390 aa  82  0.00000000000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.155927 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0714  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.06 
 
 
744 aa  81.3  0.00000000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0004  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.33 
 
 
1039 aa  80.9  0.00000000000004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.763661  normal 
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_3022  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.89 
 
 
1101 aa  81.3  0.00000000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4138  signal transduction histidine kinase  29.32 
 
 
1051 aa  80.9  0.00000000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.35585 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2150  signal transduction histidine kinase  37.31 
 
 
945 aa  80.1  0.00000000000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3038  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.16 
 
 
769 aa  79.7  0.00000000000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1420  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.42 
 
 
1121 aa  79.7  0.00000000000009  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0817518  normal  0.492636 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1370  signal transduction histidine kinase  31.01 
 
 
1560 aa  79.7  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.71177  normal  0.70667 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1628  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.53 
 
 
1070 aa  79  0.0000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1826  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.12 
 
 
1294 aa  79.7  0.0000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2017  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.12 
 
 
1299 aa  79.3  0.0000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0450581  normal  0.783142 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1550  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.2 
 
 
995 aa  78.6  0.0000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2841  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.53 
 
 
714 aa  79  0.0000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0729826  normal  0.310526 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  24.31 
 
 
1000 aa  78.6  0.0000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0458  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.56 
 
 
1037 aa  78.6  0.0000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.160814  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0641  two component transcriptional regulator, LuxR family  27.52 
 
 
1648 aa  78.2  0.0000000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0947  two component LuxR family transcriptional regulator  26.06 
 
 
310 aa  77.8  0.0000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00385235  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4631  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.01 
 
 
1672 aa  77.4  0.0000000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.659803  normal  0.0232391 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2158  LuxR family transcriptional regulator  24.04 
 
 
491 aa  77.8  0.0000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.714996 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2943  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.36 
 
 
981 aa  77.8  0.0000000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.677183 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0404  hypothetical protein  28.38 
 
 
1182 aa  77  0.0000000000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.465468  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3776  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  29.8 
 
 
1098 aa  77.4  0.0000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1120  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.09 
 
 
805 aa  77  0.0000000000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.37757  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1983  sensory box protein  23.13 
 
 
1136 aa  77  0.0000000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0811196 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>