More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_3423 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007492  Pfl01_3423  sensor protein  100 
 
 
496 aa  1012    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2158  LuxR family transcriptional regulator  72.04 
 
 
491 aa  718    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.714996 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2443  LuxR family transcriptional regulator  68.37 
 
 
497 aa  710    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.218456  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06950  LuxR family transcriptional regulator  61.24 
 
 
496 aa  608  1e-173  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.490761  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0636  LuxR family transcriptional regulator  60.84 
 
 
496 aa  603  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.223361  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5154  LuxR family transcriptional regulator  58.99 
 
 
510 aa  595  1e-169  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.767005 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4050  LuxR family transcriptional regulator  58.18 
 
 
510 aa  588  1e-167  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3471  LuxR family transcriptional regulator  58.18 
 
 
510 aa  588  1e-167  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2680  LuxR family transcriptional regulator  58.64 
 
 
514 aa  587  1e-166  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5247  LuxR family transcriptional regulator  57.98 
 
 
514 aa  586  1e-166  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.603722  normal  0.35683 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3414  LuxR family transcriptional regulator  57.98 
 
 
514 aa  586  1e-166  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6717  transcriptional regulator, LuxR family  52.85 
 
 
509 aa  543  1e-153  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.440846  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0393  transcriptional regulator, LuxR family  55.39 
 
 
486 aa  509  1e-143  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1057  transcriptional regulator, LuxR family  53.94 
 
 
486 aa  502  1e-141  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.113368 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4460  LuxR family transcriptional regulator  54.36 
 
 
486 aa  494  9.999999999999999e-139  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.478893 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5649  LuxR family transcriptional regulator  54.36 
 
 
486 aa  494  9.999999999999999e-139  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.090782  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3813  PAS sensor protein  49.27 
 
 
500 aa  455  1e-127  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0210  transcriptional regulator, LuxR family  49.9 
 
 
500 aa  451  1e-125  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.252259  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0363  PAS sensor protein  51.47 
 
 
278 aa  262  8.999999999999999e-69  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2281  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.69 
 
 
891 aa  165  1.0000000000000001e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00177504  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2324  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.67 
 
 
1089 aa  141  1.9999999999999998e-32  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1054  Signal transduction histidine kinase nitrogen specific-like protein  32.66 
 
 
493 aa  137  4e-31  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1887  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.47 
 
 
1092 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3776  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  27.99 
 
 
1098 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1983  sensory box protein  28.36 
 
 
1136 aa  124  3e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0811196 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1514  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.39 
 
 
1098 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1546  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.35 
 
 
1098 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.223692 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4138  signal transduction histidine kinase  26.61 
 
 
1051 aa  113  8.000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.35585 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4816  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.43 
 
 
1247 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.201907  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0420  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  27.42 
 
 
1247 aa  110  7.000000000000001e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.285216  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0386  sensory box protein  27.42 
 
 
1247 aa  109  1e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.298787  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0052  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.83 
 
 
1080 aa  109  1e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4029  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  27.62 
 
 
1244 aa  108  3e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0417  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.09 
 
 
1247 aa  105  2e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0714  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.14 
 
 
744 aa  104  3e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1741  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.38 
 
 
857 aa  102  1e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.99373 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5150  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.35 
 
 
1248 aa  101  2e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0599  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.07 
 
 
957 aa  100  6e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2652  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  29.3 
 
 
833 aa  100  8e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07500  hypothetical protein  24.65 
 
 
1245 aa  98.6  2e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.411522  normal  0.391796 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0717  hypothetical protein  24.16 
 
 
1245 aa  98.6  2e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1031  transcriptional regulator, LuxR family  26.46 
 
 
439 aa  99  2e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3377  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.18 
 
 
775 aa  96.7  9e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0687  putative PAS/PAC sensor protein  34.1 
 
 
914 aa  96.3  1e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000503319  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_3022  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.62 
 
 
1101 aa  95.5  2e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0536  sensory box/GGDEF domain/EAL domain protein  26.77 
 
 
829 aa  93.2  9e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0600  putative PAS/PAC sensor protein  31.32 
 
 
727 aa  92  2e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000188746  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1043  sensory box histidine kinase  29.78 
 
 
767 aa  90.1  8e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.382651  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4642  PAS:GGDEF  25.47 
 
 
828 aa  90.1  9e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2947  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.56 
 
 
503 aa  89.7  1e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2293  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  35.82 
 
 
782 aa  89  2e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0423  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.96 
 
 
510 aa  89  2e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1070  multi-sensor signal transduction histidine kinase  23.4 
 
 
1426 aa  88.2  3e-16  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.632131  normal  0.158919 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1349  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.03 
 
 
1111 aa  87.8  4e-16  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.444762  normal  0.501062 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0614  putative PAS/PAC sensor protein  30.22 
 
 
727 aa  87  7e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.8657800000000003e-24 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0458  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.81 
 
 
1037 aa  85.9  0.000000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.160814  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2096  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.98 
 
 
953 aa  85.5  0.000000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000903564 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0161  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.34 
 
 
1039 aa  84.3  0.000000000000004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0093  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.96 
 
 
856 aa  84  0.000000000000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2106  Signal transduction histidine kinase nitrogen specific-like protein  27.5 
 
 
635 aa  82.8  0.00000000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2725  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  30.06 
 
 
717 aa  82.8  0.00000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.172089 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0875  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.97 
 
 
628 aa  83.2  0.00000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2122  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.67 
 
 
953 aa  82  0.00000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0111685  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0091  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  25.98 
 
 
686 aa  81.6  0.00000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000101658 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0360  putative PAS/PAC sensor protein  25 
 
 
454 aa  81.6  0.00000000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1464  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  37.04 
 
 
1139 aa  81.3  0.00000000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046229 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0601  Signal transduction histidine kinase-like protein  27.72 
 
 
1442 aa  80.5  0.00000000000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0713  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.54 
 
 
639 aa  80.1  0.00000000000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2266  putative PAS/PAC sensor protein  24.45 
 
 
906 aa  80.1  0.00000000000008  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0821  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.79 
 
 
473 aa  79.7  0.0000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3004  Signal transduction histidine kinase  24.8 
 
 
941 aa  79.3  0.0000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2409  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.12 
 
 
713 aa  79.3  0.0000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00581493 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4328  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.14 
 
 
612 aa  78.2  0.0000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1550  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.57 
 
 
995 aa  77.8  0.0000000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0050  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  21.69 
 
 
871 aa  76.6  0.000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0971682  decreased coverage  0.000571287 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0641  two component transcriptional regulator, LuxR family  27.21 
 
 
1648 aa  76.3  0.000000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2700  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  25.08 
 
 
1102 aa  76.3  0.000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1370  signal transduction histidine kinase  26.15 
 
 
1560 aa  76.3  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.71177  normal  0.70667 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1525  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  27.14 
 
 
653 aa  76.3  0.000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0183917  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2460  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.11 
 
 
797 aa  75.5  0.000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2464  putative PAS/PAC sensor protein  23.44 
 
 
812 aa  75.9  0.000000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2014  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.83 
 
 
904 aa  75.5  0.000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0808  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.86 
 
 
929 aa  74.7  0.000000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1120  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.06 
 
 
805 aa  75.1  0.000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.37757  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1446  response regulator receiver protein  40.95 
 
 
209 aa  74.7  0.000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0167897  normal  0.0778626 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3326  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.82 
 
 
223 aa  73.2  0.000000000009  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2150  signal transduction histidine kinase  33.59 
 
 
945 aa  73.6  0.000000000009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1012  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.11 
 
 
1029 aa  73.2  0.00000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.135444  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4139  signal transduction histidine kinase  31.3 
 
 
913 aa  72.8  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.329059 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2171  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.67 
 
 
227 aa  73.2  0.00000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4433  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.09 
 
 
215 aa  73.2  0.00000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1532  two component transcriptional regulator, LuxR family  51.43 
 
 
220 aa  72.8  0.00000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0114765  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1555  sensory box histidine kinase/response regulator  29.29 
 
 
1112 aa  72  0.00000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4631  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.09 
 
 
1672 aa  72.4  0.00000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.659803  normal  0.0232391 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0903  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  23.17 
 
 
1262 aa  72  0.00000000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2462  multi-sensor signal transduction histidine kinase  23.95 
 
 
1032 aa  71.2  0.00000000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4301  signal transduction histidine kinase  26.3 
 
 
2693 aa  71.6  0.00000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2437  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.22 
 
 
218 aa  71.6  0.00000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1016  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  23.6 
 
 
1258 aa  71.2  0.00000000004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4134  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.66 
 
 
711 aa  71.2  0.00000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.734876  normal  0.920735 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>