More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5374 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5374  two component response regulator  100 
 
 		 779 aa  1575    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4199  regulatory protein, LuxR  43.18 
 
 		 855 aa  66.2  0.000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.142655 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2171  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.72 
 
 		 227 aa  64.7  0.000000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0765  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.24 
 
 		 222 aa  63.9  0.000000009  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1723  two component LuxR family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 240 aa  63.5  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0087  two component transcriptional regulator, LuxR  39.19 
 
 		 210 aa  63.5  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.197031  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1676  two component LuxR family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 210 aa  62.8  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.123322  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0555  two component transcriptional regulator, LuxR family  47.54 
 
 		 227 aa  63.2  0.00000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.401942  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1134  two component LuxR family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 213 aa  62.8  0.00000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3710  LuxR family transcriptional regulator  51.67 
 
 		 426 aa  63.5  0.00000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1936  regulatory protein LuxR  47.54 
 
 		 218 aa  62  0.00000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.548655  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4082  regulatory protein, LuxR  46.25 
 
 		 888 aa  62  0.00000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.566011 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0892  ATP-dependent transcriptional regulator-like protein protein  48.65 
 
 		 896 aa  62  0.00000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.311866  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2554  two component LuxR family transcriptional regulator  38.27 
 
 		 219 aa  60.8  0.00000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.958854  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2446  transcriptional regulator, LuxR family  52.73 
 
 		 188 aa  60.8  0.0000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0530  transcriptional regulator, LuxR family  45.16 
 
 		 217 aa  60.1  0.0000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4942  two component transcriptional regulator, LuxR family  49.18 
 
 		 222 aa  60.5  0.0000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2534  ATP-dependent transcription regulator LuxR  45.83 
 
 		 925 aa  60.5  0.0000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.41261  normal  0.169149 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5475  regulatory protein, LuxR  40.28 
 
 		 911 aa  60.1  0.0000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.450601  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1965  two component LuxR family transcriptional regulator  53.23 
 
 		 217 aa  59.7  0.0000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0897  ATP-dependent transcriptional regulator-like protein protein  37.63 
 
 		 933 aa  60.1  0.0000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.571021  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4208  ATP-dependent transcription regulator LuxR  44.26 
 
 		 894 aa  58.9  0.0000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1545  two component LuxR family transcriptional regulator  38.27 
 
 		 219 aa  59.3  0.0000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.505974  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1626  two component LuxR family transcriptional regulator  46.77 
 
 		 194 aa  58.9  0.0000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.947018 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1867  two component LuxR family transcriptional regulator  38.27 
 
 		 219 aa  59.3  0.0000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00198288  hitchhiker  0.000309651 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1399  transcriptional regulator NarL  50.77 
 
 		 219 aa  58.5  0.0000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0261138  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3278  two component LuxR family transcriptional regulator  48.39 
 
 		 214 aa  58.9  0.0000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.749326 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1032  LuxR family transcriptional regulator  50 
 
 		 201 aa  58.5  0.0000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0502  regulatory protein, LuxR  48.44 
 
 		 861 aa  58.9  0.0000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0169233  normal  0.80601 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5308  ATP-dependent transcription regulator LuxR  33.87 
 
 		 397 aa  58.2  0.0000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.418046  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0160  two component LuxR family transcriptional regulator  46.77 
 
 		 212 aa  58.2  0.0000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1669  two component LuxR family transcriptional regulator  48.39 
 
 		 221 aa  57.8  0.0000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3991  putative GAF sensor protein  52.83 
 
 		 301 aa  58.2  0.0000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.637785  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5474  two component LuxR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 212 aa  57.8  0.0000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.344108  normal  0.73382 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1584  regulatory protein, LuxR  28.25 
 
 		 916 aa  58.2  0.0000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2722  ATP-dependent transcription regulator LuxR  44.93 
 
 		 947 aa  57.8  0.0000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0915  two component LuxR family transcriptional regulator  50.82 
 
 		 202 aa  57.8  0.0000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  hitchhiker  0.000299753  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1588  two component LuxR family transcriptional regulator  38.96 
 
 		 220 aa  57.8  0.0000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0618082  normal  0.0591517 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04030  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  39.73 
 
 		 223 aa  57.4  0.000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.253855  normal  0.0592312 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1210  ATP-dependent transcription regulator LuxR  33.33 
 
 		 889 aa  57.4  0.000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.603589  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2246  ATP-dependent transcription regulator LuxR  48.21 
 
 		 914 aa  57  0.000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.220145  normal  0.0496967 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5839  two component LuxR family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 198 aa  57.4  0.000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.242407  hitchhiker  0.00194364 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0229  putative metal dependent phosphohydrolase  45.9 
 
 		 474 aa  57  0.000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0475  transcriptional regulator, LuxR family  47.54 
 
 		 123 aa  57  0.000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.282737  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0341  two component LuxR family transcriptional regulator  45.76 
 
 		 216 aa  57  0.000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0164  response regulator receiver protein  44.29 
 
 		 128 aa  57  0.000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1686  two component LuxR family transcriptional regulator  51.85 
 
 		 240 aa  57.4  0.000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.173725  normal  0.554277 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1083  two component LuxR family transcriptional regulator  48.33 
 
 		 219 aa  56.2  0.000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.605869  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0564  two component LuxR family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 197 aa  56.6  0.000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1446  LuxR family transcriptional regulator  50.85 
 
 		 921 aa  56.6  0.000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.308791  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1858  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.58 
 
 		 220 aa  56.2  0.000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00870294  decreased coverage  0.00000000166193 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2721  two component LuxR family transcriptional regulator  35.8 
 
 		 219 aa  56.6  0.000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.001499 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2486  two component LuxR family transcriptional regulator  40.58 
 
 		 220 aa  56.2  0.000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.637953  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1393  ATP-dependent transcription regulator LuxR  44.62 
 
 		 913 aa  56.6  0.000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0902  two component transcriptional regulator, LuxR family  49.18 
 
 		 208 aa  56.2  0.000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.154451  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4031  ATP-dependent transcription regulator LuxR  47.27 
 
 		 896 aa  56.2  0.000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.924331  normal  0.36139 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5022  LuxR family LuxR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 947 aa  56.2  0.000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.362862  normal  0.157407 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0555  two component LuxR family transcriptional regulator  37.35 
 
 		 228 aa  56.2  0.000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1496  LuxR family transcriptional regulator  49.15 
 
 		 197 aa  56.2  0.000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3763  two component LuxR family transcriptional regulator  50 
 
 		 221 aa  56.2  0.000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0403461 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1056  two component LuxR family transcriptional regulator  48.33 
 
 		 219 aa  56.2  0.000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1663  two component LuxR family transcriptional regulator  38.27 
 
 		 220 aa  56.2  0.000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0154836  unclonable  0.0000152825 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0186  response regulator receiver protein  41.38 
 
 		 213 aa  56.6  0.000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00000327076  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2493  two component LuxR family transcriptional regulator  40.58 
 
 		 220 aa  56.2  0.000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2606  two component LuxR family transcriptional regulator  40.58 
 
 		 220 aa  56.2  0.000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00642184  hitchhiker  0.00275886 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0799  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.75 
 
 		 226 aa  56.6  0.000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1072  two component LuxR family transcriptional regulator  48.33 
 
 		 219 aa  56.2  0.000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.562029  normal  0.0679961 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1716  LuxR family transcriptional regulator  47.54 
 
 		 118 aa  55.8  0.000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.18507  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3380  two component transcriptional regulator, LuxR family  50.88 
 
 		 222 aa  55.8  0.000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0618  transcriptional regulator, LuxR family  42.62 
 
 		 196 aa  56.2  0.000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5014  two component LuxR family transcriptional regulator  48.33 
 
 		 209 aa  56.2  0.000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.103708  normal  0.29037 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4164  LuxR transcriptional regulator  42.19 
 
 		 960 aa  55.8  0.000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.950161  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1248  transcriptional regulator, LuxR family  44.59 
 
 		 232 aa  55.8  0.000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5613  transcriptional regulator, LuxR family  50 
 
 		 238 aa  55.8  0.000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7667  two component LuxR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 209 aa  55.8  0.000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0906  transcriptional regulator, LuxR family  49.18 
 
 		 208 aa  55.8  0.000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000244022  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6235  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.95 
 
 		 215 aa  55.8  0.000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.502704  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0994  response regulator receiver domain-containing protein  38.64 
 
 		 221 aa  55.5  0.000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.16925  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2247  two component LuxR family transcriptional regulator  38.96 
 
 		 220 aa  55.8  0.000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.998494  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5822  LuxR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 914 aa  55.8  0.000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3658  regulatory protein, LuxR  34 
 
 		 914 aa  55.8  0.000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5018  two component transcriptional regulator, LuxR family  49.02 
 
 		 209 aa  55.8  0.000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2648  LuxR family DNA-binding response regulator  43.08 
 
 		 220 aa  55.5  0.000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1766  two component LuxR family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 203 aa  55.5  0.000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00488071  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0919  two component LuxR family transcriptional regulator  47.46 
 
 		 214 aa  55.5  0.000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0930  LuxR family transcriptional regulator  49.09 
 
 		 246 aa  55.5  0.000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.6214  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4439  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.18 
 
 		 224 aa  55.5  0.000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0857  two component LuxR family transcriptional regulator  49.18 
 
 		 211 aa  55.5  0.000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00237341  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3567  ATP-dependent transcription regulator LuxR  45.76 
 
 		 251 aa  55.5  0.000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1006  two component LuxR family transcriptional regulator  39.51 
 
 		 219 aa  55.5  0.000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2246  regulatory protein, LuxR  43.75 
 
 		 899 aa  55.1  0.000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.348554 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1732  two component LuxR family transcriptional regulator  38.27 
 
 		 220 aa  55.5  0.000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0049943  normal  0.183248 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2482  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.37 
 
 		 208 aa  55.5  0.000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0211915  normal  0.642006 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03853  transcriptional regulator NarL  39.56 
 
 		 217 aa  55.1  0.000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000020037  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0315  LuxR family DNA-binding response regulator  50 
 
 		 213 aa  55.1  0.000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0408  two component LuxR family transcriptional regulator  52.63 
 
 		 214 aa  55.1  0.000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.82136  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3818  LuxR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 264 aa  55.1  0.000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000221432 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6830  two component transcriptional regulator, LuxR family  47.54 
 
 		 270 aa  55.1  0.000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2076  response regulator receiver protein  35.8 
 
 		 238 aa  55.1  0.000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2916  ATP-dependent transcriptional regulator-like protein protein  48.39 
 
 		 905 aa  55.1  0.000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.725762  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>