More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_4082 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_4082  regulatory protein, LuxR  100 
 
 		 888 aa  1735    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.566011 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4199  regulatory protein, LuxR  37.51 
 
 		 855 aa  491  1e-137  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.142655 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2246  regulatory protein, LuxR  29.57 
 
 		 899 aa  199  3e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.348554 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5475  regulatory protein, LuxR  28.46 
 
 		 911 aa  193  1e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.450601  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3384  regulatory protein, LuxR  28.54 
 
 		 913 aa  185  3e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.425044  normal  0.0489433 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4759  regulatory protein, LuxR  28.43 
 
 		 913 aa  183  1e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4327  ATP-dependent transcription regulator LuxR  27.87 
 
 		 1021 aa  170  1e-40  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4031  ATP-dependent transcription regulator LuxR  21.64 
 
 		 896 aa  160  9e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.924331  normal  0.36139 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20540  regulatory protein LuxR  22.97 
 
 		 887 aa  158  4e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5812  transcriptional regulator LuxR family  26.78 
 
 		 894 aa  157  6e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5436  LuxR family LuxR family transcriptional regulator  26.59 
 
 		 904 aa  144  5e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6753  ATP-dependent transcription regulator LuxR  32.08 
 
 		 932 aa  144  8e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.449288 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39970  transcriptional regulatory protein AcoK, LuxR family  26.3 
 
 		 900 aa  144  9e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2524  ATP-dependent transcription regulator LuxR  30.18 
 
 		 914 aa  137  9.999999999999999e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.9975  normal  0.793034 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1446  LuxR family transcriptional regulator  24.57 
 
 		 921 aa  135  1.9999999999999998e-30  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.308791  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1393  ATP-dependent transcription regulator LuxR  31.4 
 
 		 913 aa  134  1.0000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5099  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT-like, LuxR family  27.97 
 
 		 900 aa  132  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3606  LuxR transcriptional regulator  30.48 
 
 		 947 aa  131  5.0000000000000004e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.156001  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2523  regulatory protein, LuxR  26.59 
 
 		 879 aa  131  6e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5287  two component response regulator  28.74 
 
 		 896 aa  130  1.0000000000000001e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.318061  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2246  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.74 
 
 		 914 aa  129  4.0000000000000003e-28  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.220145  normal  0.0496967 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2376  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  30.98 
 
 		 897 aa  126  2e-27  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.000225223  hitchhiker  0.000754758 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0996  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.03 
 
 		 930 aa  125  3e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2932  regulatory protein, LuxR  25.42 
 
 		 919 aa  124  9.999999999999999e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.104407  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3477  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.43 
 
 		 877 aa  123  1.9999999999999998e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4815  ATP-dependent transcription regulator LuxR  32.58 
 
 		 924 aa  122  3.9999999999999996e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3459  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  27.03 
 
 		 901 aa  119  3.9999999999999997e-25  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.000984222  hitchhiker  0.00326143 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1432  regulatory protein, LuxR  25.41 
 
 		 837 aa  117  6.9999999999999995e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00164581 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1584  regulatory protein, LuxR  27.02 
 
 		 916 aa  117  1.0000000000000001e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5822  LuxR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 914 aa  115  4.0000000000000004e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2469  ATP-dependent transcription regulator LuxR  27.35 
 
 		 860 aa  115  4.0000000000000004e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1678  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  31.95 
 
 		 910 aa  113  2.0000000000000002e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1506  ATP-dependent transcription regulator LuxR  27.13 
 
 		 876 aa  112  2.0000000000000002e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2864  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  29.26 
 
 		 766 aa  113  2.0000000000000002e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.155264  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4706  ATP-dependent transcription regulator LuxR  27.14 
 
 		 911 aa  112  3e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.157543 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4208  ATP-dependent transcription regulator LuxR  27.38 
 
 		 894 aa  111  7.000000000000001e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0897  ATP-dependent transcriptional regulator-like protein protein  26.72 
 
 		 933 aa  110  9.000000000000001e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.571021  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2742  ATP-dependent transcription regulator LuxR  26.43 
 
 		 930 aa  110  1e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.649414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1148  regulatory protein LuxR  27.92 
 
 		 921 aa  109  2e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.108504  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0670  regulatory protein, LuxR  25.77 
 
 		 890 aa  108  6e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5027  ATP-dependent transcription regulator LuxR  27.79 
 
 		 921 aa  107  7e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.381332  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5833  ATP-dependent transcription regulator LuxR  27.79 
 
 		 921 aa  107  7e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3548  transcriptional regulator  29.22 
 
 		 924 aa  107  8e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4346  ATP-dependent transcription regulator LuxR  27.79 
 
 		 921 aa  107  9e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.815962  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2539  regulatory protein, LuxR  27.47 
 
 		 904 aa  107  1e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.50873  hitchhiker  0.00362349 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4422  ATP-dependent transcription regulator LuxR  26.21 
 
 		 905 aa  105  4e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0892  ATP-dependent transcriptional regulator-like protein protein  26.89 
 
 		 896 aa  105  5e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.311866  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0037  transcriptional regulator MalT  24.6 
 
 		 901 aa  105  5e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0993  regulatory protein, LuxR  26.33 
 
 		 920 aa  104  6e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.962183  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13097  serine/threonine-protein kinase transcriptional regulatory protein pknK  26.72 
 
 		 1110 aa  103  2e-20  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0808  ATP-dependent transcription regulator LuxR  25.49 
 
 		 905 aa  102  3e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2916  ATP-dependent transcriptional regulator-like protein protein  26.88 
 
 		 905 aa  101  7e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.725762  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0926  regulatory protein, LuxR  28.48 
 
 		 878 aa  100  8e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.289088  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41810  putative transcriptional regulator  29.38 
 
 		 901 aa  100  2e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2538  regulatory protein, LuxR  29.15 
 
 		 907 aa  99.4  3e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.896851  normal  0.0163895 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1210  ATP-dependent transcription regulator LuxR  26.3 
 
 		 889 aa  97.1  1e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.603589  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1151  transcriptional regulator, LuxR family  24.51 
 
 		 910 aa  96.3  2e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0794  regulatory protein, LuxR  26.04 
 
 		 905 aa  96.7  2e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.23816 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41800  putative transcriptional regulator  25.51 
 
 		 907 aa  95.1  5e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0060  transcriptional activator domain-containing protein  30.16 
 
 		 1145 aa  94.7  6e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3322  transcriptional activator domain-containing protein  30.13 
 
 		 1204 aa  94.7  7e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.11039  normal  0.190141 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0767  LuxR family transcriptional regulator  26.04 
 
 		 905 aa  94.4  9e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3547  transcriptional regulator  25.34 
 
 		 907 aa  94  1e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3393  regulatory protein, LuxR  30.21 
 
 		 900 aa  93.2  2e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3129  transcriptional regulator MalT  26.9 
 
 		 914 aa  93.6  2e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0535917  decreased coverage  0.00386402 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0423  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  25.89 
 
 		 1003 aa  92  4e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2963  regulatory protein, LuxR  40 
 
 		 824 aa  92  4e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2600  transcriptional activator domain protein  27.71 
 
 		 1108 aa  90.5  1e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04848  transcriptional regulator MalT  23.83 
 
 		 902 aa  90.5  1e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1186  transcriptional regulator  26.38 
 
 		 906 aa  89.7  2e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001102  transcriptional activator of maltose regulon MalT  24.03 
 
 		 902 aa  89  3e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3832  regulatory protein, LuxR  28.24 
 
 		 1336 aa  88.2  7e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.196603  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4164  LuxR transcriptional regulator  26.03 
 
 		 960 aa  87.8  9e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.950161  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5188  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  29.23 
 
 		 884 aa  87.4  0.000000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13150  putative transcriptional regulator  25.29 
 
 		 906 aa  87.4  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.697366  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4637  transcriptional regulator MalT  26.7 
 
 		 904 aa  87  0.000000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0366  transcriptional activator domain protein  28.76 
 
 		 1097 aa  86.3  0.000000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.37715 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0173  ATP-dependent transcriptional regulator-like protein  25.08 
 
 		 1111 aa  85.5  0.000000000000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0162  ATP-dependent transcriptional regulator-like  27.47 
 
 		 756 aa  85.5  0.000000000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4133  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT-like, LuxR family  28.09 
 
 		 749 aa  85.1  0.000000000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5022  LuxR family LuxR family transcriptional regulator  25.65 
 
 		 947 aa  85.1  0.000000000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.362862  normal  0.157407 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2281  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  30.69 
 
 		 730 aa  84.3  0.000000000000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0881916 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4838  ATP-dependent transcription regulator LuxR  27.83 
 
 		 900 aa  84  0.00000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.874018  hitchhiker  0.003849 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03270  transcriptional regulator MalT  26.18 
 
 		 901 aa  83.2  0.00000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00934962  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03222  hypothetical protein  26.18 
 
 		 901 aa  83.2  0.00000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00528923  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3699  transcriptional regulator MalT  25.92 
 
 		 901 aa  83.2  0.00000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.203267  normal  0.15955 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0120  transcriptional regulator MalT  24.6 
 
 		 921 aa  83.2  0.00000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3894  transcriptional regulator MalT  25.92 
 
 		 901 aa  81.6  0.00000000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4725  transcriptional regulator MalT  25.92 
 
 		 901 aa  82  0.00000000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0295  transcriptional regulator MalT  25.92 
 
 		 901 aa  81.6  0.00000000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.464909 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0295  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT-like, LuxR family  25.92 
 
 		 901 aa  81.6  0.00000000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3616  transcriptional regulator MalT  25.92 
 
 		 901 aa  81.6  0.00000000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3885  transcriptional regulator MalT  25.86 
 
 		 902 aa  81.6  0.00000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3714  transcriptional regulator MalT  26.12 
 
 		 901 aa  81.3  0.00000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2722  ATP-dependent transcription regulator LuxR  26.23 
 
 		 947 aa  81.3  0.00000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3789  transcriptional regulator MalT  26.12 
 
 		 901 aa  81.3  0.00000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3717  transcriptional regulator MalT  26.12 
 
 		 901 aa  81.3  0.00000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3823  transcriptional regulator MalT  26.12 
 
 		 901 aa  81.3  0.00000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.268029  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3994  transcriptional regulator MalT  26.23 
 
 		 903 aa  80.9  0.0000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0160  transcriptional regulator MalT  26.23 
 
 		 903 aa  80.9  0.0000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.814727  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>