More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5812 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5812  transcriptional regulator LuxR family  100 
 
 		 894 aa  1805    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2246  regulatory protein, LuxR  27.49 
 
 		 899 aa  216  9.999999999999999e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.348554 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4031  ATP-dependent transcription regulator LuxR  23.88 
 
 		 896 aa  210  1e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.924331  normal  0.36139 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3459  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  27.17 
 
 		 901 aa  209  2e-52  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.000984222  hitchhiker  0.00326143 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5475  regulatory protein, LuxR  27.48 
 
 		 911 aa  202  1.9999999999999998e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.450601  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1446  LuxR family transcriptional regulator  22.97 
 
 		 921 aa  198  3e-49  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.308791  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1393  ATP-dependent transcription regulator LuxR  25.43 
 
 		 913 aa  192  2e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3606  LuxR transcriptional regulator  25 
 
 		 947 aa  179  2e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.156001  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4327  ATP-dependent transcription regulator LuxR  25.61 
 
 		 1021 aa  168  5e-40  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2246  ATP-dependent transcription regulator LuxR  27.58 
 
 		 914 aa  166  3e-39  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.220145  normal  0.0496967 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5287  two component response regulator  33.51 
 
 		 896 aa  164  5.0000000000000005e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.318061  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4164  LuxR transcriptional regulator  25.8 
 
 		 960 aa  149  2.0000000000000003e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.950161  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1895  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.23 
 
 		 867 aa  149  3e-34  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.283939  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1678  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  30.4 
 
 		 910 aa  146  2e-33  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4422  ATP-dependent transcription regulator LuxR  31.61 
 
 		 905 aa  146  2e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39970  transcriptional regulatory protein AcoK, LuxR family  27.41 
 
 		 900 aa  146  2e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0993  regulatory protein, LuxR  29.52 
 
 		 920 aa  145  4e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.962183  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20540  regulatory protein LuxR  29.46 
 
 		 887 aa  144  5e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3658  regulatory protein, LuxR  29.72 
 
 		 914 aa  141  6e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13097  serine/threonine-protein kinase transcriptional regulatory protein pknK  26.12 
 
 		 1110 aa  141  7e-32  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4706  ATP-dependent transcription regulator LuxR  30.93 
 
 		 911 aa  140  1e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.157543 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2916  ATP-dependent transcriptional regulator-like protein protein  30.38 
 
 		 905 aa  140  1e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.725762  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0601  ATP-dependent transcriptional regulator-like protein protein  23.68 
 
 		 901 aa  139  3.0000000000000003e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000493174 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1210  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.07 
 
 		 889 aa  138  4e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.603589  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0808  ATP-dependent transcription regulator LuxR  30.13 
 
 		 905 aa  138  4e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0794  regulatory protein, LuxR  30.05 
 
 		 905 aa  138  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.23816 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4815  ATP-dependent transcription regulator LuxR  32.65 
 
 		 924 aa  137  7.000000000000001e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0767  LuxR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 905 aa  136  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4208  ATP-dependent transcription regulator LuxR  30.61 
 
 		 894 aa  136  1.9999999999999998e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3547  transcriptional regulator  28.11 
 
 		 907 aa  135  3e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41800  putative transcriptional regulator  28.36 
 
 		 907 aa  135  3e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5099  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT-like, LuxR family  26.96 
 
 		 900 aa  134  7.999999999999999e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2742  ATP-dependent transcription regulator LuxR  25.11 
 
 		 930 aa  134  9e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.649414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0670  regulatory protein, LuxR  25.05 
 
 		 890 aa  134  1.0000000000000001e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1728  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.27 
 
 		 870 aa  133  1.0000000000000001e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2539  regulatory protein, LuxR  24.32 
 
 		 904 aa  133  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.50873  hitchhiker  0.00362349 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0996  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.14 
 
 		 930 aa  133  2.0000000000000002e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2575  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT-like, LuxR family  24.34 
 
 		 917 aa  132  3e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1151  transcriptional regulator, LuxR family  28.05 
 
 		 910 aa  130  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0160  transcriptional regulator MalT  26.54 
 
 		 903 aa  130  1.0000000000000001e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.814727  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3994  transcriptional regulator MalT  26.54 
 
 		 903 aa  130  1.0000000000000001e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3831  transcriptional regulator MalT  28.12 
 
 		 901 aa  130  2.0000000000000002e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.219593  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3548  transcriptional regulator  24.62 
 
 		 924 aa  130  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1186  transcriptional regulator  27.88 
 
 		 906 aa  129  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5436  LuxR family LuxR family transcriptional regulator  27.05 
 
 		 904 aa  129  3e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3823  transcriptional regulator MalT  26.72 
 
 		 901 aa  128  5e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.268029  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3789  transcriptional regulator MalT  26.72 
 
 		 901 aa  128  6e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3717  transcriptional regulator MalT  26.72 
 
 		 901 aa  128  6e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3714  transcriptional regulator MalT  26.72 
 
 		 901 aa  128  6e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3885  transcriptional regulator MalT  26.72 
 
 		 902 aa  127  7e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4637  transcriptional regulator MalT  26.47 
 
 		 904 aa  127  8.000000000000001e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0833  regulatory protein, LuxR  24.14 
 
 		 904 aa  127  1e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13150  putative transcriptional regulator  27.37 
 
 		 906 aa  127  1e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.697366  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0926  regulatory protein, LuxR  26.92 
 
 		 878 aa  126  1e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.289088  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3046  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.97 
 
 		 922 aa  126  2e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3322  transcriptional activator domain-containing protein  31.01 
 
 		 1204 aa  126  2e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.11039  normal  0.190141 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5022  LuxR family LuxR family transcriptional regulator  23.64 
 
 		 947 aa  125  3e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.362862  normal  0.157407 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0892  ATP-dependent transcriptional regulator-like protein protein  28.49 
 
 		 896 aa  125  3e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.311866  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2538  regulatory protein, LuxR  27.72 
 
 		 907 aa  124  6e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.896851  normal  0.0163895 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2376  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  29.41 
 
 		 897 aa  124  7e-27  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.000225223  hitchhiker  0.000754758 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3699  transcriptional regulator MalT  26.54 
 
 		 901 aa  124  8e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.203267  normal  0.15955 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001102  transcriptional activator of maltose regulon MalT  26.3 
 
 		 902 aa  123  9.999999999999999e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4725  transcriptional regulator MalT  26.54 
 
 		 901 aa  124  9.999999999999999e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5034  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  29.72 
 
 		 935 aa  122  1.9999999999999998e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.314145  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0423  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  25.98 
 
 		 1003 aa  123  1.9999999999999998e-26  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4082  regulatory protein, LuxR  27.39 
 
 		 888 aa  122  1.9999999999999998e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.566011 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1584  regulatory protein, LuxR  27.04 
 
 		 916 aa  122  1.9999999999999998e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0037  transcriptional regulator MalT  25.39 
 
 		 901 aa  121  4.9999999999999996e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1524  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  31.3 
 
 		 907 aa  121  6e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.179507  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1995  ATP-dependent transcription regulator LuxR  27.51 
 
 		 1019 aa  120  9.999999999999999e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.686742  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4133  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT-like, LuxR family  27.88 
 
 		 749 aa  119  1.9999999999999998e-25  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2864  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  30.99 
 
 		 766 aa  119  3e-25  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.155264  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2281  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  29.51 
 
 		 730 aa  119  3e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0881916 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3477  ATP-dependent transcription regulator LuxR  25.79 
 
 		 877 aa  119  3e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0605  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  25 
 
 		 758 aa  119  3e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.841569 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5188  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  26.76 
 
 		 884 aa  119  3e-25  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5027  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.81 
 
 		 921 aa  118  3.9999999999999997e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.381332  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5833  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.81 
 
 		 921 aa  118  3.9999999999999997e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4346  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.53 
 
 		 921 aa  118  3.9999999999999997e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.815962  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2722  ATP-dependent transcription regulator LuxR  27.69 
 
 		 947 aa  118  6e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0897  ATP-dependent transcriptional regulator-like protein protein  28.31 
 
 		 933 aa  118  6e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.571021  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04848  transcriptional regulator MalT  26.92 
 
 		 902 aa  117  1.0000000000000001e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6753  ATP-dependent transcription regulator LuxR  27.9 
 
 		 932 aa  116  2.0000000000000002e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.449288 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3384  regulatory protein, LuxR  27.58 
 
 		 913 aa  115  2.0000000000000002e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.425044  normal  0.0489433 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5822  LuxR family transcriptional regulator  26.56 
 
 		 914 aa  115  3e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0060  transcriptional activator domain-containing protein  29.91 
 
 		 1145 aa  115  3e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0502  regulatory protein, LuxR  24.72 
 
 		 861 aa  115  4.0000000000000004e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0169233  normal  0.80601 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4759  regulatory protein, LuxR  25.82 
 
 		 913 aa  114  1.0000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0173  ATP-dependent transcriptional regulator-like protein  27.08 
 
 		 1111 aa  112  3e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2534  ATP-dependent transcription regulator LuxR  26.34 
 
 		 925 aa  110  8.000000000000001e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.41261  normal  0.169149 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41810  putative transcriptional regulator  24.34 
 
 		 901 aa  110  9.000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1148  regulatory protein LuxR  27.33 
 
 		 921 aa  108  4e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.108504  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0120  transcriptional regulator MalT  25.77 
 
 		 921 aa  106  2e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4199  regulatory protein, LuxR  23.58 
 
 		 855 aa  106  2e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.142655 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0590  transcriptional activator domain protein  28.61 
 
 		 1163 aa  106  2e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.422877 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3129  transcriptional regulator MalT  24.83 
 
 		 914 aa  103  1e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0535917  decreased coverage  0.00386402 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0954  TPR repeat-containing protein  28.77 
 
 		 993 aa  103  2e-20  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.656775  normal  0.653362 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1911  transcriptional regulator domain protein  28.92 
 
 		 990 aa  103  2e-20  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.345318  decreased coverage  0.000588756 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3393  regulatory protein, LuxR  28.35 
 
 		 900 aa  100  9e-20  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0366  transcriptional activator domain protein  25.25 
 
 		 1097 aa  98.2  5e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.37715 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>