More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5287 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5287  two component response regulator  100 
 
 		 896 aa  1817    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.318061  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2246  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.21 
 
 		 914 aa  267  5.999999999999999e-70  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.220145  normal  0.0496967 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3459  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  29.44 
 
 		 901 aa  250  8e-65  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.000984222  hitchhiker  0.00326143 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4327  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.19 
 
 		 1021 aa  244  5e-63  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1393  ATP-dependent transcription regulator LuxR  30.8 
 
 		 913 aa  229  1e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1446  LuxR family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 921 aa  228  4e-58  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.308791  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2539  regulatory protein, LuxR  26.53 
 
 		 904 aa  220  7.999999999999999e-56  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.50873  hitchhiker  0.00362349 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1678  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  33.93 
 
 		 910 aa  219  2e-55  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0926  regulatory protein, LuxR  29.66 
 
 		 878 aa  212  3e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.289088  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2376  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  34.62 
 
 		 897 aa  211  5e-53  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.000225223  hitchhiker  0.000754758 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5436  LuxR family LuxR family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 904 aa  209  1e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39970  transcriptional regulatory protein AcoK, LuxR family  29.48 
 
 		 900 aa  208  4e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4346  ATP-dependent transcription regulator LuxR  26.91 
 
 		 921 aa  203  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.815962  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5027  ATP-dependent transcription regulator LuxR  26.8 
 
 		 921 aa  201  3.9999999999999996e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.381332  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5833  ATP-dependent transcription regulator LuxR  26.8 
 
 		 921 aa  201  3.9999999999999996e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1895  ATP-dependent transcription regulator LuxR  34.59 
 
 		 867 aa  201  7e-50  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.283939  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0423  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  32.43 
 
 		 1003 aa  199  1.0000000000000001e-49  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2742  ATP-dependent transcription regulator LuxR  27.53 
 
 		 930 aa  199  1.0000000000000001e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.649414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1506  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.78 
 
 		 876 aa  199  3e-49  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4208  ATP-dependent transcription regulator LuxR  32.36 
 
 		 894 aa  196  1e-48  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20540  regulatory protein LuxR  30.32 
 
 		 887 aa  196  1e-48  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04848  transcriptional regulator MalT  25.19 
 
 		 902 aa  195  3e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41800  putative transcriptional regulator  34 
 
 		 907 aa  193  1e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1728  ATP-dependent transcription regulator LuxR  32.48 
 
 		 870 aa  193  1e-47  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3606  LuxR transcriptional regulator  27.02 
 
 		 947 aa  192  2e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.156001  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2916  ATP-dependent transcriptional regulator-like protein protein  26.53 
 
 		 905 aa  192  2e-47  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.725762  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4759  regulatory protein, LuxR  32.05 
 
 		 913 aa  192  2.9999999999999997e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3547  transcriptional regulator  33.78 
 
 		 907 aa  190  1e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13150  putative transcriptional regulator  32.8 
 
 		 906 aa  189  3e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.697366  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001102  transcriptional activator of maltose regulon MalT  25.41 
 
 		 902 aa  189  3e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1186  transcriptional regulator  33.18 
 
 		 906 aa  186  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3658  regulatory protein, LuxR  28.01 
 
 		 914 aa  184  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5822  LuxR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 914 aa  184  8.000000000000001e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3477  ATP-dependent transcription regulator LuxR  32.43 
 
 		 877 aa  183  1e-44  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3384  regulatory protein, LuxR  29.45 
 
 		 913 aa  182  2.9999999999999997e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.425044  normal  0.0489433 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2538  regulatory protein, LuxR  32.22 
 
 		 907 aa  181  7e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.896851  normal  0.0163895 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1151  transcriptional regulator, LuxR family  31.53 
 
 		 910 aa  179  2e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1584  regulatory protein, LuxR  29.59 
 
 		 916 aa  179  2e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3548  transcriptional regulator  29.89 
 
 		 924 aa  179  2e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6753  ATP-dependent transcription regulator LuxR  30.73 
 
 		 932 aa  178  3e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.449288 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4706  ATP-dependent transcription regulator LuxR  31.85 
 
 		 911 aa  178  4e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.157543 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2524  ATP-dependent transcription regulator LuxR  31.87 
 
 		 914 aa  178  4e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.9975  normal  0.793034 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4637  transcriptional regulator MalT  29.01 
 
 		 904 aa  176  1.9999999999999998e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3129  transcriptional regulator MalT  29.24 
 
 		 914 aa  175  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0535917  decreased coverage  0.00386402 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0996  ATP-dependent transcription regulator LuxR  30.51 
 
 		 930 aa  175  3.9999999999999995e-42  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0993  regulatory protein, LuxR  31.01 
 
 		 920 aa  174  5e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.962183  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4815  ATP-dependent transcription regulator LuxR  32.71 
 
 		 924 aa  173  1e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3823  transcriptional regulator MalT  29.68 
 
 		 901 aa  173  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.268029  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3789  transcriptional regulator MalT  29.68 
 
 		 901 aa  172  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3717  transcriptional regulator MalT  29.68 
 
 		 901 aa  172  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3714  transcriptional regulator MalT  29.68 
 
 		 901 aa  172  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0605  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  33.01 
 
 		 758 aa  172  2e-41  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.841569 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3885  transcriptional regulator MalT  29.68 
 
 		 902 aa  172  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3699  transcriptional regulator MalT  28.85 
 
 		 901 aa  171  7e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.203267  normal  0.15955 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1995  ATP-dependent transcription regulator LuxR  31.4 
 
 		 1019 aa  170  1e-40  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.686742  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41810  putative transcriptional regulator  29.72 
 
 		 901 aa  169  2e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3994  transcriptional regulator MalT  26.93 
 
 		 903 aa  169  2.9999999999999998e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3831  transcriptional regulator MalT  27.39 
 
 		 901 aa  169  2.9999999999999998e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.219593  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0160  transcriptional regulator MalT  26.93 
 
 		 903 aa  169  2.9999999999999998e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.814727  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1210  ATP-dependent transcription regulator LuxR  31.55 
 
 		 889 aa  168  4e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.603589  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4725  transcriptional regulator MalT  28.61 
 
 		 901 aa  168  4e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3894  transcriptional regulator MalT  28.61 
 
 		 901 aa  168  4e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0295  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT-like, LuxR family  28.61 
 
 		 901 aa  168  5e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0295  transcriptional regulator MalT  28.61 
 
 		 901 aa  168  5e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.464909 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3616  transcriptional regulator MalT  28.61 
 
 		 901 aa  168  5e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03270  transcriptional regulator MalT  28.61 
 
 		 901 aa  166  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00934962  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0808  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.46 
 
 		 905 aa  166  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03222  hypothetical protein  28.61 
 
 		 901 aa  166  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00528923  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0767  LuxR family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 905 aa  166  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0794  regulatory protein, LuxR  29.46 
 
 		 905 aa  165  3e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.23816 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2864  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  32.72 
 
 		 766 aa  165  3e-39  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.155264  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5812  transcriptional regulator LuxR family  33.51 
 
 		 894 aa  165  4.0000000000000004e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2575  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT-like, LuxR family  31.51 
 
 		 917 aa  163  1e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4422  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.57 
 
 		 905 aa  161  5e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2722  ATP-dependent transcription regulator LuxR  27.14 
 
 		 947 aa  160  1e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5475  regulatory protein, LuxR  37.2 
 
 		 911 aa  159  2e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.450601  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13097  serine/threonine-protein kinase transcriptional regulatory protein pknK  26.85 
 
 		 1110 aa  159  2e-37  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0366  transcriptional activator domain protein  30.68 
 
 		 1097 aa  159  2e-37  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.37715 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0892  ATP-dependent transcriptional regulator-like protein protein  30.81 
 
 		 896 aa  158  5.0000000000000005e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.311866  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0120  transcriptional regulator MalT  28.27 
 
 		 921 aa  157  6e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0897  ATP-dependent transcriptional regulator-like protein protein  29.85 
 
 		 933 aa  157  1e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.571021  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2534  ATP-dependent transcription regulator LuxR  26.61 
 
 		 925 aa  155  4e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.41261  normal  0.169149 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2246  regulatory protein, LuxR  24.95 
 
 		 899 aa  155  4e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.348554 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4133  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT-like, LuxR family  30.25 
 
 		 749 aa  154  7e-36  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4031  ATP-dependent transcription regulator LuxR  24.1 
 
 		 896 aa  149  2.0000000000000003e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.924331  normal  0.36139 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5022  LuxR family LuxR family transcriptional regulator  26.57 
 
 		 947 aa  148  4.0000000000000006e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.362862  normal  0.157407 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3322  transcriptional activator domain-containing protein  31.64 
 
 		 1204 aa  147  7.0000000000000006e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.11039  normal  0.190141 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5099  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT-like, LuxR family  30.23 
 
 		 900 aa  147  8.000000000000001e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5188  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  31.35 
 
 		 884 aa  147  9e-34  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4838  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.67 
 
 		 900 aa  146  2e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.874018  hitchhiker  0.003849 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1602  ATP-dependent transcription regulator LuxR  27.57 
 
 		 897 aa  145  3e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.208535 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1583  ATP-dependent transcription regulator LuxR  27.57 
 
 		 955 aa  145  5e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.559531  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5034  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  30.63 
 
 		 935 aa  144  6e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.314145  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4164  LuxR transcriptional regulator  26.56 
 
 		 960 aa  143  1.9999999999999998e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.950161  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2932  regulatory protein, LuxR  30.71 
 
 		 919 aa  142  1.9999999999999998e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.104407  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0037  transcriptional regulator MalT  25.84 
 
 		 901 aa  141  3.9999999999999997e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3844  regulatory protein, LuxR  26.95 
 
 		 944 aa  135  3e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1936  ATP-dependent transcription regulator LuxR  27.35 
 
 		 880 aa  135  3e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.443116  hitchhiker  0.000000309593 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0763  ATP-dependent transcriptional regulator-like protein protein  32.4 
 
 		 919 aa  133  1.0000000000000001e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.422144  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5237  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  30.42 
 
 		 846 aa  132  2.0000000000000002e-29  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>