More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_0670 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_0670  regulatory protein, LuxR  100 
 
 
890 aa  1777    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2246  regulatory protein, LuxR  24.44 
 
 
899 aa  134  7.999999999999999e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.348554 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1446  LuxR family transcriptional regulator  22.04 
 
 
921 aa  129  2.0000000000000002e-28  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.308791  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5812  transcriptional regulator LuxR family  24.81 
 
 
894 aa  129  3e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0502  regulatory protein, LuxR  25.69 
 
 
861 aa  128  4.0000000000000003e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0169233  normal  0.80601 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2523  regulatory protein, LuxR  23.38 
 
 
879 aa  125  3e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2916  ATP-dependent transcriptional regulator-like protein protein  25.72 
 
 
905 aa  115  5e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.725762  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5475  regulatory protein, LuxR  26.24 
 
 
911 aa  108  6e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.450601  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1393  ATP-dependent transcription regulator LuxR  24.51 
 
 
913 aa  108  6e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3606  LuxR transcriptional regulator  25.28 
 
 
947 aa  103  1e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.156001  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0037  transcriptional regulator MalT  27.46 
 
 
901 aa  100  9e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3547  transcriptional regulator  24.73 
 
 
907 aa  100  2e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4082  regulatory protein, LuxR  25.75 
 
 
888 aa  95.1  5e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.566011 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0897  ATP-dependent transcriptional regulator-like protein protein  28.93 
 
 
933 aa  94.7  6e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.571021  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0833  regulatory protein, LuxR  24.32 
 
 
904 aa  94.4  9e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41800  putative transcriptional regulator  23.74 
 
 
907 aa  93.6  1e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3459  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  28.57 
 
 
901 aa  92.4  3e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.000984222  hitchhiker  0.00326143 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04848  transcriptional regulator MalT  25.47 
 
 
902 aa  90.1  1e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2246  ATP-dependent transcription regulator LuxR  27.98 
 
 
914 aa  89.7  2e-16  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.220145  normal  0.0496967 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0926  regulatory protein, LuxR  27.79 
 
 
878 aa  90.1  2e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.289088  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1678  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  28.5 
 
 
910 aa  88.2  7e-16  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4031  ATP-dependent transcription regulator LuxR  22.67 
 
 
896 aa  87.8  8e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.924331  normal  0.36139 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001102  transcriptional activator of maltose regulon MalT  25.16 
 
 
902 aa  87  0.000000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0120  transcriptional regulator MalT  26.07 
 
 
921 aa  85.9  0.000000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1584  regulatory protein, LuxR  27.18 
 
 
916 aa  85.9  0.000000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0160  transcriptional regulator MalT  25.67 
 
 
903 aa  85.1  0.000000000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.814727  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3994  transcriptional regulator MalT  25.67 
 
 
903 aa  85.1  0.000000000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2722  ATP-dependent transcription regulator LuxR  25.23 
 
 
947 aa  85.1  0.000000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5099  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT-like, LuxR family  24.01 
 
 
900 aa  81.6  0.00000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4637  transcriptional regulator MalT  24.47 
 
 
904 aa  81.6  0.00000000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4815  ATP-dependent transcription regulator LuxR  24.12 
 
 
924 aa  81.3  0.00000000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3384  regulatory protein, LuxR  25.52 
 
 
913 aa  80.5  0.0000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.425044  normal  0.0489433 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2864  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  28.72 
 
 
766 aa  76.6  0.000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.155264  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4199  regulatory protein, LuxR  25.62 
 
 
855 aa  77  0.000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.142655 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5287  two component response regulator  23.6 
 
 
896 aa  75.9  0.000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.318061  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13150  putative transcriptional regulator  26.32 
 
 
906 aa  75.5  0.000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.697366  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3393  regulatory protein, LuxR  31.1 
 
 
900 aa  75.1  0.000000000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4759  regulatory protein, LuxR  25.55 
 
 
913 aa  74.7  0.000000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1186  transcriptional regulator  26.58 
 
 
906 aa  74.3  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5822  LuxR family transcriptional regulator  26.35 
 
 
914 aa  73.6  0.00000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0423  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  23.65 
 
 
1003 aa  73.2  0.00000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0892  ATP-dependent transcriptional regulator-like protein protein  29.12 
 
 
896 aa  72.4  0.00000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.311866  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0292  hypothetical protein  24.33 
 
 
954 aa  72  0.00000000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0090168  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1136  regulatory protein, LuxR  27.38 
 
 
868 aa  72  0.00000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.87643 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2600  transcriptional activator domain protein  25.11 
 
 
1108 aa  71.6  0.00000000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3831  transcriptional regulator MalT  24.53 
 
 
901 aa  71.2  0.00000000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.219593  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2539  regulatory protein, LuxR  24.54 
 
 
904 aa  69.7  0.0000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.50873  hitchhiker  0.00362349 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3564  MalT  26.65 
 
 
695 aa  69.7  0.0000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.534347  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1148  regulatory protein LuxR  25 
 
 
921 aa  69.3  0.0000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.108504  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2405  transcriptional activator domain protein  29.8 
 
 
1025 aa  69.3  0.0000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.375799  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4327  ATP-dependent transcription regulator LuxR  27.3 
 
 
1021 aa  68.9  0.0000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5027  ATP-dependent transcription regulator LuxR  23.55 
 
 
921 aa  68.6  0.0000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.381332  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5833  ATP-dependent transcription regulator LuxR  23.55 
 
 
921 aa  68.6  0.0000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0162  ATP-dependent transcriptional regulator-like  26.7 
 
 
756 aa  68.6  0.0000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4346  ATP-dependent transcription regulator LuxR  23.55 
 
 
921 aa  68.6  0.0000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.815962  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6753  ATP-dependent transcription regulator LuxR  25.5 
 
 
932 aa  67  0.000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.449288 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0996  ATP-dependent transcription regulator LuxR  26.9 
 
 
930 aa  67.4  0.000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1506  ATP-dependent transcription regulator LuxR  24.48 
 
 
876 aa  66.2  0.000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0973  two component LuxR family transcriptional regulator  46.48 
 
 
216 aa  66.2  0.000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.255067  normal  0.404517 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4422  ATP-dependent transcription regulator LuxR  24.27 
 
 
905 aa  66.6  0.000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0601  ATP-dependent transcriptional regulator-like protein protein  25.78 
 
 
901 aa  66.2  0.000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000493174 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3699  transcriptional regulator MalT  23.65 
 
 
901 aa  65.9  0.000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.203267  normal  0.15955 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3827  transcriptional regulator domain-containing protein  27.56 
 
 
1102 aa  66.2  0.000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0262799 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5436  LuxR family LuxR family transcriptional regulator  25.08 
 
 
904 aa  65.9  0.000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5022  LuxR family LuxR family transcriptional regulator  23.4 
 
 
947 aa  65.1  0.000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.362862  normal  0.157407 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5188  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  25.15 
 
 
884 aa  65.5  0.000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1432  regulatory protein, LuxR  28.99 
 
 
837 aa  65.5  0.000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00164581 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4208  ATP-dependent transcription regulator LuxR  24.43 
 
 
894 aa  65.1  0.000000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03270  transcriptional regulator MalT  23.65 
 
 
901 aa  64.7  0.000000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00934962  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4725  transcriptional regulator MalT  23.65 
 
 
901 aa  64.7  0.000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03222  hypothetical protein  23.65 
 
 
901 aa  64.7  0.000000008  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00528923  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0295  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT-like, LuxR family  23.65 
 
 
901 aa  64.3  0.000000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0295  transcriptional regulator MalT  23.65 
 
 
901 aa  64.3  0.000000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.464909 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3616  transcriptional regulator MalT  23.65 
 
 
901 aa  64.3  0.000000009  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3894  transcriptional regulator MalT  23.65 
 
 
901 aa  64.3  0.000000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0993  regulatory protein, LuxR  23.92 
 
 
920 aa  64.3  0.00000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.962183  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4871  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.5 
 
 
222 aa  63.9  0.00000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.134443  normal  0.31614 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0763  ATP-dependent transcriptional regulator-like protein protein  27.83 
 
 
919 aa  63.9  0.00000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.422144  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1728  ATP-dependent transcription regulator LuxR  25.15 
 
 
870 aa  63.5  0.00000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2742  ATP-dependent transcription regulator LuxR  24.68 
 
 
930 aa  63.2  0.00000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.649414  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3279  response regulator receiver  41.76 
 
 
221 aa  62.8  0.00000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.97215  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1911  transcriptional regulator domain protein  27.99 
 
 
990 aa  63.5  0.00000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.345318  decreased coverage  0.000588756 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3511  two component LuxR family transcriptional regulator  41.76 
 
 
221 aa  62.8  0.00000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0444635 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2534  ATP-dependent transcription regulator LuxR  25.26 
 
 
925 aa  62.8  0.00000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.41261  normal  0.169149 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3714  transcriptional regulator MalT  21.86 
 
 
901 aa  62.4  0.00000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3823  transcriptional regulator MalT  21.86 
 
 
901 aa  62.4  0.00000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.268029  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3885  transcriptional regulator MalT  21.86 
 
 
902 aa  62.4  0.00000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0766  tetratricopeptide TPR_4  25.07 
 
 
1000 aa  62.4  0.00000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.106648  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3717  transcriptional regulator MalT  21.86 
 
 
901 aa  62.4  0.00000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3789  transcriptional regulator MalT  21.86 
 
 
901 aa  62.4  0.00000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20540  regulatory protein LuxR  22.22 
 
 
887 aa  62  0.00000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3129  transcriptional regulator MalT  25.33 
 
 
914 aa  61.2  0.00000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0535917  decreased coverage  0.00386402 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1895  ATP-dependent transcription regulator LuxR  24.46 
 
 
867 aa  61.2  0.00000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.283939  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0794  regulatory protein, LuxR  23.96 
 
 
905 aa  60.5  0.0000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.23816 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2524  ATP-dependent transcription regulator LuxR  23.56 
 
 
914 aa  60.5  0.0000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.9975  normal  0.793034 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0808  ATP-dependent transcription regulator LuxR  23.47 
 
 
905 aa  60.5  0.0000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0954  TPR repeat-containing protein  28.68 
 
 
993 aa  60.1  0.0000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.656775  normal  0.653362 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1099  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.74 
 
 
213 aa  59.3  0.0000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1626  two component LuxR family transcriptional regulator  45.31 
 
 
194 aa  59.3  0.0000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.947018 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1309  two component LuxR family transcriptional regulator  45.9 
 
 
206 aa  59.7  0.0000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000148999  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>