More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_2539 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_2539  regulatory protein, LuxR  100 
 
 		 904 aa  1793    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.50873  hitchhiker  0.00362349 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3548  transcriptional regulator  70.21 
 
 		 924 aa  1223    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41810  putative transcriptional regulator  70.29 
 
 		 901 aa  1211    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41800  putative transcriptional regulator  30.57 
 
 		 907 aa  317  9e-85  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2538  regulatory protein, LuxR  31.49 
 
 		 907 aa  316  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.896851  normal  0.0163895 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3547  transcriptional regulator  30.99 
 
 		 907 aa  314  3.9999999999999997e-84  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39970  transcriptional regulatory protein AcoK, LuxR family  31.64 
 
 		 900 aa  312  2e-83  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1506  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.86 
 
 		 876 aa  297  6e-79  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4327  ATP-dependent transcription regulator LuxR  30.35 
 
 		 1021 aa  277  7e-73  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3606  LuxR transcriptional regulator  28.66 
 
 		 947 aa  274  5.000000000000001e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.156001  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1995  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.75 
 
 		 1019 aa  259  2e-67  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.686742  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4759  regulatory protein, LuxR  29.6 
 
 		 913 aa  256  1.0000000000000001e-66  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3384  regulatory protein, LuxR  28.4 
 
 		 913 aa  254  5.000000000000001e-66  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.425044  normal  0.0489433 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1678  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  34.48 
 
 		 910 aa  254  6e-66  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2246  ATP-dependent transcription regulator LuxR  26.95 
 
 		 914 aa  250  8e-65  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.220145  normal  0.0496967 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1393  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.24 
 
 		 913 aa  249  1e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3477  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.31 
 
 		 877 aa  246  9e-64  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1936  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.87 
 
 		 880 aa  246  1.9999999999999999e-63  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.443116  hitchhiker  0.000000309593 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5436  LuxR family LuxR family transcriptional regulator  28.6 
 
 		 904 aa  246  1.9999999999999999e-63  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3459  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  36.89 
 
 		 901 aa  243  1e-62  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.000984222  hitchhiker  0.00326143 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5287  two component response regulator  26.53 
 
 		 896 aa  240  8e-62  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.318061  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4208  ATP-dependent transcription regulator LuxR  27.54 
 
 		 894 aa  239  1e-61  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5822  LuxR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 914 aa  237  8e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0996  ATP-dependent transcription regulator LuxR  27.14 
 
 		 930 aa  232  2e-59  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2575  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT-like, LuxR family  34.9 
 
 		 917 aa  229  2e-58  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0926  regulatory protein, LuxR  26.52 
 
 		 878 aa  226  1e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.289088  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1446  LuxR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 921 aa  220  7.999999999999999e-56  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.308791  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3994  transcriptional regulator MalT  26.67 
 
 		 903 aa  219  2e-55  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0160  transcriptional regulator MalT  26.67 
 
 		 903 aa  219  2e-55  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.814727  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2376  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  36.47 
 
 		 897 aa  217  7e-55  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.000225223  hitchhiker  0.000754758 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2742  ATP-dependent transcription regulator LuxR  27.35 
 
 		 930 aa  217  7e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.649414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04848  transcriptional regulator MalT  29.46 
 
 		 902 aa  217  8e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0423  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  33.48 
 
 		 1003 aa  217  9.999999999999999e-55  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001102  transcriptional activator of maltose regulon MalT  30.7 
 
 		 902 aa  215  2.9999999999999995e-54  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0120  transcriptional regulator MalT  30.17 
 
 		 921 aa  214  5.999999999999999e-54  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1895  ATP-dependent transcription regulator LuxR  33.11 
 
 		 867 aa  213  9e-54  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.283939  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2534  ATP-dependent transcription regulator LuxR  27.29 
 
 		 925 aa  213  2e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.41261  normal  0.169149 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5099  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT-like, LuxR family  26.94 
 
 		 900 aa  209  2e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13150  putative transcriptional regulator  33.2 
 
 		 906 aa  209  2e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.697366  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0897  ATP-dependent transcriptional regulator-like protein protein  26.92 
 
 		 933 aa  209  3e-52  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.571021  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1186  transcriptional regulator  32.99 
 
 		 906 aa  205  3e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3658  regulatory protein, LuxR  32.02 
 
 		 914 aa  203  9.999999999999999e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0892  ATP-dependent transcriptional regulator-like protein protein  26.1 
 
 		 896 aa  202  1.9999999999999998e-50  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.311866  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3129  transcriptional regulator MalT  26.49 
 
 		 914 aa  200  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0535917  decreased coverage  0.00386402 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4706  ATP-dependent transcription regulator LuxR  32.91 
 
 		 911 aa  197  5.000000000000001e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.157543 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0605  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  32.88 
 
 		 758 aa  197  6e-49  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.841569 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4815  ATP-dependent transcription regulator LuxR  31.03 
 
 		 924 aa  196  2e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3046  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.56 
 
 		 922 aa  193  1e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0808  ATP-dependent transcription regulator LuxR  31.52 
 
 		 905 aa  193  1e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20540  regulatory protein LuxR  28.6 
 
 		 887 aa  193  1e-47  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0037  transcriptional regulator MalT  28.44 
 
 		 901 aa  191  5e-47  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5027  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.83 
 
 		 921 aa  191  5.999999999999999e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.381332  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5833  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.83 
 
 		 921 aa  191  5.999999999999999e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4422  ATP-dependent transcription regulator LuxR  31.6 
 
 		 905 aa  191  5.999999999999999e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1151  transcriptional regulator, LuxR family  29.83 
 
 		 910 aa  191  7e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3832  regulatory protein, LuxR  25.93 
 
 		 1336 aa  191  7e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.196603  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6753  ATP-dependent transcription regulator LuxR  30.33 
 
 		 932 aa  190  1e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.449288 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3831  transcriptional regulator MalT  29.85 
 
 		 901 aa  188  3e-46  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.219593  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0794  regulatory protein, LuxR  31.7 
 
 		 905 aa  188  3e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.23816 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1210  ATP-dependent transcription regulator LuxR  27.21 
 
 		 889 aa  189  3e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.603589  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4346  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.65 
 
 		 921 aa  188  4e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.815962  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2864  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  35 
 
 		 766 aa  187  7e-46  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.155264  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0767  LuxR family transcriptional regulator  31.7 
 
 		 905 aa  187  8e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4637  transcriptional regulator MalT  31.42 
 
 		 904 aa  187  9e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3885  transcriptional regulator MalT  29.89 
 
 		 902 aa  186  2.0000000000000003e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3714  transcriptional regulator MalT  29.89 
 
 		 901 aa  186  2.0000000000000003e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3717  transcriptional regulator MalT  29.89 
 
 		 901 aa  186  2.0000000000000003e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3789  transcriptional regulator MalT  29.89 
 
 		 901 aa  186  2.0000000000000003e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1728  ATP-dependent transcription regulator LuxR  33.26 
 
 		 870 aa  186  2.0000000000000003e-45  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3823  transcriptional regulator MalT  29.89 
 
 		 901 aa  186  2.0000000000000003e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.268029  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2246  regulatory protein, LuxR  28.64 
 
 		 899 aa  185  3e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.348554 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0993  regulatory protein, LuxR  30.19 
 
 		 920 aa  182  2e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.962183  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3699  transcriptional regulator MalT  29.59 
 
 		 901 aa  176  9.999999999999999e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.203267  normal  0.15955 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5034  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  34.76 
 
 		 935 aa  176  1.9999999999999998e-42  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.314145  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03270  transcriptional regulator MalT  29.36 
 
 		 901 aa  174  5.999999999999999e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00934962  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03222  hypothetical protein  29.36 
 
 		 901 aa  174  5.999999999999999e-42  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00528923  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3894  transcriptional regulator MalT  29.36 
 
 		 901 aa  174  6.999999999999999e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0295  transcriptional regulator MalT  29.36 
 
 		 901 aa  174  6.999999999999999e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.464909 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0295  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT-like, LuxR family  29.36 
 
 		 901 aa  174  7.999999999999999e-42  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3616  transcriptional regulator MalT  29.36 
 
 		 901 aa  174  7.999999999999999e-42  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4725  transcriptional regulator MalT  29.36 
 
 		 901 aa  174  7.999999999999999e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1584  regulatory protein, LuxR  30.41 
 
 		 916 aa  172  3e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4133  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT-like, LuxR family  32.02 
 
 		 749 aa  171  4e-41  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2469  ATP-dependent transcription regulator LuxR  26.43 
 
 		 860 aa  169  2.9999999999999998e-40  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5022  LuxR family LuxR family transcriptional regulator  28.94 
 
 		 947 aa  165  4.0000000000000004e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.362862  normal  0.157407 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3844  regulatory protein, LuxR  26.61 
 
 		 944 aa  164  6e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13097  serine/threonine-protein kinase transcriptional regulatory protein pknK  30.63 
 
 		 1110 aa  161  4e-38  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5475  regulatory protein, LuxR  33.16 
 
 		 911 aa  160  7e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.450601  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0763  ATP-dependent transcriptional regulator-like protein protein  39 
 
 		 919 aa  157  8e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.422144  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0366  transcriptional activator domain protein  29.39 
 
 		 1097 aa  157  1e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.37715 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2963  regulatory protein, LuxR  31.18 
 
 		 824 aa  153  1e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1524  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  36.03 
 
 		 907 aa  151  5e-35  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.179507  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5812  transcriptional regulator LuxR family  24.18 
 
 		 894 aa  150  1.0000000000000001e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4164  LuxR transcriptional regulator  31.16 
 
 		 960 aa  148  4.0000000000000006e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.950161  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2722  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.7 
 
 		 947 aa  148  4.0000000000000006e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3322  transcriptional activator domain-containing protein  32.92 
 
 		 1204 aa  148  5e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.11039  normal  0.190141 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2916  ATP-dependent transcriptional regulator-like protein protein  28.5 
 
 		 905 aa  147  8.000000000000001e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.725762  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4031  ATP-dependent transcription regulator LuxR  26.41 
 
 		 896 aa  146  2e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.924331  normal  0.36139 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2932  regulatory protein, LuxR  29.12 
 
 		 919 aa  146  2e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.104407  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5237  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  32.75 
 
 		 846 aa  146  2e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>