More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3129 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_3129  transcriptional regulator MalT  100 
 
 		 914 aa  1839    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0535917  decreased coverage  0.00386402 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0120  transcriptional regulator MalT  37.51 
 
 		 921 aa  558  1e-157  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4637  transcriptional regulator MalT  38.44 
 
 		 904 aa  546  1e-154  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04848  transcriptional regulator MalT  36.43 
 
 		 902 aa  545  1e-153  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001102  transcriptional activator of maltose regulon MalT  35.74 
 
 		 902 aa  543  1e-153  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0037  transcriptional regulator MalT  35.82 
 
 		 901 aa  545  1e-153  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0160  transcriptional regulator MalT  38.3 
 
 		 903 aa  541  9.999999999999999e-153  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.814727  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3994  transcriptional regulator MalT  38.3 
 
 		 903 aa  541  9.999999999999999e-153  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3714  transcriptional regulator MalT  37.89 
 
 		 901 aa  516  1.0000000000000001e-145  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3717  transcriptional regulator MalT  37.89 
 
 		 901 aa  516  1.0000000000000001e-145  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3789  transcriptional regulator MalT  37.89 
 
 		 901 aa  516  1.0000000000000001e-145  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3823  transcriptional regulator MalT  37.89 
 
 		 901 aa  516  1.0000000000000001e-145  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.268029  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0295  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT-like, LuxR family  37.22 
 
 		 901 aa  513  1e-144  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3616  transcriptional regulator MalT  37.22 
 
 		 901 aa  513  1e-144  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0295  transcriptional regulator MalT  37.22 
 
 		 901 aa  513  1e-144  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.464909 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3885  transcriptional regulator MalT  38.06 
 
 		 902 aa  514  1e-144  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03270  transcriptional regulator MalT  37.11 
 
 		 901 aa  511  1e-143  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00934962  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03222  hypothetical protein  37.11 
 
 		 901 aa  511  1e-143  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00528923  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3699  transcriptional regulator MalT  37.22 
 
 		 901 aa  512  1e-143  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.203267  normal  0.15955 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3894  transcriptional regulator MalT  37.22 
 
 		 901 aa  511  1e-143  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4725  transcriptional regulator MalT  37.22 
 
 		 901 aa  511  1e-143  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3831  transcriptional regulator MalT  37.31 
 
 		 901 aa  506  9.999999999999999e-143  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.219593  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4327  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.07 
 
 		 1021 aa  259  2e-67  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1678  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  27.61 
 
 		 910 aa  248  4e-64  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1936  ATP-dependent transcription regulator LuxR  27.84 
 
 		 880 aa  237  9e-61  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.443116  hitchhiker  0.000000309593 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1584  regulatory protein, LuxR  27.39 
 
 		 916 aa  231  3e-59  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1393  ATP-dependent transcription regulator LuxR  26.44 
 
 		 913 aa  228  5.0000000000000005e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1506  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.26 
 
 		 876 aa  223  9e-57  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0892  ATP-dependent transcriptional regulator-like protein protein  26.54 
 
 		 896 aa  220  1e-55  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.311866  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39970  transcriptional regulatory protein AcoK, LuxR family  27.09 
 
 		 900 aa  214  3.9999999999999995e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3477  ATP-dependent transcription regulator LuxR  31.46 
 
 		 877 aa  212  3e-53  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1995  ATP-dependent transcription regulator LuxR  26.88 
 
 		 1019 aa  210  1e-52  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.686742  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1446  LuxR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 921 aa  209  3e-52  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.308791  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2246  ATP-dependent transcription regulator LuxR  26 
 
 		 914 aa  206  1e-51  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.220145  normal  0.0496967 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20540  regulatory protein LuxR  23.5 
 
 		 887 aa  205  3e-51  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4759  regulatory protein, LuxR  26.8 
 
 		 913 aa  202  1.9999999999999998e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2575  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT-like, LuxR family  29.44 
 
 		 917 aa  201  6e-50  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2376  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  31.11 
 
 		 897 aa  197  6e-49  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.000225223  hitchhiker  0.000754758 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3606  LuxR transcriptional regulator  25.89 
 
 		 947 aa  196  2e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.156001  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1895  ATP-dependent transcription regulator LuxR  31.96 
 
 		 867 aa  195  3e-48  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.283939  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0423  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  28.1 
 
 		 1003 aa  192  2.9999999999999997e-47  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3459  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  31.98 
 
 		 901 aa  185  3e-45  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.000984222  hitchhiker  0.00326143 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1728  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.2 
 
 		 870 aa  183  1e-44  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3658  regulatory protein, LuxR  29.14 
 
 		 914 aa  181  5.999999999999999e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5287  two component response regulator  29.45 
 
 		 896 aa  178  3e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.318061  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6753  ATP-dependent transcription regulator LuxR  31.73 
 
 		 932 aa  176  1.9999999999999998e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.449288 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2963  regulatory protein, LuxR  26.43 
 
 		 824 aa  176  1.9999999999999998e-42  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13097  serine/threonine-protein kinase transcriptional regulatory protein pknK  31.88 
 
 		 1110 aa  175  3.9999999999999995e-42  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0897  ATP-dependent transcriptional regulator-like protein protein  30.46 
 
 		 933 aa  174  7.999999999999999e-42  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.571021  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13150  putative transcriptional regulator  27.48 
 
 		 906 aa  172  3e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.697366  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0808  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.52 
 
 		 905 aa  171  6e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2539  regulatory protein, LuxR  29.76 
 
 		 904 aa  171  8e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.50873  hitchhiker  0.00362349 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4706  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.14 
 
 		 911 aa  169  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.157543 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0767  LuxR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 905 aa  166  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5822  LuxR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 914 aa  166  2.0000000000000002e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0794  regulatory protein, LuxR  28.67 
 
 		 905 aa  164  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.23816 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4422  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.28 
 
 		 905 aa  163  1e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4208  ATP-dependent transcription regulator LuxR  24.29 
 
 		 894 aa  162  2e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3548  transcriptional regulator  25.64 
 
 		 924 aa  162  3e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41800  putative transcriptional regulator  27.74 
 
 		 907 aa  162  3e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4031  ATP-dependent transcription regulator LuxR  21.45 
 
 		 896 aa  160  1e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.924331  normal  0.36139 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2864  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  30.13 
 
 		 766 aa  159  2e-37  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.155264  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41810  putative transcriptional regulator  25.87 
 
 		 901 aa  159  2e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2916  ATP-dependent transcriptional regulator-like protein protein  27.76 
 
 		 905 aa  159  2e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.725762  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0996  ATP-dependent transcription regulator LuxR  27.11 
 
 		 930 aa  159  3e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3547  transcriptional regulator  27.38 
 
 		 907 aa  157  1e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1186  transcriptional regulator  27.58 
 
 		 906 aa  156  2e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0605  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  26.68 
 
 		 758 aa  155  2.9999999999999998e-36  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.841569 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1151  transcriptional regulator, LuxR family  27.02 
 
 		 910 aa  155  4e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0993  regulatory protein, LuxR  27.01 
 
 		 920 aa  150  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.962183  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2246  regulatory protein, LuxR  32.73 
 
 		 899 aa  148  4.0000000000000006e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.348554 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0366  transcriptional activator domain protein  28.78 
 
 		 1097 aa  145  3e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.37715 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1210  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.85 
 
 		 889 aa  145  4e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.603589  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3384  regulatory protein, LuxR  28.84 
 
 		 913 aa  144  7e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.425044  normal  0.0489433 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4815  ATP-dependent transcription regulator LuxR  27.99 
 
 		 924 aa  144  9.999999999999999e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2538  regulatory protein, LuxR  28.31 
 
 		 907 aa  142  3e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.896851  normal  0.0163895 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4133  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT-like, LuxR family  26 
 
 		 749 aa  139  2e-31  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2469  ATP-dependent transcription regulator LuxR  25.38 
 
 		 860 aa  139  3.0000000000000003e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0926  regulatory protein, LuxR  29.57 
 
 		 878 aa  139  3.0000000000000003e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.289088  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2281  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  30.05 
 
 		 730 aa  137  7.000000000000001e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0881916 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3393  regulatory protein, LuxR  31.23 
 
 		 900 aa  134  6.999999999999999e-30  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1633  regulatory protein, LuxR  28.44 
 
 		 732 aa  133  1.0000000000000001e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.162775 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5099  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT-like, LuxR family  27.34 
 
 		 900 aa  131  6e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1602  ATP-dependent transcription regulator LuxR  30.28 
 
 		 897 aa  131  7.000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.208535 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3046  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.41 
 
 		 922 aa  130  2.0000000000000002e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5027  ATP-dependent transcription regulator LuxR  30.08 
 
 		 921 aa  129  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.381332  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5833  ATP-dependent transcription regulator LuxR  30.08 
 
 		 921 aa  129  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4346  ATP-dependent transcription regulator LuxR  30.08 
 
 		 921 aa  129  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.815962  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5436  LuxR family LuxR family transcriptional regulator  24.46 
 
 		 904 aa  129  3e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1583  ATP-dependent transcription regulator LuxR  30.05 
 
 		 955 aa  127  7e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.559531  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5188  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  30.69 
 
 		 884 aa  125  3e-27  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2534  ATP-dependent transcription regulator LuxR  25.16 
 
 		 925 aa  124  9e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.41261  normal  0.169149 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4838  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.14 
 
 		 900 aa  122  3e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.874018  hitchhiker  0.003849 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2742  ATP-dependent transcription regulator LuxR  23.09 
 
 		 930 aa  121  6e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.649414  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5475  regulatory protein, LuxR  31 
 
 		 911 aa  120  9.999999999999999e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.450601  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3125  transcriptional activator domain-containing protein  25.12 
 
 		 1068 aa  118  6e-25  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1524  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  31.96 
 
 		 907 aa  117  1.0000000000000001e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.179507  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4809  regulatory protein, LuxR  28.87 
 
 		 717 aa  115  3e-24  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.17127 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5034  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  29.54 
 
 		 935 aa  114  1.0000000000000001e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.314145  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2354  transcriptional activator domain-containing protein  27.9 
 
 		 1070 aa  112  2.0000000000000002e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.607566  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>